经过一个月的海上航行，1946年7月5日胡适回到上海。当时国民党已经挑起内战，国民党军队与人民解放军正在前方作战，新闻记者便问胡适对国事的看法。对此他却避而不谈，只说是离开祖国已将近9年，一切事都太不了解，须再学习学习。接着便是谈他在海外的生活，宣称近3年多以来主要精力都用在重勘《水经注》这个案子上。这个谈话经记者传播出去后，许多朋友知道胡适在弄《水经注》，于是自动将所收藏的《水经注》送给他去研究。胡适晚年回忆说：“此事传开，在很短的时间，全上海所藏的《水经注》我都看到了。记者的报导犹如跟我登了广告一样。”
胡适这次回国，非比寻常，他下船时受到国民政府有关方面的欢迎。当晚上海市长吴国桢举行招待会为他洗尘。散会回家已是11点钟了，这时才见到江冬秀。他在日记里写到：“9年不见她了。”
7月14日蒋介石在南京接见了他，并与之共进早餐，“席间相谈甚欢”。下午出席国际联欢社为其举办的盛大宴会。到会者有王世杰、蒋梦麟以及英国文化专员费慰梅，法国参事桂保，苏联文化专员弗拉德金等共100余人。之后，胡适在南京又出席了各方面的欢迎会。直到17日晚才回上海。20日应上海市文化、教育界名流的邀请，赴国际饭店出席欢迎茶会，席间发表归国感想，他说：两周来在京、沪两地接触友人甚多，大多均对现状表示不满，对时局表示悲观。其实我国以一工业科学落后，社会组织不健全之国家，遭逢有史以来未之前见之8年艰苦抗战，而希望一旦胜利后，即能恢复战前状态，实为不可能之事。并称“我们文化界、教育界应当在5年10年之间咬紧牙关，尽力挽救和改善目前的局面。如果我们自己先就悲观，觉得世事不可为，那么国事真更将令人悲观，令人觉得不可为了。”讲到自己，他说：我预备回来做一个教书匠。
7月29日胡适携子祖望由沪飞往北平。在下机场时受到国民党北平党政要人李宗仁、萧一山、吴铸人，及北大同事傅斯年、郑天挺、汤用彤等人的热烈欢迎。当日对记者发表讲话，宣称：中国民主有了进步，新文学和妇女解放也有了进步。原来坚决反对白话文的胡先骕，近来为报纸写论文居然也用上了10句白话，这是他归国后的第一件最痛快的事。
胡适这次返平，下榻于东厂胡同北大宿舍。8月4日北大校友在蔡孑民先生纪念堂开纪念会集会欢迎他。之后又陆续有校友到他住处去表示欢迎。有一次，大约四五十位校友到东厂胡同去向他致意，表示欢迎。据一位参加者回忆说，当时大家都站在院子里，胡适站在台阶上。首先是校友代表致欢迎词，称赞他为“五四”新文学运动之父。而胡在致答词时也很谦和地向大家问好。接着讲了他出国当大使的经过，他说：开始他是不愿去的，后来是傅斯年来劝说他。傅说，要是他有胡先生的地位和声誉，他是愿意去的。在此国难当头的时候，他希望胡先生不要推辞。说得十分恳切，最后都流泪了。讲到这里，胡适很感慨地说：“孟真这一哭，使我非常感动，于是才下了决心答应政府出国当此重任。”从这件事，可看出傅对胡的影响力非同一般，而傅斯年对胡也一直是崇敬和维护的。
抗战胜利后，傅代他出长北大，处理由昆明到北平的复员工作。这中间有千头万绪的行政工作要做，而且有许多人事安排问题，更是棘手，但这些傅斯年都办下来了。为胡适就职扫清了道路。对此，傅很自信地说：“实在说这样的局面之下，胡先生办法不如我，我在这几个月给他打平天下，他好办下去。”胡适性格软弱，对行政工作缺乏经验与裁断能力，而有傅帮他打头阵，他是非常感激的。因此在北大为傅卸代理校长职而举行的茶会上，胡适对他一年来的辛勤工作颂扬备至。
胡适到任后，便积极为学年之开学而进行筹备工作。8月16日在松公府蔡孑民先生纪念堂亲自主持召开了北大行政第一次会议，参加人员有校长、各院长、教务长、秘书长、训导长、图书馆长、校医院院长。该会在一个月里就召集了16次。会议讨论和研究北大的建制和设施以及教师之聘请等问题。总的说来，这几次会议在教学方面的重大决定有以下几项：
①在文学院设立东方语言文学系；
②设立工学院，并请傅斯年、江泽涵、郑华炽、马大猷、孙承谔五教授为筹备委员；
③理学院生物系，改设动物学与植物学两系。其次还通过了各系的教员名单。现将文理学院教授名单简介如下：
文学院：
1.中国文学系：教授有罗庸（借昆明师院一年请假）、杨振声、唐兰、游国恩、沈兼士、俞平伯、王重民、沈从文、孙楷第；副教授周祖谟。
2.史学系：姚从吾、傅斯年、郑天挺、毛準、向达、沈刚伯、张政烺、邓嗣禹、余逊。副教授：杨联升、韩寿萱、邓广铭。
3.哲学系：汤用彤、贺麟、陈康、郑昕、熊十力、胡世华、张颐、容肇祖。
4.教育系：陈雪屏、樊际昌、邱椿、陈友松、齐泮林。副教授：张孟休。
5.西方语言文学系：袁家骅、冯承植、闻家驷、朱光潜、潘家洵、燕卜荪、马德良、王云槐、谢文通、蒯叔平、俞大慎、Empson Meleavy。副教授：尤桐、王岷源、钱学熙、陈点元。
6.东方语言文学系：于道泉、季羡林。副教授：马坚。
理学院：
1.数学系：教授有江泽涵、申又枨、樊畿、庄圻泰、程毓淮、许宝。
2.物理系：饶毓泰、郑华炽、马大猷、赵广增、马士俊、吴大猷。
3.化学系：孙承谔、钱思亮、袁翰青、马祖圣、冯式权、顾敬心、曾昭抡、朱汝华。副教授：张龙翔。
4.生物系：张景钺、殷宏章、吴素萱、汪敬熙、沈嘉瑞。副教授：徐仁、罗士苇。
5.地质系：孙云铸、王烈、王竹泉、裴文中、米士、杨锺健、黄汲清。
以上所列，不过是根据会议记录概而言之，其中后来有变动的就不详述了。至于其他院系，因篇幅所限也如是。从上所举的例子中我们也可以看出当时北大的教师阵容，比抗战前增强了许多新生力量。这不仅是北大的宝贵财富，而且也是国家的一支强大的科技队伍。胡适对此是尽了力的。接着他以校长名义聘请汤用彤为文学院长，饶毓泰为理学院长，周炳琳为法学院长，马文昭为医学院长，俞大绂为农学院长，马大猷为工学院长，樊际昌为教务长，陈雪屏（后以贺麟）为训导长，郑天挺为总务长。这时北大除文理法三个学院仍保持外，又增加了医、农、工三个学院，成为我国一个完整的大学。在国际上享有盛誉。
在经过一段时间的紧张准备后，北大终于在当年10月10日开学了，开学典礼在城南国会街北大第四院举行。这年到校学生共计3500余人。胡适穿着长袍马褂在礼堂上讲了话，他宣称是“说几句家常话。”于是首先回顾了北大建校以来的历程：从戊戌政变（1898年）到抗战结束48年来光辉的历史。接下来是讲他的理想。他说：“我只作一点小小的梦想，作一个像样的学校，作一个全国最高学术的研究机关，使她能在学术上、研究上、思想上有贡献。这不算是个太大的梦想罢。”为达此目的，他特别强调学生要培养利用工具的本领，作一个独立研究、独立思想的人。他说，“你们大门上贴着欢迎我的标语，要求自由思想、自由研究，为什么我要你们独立，而不说自由呢？要知道自由是对外面的束缚而言，不受外面势力的限制与压迫，这一向正是北大的精神。而独立是你们自己的事，不能独立，仍然是作奴隶。并称：学校当然要给你们以自由，但是学校不能给你们独立，这是你们自己的事。接着他说，我是一个没有党派的人，我希望学校里没有党派，即使有，也如同有各种不同的宗教思想一样。大家有信仰自由，但切不可毁了学校，不要毁了这个再过多少年不容易重建的学术机关。最后他说，我56岁了，我才知道“活到老、学到老、活到老、学不了”这句话的深刻。于是他用南宋思想家吕祖谦的“善未易明、理未易察”这两句话来警告大家。注意：“善”是不容易明白的，“真理”也是不容易弄清楚的。既然如此，当学生的，当老师的做好本职工作就好，不用去管社会上的事，不要去参与政治活动。胡适的讲话表面上是在贯彻他教育救国的主张，但实际上是帮了国民党的忙，这显然还是国民党最欢迎的，但对革命来说却十分不利，因此后来受到舆论的谴责。
同年11月11日，胡适与贺麟同行，从北平飞往南京出席国民党召开的所谓制宪国民大会。这时他正在研究《水经注》，因此，常抱着善本《水经注》出入会场，说明他对这种会并不十分热心。在大会上曾与朱经农等204人联合提出“教育文化应列为宪法专章”的提案。旋即又与朱经农、章益等18人以教育代表的身份，向“国民大会”提出建议，请政府注意教育问题。他们在建议书里宣称：“教育为立国之本，亦为施行民主政治之基础。当今宪法正在制订之时，政府即将还政于民，尤赖教育之普遍推行。”具体建议如下：
第一，政府对于教育应延用专才办法。
第二，政府对于教育应拨巨款积极办理。
第三，政府对于地方教育应提早恢复县教育局并大量补助。
第四，政府对于私人教育事业应尽力予以扶植补助。
第五，政府对于教育人员应提高其待遇。
第六，政府对于被占用之校舍应严切督责发还等等。
胡适等人抱着发展国民教育的良好愿望提出许多改良措施，寄希望于国民党政府。但蒋介石集团忙于反共内战，对教育投资是不感兴趣的，所以他们的建议，不过是纸上谈兵而已。