早年儒家者，于天道半信半疑者也，已入纯伦理学之异域，犹不肯舍其宗教之外壳者也。孔子信天较笃，其论事则不脱人间之世，盖其心中之天道已渐如后世所谓“象”者，非谆谆然之天命也。孟子更罕言天，然其决意扫尽一切功用主义，舍利害生死之系念，一以是非为正而毫无犹疑，尤可见其宗教的涵养，彼或不自知，而事实如此。自孟子至于荀子，中经半世纪，其时适为各派方术家备极发展之世。儒家之外，如老子庄周，后世强合为一，称之曰道家者。其天道论之发展乃在自然论之道路上疾行剧趋。老子宗天曰自然，庄子更归天于茫茫冥冥。荀子后起，不免感之而变，激之而厉，于是荀子之天道论大异于早年儒家矣。
先秦儒家思想比较单纯，傅斯年认为，不管是荀子援法入儒，还是孟子阐扬心学，都不是杂学。后来阴阳家借儒学以自重，秦始皇坑儒，儒学也不得不附阴阳学以求生存。所以到了汉初，儒学已成为杂于阴阳的儒学。《易丒系辞》《中庸》皆此学说的代表作。这种杂儒学的天道论没有继承先秦儒学的正统，而主要是吸收了“民间信仰传自远古而未经古儒家之净化者”，其宗教意识转而浓厚。
傅斯年说，先秦儒家谈性、命皆分别言之，命指天命，即所谓吉凶福祸者；性指人之禀赋，即所谓善恶质材者。孟子虽将二字相连使用，但并没有作为一个名词。将性命作为一个名词，始见于汉人著述如《乐记》、《中庸》中，而这里所谓性命，意义与先秦的性字同，而不含天命的意思。汉儒人性说的特点为善恶二元论。最先发挥这种观点的是《春秋繁露》，其说多出自《荀子》，兼取《告子》，或邻于《孟子》。董仲舒以人副天数为立论之本：天具阴阳，故人性必兼善恶，由阴阳家的天道二元论推演出人性二元论。此后，许慎、郑玄、《白虎通义》及种种纬书皆据此发挥，于是此说成为汉代四百年间人性论的正统。
汉代的通人硕儒对性二元论亦有异议，刘向的性情相应说，杨雄的善恶混说，王充的性三品说，荀悦的性情相应兼三品说，对此正统人性说皆提出批评，他们都想返回到孟荀性论分途之前，而以孔子品差的性论为依据取代汉代的性二元论。
他指出自晚周至魏晋，人性论的发展经历了三个阶段。晚周为分驰时代，性善性恶之辩由此产生；西汉至东汉初年为综合时代，百家合流，异说杂糅，性二元论最盛行；东汉至魏晋为净化时代，人智复明，拘说迂论渐以廓清，性三品说渐渐取代了性二元论。
张政烺读过《性命古训辨证》书稿后，赞叹道：“数千年儒学精蕴所在，竟使原委条贯，豁然大白于今日，诚快事哉！”劳干曾说这部著作“对于中国哲学思想史是一部很重要的典籍”。赵纪彬也说此书：“穷究天人之际，通论思想之变，溥薄渊源，精义时出，实有美不胜收之慨。”
傅斯年讨论思想史上的问题，十分重视其“物质的凭借”，认为思想意识皆有物质的条件为依托。从此观点出发解释思想史上的现象，立论坚实，析辨深刻。如论战国诸子并兴的原因，从书写工具进步、政治无主、民族融合、社会组织变化等几方面论述；分析诸子思想，强调地域、时代、职业三个因素，立论平实，言之有据。他研究古代思想史，抓住天命观、人性论两个核心问题，认定春秋战国为天命观的转变时期，将当时的天命观分作五个类型；认定战国为人性论的发端时期，对后代人性论的发展演变缕述析论，其见解甚高远，分析颇透辟，今天看来，他的许多论断仍为不刊之论。
在研究思想史的过程中，傅斯年充分地使用了他一生所极力倡导的治学方法。首先，他尝试使用了“以语言学之立点，解决思想史之问题”的方法，对此前文已有详述。其次，他成功地运用了历史比较的方法，他比较儒、墨两家的思想，指出墨子早年学儒，故其讨论问题的内容范畴、逻辑起点皆与儒同；但其既然背离儒家自立门户，则刻意与儒家唱反调：儒家“持中”，墨家则走向极端。这样理解儒、墨之争极富新意，亦极为深刻。他比较孔、孟、荀三人，认为在人性论上，荀子接近孔子，孟子走向歧途，汉代儒家多为荀子的传人。如今越来越多的学者接受了这种观点。再次，他“用历史的观点”探究“历来之变”，用历史演进的观点考察思想意识变化的轨辙。不管是研究某一个学派，还是研究某一种思想观点，都十分注重考察它们的来龙去脉，或讨论其发展阶段，或考察其演进之迹。他强调从特定的时代研究发展变化的原因，从各种思想相互影响中求变化的动力，所以他对古代思想流派的论断一般比较公允，比较符合历史实际，对各派思想实质的认识也比较深刻。
（三）考论经史古籍
傅斯年注重搜集新材料，也十分注重研究传统的材料即历史典籍。先秦秦汉时期的典籍问题甚多，流传过程中之脱漏讹错、后学改窜且不说，仅是某些书籍的作者、成书年代问题，已足令学者们伤尽脑筋。因为一旦把年代搞错，则研究结果之价值将大打折扣。故先秦秦汉古籍之年代考证，向来为治史者所普遍重视，傅斯年自然不会例外。他在大学里曾专门开设过古籍研究类课程，传世的讲义有《〈诗经〉讲义稿》和《〈史记〉研究》两种。在《历史语言研究所集刊》上也发表过几篇研究古籍的文章，其余学术论著中也时常论及某些古籍的内容、价值、篇式、作者、成书年代等问题。今择其重要者评述如下。
1.尚书
傅斯年认为，《尚书》的各篇不仅时代不同，而且东周时不同地区所流传的《尚书》内容可能也不尽相同，所以流传至今的《尚书》28篇不能当做一个系统来看。他把这28篇分作7类：
（1）周诰类，包括《大诰》、《康诰》、《酒诰》、《梓材》、《召诰》、《洛诰》、《多士》、《无逸》、《君奭》、《多方》、《立政》、《顾命》、《文侯之命》共13篇。其文辞佶屈聱牙，文法语法皆为一贯，是为“一部《尚书》之精华，最为信史材料”。这13篇凡可解释、可句读的文字，皆文辞炳朗，有雍容的态度，有对仗的文辞，有时还有韵，并不使人感到晦涩难解。凡今日不可解、不能句读处，与其归咎于当时文辞拙陋、土话太多，不如说是因为文字经隶篆之变而致误，经多次传写而生讹，或因当初章句家无识而错简。这13篇中除《文侯之命》外，其余12篇都是武王到康王时代写成的(《无逸》有后人润色的痕迹)。《文侯之命》的文体词义皆与其他篇不同，可能是抄录战国时出土的或古代流传下来的彝器铭文而成。这类诰书或由王室、诸侯国册府中保存下来，或铸在青铜器上流传于世，或作为贵族教育的教材而传播。诰书有了这样的“物质凭借”，故得以流传后世。
（2）鲁书类，包括《金縢》、《费誓》两篇。《金縢》当是后人根据前代流传下来的故事及语句拼凑而成。这两篇文辞近于周诰而无深义，价值自然不能与周诰相比。
（3）宋书商书类，包括《盘庚》、《高宗彤日》、《西伯勘黎》、《微子》四篇。前二篇文辞比周诰易解，故成书时间比周诰晚，但又不类春秋的文辞，大概是宋人根据传训写成的典书。后二篇是宋人追忆其先人功业及族属而归入档案的文字。
（4）外国书，包括《吕刑》、《秦誓》两篇。《吕刑》开头有“惟吕命王”四字，周代彝器中有吕王之器数件，则此吕王者即是吕国之君，“命”字可能传写有误，当是吕王的谥号，则此篇乃吕王之诰。文中发号施令者绝无王者气象，俨然一部落族长，可见与成周无关。《秦誓》并非秦穆公崤之战败后自责之诏，古人大概亦不知出自哪位君主之口，而硬加在一位知名的君主头上。不过就文辞而论，此篇乃《尚书》中上乘的作品。
（5）三代誓辞，包括《甘誓》、《汤誓》、《牧誓》三篇。大概到了春秋中叶，禅代、征伐两种政治思想已形成一个系统，这三篇就是凭借这种思想而产生的文章。
（6）《禹贡》、《洪范》两篇。前者以九州观念为纲，后者以五行观念为领，均系后世“托古拓今”之作，大体可断定为东周的东西。九州观念的产生不会晚于西周，但这并不能说《禹贡》是西周的书；有人说《禹贡》中地名有仅见于汉代者，因而疑其成书甚晚。这也讲不通，因为仅见于汉代的地名不一定就是汉代才出现的。说此篇成于战国也无确凿的证据，说它成书于东周是不会有问题的。
（7）虞夏书，包括《尧典》、《皋陶谟》两篇。此二篇陈“禅让”思想，乃战国学者谈论的大问题，故为晚出之书。
傅斯年论述了《尚书》各篇的成书年代、核心思想、史料价值等，应该说他的研究还很不深入，某些具体结论尚待商榷或有明显错误，但从总体上看，他对此书各篇的年代分析大体不错，对其思想价值的认识也每每有精辟独到之处，对我们研究《尚书》、运用其中的史料仍有一定的参考价值。
2.《诗经》
关于《诗经》产生的年代，傅斯年认为雅、颂有不少西周的诗，其中无韵的颂产生得最早，但颂不全是西周的诗，有些产生较晚。大体说“诗三百之时代一部分在西周之下半，一部分在春秋之初期中期。”
关于《诗经》的分类及各类名称的来源，傅斯年作了如下考证：《诗经》原来都是以地域分类的。“风”原非一部类的名称。风起初泛指歌词，诵之则曰讽，风、讽本为一字，并无讽刺之意，到春秋战国时有人把一种含有寓意的诗乃至辞章称作风，于是将讽刺的观念引入以解诗。约到战国末，人们将含有讽刺意义的诗归为一类而命名曰“风”了。“雅”汉儒皆训为正，此乃引申之义，其本意为“夏”，夏即指中国，所谓大雅、小雅，均是以地域将《诗经》分类的。“颂”可训为容，其诗为舞诗。
《诗经》的雅、颂中主要内容有两个，一是颂美文武，二是称道南国。西周历数百年，而诗篇的年代分布为什么这样不均匀？为什么南国的分量那样重？傅斯年认为，西周亡后，王室保存的诗散佚，流传到今天的诗一部分来自鲁，这是颂美文武的诗；另一部分来自南国，也就是称道南国的那些诗。西周之初开辟了成周以南、江汉以北的地区，由王室直接管辖，当时人称此地为南国。分封诸侯之后，由召公管辖的地区叫召南。后来这里的文化逐渐发达，且有地方特色。西周之末，王室所存之诗遭兵燹，南国未经战争，保存下来的较多。鲁乃周文化的东方大本营，南国亡于楚，“周礼尽在鲁矣”，故鲁地保存的诗书最多。到汉初，传诗书的大都是齐鲁之士。
傅斯年认为，大雅、小雅中那些耀武扬威的诗，分别产生于宣王、厉王、夷王时，《毛诗序》之所以把这些诗都加到宣王的头上，是因为太看重诗的流传次序了。其实今日所见诗之次序是绝不可靠的。小雅中一切歌乐、祝福之诗，都被后人看作是刺幽王的诗，也是这个缘故。此外他对大雅的类别，大小雅的同异，雅与风在文体上的差别也作了简要的考证与说明。