复辟途中，把兄弟徐世昌劝袁世凯慎重：“凡事当熟计厉害，万一半途而废将何术以转囿。”袁世凯说：“国中有权力者岂亦反对此举乎 ”徐世昌回答：“段祺瑞从公最久，已首先反对，他可弗论。”原来，掌握军权的陆军总长段祺瑞也反对复辟帝制。内史监阮忠枢曾拉拢段祺瑞共同拥戴劝进，遭到段祺瑞厉声斥责。袁世凯亲自出面做的段祺瑞的工作。段祺瑞说帝制已经被人民抛弃了，复辟帝制不得人心，而他当年领头逼清王朝退位，现在怎么能拥戴复辟呢？袁世凯只问段祺瑞个人的真实心意。段祺瑞说跟随袁世凯二十多年了，不忍心看老领导成为千古罪人，请袁世凯取消复辟。袁世凯很不高兴，像对待冯国璋一样欺骗段祺瑞说没有复辟之意，还解除了段祺瑞的陆军总长职务。此后，眼看袁世凯复辟在即，段祺瑞两次求见，袁世凯均称病不见。称帝后 ，袁世凯封爵超过百人，却没有段祺瑞，不知是不愿强人所难还是对他耿耿于怀。副总统黎元洪明确反对帝制，张勋、唐继尧、陆荣廷也没有明确表示拥护袁世凯称帝，而是模糊地赞同由参政会讨论。而汤化龙、张謇等立宪派则离开北京，消极合作。袁世凯对这些情况都掉以轻心，只是在军事上做了若干部署。比如将段芝贵调任奉天将军，控制东北；由王占元署理湖北将军，调任参谋次长陈宧为四川将军，带兵入川，监视两湖和西南地区。
护国战争爆发后，云南独立的消息出乎袁世凯的意料，但他还是自信能够控制局势。除了给蔡锷、唐继尧等人夺职定罪外，袁世凯使了一招很传统的“釜底抽薪”术，任命滇军师长张子贞、刘祖武代理云南将军、巡按使，要求他俩押解蔡、唐到京治罪。他心想，即使张刘二人抵挡住了官位的诱惑，也能引起护国军内讧。不想，张、刘借机通电全国，揭露这是袁世凯一贯使用的“欲饴以利”的手段，表示“出万死不顾一生之计，兴斯义举”。袁世凯出师不利，更不利的是日本公开大力资助反袁势力。日本贷款给岑春煊一百万元，使两广地区迅速宣告独立；又资助中华革命军在上海和山东起义反袁；并派驻上海武官青木中将以及在越南的日本商人协助梁启超潜入广西转赴云南参加护国运动。33随着南方独立省份越来越多，袁世凯感到恐惧，开始认真筹措镇压。
客观地说，护国战争的声势很大，但实力非常有限。作为护国军主力的滇军讨伐部队也就几千人，战场仅仅局限在四川和湖南的南部。然而结果是，袁世凯不但没能镇压住这次小范围的叛乱，反而被护国军推翻了，原因在于他已经指挥不动北洋军了。
袁世凯先是让段祺瑞挂帅征讨护国军，段祺瑞接口“宿疾未愈”拒绝任职。暗地里，段祺瑞还和蔡锷互通消息，蔡锷潜出京城前就找段祺瑞商量过。段祺瑞在北洋系统内可不是普通的将领，而是能够影响其他将领的关键人物。段祺瑞“对于统兵将帅，威信犹存”，袁世凯派往前线的曹锟、张敬尧等人都暗中听从段祺瑞的意见，按兵不动。比如张敬尧表面上接受“洪宪皇帝”的封爵，私底下却以战备为名驻兵泸州拒绝出战。指挥不动段祺瑞了，袁世凯就希望驻扎在南京的冯国璋能够进京，主持镇压护国运动。受过袁世凯一次骗的冯国璋在长江下游招兵买马，俨然有割据之心，害怕被调虎离山，拒绝进京。3月，冯国璋还联合江西将军李纯、山东将军靳云鹏、浙江将军朱瑞和长江巡阅使张勋给袁世凯发去了“取消帝制，义安人心”的密电。这五个人都是北洋系统内的地方实力派，都是袁世凯一手提拔的。他们的联手逼宫，宛如当年袁世凯对隆裕太后的逼宫，对袁世凯的打击远比护国军要大。
当四川和湖南独立的消息传到北京，袁世凯彻底失去了抵抗的决心。因为这两个省的将军都是袁世凯擢升的心腹、寄予厚望的亲信。四川将军陈宧出京前，跪倒在袁世凯脚下，感激涕零地表示支持复辟之心矢志不渝。湖南将军汤芗铭曾上表劝进，发誓“芗铭所部，为王前驱”，还公开率下属官员和“国民代表”，北面长跪，高呼：“拥戴袁世凯为中华帝国皇帝！”现在连他们都宣布独立、电催袁世凯退位了，袁世凯心里怎么能承受得了。
于是，袁世凯烧毁了收到的所有拥戴书和劝进表，被迫同意取消帝制。
袁世凯先把“退位”的消息告诉了徐世昌、段祺瑞、黎元洪三人，还邀请他们来中南海商议细节。散会后，取消帝制的电稿已经拟好，准备向全国拍发了，袁世凯突然下令收回电稿。徐世昌、段祺瑞闻言，担心袁世凯反悔，连忙返回中南海询问袁世凯为什么收回电文。袁世凯无可奈何，只好说：“我要改动里头几个字。”随后，取消帝制的通电由徐世昌副署，向全国发布。这天是3月22日，距离洪宪开国只有81天。通电留了一个小尾巴，就是袁世凯退位后还要做他的终身大总统，并且要求南北和谈，南方各省取消独立。结果，护国运动并没有因为一纸通电而结束，反袁势力也反感袁世凯贪恋权位的做法，一致要求袁世凯彻底引退。其中段祺瑞借口恢复责任内阁，要求袁世凯向他交权。袁世凯走投无路，被恐惧感团团包裹。
二
1916年6月6日，袁世凯在众叛亲离中死去，时年57岁。
袁世凯小的时候，叔叔曾问他有什么理想——就像所有长辈会问晚辈的那样。小袁世凯思考后很认真地回答：“愿流芳百世，毋遗臭万年。”临终时，袁世凯记起了儿时的志向，眼看自己必将遗臭万年，对围绕床前的家人坦承：“此是余自己不好，不能咎人。”
袁世凯的具体死因是什么？袁世凯身材臃肿肥大，153厘米的身高，体重竟然达83公斤，腰围超过3尺，“俯不能视双足”。他妻妾众多，时有纵欲，从光绪中期就患上了糖尿病、高血压、前列腺肥大。为袁世凯临终出诊的德国医生巴勒弟，记录袁世凯死前症状：“病人恶心、呕吐和腹泻，口中有氨味，齿龈也常发炎，口腔粘膜已经溃烂出血，且无法制止。患者嗜睡、抽搐、昏迷。腹胀痛、浮肿、不能平卧等，面部呈灰黄色。”可以说，一系列慢性病加上强烈的精神刺激，要了袁世凯的命。
袁世凯在1913年4月6日屏绝行人、大张旗鼓地从铁狮子胡同迁入中南海，此后忙于中央集权和筹划称帝，又害怕刺客暗杀，几乎没有走出过中南海新华门。袁世凯女儿袁静雪感叹：“我父亲是活着进的新华门，直到死后才被抬着出了这个门。”抬出中南海后，袁世凯的墓地成了大问题。首要选择是入葬项城的祖坟。但是袁世凯兄长袁世敦主持家政，恪守封建伦理，因为袁世凯生母刘氏的入葬风波已经和袁世凯断绝往来了。加上袁世凯是庶出幼子，袁世敦不同意袁世凯入葬祖坟。复辟前后，袁世凯的弟弟和妹妹都发表声明，和袁世凯断绝关系，不接受洪宪帝国的封赏，也不对复辟负任何责任。复辟让袁世凯臭名远扬，千夫所指，老家的族人对他避犹不及，哪里还会迎接袁世凯尸骨回乡安葬？最后，袁世凯被安葬在离洹上村袁宅约二里地的太平庄。“文革”期间，袁世凯的墓被挖，尸骨遭扬弃。如今安阳博物馆保存有袁世凯部分遗骨。
6月6日，冯国璋在第一时间于南京看到了国务院发来的“袁大总统薨逝”的急电。他捏着电报，放声大哭：“大总统这么一个英明人物，想不到会落到现在这样的结果！”作为一步一步艰难往上爬的汉族庶族地主子弟，袁世凯在近代变革浪潮中，饱经历练。“在几十年政治实用主义和权力追逐的过程中，袁世凯最初的本意，一定是要建立一个强大的、中央集权的东方民族国家，以便能够与西方抗衡。只不过，他所有的努力，最后皆被个人称帝的贪欲所烧焚，落得身败名裂的下场。”（梅毅著：《革命与宿命》）他为什么会产生这么大的错误判断呢？秘书顾维钧认为：“袁世凯是军人出身，曾任驻朝鲜总理交涉通商事务衙门和顾问，但完全属于旧派。和顽固的保守派相比，他似乎相当维新，甚至有些自由主义的思想，但对事物的看法则是旧派人物那一套。他以创新军和首任直隶总督而闻名。他是个实干家，卓越的行政官吏、领袖人物。但不知为何他却不喜欢旅行，从未到过长江以南，他长于应付各种人物，但是从未想把才能应用在治理国家，使之走上民主化道路这一方面。”顾维钧把袁世凯的失败归咎于对西方共和民主制度的无知：“袁世凯不懂得共和国是个什么样子，也不知道共和国为什么一定比其他形式的政体优越。他的统治越来越趋向帝制，保持旧的制度，使自己高高在上。他不只是不了解共和国需要什么或民主如何起作用，看来他根本没有实现共和或民主的愿望。”
唐德刚在《袁氏当国》中评价袁世凯是近代大变革时代的“边缘政客”：“袁世凯在近代中国历史转型期中，也算一个悲剧人物。两千年帝王专制的政治传统，绝然不能转变于旦夕之间。因此他纵想做个真正的民主大总统，不但他本人无此智能条件，他所处的时代也没有实行民治的社会基础。他如要回头搞帝王专制，甚或搞君主立宪，这些形式在当时的中国也已失去了生存的土壤。客观历史早已注定他这个边缘政客（marginal politician）不论前进或后退，都必然是个失败的悲剧人物。”
三
话说段祺瑞、冯国璋等人反对袁世凯的帝制，并非出于维护民主共和的考虑或者针对袁世凯个人，而主要是觊觎袁世凯的权势。他们都想取而代之。
袁世凯带着段祺瑞、冯国璋等一班小伙子打江山，好比是创业办公司。现在公司上市了，事业发达了，袁世凯成了董事长，小伙子们都成了董事小股东了。突然，董事长自己当皇帝了，要把公司交到子孙手里代代相传，那些等着袁世凯百年以后竞争董事长宝座的小股东们当然就不干了。冯国璋的心理就是这样，段祺瑞最后更是直接要求袁世凯交权。张勋、曹锟、张敬尧等人实力稍逊，却也有着割据一方当地头蛇的美梦。袁世凯称帝之所以引起北洋系统内部的反对，很大原因在于“家天下”的做法堵塞了部属们的权力之路。
袁世凯面临的问题是中国开国史上的老问题：开国君主如何处理打江山的部将们？朱元璋的做法是大开杀戒，刘秀和赵匡胤的做法是用金银珠宝和虚官高位养着，杯酒释兵权。这两种做法对袁世凯都不适用。因为他的创业只成功了一半，还要依靠段祺瑞、冯国璋、张勋等人去镇压反袁势力，用武力推行强权统治。如何既让日渐壮大的部将为己所用，又限制他们一味膨胀，是袁世凯面临的难题。
民国建立后，袁世凯继续用宗法关系加强对军队的控制。一份由总统府军事参议处散发给北洋军官的传单，不厌其烦地说道：“北方各军官源于小站，故袁总统为北军之父母，今我北方军订互约三事，从者签名，不从者用武力对付：（一）袁总统为北方各军之父母，无论何人，有与袁总统反对者必出死力与之抵抗。（二）大总统有统辖海陆军全权，凡我军人，只知有总统，不知有其他。（三）凡我军人当绝对的服从总统命令。”当时的北洋军处于空前大发展时期，这份传单从反面证明了膨胀的北洋军并不像在小站时那样听从袁世凯的指挥了。镇压二次革命后，北洋军占据了大半个中国，各个将军盘踞一方，露出了骄兵悍将尾大不掉的征兆。比如北洋第六师师长李纯镇压了李烈钧在江西的独立，出任江西都督，居功自傲，拥兵自重。第二师师长王占元进据了湖北，要挟中央，抵制袁世凯任命的湖北都督段芝贵。而段祺瑞担任陆军总长多年，结党营私，势力迅速膨胀，逐渐形成了皖系的雏形。段祺瑞“侯袁氏任满而自代”，自信满满。而江苏都督冯国璋控制东南膏腴之地，李纯、王占元等以他为首，在长江流域拥有重兵，发展为后来的直系。袁世凯对这些人鞭长莫及，只能迁就。只是因为威望犹存，所以散布各地的部队还勉强听从袁世凯的指挥。
袁世凯自然看到了北洋军分裂的征兆，也下了一番工夫进行整顿。他强权统治的重要内容之一就是强化对北洋军的控制。1914年6月8日，袁世凯成立了陆海军大元帅统率办事处，作为最高军事指挥机关。办事处以荫昌、王士珍、段祺瑞等人为办事员，各人轮流值日，由半隐退的王士珍实际主持事务。这就抽空了参谋总长和陆军总长等人的权力，极大制约了段祺瑞势力的膨胀。同时，袁世凯认为北洋军暮气已重，决定由统率办事处编练新军，取名模范团。组建模范团有两大目的，第一是轮训北洋各部军官，抽调各师下级军官为模范团士兵，中高级军官为下级军官；第二是计划将模范团逐步扩大，直至最后改组乃至吞并旧的北洋各部。为此，袁世凯亲任第一期模范团团长，任命长子袁克定为第二期团长，分别以袁克定的亲信陈光远、陆锦为副团长。如此人事安排，很有让模范团成为袁家军的意思。第一期模范团毕业后扩编为第十一师和第十二师，第二期毕业后编成第九师。段祺瑞眼看着袁世凯巩固兵权，喜新厌旧，干脆请假疗养，激化与袁世凯的矛盾。袁世凯就势以王士珍取代段祺瑞担任陆军总长。这是1915年初夏的事情。半年后，护国战争就爆发了。袁世凯整顿北洋军的计划没完成，加上复辟激起内外反对，最终没能指挥北洋大军保住洪宪王朝。
袁世凯一死，北洋系统原先被遮掩着的内部矛盾决堤而出，再也没有强权人物能够维持北洋系统的表面团结了。事实上，袁世凯还没咽气，冯国璋就在南京召集没有宣布独立的各省将军开会讨论袁世凯的去留问题了。会上，有人要求抛弃袁世凯，有人激烈反对，大家连续争吵了五天，不欢而散。之后，北洋系内讧频发，直皖混战、直奉战争，打得不亦乐乎。
1916年6月后，直到1928年，民国成了军阀混战的大战场。