南宋以后至明代中叶，道教在封建统治者的支持下继续发展。南宋道教以符箓派为主。在诸符箓道派中，仍以传统的龙虎天师(正一)、茅山上清、阁皂灵宝等“三山符箓”为主，尤以龙虎天师的影响最大。除这些符箓道派外，南北分裂对峙局面下，北方金人统治区相继出现了太一道、真大道、全真道三个新道派。全真道在北方崛起以后，道教内丹道便出现了“北宗”与“南宗”的分立。宗奉张伯端内丹学的一派称为“南宗”，主张性命双修，先命后性，并把理学的正心诚意和佛教禅宗的明心见性说引入道教的修炼方法之中，还把神霄雷法与内丹理论结合起来，形成了一种独特的内丹理论，而且金丹南宗不提倡出家。而宗奉王重阳所传内丹学的一派称“北宗”，全真道以修性为首，不尚符箓，也反对黄白之术。在长生成仙问题上，提出“了达性命”的主张，以“全精、全气、全神”为成仙证真的最高境界，反对追求肉体不灭和“轻举飞升”，强调道士必须出家住庵，不准有妻室，倡导儒、释、道三教合一，从而形成了与过去那些主张符箓、烧炼、斋醮和“轻举飞升”等旧道派不尽相同的特色，这是道教在教理、教义和修炼方术等各个方面的一次重大改革。元代，道教融合形成为正一道与全真道两大派别。
这一时期，道教的教理、教义在道教内部各派互相融合以及道教与儒、释互相融合的基础上，以内丹学说为主流，呈现出蓬勃发展的态势。这一时期，道教生态思想主要反映在王重阳《重阳教化集》、谭处端《云水集》、丘处机《磻溪集》、黄元吉《净明忠孝全书》、陈致虚《上阳子金丹大要》以及王处一《西岳华山志》、张天雨《茅山志》、刘道明《武当福地总真集》等宫观山志中，呈现出不同于前代的一些特点。
首先，随着道教修道理论从追求肉体成仙到追求精神生命超越的变化，以及在修炼方法上随着外丹黄白术的衰落，晚唐以后内丹学逐渐发展兴盛，主张性命双修，并把理学的正心诚意和佛教禅宗的明心见性说纳入道教的修炼方法之中，于是“修道”成了“修心”。在这样一个主张“三教合一”的时代，道教的成仙说更加伦理化，并向道德决定论发展。人道不仅仅是修仙道的阶梯，特别是在净明道那里，对儒家伦理纲常的践履甚至成了得道成仙的唯一途径。
其次，内丹修炼强调人与自然环境的关联和协调，渗透了“道法自然”的思想。
第三，道教以劝善书、功过格的形式，把人与自然的关系伦理化是宋以后的一大特点，如《太上感应篇》劝诫人们不要“射飞”、“逐走”、“发蛰”、“惊栖”、“填穴”、“覆巢”、“伤胎”、“破卵”《太上感应篇》，《道藏》第27册，第59-63页。《文昌帝君阴骘文》告诫人们：“举步常看虫蚁”，“勿登山而网禽鸟，勿临水而毒鱼虾，勿宰耕牛”，“禁火莫烧山林”袁啸波编《民间劝善书》，上海古籍出版社1995年版，第7页。把保护动植物、维持生态环境平衡作为劝善的重要内容。
(四)明后期至清代和民国时期的道教生态思想
明中叶以后，随着中国资本主义因素的萌芽，封建社会进入了它的衰落时期，道教失去了封建统治者的有力支持，加上道教内部没能适应时代发展而自我革新，逐渐走向衰落，直到中华人民共和国成立之前。这一时期，无论是正一道，还是全真道，其内部均在不断分化，并衍生出许多小的支派。宋元时盛行的诸多新符箓派，在明中叶以后也都走向了衰落。明清之际，全真道在经过长期沉寂之后，一度出现了以龙门派为主体的复苏之势。这一时期，道教理论、教义尽管没有多少创新，但道教生态思想伦理化的色彩却有所加强，劝善书、功过格的流行即是例证。
二、历史时期基督教的生态思想
基督教的生态思想以基督教神学为基础，主要体现在《圣经》、历代基督教信条及神学家的著作中。
(一)早期基督教的生态思想
基督教源于犹太教，基督教《圣经》中的《旧约》是犹太教的经典。基督教产生后，继承了这份遗产，也将它奉为经典。戈特弗里德在其《经济、生态及西方信仰之根》一书中列举了许多犹太－基督教善待自然的传统。认为古代犹太人并没有把人与自然分离。据他研究，希伯来文的“自然”(beriah)一词是“创造”之意，人与万物都属上帝创造之物。古代犹太人相信，上帝要求人必须对其他造物负责。他们也相信，整个大地都是好的，他们的安息日和圣年都是提醒人们，土地有它自己的权利，是上帝的恩赐RobertGottfried，Economics，EcologyandtheRootsofWesternFaith，Rowan＆LittlefieldPub1995，转引自徐嵩龄主编《环境伦理学进展：评论与阐释》。
《圣经》认为宇宙万物和人类是上帝创造的，上帝创造的世界是美丽、有序、和谐的；人是自然界的一部分，自然界是人类赖以生存的基础；世界万物都有其存在的价值，人负有管理万物的责任；人与自然关系的不和谐是人类犯罪的后果。正是由于人的“原罪”破坏了人与上帝、人与人、人与自然原初的和谐，引发了最早的生态危机；耶稣基督救赎的范围包括自然界。《圣经》以恢复神人关系为中心，人与自然的和谐以此为基础。
基督教从犹太教分离出来后，早期的信徒相信世界末日很快来临，把重点放在阐述基督复活，因此对人与自然的关系并没有新的阐述。他们对待自然的态度一方面十分强调人与上帝的关系，这在《新约》有关章节中很明显；另一方面继承了希腊的二元论思想，强调精神高于物质，灵魂高于肉体，早期的诺斯替派是这种思想的典型代表。尽管如此，我们也不难看到，基督教实际上继承了犹太教关心自然的传统，如在古罗马时代，基督徒反对野蛮的斗牛活动，不管他们是根据《圣经》中反对残酷对待动物的规定，还是出于关心人的目的，其结果是保护了动物。有些古代教父，如伊利纳乌认为人虽然有罪，但受造物仍然是好的。因为上帝的创造并非仅造人，上帝也创造了世界万物。由此他反对诺斯替派对物质世界的否定。基督教著名神学家奥古斯丁（AAugustinus，354-430）对待自然也有两面性：一方面坚信灵魂高于肉体；但另一方面承认，上帝的造物是美好的。
奥古斯丁对天主创造的自然怀有深不可测的敬畏心情。他从自然世界中发现了许多有关圣三一的奥秘之记号，大地充满了它的创造主——独一圣三的天主的痕迹。他本人对自然的关注在很大程度上出自两个目的，一是为了解释《创世记》；二是为了证明道德秩序与自然秩序的一致性。奥古斯丁主张上帝从无中创造了世界。他把柏拉图主义关于“逻各斯”的哲学概念与《创世记》结合起来，建立了他的神创论。《圣经》中关于创世过程有两种不同的说法：一是《创世记》中上帝在六天之内创造世界；二是《德训篇》中天主在瞬间创造万物，“永生的天主，一举而创造了万物”《圣经·德训篇》18：1。奥古斯丁采用了“瞬间”说，认为天主创世是在“瞬间”进行的。天主创世也不用任何工具。奥古斯丁认为，天主创世是通过“道”，即言语。道不在时间中，故天主也不在时间中创世。作为天主的言语的“道”是与天主同在的，是永恒的。天主在瞬间创造的是世上一切事物的“种质”，让他们以后在时间中复制、展开，展现为各种有形物。这是一个由潜在到现实的发展过程，始终受着世代交替的种质的控制。在此意义上，天主通过种质控制了自然的进程。万物是从“虚无”中创造出来的。奥古斯丁认为天主是永恒的、至善的。天主“至高、至美、至能，无所不能，至仁、至义、至隐，无往而不在，至美、至坚、至定，但又无从执著，不变而变化一切，无新无故而更新万物；……负荷一切，充裕一切，维持一切，创造一切，孕育一切，改进一切”［古罗马］奥古斯丁：《忏悔录》，向云常译，华文出版社2003年版，第3-4页。既然天主是至善的，那么，按照它的意志创造出来的万事万物也必定为善，否则就体现不出天主的善性了。奥古斯丁不反对为了实用的目的研究自然，但并不因此把自然看作满足人类需要的工具。
(二)中世纪基督教的生态思想
整个中世纪，基督教对自然的看法呈现出多样性。一方面，13世纪著名天主教神学家、中世纪经院哲学的集大成者托马斯·阿奎那（TAquinas，1225-1274）在其最具代表性的巨著《神学大全》中，对天主与人、自然的关系进行了深入论证。他认为三位一体的天主是客观存在的。天主创造世界和人，并主宰世界。天主是至善至美的，是宇宙万物的归宿。他从事物的运动变化、原因与结果的关系、可能与必然性的关系、事物现实的等级、世界的秩序和目的五个方面论证天主的存在。