在抗议封禁《民报》的斗争中，章太炎态度鲜明，立场坚定，斗争有力。他成了日本政府封禁《民报》的主要障碍。日本政府于是便想方设法试图将章太炎逼走。11月13日，“有人对《民报》社放火”。11月14日，牛警察署派人来黄兴住处探询，章太炎是否愿意由日本外务省支助一笔旅费渡航印度。为此，章太炎专函小村寿太郎，严词拒绝。函中写道：“今日警视厅吏员来敝国人黄兴之住宅称：‘日本人平山周与中国人某来外务省，谓章炳麟将赴印度，要求外务省支付其旅费一千元。不知此是否真为章氏之意？’今黄兴来查问此事，闻之极为惊愕。目下此等欺诈之事甚多。按平山周者，原曾相识，不料彼竟利用此种关系，作此诬罔之言。此后如再有来贵省作如斯举动之人，务请断然拒绝。特此奉告。”日本方面本想利用章太炎赴印计划，出一笔钱，将他送出境去，结果碰了一鼻子灰。他们承认：章太炎“对此非但不予理睬，且意志坚决，认为此际根本不屑收受日本政府支付之费用。……章之真意，乃想前往美国，在该地鼓吹抵制日货，打击日本政府。”在这一招失败后，日本当局与玄洋社、黑龙会成员又从多方对黄兴、宋教仁施加压力，让他们相信，章太炎所采取的行动已经“失去日本朝野之同情”，还是“以劝章离开日本为得策”。事实上，他们所谓“朝野”，只不过是日本政府与在野党首领以及玄洋社、黑龙会的头目，绝不包括广大人民。章太炎抨击的是日本政府和日本的对外侵略政策，并没有与普通的日本人民为敌。桂太郎内阁上台后，对日本的社会主义运动、工人运动都加紧进行镇压，幸德秋水一派所办的报刊也都纷纷被查禁。日本进步人士，特别是幸德秋水等人，对章太炎和《民报》进行的斗争非常同情并给以热烈支持。章太炎所鞭挞的正是那些敌视中国革命、中国人民的日本****者，理所当然地不会因为失去他们的“同情”便离日他往去当一名逃兵。日本当局这一招又遭失败，清廷驻日使馆于是亲自出阵，指使汪云于11月26日和30日两次潜入《民报》社在饮食中下毒，“社员汤增璧饮茗，几死”，章太炎提高了警惕，这一阴谋也没有能够得逞。
在这些伎俩统统失败后，日本当局只好自己撕破保障新闻与言论自由的“文明”假面具，在东京地方裁判所对章太炎开庭审讯。
审讯在11月26日进行。上午10时40分开庭，至午后1时休庭；午后2时30分继续开庭，至4时10分闭庭。聚集旁听的留日华人有三百多人，上午获准入庭者仅六十人，午后则完全禁止旁听。在法庭上，章太炎同日本当局进行了面对面的唇枪舌剑。
日本检事在叙述起诉理由时说：“《民报》主张颠覆清朝，日本秩序并未受到什么扰害。然而清国作为日本邻邦，该国革命便与日本有重大关系。清国革命一旦爆发，日本人起而仿效，那就必导致严重后果。故此，必须判处《民报》为犯罪。”对此，章太炎反驳说：“日本国的新闻条例，原禁止人家扰害日本的秩序，并不禁人家扰害别国的秩序。我这个《民报》一向说的颠覆清国政府，并没有涉及日本，清国政府或者可以说我们扰害秩序，日本政府决不能说我们扰害秩序的。……日本国家对着日本的人民，是认革命为扰害秩序的；若在我们的中国，却不认革命为扰害秩序。因为中国的历史，全是革命的历史。……只能说谋反有罪，不能说革命有罪；谋反与革命，原是两样的观念。所以非但日本不能说我们扰害秩序，就是清国政府，若严密的照法律讲起来，也不能说我们扰害秩序。”章太炎的辩护律师后藤德太郎则指出：“检事谓清国革命将于日本有害，此乃系外交、政治上的问题，而法庭所论及的只应是法律问题，因此，检事的指控不能成立。”章太炎的其他几位辩护律师也分别从不同的方面驳斥了日本当局所提出的指控。
然而，封禁《民报》已是日本当局既定决策，尽管章太炎据理慷慨陈词，并有阵容很强的律师队伍，其实审讯结论早已预先确定了。12月12日上午9时，东京地方裁判所继续开庭，裁判长不容分辩地宣布了判决结果。根据判决，《民报》被禁止发行，而章太炎本人，作为《民报》编辑被判处罚金五十日元，作为《民报》发行人另被判处罚金五十日元，由于《民报》发行所地址变动未及时申报等，章太炎又被加处罚金十五日元。后来，由于章太炎拒交罚金，东京小石川警察署1909年3月3日下令将章太炎拘留，并宣布，将章太炎押往劳役场服役，以每做一天苦工抵一元罚金。章太炎的几个学生闻讯，十分着急，“龚未生(宝铨)来找鲁迅商量，结果转请许寿裳挪用了《支那经济全书》译本的印费的一部分，这才解了这场危难”。
《民报》经历了一次又一次磨难，终于在日本政府与清朝政府肮脏的政治交易中被无情地扼杀了。宣判的第二天，章太炎、黄兴、宋教仁、何天炯、吕复等人在黄兴住所举行了三个小时的会议，专门讨论了是否提出上诉和是否通过妥协退让谋求《民报》获准复刊的问题。是时，美、日《罗脱—高平协定》已经公布，双方保证“力求维持”太平洋地区的“现状”，这就为日本政府集中全力紧紧拉住清朝政府提供了更为有利的国际环境。章太炎、黄兴、宋教仁等从这里清楚地看到，封禁《民报》完全不是一件孤立的事件，“既然日美协约已经成立，日本政府对革命党之政策已经确定，纵使对现今判决表示不服并提出上诉，亦将无胜诉之希望”。他们还清楚地意识到：“即使《民报》获准复刊，只要刊载的内容受到限制，便不可能公开宣传其主义与方针。”因此，他们决定放弃上诉，抛开日本政府的干预，自行筹划《民报》移往别国复刊的工作。
《民报》被封禁了。对于同盟会和章太炎本人说来，这无疑是沉重的一击。然而，《民报》的历史功绩却已不可磨灭地留在辛亥革命的史册中。孙中山说：“同盟会成立未久，发刊《民报》，鼓吹三民主义，遂使革命思潮弥漫全国，自有杂志以来，可谓成功最著者。”冯自由称赞这一刊物“于宣导海内外革命思潮，排斥保皇君宪邪说，厥功最钜”。这是符合历史实际的。《民报》以它自身的文字、内容和它的战斗历程树起的历史丰碑，毫无疑问，也包含着章太炎的一份汗水与心血。
《民报》复刊和内部纷争
《民报》被日本当局封禁后，正如章太炎和黄兴等人所预料到的那样，“今者日本政府之政策已经确定，对革命党之一举一动，必将详为监视。在此情况下，革命党以后之活动会极其困难。”在严峻的环境中，章太炎为使《民报》复刊，与黄兴、 宋教仁等一道，多方面做了努力。然而，由于经济上的穷困，加上孙中山、黄兴和章太炎等人对《民报》复刊一事意见不一，复刊迟迟未能实现。为此，章太炎与孙中山之间已经和缓并趋于平息的冲突，这时又一下子激化起来。这一纠纷与其他一些纠葛夹杂在一起，愈演愈烈，终于使得内部纷争又一次白热化，导致同盟会的分裂和光复会的重建。
先是1908年秋，正值《民报》经济奇窘之时，“有黎姓者自新加坡来，云《民报》可在南洋筹款”，章太炎与《民报》社同人“即印刷股票数百份，属友人陶焕卿即陶成章带致孙（中山）处”。孙中山考虑到筹款困难，将这些股票压了下来，未发出去。原先就对孙中山抱有不少成见的章太炎、陶成章，对于孙中山为什么这样做未深入了解，便断定孙中山是在故意压制《民报》。事实上，孙中山这时对《民报》确实不满，特别是对上面刊登许多谈论佛学、哲理的文章不满，在孙中山的支持下，1907年8月在新加坡创办了一份《中兴日报》。孙对这份报纸深切关注，一再出面为它筹资增股，“《中兴报》之股，集股至于再而至于三，极言本报大有关系，我同志不可不出力协助维持”，确实是想以《中兴日报》取《民报》地位而代之。章太炎等人看到这一情况，当然就格外愤愤不平。
《民报》被封禁时，章太炎力主迁往美国或其他地方继续出版，而这样做，则必须筹集相当一笔经费。他急函孙中山，要求资助。而孙中山这时正为安置云南河口之役退入越南并被辗转遣送到新加坡的数百名革命军将士忙得焦头烂额，无暇顾及《民报》复刊之事。章太炎以为孙中山是故意置之不理。他气愤地责备孙中山说：“《民报》被封，猝谋迁徙，移书告急，一切置若罔闻。”想到自己的遭际，“羁旅异邦，绝无生产，限期既满，将以役作抵罚金，身至警署，坐待累绁，犹恃一二知友，出资相待，得以济事”，再看到孙中山“忝为盟长，未有半铢之助”，他不禁大动肝火。以至当《民报》社同人一次集议《民报》续刊方法时，他竟负气地“当众辞职，并谓此后不再与闻《民报》之事”。
但是，章太炎并没有真的就此对《民报》复刊一事不闻不问。他寄希望于陶成章，盼望陶成章直接从南洋筹款成功，给他以支持。是时，陶成章正以“江、浙、皖、赣、闽五省革命军决行团”的名义在南洋募捐，他的主要目标，是为在浙江等地发动武装起义筹措军饷。在恢复《民报》问题上，他也很积极。在他策动下由李燮和执笔撰写的《川、广、湘、鄂、江、浙、闽七省同志致同盟总会书》，便强调“《民报》名誉，为南洋各埠所顶礼”，明确要求“再开《民报》机关，通信各埠，以系海外之望”。
然而，陶成章这次筹款，同样很不顺利。1909年5月9日，他致函李燮和，抱怨说：“弟自去岁南来，迄今已历九月，所希望之目的，全然未达。”九个月间，费了无数唇舌，“所筹者不足三千元，且多未寄出。暗杀、暴动，两无可办”。他将这一状况归罪于孙中山没有给予积极支持，反而“暗中设法播弄”，以至坏事。他诉说筹饷不成，“内地同志，均坐而待毙，牵连者竟及八府之多”，因而“苦恼万分”，并感叹：“肝脑涂地，徒死无益，曷胜痛哉！”不久，他又听到一种谣传，说孙中山曾指称他“为保皇党及侦探”，于是他勃然大怒，对孙中山郁积已久的不满便一下子爆发出来。他联络李燮和等人，立即发动了一场以“开除孙文”为中心目标的攻势。章太炎很快也给卷了进去，并公开站在陶成章一边。
这一次冲突的爆发，比之1907年要猛烈得多。可以说，这是同盟会成立以来此起彼伏的诸种矛盾一次总爆发。
同盟会是中国资产阶级第一个全国性的革命政党。既是第一个，又深深打着中国资产阶级的烙印，当然，它就会有许多不健全的地方。从同盟会的构成来说，它是由地域性很强的兴中会、华兴会、光复会等革命小团体联合而成，会章还规定“凡国人所立各会党，其宗旨与本会相同，愿联为一体者，概认为同盟会会员”，在这种情况下，究竟怎样才能真正有效地帮助全体会员从原先狭隘的地域观念和小团体观念中摆脱出来，达到思想上、政治上、组织上的一致，便不能不成为革命党一个异常艰巨的任务。事实上，在同盟会成立后，像光复会等一些革命团体，尽管许多领导人和成员陆续加入了同盟会，原先的组织大多仍旧继续活动，并保持着一定的独立性，这就使得这一艰巨任务的完成变得格外困难。再从同盟会总部的组成来说，它一面按照资产阶级三权分立的原则，设立了执行、评议、司法三部；另一面又在三部之上设置了一个职权很大的总理，规定总理“对于会外，有代表本会之权；对于会内，有执行事务之权，节制执行部各员，得提议于议会，并批驳议案”，还规定“各支部皆设部长一人，由总理指任”，这就使得总理一职在同盟会中常常居于决定性地位，同时，也成为各种矛盾和纠纷的交会点。
同盟会成员之间，在许多政治、思想问题上，意见并不一致。而其中引起最大冲突的，则是武装起义的策略问题和小组织问题。