说到建都南方，便于监督袁世凯，章太炎则以为：“若以彼有帝王万世之心，此则民党相监，自有余裕。”他还认为，既然利用袁世凯之手迫令清朝退位，而又企图用建都南京的办法来挟制袁世凯，实属“急于一身权位之情，而缓于全国安宁之计；周于南北猜疑之算，而疏于藩部控制之谋”，在制袁上难收实效，在徒增猜忌隔阂和损害全国安宁方面，倒立即会引起严重后果。参见章太炎：《敬告对待间谍者》，见《太炎最近文录》，26~27页。他断言：“夫假人威力以翦建夷，名实归之，而又欲以小慧牵制，所谓既不能令又不受命者矣。”《太炎先生自定年谱》，民国元年。他认定这样无论在政治上还是在道义上都不可取，所以，他不同意孙中山坚持建都南京的主张。
章太炎的分析，显然并非无稽之谈，因此，它就不能不具有相当的说服力。2月14日，南京参议院就国都问题进行投票，主张北京者二十票，主张南京者五票，主张武昌者二票，主张天津者一票，便是明证。同盟会领导人中，宋教仁等也与章太炎持同样立场。
2月15日，由于孙中山坚持，黄兴又以派兵作威胁，南京参议院就国都问题复议，结果，主南京者改为十九票，主北京者六票。
就建都而发生的这场争论，使章太炎在一部分同盟会会员中更成了大逆不道的异端或叛逆者。而章太炎本人，则对南京临时政府更增添了幻灭之感。2月22日，在南京的川籍革命党人“以民国新成，大功厎定，乃为其乡先烈开追悼大会于新京，以慰忠魂”《大总统祭蜀中死义诸烈士文》，载《临时政府公报》，第22号。，章太炎送去一副挽联，写道：“群盗鼠窃狗偷，死者不瞑目。此地龙蟠虎踞，古人之虚言。”吴玉章：《武昌起义前后到二次革命》，见《辛亥革命回忆录》(一)，121页。他这里所说的“鼠窃狗偷”，指的不仅是一些热衷于追逐政治权位、生活上腐化的原革命党人，而且是一大批趋炎附势、蜂拥而来的投机者。他还特别提醒人们要注意防备那些紧紧跟在孙中山、黄兴等人身边的外国籍的顾问人员。他直指其中一些人实际上是别有企图的间谍。他以为，那些先前列名于同盟会的日本浪人行迹尤其可疑。他说：“原彼国之善遇革命党也，岂诚望中国革新耶？逆臆揭竿斩木，必无成就，乘兹鼎沸，得乘间以遂私谋。是故阳与周旋，纵臾速起。革命党固多猛突前进之士，以为得良友于海外无人之乡，初不悟其阴谋若是也。”他认为，现下力主建都南京，挑起南北不和，便是他们要在中国挑起纠纷，制造混乱，而施展的新阴谋。目的当然是阻止中国统一的进程，好浑水摸鱼。参见章太炎：《敬告对待间谍者》，见《太炎最近文录》，25~26页。这自然更属于“鼠窃狗偷”之徒。他的这副挽联，反映了他对这形形色色“群盗”的极度憎恶，更抒发了他首次“统一共和”之梦幻灭的痛苦。然而，他所使用的是如此尖刻的语句，出席蜀中起义诸烈士追悼大会的人们当然“不但很觉扫兴，而且感到愤慨”吴玉章：《武昌起义前后到二次革命》，见《辛亥革命回忆录》(一)，121页。。孙中山也专函章太炎，劝告他“毋过操刻酷之论”孙中山：《复章太炎函》(1912年2月22日)，抄稿。。
第一次“统一共和”之梦的破灭，主要由于革命派内部的纷争与冲突。2月15日，南京参议院举行临时大总统选举会，一致推选袁世凯为临时大总统，并称誉袁为“中华民国之第一华盛顿”。正处在幻灭之中的章太炎，于是又将“统一共和”的希望转而寄托于这个被他看做“一时之雄骏”的人物。
第二次“统一共和”之梦及其幻灭
3月10日，袁世凯在北京宣誓就任临时大总统。誓词全文为：
民国建设造端，百凡待治，世凯深愿竭其能力，发扬共和之精神，涤荡专制之瑕秽，谨守宪法，依国民之愿望，蕲达国家于安全强国之域，俾五大民族同臻乐利。凡兹志愿，率渝弗渝。俟召集国会，选定第一期大总统，世凯即行解职。谨掬诚悃，誓告同胞。 《临时大总统誓词》，载《中华杂志》，第1卷第9号扉页影印原件。
袁世凯的誓词迷惑了不少人。正如鲁迅所说：“错的是革命者受了骗，以为他真是一个筋斗，从北洋大臣变了革命家了，于是引为同调，流了大家的血，将他浮上总统的宝位去。”鲁迅：《“杀错了人”异议》，见《鲁迅全集》，第5卷，94页，北京，人民文学出版社，1981。章太炎，则可以说是这些受了骗的革命者中最为典型的一个。
在章太炎眼中，袁世凯长期从政，有丰富的处理国务的实际经验，直接掌握着当时中国最大的一支军事力量，他逼使清帝退位，宣布拥护共和，不仅避免了一场内战，遏制了外来军事干涉，而且使真正实现举国统一和共和有了希望。因此，袁世凯继任临时大总统，重新激起了他企图实现统一共和的热情。
为了顺应形势的变化与发展，3月2日，在章太炎主持下，中华民国联合会在江苏教育总会举行了改组大会，正式宣布改组为“统一党”。
中华民国联合会成立虽然不足两个月，但本部会员已达七百余人，南方各省大抵都已设立了支部，北方一些省份势力也正在扩充中。但就其性质而言，正如《民立报》一篇文章所说，“不问而知为普通政治结社也”行严：《论统一党》，载《民立报》，1912年3月4日。。现在为什么要改组为政党呢？《中华民国联合会改党通告》载《大共和日报》，1912年3月1日。说：“南北混一，区夏镜清，共和之政府成，而艰难复逾于曩昔。经营构画，在强有力之政府。谋议监督，在有智识之国民。夫惟集天下之智勇，聚天下之精材，然后一者不复分，合者不复涣。”为什么以“统一”二字为党名呢？章太炎解释说：“‘统一’二字，若当国势巩固之后，本无庸说，现在则不得不有所需求。以中国此时南北尚未和合，外藩尚未亲附，政权兵权尚未集中，故宜标示此义。”《联合会改党纪事》，载《大共和日报》，1912年3月3日。这就明白宣示，改组中华民国联合会为统一党，目的在于“集天下之智勇，聚天下之精材”，以使南北和合、外藩亲附、政权兵权集中，以实现真正的统一。
怎样才是真正的南北和合、外藩亲附、政权兵权集中呢？又怎样才能真正实现这些目标呢？《统一党章程》对此做了具体说明。这个章程的第一章为“总纲”，第一条开宗明义就宣布：“本党以统一全国建设，强固中央政府，促进完美共和政治为宗旨。”第二条宣布：“本党政纲如左：(一)固结全国领土，厘正行政区域；(二)完成责任内阁制度；(三)融和民族，齐一文化；(四)注重民生，采用社会政策；(五)整顿财政，平均人民负担；(六)整顿金融机关，发达国民经济；(七)振兴陆海军备，提倡征兵制度；(八)普及义务教育，振起专门学术；(九)速成铁路干线，力谋全国交通； (十)励行移民垦殖事业；(十一)维持国际平和，保全国家权利。”《统一党章程》，见《辛亥革命在上海史料选辑》，779~780页。在中华民国联合会改党大会上熊希龄与张謇曾分别对这些政纲做了说明。熊希龄说：“所谓固结完全领土者，因中国幅员甚广，合蒙、藏各地而为一国，故非谋结合之道，无由保全。行政区域过大，亟宜缩小，故谓厘正。必言责任内阁者，因中国不能如美之分治，致使不能统一，故宜仿用法国之责任内阁。又我国有五大民族，程度不一，非先有以齐其文化，无由共进文明。其他如整理财政、扩张陆海军，皆为行国家主义之政策。至于维持国际平和云者，即不外维持列强均势之意。要之，皆为吾国现时所不可少缓者也。”《联合会改党纪事》，载《大共和日报》，1912年3月3日。张謇说：“以鄙见言，所谓‘注重民生，采用社会政策’一条最为重要。何则？凡国民之进步，必须以稳健进行为第一要义，方能办到国利民福的地位。如我国现时已由专制地位一跃而进于共和，可谓猛进矣，然此后必须厚集国力，使国基稳固，以谋秩序进行，决不可漫采世界新奇之理，妄为主张。至于采用社会政策之理由，实原于贫民生计问题之发生，非预为防范，必至酿出贫富冲突，而国家之根本日危。此鄙人所谓必采稳健之社会政策也。”《联合会改党纪事(续)》，载《大共和日报》，1912年3月4日。这些政纲与说明，勾画出了统一党所追求的“完美之共和政治”的具体形象。章太炎说，统一党“不取急躁，不重保守，稳健为第一义”《联合会改党纪事》，载《大共和日报》，1912年3月3日。。这一特色在统一党的总纲中得到了清楚的反映。
这一特色，还鲜明地表现在统一党领导层的构成情况中。3月2日的改党大会，出席者近二百人，投票选举理事五名，他们是章太炎、张謇、程德全、熊希龄、宋教仁。与中华民国联合会相比，张謇地位明显上升，而宋教仁入选，则使统一党在原同盟会成员中获得了较前为多的支持。会上，沿用中华民国联合会旧例，由各省代表推选评议员，每省两名，当场选出十省。为了扩大一批在政治舞台上正起着重要作用的人物在统一党内的地位，统一党又特设了一批参事，用以襄佐理事办理党务。3月5日，在统一党全体职员会上，举定的参事为十三人，他们是原浙江都督、交通总长汤寿潜，浙江都督蒋尊簋，江苏代都督庄蕴宽，南北谈判中北方总代表唐绍仪，江浙和其他一些地区资产阶级上层代表人物赵凤昌、唐文治、陈荣昌、邓实、应德闳、王清穆、汤化龙、温宗尧、叶景葵。当时担任统一党干事的王绍鏊说，统一党的成员，“大多是处于中间状态的知识分子，除了主要是江、浙两省的人外，以四川、云南、贵州几省的人居多；其中不少是章炳麟的学生，更多的人则是仰慕章的名望而参加的”王绍鏊：《辛亥革命时期政党活动的点滴回忆》，见《辛亥革命回忆录》(一)，401页。。从统一党的领导层特别是理事与参事的构成来看，则确如章太炎所说，统一党系“集革命、宪政、中立诸党而成”。章太炎说，统一党的组织原则是“无故无新，唯善是与，只求主义不涉危险，立论不近偏枯，行事不趋狂暴，在官不闻贪佞者，皆愿相互提携，研求至当”章太炎：《统一党宣言》，见《太炎最近文录》，127~128页。。“无故无新”，实际上只不过是招徕与容纳宪政、中立诸党人的美言；而“唯善是与”，善的标准当然只是统一党的那些政纲。凡是逾越于此的，则无一例外地被指责为危险、偏枯、狂暴。
章太炎急急忙忙地改组中华民国联合会为统一党，正如《民立报》的评论所说，“吾国无政党，有政党自是日始”行严：《论统一党》，载《民立报》，1912年3月4日。。抢先建立了第一个“恃国会为生活者”的政党，目标正是想在“南北混一，区夏镜清”的新形势下，实行资产阶级共和制下的政党政治。张孝若在回忆他的父亲张謇同章太炎当时的意图时说：“那时候章公炳麟在上海常与我父见面，会商民国成立以后的政治建设，一面谋巩固民主根基，一面谋民权民气在正当的轨道上发扬，尤其着重在政党的建设。认为要促进政治上的演进，政见上的表现，必须有对待的二党在同一国体之下，各自团结，拿政纲、政见互相切磋，互相砥砺，使人民有从违择舍的自由和信从。”张孝若：《南通张季直先生传记》，165页，上海，中华书局，1930。这是符合章太炎等人当时思想实际的。章太炎所谋求的，是建立一个与同盟会相对等的政党；而这个政党，大力标榜所谓稳健与兼容并包，显然也正是为了旗帜鲜明地立异于同盟会。
中华民国联合会改组为统一党之后，章太炎的政治生涯进入了一个新的阶段。
这个阶段的一个最重要特色，就是他全力支持袁世凯，因为袁世凯被他看做“统一全国建设、强固中央政府、促进完美共和政治”的一根主要支柱。袁世凯刚刚组建政府，他便连续去电，就官制与阁员选择提出建议。袁世凯正式就任临时大总统，他便给袁写去一封长函，专论“治术”，要袁“以光武遇赤眉之术解散狂狡，以汉高封雍齿之术起用宿将，以宋祖待藩镇之术安抚荆吴”章太炎：《致袁项城论治术书》，见《太炎最近文录》，72页。，简直是以袁的高级策士自居。对昔日之敌异常平和，对昔日战友则严责苛求、锱铢必较，他的这一态度果然赢得了袁世凯的好感，4月9日，章太炎被袁礼聘为总统府高等顾问。4月23日，他在袁世凯所派的专使王赓陪同下，乘轮北上，于27日抵达北京。袁世凯做作的姿态，使他受宠若惊。为了使袁世凯的地位得到巩固，他格外卖力地为袁世凯谋划，而不惜一再和同盟会制造摩擦。其中最为突出的事件，一是指责孙中山解职前敦促南京参议院制定并通过的《临时约法》不完备，呼吁“应即提出修改”《章太炎先生政见之一斑》，载《大共和日报》，1912年5月7日。；二是指责黄兴为了抵制袁世凯卖国大借款而发起的“国民捐”，诬称黄兴这么做乃是“勒捐”，将使“卒得以骚扰，巨猾遂其欺诈，财入私囊，无益国家经费”，倒过来反为袁世凯的大借款辩解，说什么“夫借债之弊，不过使外人稽核借款内之用途，犹未至于监督全国之财政……勒捐之弊，乃使税无可收，纵今日暂停借债，而他日不得不永以借债为国”章太炎：《论国民捐之弊》，见《太炎最近文录》，36~38页。，完全颠倒了是非；三是南京留守府撤销，黄兴解职退居上海，并准备东渡日本，章太炎竟致书袁世凯，说黄兴“欲乘桴东游”系“外有国交，内招日本留学诸生，为其羽翮”，结果必“人望渐归，势能复振”。他惊呼：“此不力争而以心竞，其患转深。”因此，他建议袁世凯一面礼遇岑春煊、李经羲等前清“南方良吏”，使之“不为敌用”；一面大力抚慰留日学生，“殷勤劳来”章太炎：《上大总统书》，见《民国经世文编》内政五，25页，上海，经世文社，1914。，使黄兴之谋略无由展现。这封信的口吻，直如袁世凯属下一个忠实的幕僚门客。