1925年9月，章太炎应湖南省长赵恒惕邀请，到长沙主持湖南县长考试。路过汉口时，湖北省长萧耀南亲往旅馆探晤，并设筵为他洗尘；路过岳阳时，在1924年第二次直奉战争中败北而蛰居在这里的吴佩孚，特派参议长将他迎到自己的军舰上“作三小时之密谈”《湘赵考试县长之慎重》，，到达长沙时，赵恒惕更亲率湖南省文武官员到车站迎接，“军警鸣炮致敬，为欢迎外宾从来未有之盛”。所有这些，无非使章太炎与世隔绝的那一堵堵墙筑得更高更厚，让章太炎愈加感激他们的“知遇之恩”，引他们为知己，供他们驱驰。章太炎果然不负所望。在主考县长的试题中，除去《宰相必起于州部论》这类古色古香的题目外，还有着《拟严禁败坏政俗之书籍令》这样一些“其注重点，在防止过激文书之传播”的“趋时”作品。一个当年义愤填膺对“文字狱”大兴问罪之师的人，现在竟然要用自己的双手来制造新的“文字狱”，这多么可悲！更为可悲的是他在同吴佩孚会面后，转而支持吴佩孚出山担任所谓十四省联军总司令，举兵反对控制北洋政府的奉系军阀势力，并“对吴佩孚建议联省自治足以阻共产”。吴佩孚因此对他大为欣赏，准备聘请他为联军总参议，留在自己身边给自己“帮忙”。章太炎虽然没有答应，但他10月27日抵沪，31日便在上海国民大学以校长身份发表演说，公然提出要把研究“国学”与“反对共产党”联系起来，诬陷广东革命政府和中国共产党“借着俄人的势力，压迫我们中华民族”，充当了军阀们反苏、反共的炮手。
章太炎返沪之时，自称浙、闽、皖、赣、苏五省联军总司令的孙传芳起兵驱逐盘踞于苏、皖两省的奉系军阀势力的战争已接近结束，11月上旬，奉军从徐州北撤，孙传芳成了东南五省的宰制者。章太炎和江、浙等五省旅沪士绅为表示对孙传芳的支持，发起组织“五省协会”，“其目的似在辅助及监督五省总司令之行动，一面以五省人民之力，以建议五省兴革之事”。他和江、浙“名流”张一麐、褚辅成、沈恩孚、陈陶遗、黄炎培、史量才、张君劢等联名致电孙传芳，条陈“为杜绝以后纠纷计，军事权限，不宜分歧”，要孙传芳以五省总司令名义直接指挥，“所有督办、帮办、某省总司令、护军使、镇守使等名称，一律取消，不再设置”。来而不往非礼也，1926年1月12日，章太炎五十九寿辰，孙传芳特送“大餐券一百席，白兰地一箱”并寿诗、寿联等为贺。章太炎于是引孙传芳为同调，成了孙传芳的座上宾。
在一大批地方军阀和资产阶级右派政客的包围、簇拥下，章太炎格外起劲地到处反对所谓“赤化”。他公然宣称：“护法倒段题目虽大，而以打倒赤化相较，则后者尤易引人注意。”“盖今日国内之问题，已不在此，而在注意如何打倒赤化。”对此，瞿秋白曾专门写了一篇短评：“章太炎是现在的护法大将……他的反段总是一定的了，可是，最近连他也说起‘护法倒段题目虽大，而以打倒赤化相较，则后者尤易引人注意’，可见赤化实在时髦。”1926年4月，章太炎又出面在上海纠集各反共势力组织所谓“反赤救国大联合”，自任“干事会”主席，攻击“过激派欲以赤化政策亡人国”，声称“居今之世，反对赤化，实为救国要图”，杀气腾腾地叫嚷：“对于赤党，其据地称兵者，则由军人张其挞伐；其聚众骚动者，则由士工谋与抵抗。”中共中央机关刊物《向导》揭露说：“这个大联盟的总机关在上海法租界铭德里一号，他的领袖，据我们所知道的，就是章太炎、尤烈、徐绍桢、魏邦平、冯自由、居正这班人……他们的目标就是反对苏俄、中国共产党、南方的国民政府、北方的冯玉祥及国民党。”章太炎所谓“由军人张其挞伐”来对付“据地称兵者”，具体化就是要“以北事付之奉、晋，而直军南下以保江上，开诚布公，解除宿衅，与南省诸军共同讨伐”蒋介石所统率的北伐军及冯玉祥所统率的国民军。而他所谓“聚众骚动者”，则是指正在蓬勃高涨的工农群众运动。1925年五卅运动时，章太炎还曾对民众运动表示过同情与支持，甚至说过：“国内军阀，勇于内争，怯于公战，所发言论，未尝不冠冕堂皇，查其所行，适背道而驰，故军阀已不可恃，所可恃者，惟吾民众耳。”可是，现在，当1926年3月18日北京群众因请愿反对日本军舰炮击大沽口、反对列强制造“大沽口事件”而向中国挑衅，竟然惨遭段祺瑞杀害时，章太炎却倒转来指责民众，说这次反段是招致内乱外患的犯罪行为，“击杀逮捕之举，虽欲呼冤而有不能也”，“段固伪政府也，攻击之者亦外患犯也”。这表明，这位老人的心与民众已全不相通。二十年前曾理直气壮地坚持过要以革命开“民智”，要通过“平民革命”去荡涤旧时代的种种乌烟瘴气，现在，却站到民众的对立面去了，除去与民众逐渐隔绝这一原因外，最重要的内在根源，是他所株守的旧民主主义那一整套理想、纲领、方案。他在说明自己为什么敌视“赤化”时说过：“赤化不除……则吾辈为革命党者，非受其缨茀，即无保全之理。不观苏俄所排斥以为白党者，非俄国第一次革命政府之人物乎？仆于今日，亦骨鲠在喉，不得不吐之势也。”这一段内在的阴暗心理的自白，以俄国资产阶级革命党人自况，担心在新的革命风暴中成为革命的对象，因而想把这场新的革命风暴及早扑灭下去，这正非常典型地说明了一个停留在旧民主主义立场上的资产阶级革命家在前进的历史面前，如何成为时代的落后者。
政治上、思想上的颓唐，使章太炎的学术活动也进一步退化落伍。孙传芳考据出“过激主义和工会”都发现于三千年前，一面调兵遣将对国民革命军作战，一面在南京举行“投壶”典礼。并设立“修订礼制会”，要修订整套“礼制”：一、吉礼，包括家祭、祠堂祭、墓祭、荐寝、公私学校祭孔子；二、凶礼，包括丧礼、丧服；三、宾礼，包括相见礼、集会礼；四、嘉礼，包括冠礼、婚礼、宴礼、祝嘏等。孙传芳玩弄这么一套把戏，一是显示自己“儒将风流”，以迎合那些自命清流的缙绅先生的冬烘心理。二是峨冠博服，借机招摇，好吓唬一般百姓。而章太炎则以他“国学大师”的身份，被聘担任了“投壶”典礼的“大宾”及“修订礼制会”的会长。1926年8月6日，假古董、假斯文的“投壶”典礼在南京“联军总司令部大堂”举行，章太炎因事未能赶到，8日夜，他由沪乘车抵宁，主持了次日举行“修订礼制会”的成立典礼，并补行了“雅歌投壶礼”。这位先前提倡种族革命的“造反”者，现在俨然成了活的纯正的先贤，在典雅古老的干、戚、羽、竽、编钟、编磬等等乐器声中正襟危坐，做了孙传芳制礼作乐的活摆设，他的“国学”也成了军阀们用以粉饰反动统治的御用工具。这时的章太炎，正如鲁迅所说的那样：“原是拉车前进的好身手，腿肚大，臂膊也粗，这回还是请他拉，拉还是拉，然而是拉车屁股向后，这里只好用古文‘呜呼哀哉，尚飨’了。”
“中华民国遗民”——政治与学术的终结
在大革命高潮中，章太炎起劲为“反赤”摇旗呐喊。当时，他所声讨的一个主要对象就是蒋介石。他在讨蒋介石的通电里揭露说：“详其一生行事，倡义有功者，务于摧残至尽；凡口言国家主义者，谓之反革命。是其所谓革命者，非革他人之命，而革中华民国之命也。……且其天性阴鸷，反颜最速，非若孙中山之可以辞解，岑(春煊)、陆(荣廷)诸公之可以义结也。权利所在，虽蚁伏叩头以求解免，必不可得。幸而为彼容纳，则奴隶之下更生阶级，地权兵柄，悉被把持。”这段话，对蒋介石的剖析可谓入骨三分。出乎章太炎预料，“反赤”却正道出了蒋介石的心声，也正是蒋介石发动“四一二”反革命政变，把“反赤”变成了血淋淋的现实。紧接着，章太炎所不齿的另一个人，即汪精卫，又与蒋介石亦步亦趋竞相发动了反革命的大屠杀。
“反赤”，给中国这块疮痍满目的大地究竟带来了什么呢？事实迅捷地做出了回答：在现代中国，反对无产阶级及其先锋队中国共产党的领导，反对工农大众，只能导致大地主大资产阶级的独裁统治，使中国沉沦于黑暗之中。而独裁与黑暗究竟意味着什么，章太炎立即就有了切肤刻骨的感受。“四一二”反革命政变过了方才三个星期，蒋介石操纵下的上海“纪念五四”大会就假借民意，在通过“肃清上海各学校之共产党分子”、“杀徐谦、邓演达”，“驱逐鲍罗廷”等项决议时，又特立一项，“请国民政府通缉”章太炎、沈恩孚、张君劢、黄炎培、蒋维乔、刘海粟、张东荪等一批“学阀”。6月16日，蒋记国民党上海特别市党部临时执行委员会又专门呈请蒋记中央，“通缉学阀，以制止反动”，名列“著名学阀”之首的依然是章太炎。尤其使章太炎为之伤心的，是蒋介石废除五色国旗而以青天白日旗为国旗，以及蒋介石公然无忌地推行所谓“以党治国”。他愤愤不平地写道：“今之拔去五色旗、宣言以党治国者，皆背叛民国之贼也。”按其罪行，“惟袁(世凯)氏与之相等，而徐(世昌)、段(祺瑞)、曹(锟)辈，皆视此为轻”。1928年11月21日，他满腔愤怒，无可发泄，便借招商局轮船公司代表招待新闻界之机，大发了一通牢骚，谴责“他们现在说以党治国，也不是以党义治国，乃是以党员治国，攫夺国民政权，而对外仍以中华民国名义，此与袁世凯称号洪宪后仍以中华民国年号对外意义相同”，并说：“袁世凯个人要做皇帝，他们是一个党要做皇帝，这就是叛国。叛国者，国民应起而讨伐之。”他的这通牢骚，当然是如披逆鳞，如捋虎须。果然，国民党上海市三区指导委员会第二天就举行常委会，议决呈请上海市党部转呈中央“通缉反动分子章炳麟”。呈文称章太炎“不了解本党暂代国民执行政权，迨训政后政权还政人民之深意，而厚诬本党与袁逆类似，且公然鼓吹推翻国民政府，其居心灼然可知。……章逆既为知识阶级，复有历史上反革命之铁证，今复于宴会席上狂放厥词，显系危害政府，捣乱本党。应请钧会转呈中央党部，按照中央颁布之惩戒反革命条例办理，即日训令军警机关通缉，实为党便。”上海市党部立即通过这一提案，要求国民党中央对章太炎通缉。
章太炎被从高高烘托着的云端摔到了地下。他不胜懊恼与悲哀，因而说：“袁氏帝制，不过叛国，而暴敛害民，邪说乱俗，则尚袁氏所未有也。一夺一与，情所不安，宁作民国遗老耳。”表示了绝不屈从于国民党新军阀统治之志。1927年秋，蒋介石、汪精卫由于同西山会议派等分赃不均，一个去日本“考察”，一个南下广州。留在南京的蔡元培等人趁机要章太炎“往金陵参与教育”，张静江以“求为其父作墓表”为名，企图把章太炎同他们拉在一起，都遭到了章的拒绝。1928年6月3日，黎元洪病死于天津，章太炎寄去一副挽联：“继大明太祖而兴，玉步未改，佞寇岂能干正统？与五色国旗俱尽，鼎湖一去，谯周从此是元勋！中华民国遗民哀挽。”佞寇，当囊括了冯国璋、段祺瑞、徐世昌、曹锟、蒋介石等新老军阀；谯周，曾劝蜀后主刘禅降魏，这里当是指所有向蒋介石新军阀统治屈服输诚者。因为黎元洪去世的这一天，正是张作霖放弃北京，退出关外的日子。“公薨，诘旦，北畿皆改树青天白日旗矣。”所以，挽联中称黎元洪“与五色国旗俱尽”，而章太炎本人，也因此自称“中华民国遗民”表示他心目中的“中华民国”至此已经灭亡，他绝不承认蒋介石的统治继续代表着“中华民国”。
“中华民国遗民”以这一身份自居，充分表现了章太炎政治上的绝望。“反赤”的结果，反出了蒋介石的独裁，青天白日旗成了白色恐怖的象征。放弃“反赤”么？对于中国共产党、苏俄以及共产国际的偏见是如此之深，他无此觉悟。旧梦全部破灭，前途究竟在哪里？他茫无所之。既不愿依附蒋介石、汪精卫，又同中国共产党所领导的为建立红色政权而进行的斗争间隔着深深的鸿沟，他“僦居虽近市，弇关如深湫”，感到从未有过的孤寂、空漠，找不到可以依靠与指望的力量。他缄默了。他在书室里的藤靠椅上，终日宴坐，默默对着壁上黎元洪题赠的“东南朴学”匾额及剥制的一张鳄鱼皮。思考么？对繁杂的政治冲突和军事纷争，他已丧失了思索与应变的勇气和精力。他不愿再去为这些事伤神费心。“握中余玉虎，楼上对香炉。见说兴亡事，拏舟望五湖。”他像一下子衰老了十岁，政治上深觉厌倦，精神完全颓唐了。他或“兼治宋明理学，借以惩忿”，“寻研理学家治心之术，兼亦习禅”，以释“忿心”，或“只以作诗遣垒，时亦作字，每日辄写三四十篆，余更无事”。直到胸中不平之气在时间的流逝中渐渐淡化，他方才能够坐下来继续从事学术研究。这时，他失去了从革命实践中所得的激励与滋养，思想日渐涸竭，只好回过头到故纸堆中去董理旧业。
章太炎晚年的几部主要学术著作《春秋左氏疑义答问》、《太史公古文尚书说》、《古文尚书拾遗》、《新出三体石经考》等，大都撰定于这段时间。他自述这段时间“说经主旨”是“《春秋》专论大义，《尚书》务通训诂”，也大体符合实际情况。