以陈独秀为首的81名“托派”，高扬反对派的旗帜，自称是“真正的马克思列宁主义者”，坚信自己代表着全世界无产阶级的利益，是真正为共产主义而奋斗的团体。其成员之一的郑超麟后来回忆说：“我们这些被开除的人，并不承认开除通告。我们仍自视为中国共产党党员，但另外进行一种组织，这组织不是第二党，而是党内一个派，──‘中国共产党左派反对派’。中国共产党之父──陈独秀，在我们一边。十月革命二大领袖之一？──托洛茨基，也在我们一边。另一个伟大领袖列宁，如果不死，也一定是在我们一边的。”
当时中国还有“中国布尔什维克列宁主义反对派”（“我们的话”派）、“中国左派共产主义同盟”（十月社）、“战斗社”三个“托派”组织，连同陈独秀的“托派”组织，一共四个。这四个“托派”组织互不统属，相互攻击，处于涣散状态。1931年5月1日至3日，在托洛茨基的调解和督促下，四个“托派”组织的代表在上海召开统一大会，统一后的组织以陈独秀的“中国共产党左派反对派”命名，大会选举了“托派”中央领导，由五人组成书记处，陈独秀被选为总书记。大会确立的目标是推翻国民党独裁政府。
论及陈独秀变成“托派”，不能不论及他的“二次革命论”。陈独秀认为，中国现在进行的是资产阶级民主革命，革命胜利的前途是资产阶级取得政权。资产阶级取得政权后，经过资本主义经济的长足发展，才能进行无产阶级革命。1927年中国大革命的失败是资产阶级取得了胜利，中国已经是资本主义占优势的社会，封建势力已经成为残余，中国社会的主要矛盾，已经不是人民大众同帝国主义和封建主义的矛盾，而是无产阶级同整个资产阶级（包括富农）的矛盾。但是，现实中国工人阶级真正有觉悟的是“少数中的极少数”，而中国农民“居处散漫，势力不易集中，文化低，生活欲望简单，易于趋向保守”。所以，现在的无产阶级只能进行以“国民会议”为中心的合法运动，如“八小时工作制”、“废除不平等条约”、“反对国民党军事专政”等，待将来资本主义经济有了长足发展，无产阶级壮大了成熟了，再去进行实现“无产阶级专政”的第二次革命。有鉴于此，以陈独秀为首的“托派”既在“推翻国民党独裁政府”的目标下，反对国民党统治，对其各项政策大力抨击，又反对中共中央的有关革命政策策略，反对建立红军，反对开展农村武装斗争和建立苏维埃政权，认为离开城市工运这个中心到农村去搞农民运动，会导致党的蜕化。抨击国民党统治，招致国民党的搜捕；反对中共中央的政策策略，招致中共中央的严厉批判。所以，虽然以陈独秀为首的“托派”分子认为他们是中国共产党内的一个派别，但中共中央认为陈独秀的“二次革命论”，实际上是取消党的民族民主革命，所以又称以陈独秀为首的“托派”为“托陈取消派”，从一开始就把他们视为“敌人”，是“反共产国际”，是“反党”，是“叛徒”，是“反革命”，而不承认它是党内的一个派别。毛泽东在中共七大预备会议上称陈独秀是“五四运动时期的总司令”，说陈独秀“建党有功”时，但随后话题一转说：“后来，陈独秀反对我们，搞成托陈取消派，走到反革命方面去了。”
陈独秀的“托派”问题有两个关键点，一是自组“托派”的分裂性质，二是反对党的民族民主革命策略。
对于前者而言，作为中国共产党一分子，不管你资格有多老，不管你观点正确与否，不管你受了多少冤屈，一切一切都必须在党内解决。自组派别，另搞一套，反过来抨击党，本质上是分裂行为，不管你正确与否，都是党纪不能允许和不能容忍的。
对于后者而言，一、陈独秀反对党走农村包围城市的道路，认为革命应该像欧洲那样，共产党是无产阶级的党，不能离开城市、离开工人阶级而到农村去与农民相结合，这当然是错的。但陈独秀强调并坚持以城市工人运动为中心，强调进行单纯的城市革命斗争，并因此被捕坐了国民党的牢。从大的革命方向来说，这只是革命的重点不同，打击的是共同的敌人，本身并没有脱离革命斗争。所以，陈独秀这个错误的性质具有革命阵营内部思想路线分歧的性质，并非完全意义上的“革命与反革命”的敌我分歧。所谓“取消革命”的“取消派”和“革命叛徒”之类的说法，也不能成立。二、陈独秀虽然接受了“托派”观点，加入并领导了“托派”组织，但他的“二次革命论”与托洛茨基的“不断革命论”有很大的区别。陈独秀是在“二次革命论”基础上部分地接受了托洛茨基的“不断革命论”，他走上托派道路一直是个托派分子，但一直是一个不彻底的托洛茨基主义者。也正是因为观点不同，从1929年春到1942年逝世，陈独秀与“托派”的关系，经历了一个结合、争吵、分离的复杂过程。这个结合、争吵、分离本身，除说明陈独秀不是一个彻底的托洛茨基主义者外，其后来脱离托派还证明陈独秀回归革命的修正意义。三、所谓“反共产国际”，现在看来陈独秀并没有错。正如陈独秀所言，中国革命当然应该由中国人自己来领导才能胜利，不能由共产国际在莫斯科遥控瞎指挥。这一点，已经为中国革命的全部历史所证明。具体到1929年的中东路事件，中共中央对这个涉及中国人民民族利益的复杂问题，盲目遵照共产国际的决议和指示，提出简单化的“武装保卫苏联”的策略口号，当然是错误的。陈独秀从中国革命和中国人民的根本利益出发，反对这个错误口号，提出“反对国民党误国政策”口号，则是正确的。在中东路问题上的争论，是当时定陈独秀“反党、反共产国际”而被开除出党的一个重要根据。这个问题，理应还陈独秀一个公道。
中国对陈独秀托派问题的逐渐客观评价，是在苏联对托洛茨基的平反之后开始的。
斯大林统治时期的苏联，托洛茨基一直被当成反革命来丑化。上个世纪80年代末，苏联政府先后为30年代与托洛茨基有关的莫斯科三大冤案平反，从而为托洛茨基平反奠定了基础。但苏联政府尚未就托洛茨基平反作出一个正式的“官方结论”，苏联轰然解体。虽然未有官方结论，史家大多也称托洛茨基已经平反。这个结论，通过《毛泽东选集》关于“托洛茨基”条的注释反映出来。
1952年出版的《毛泽东选集》第一卷中“托洛茨基”注释为：“托洛茨基集团，原是俄国工人运动中的一个反对列宁主义的派别，后来堕落为完全反革命的匪帮。”并引用斯大林的原话，强调托洛茨基派别是“暗害者、破坏者、侦探间谍、杀人凶手的匪帮”，是工人阶级的“死敌”。
1991年修订版《毛泽东选集》第一卷中“托洛茨基”注释增加了托洛茨基“俄国十月革命胜利后首任革命军事委员会主席等职”等客观内容，同时删去了原注释中大量丑化和诬蔑性词。
1993年版《毛泽东选集》第一卷的注释做了更大的改变，肯定了托洛茨基在布尔什维克党内和国际共运中的历史功绩，同时将颇带蔑视色彩的“清除”出党，改为较中性的“开除”出党。不久，人民出版社再版《毛泽东选集》，对“托洛茨基”的注释发生了根本性的变化。删去了旧注释中“反对列宁”和“在联共（布）党内进行派别活动”的评价，对托洛茨基在十月革命前后各个领域的工作给予了充分的肯定。同时，使用了“遭暗杀”字样，体现了中共对托洛茨基之死的同情。中共党史出版社2000年新版《中国共产党历史》第一卷中写道：“托洛茨基对大革命后期蒋介石、汪精卫两个集团的实质的认识，对他们将要叛变革命的判断，对斯大林在指导中国革命中的错误的批评，有些是正确的或基本正确的。”“托洛茨基认为斯大林应对中国大革命的失败负责。”这个评价已经比较客观公正了。
与苏联对托洛茨基问题的处理大致同步，1929年，中共中央对陈独秀和中国托派给予“积极地在政治上、组织上、各方面来攻击党，破坏党”的定性，后来王明更是将陈独秀污蔑为“汉奸”。
1951年出版的《毛泽东选集》第一卷把陈独秀定性为“反革命的托洛茨基分子”、“叛徒”、“汉奸”等。这个结论一直延续到苏联为托洛茨基平反之前。
苏联为“托派”平反后，1991年出版的《毛泽东选集》第二版，将“托派”注释修改为：“在一九二七年中国革命遭受失败之后，中国也出现了少数的托洛茨基分子，他们与陈独秀等相结合，认为中国资产阶级对于帝国主义和封建势力已经取得了胜利，中国资产阶级民主革命已经完结，中国无产阶级只有待到将来再去举行社会主义革命，在当时就只能进行所谓的以‘国民会议’为中心口号的合法运动，而取消革命运动。因此他们又被称为‘托陈取消派’。”并承认：“抗日战争时期，托派在宣传上主张抗日”，“把托派与汉奸相提并论，是由于当时在共产国际内部流行着中国托派与日本帝国主义间谍组织有关的错误论断所造成的”。这一注释，实际上是变相地为陈独秀“托派”“汉奸”罪名进行了平反。
五、关于陈独秀的“汉奸”问题
给陈独秀扣上汉奸帽子的“根据”是：1931年“九一八”事变后，陈独秀等中国托派接受日本驻华侦探机关“不阻碍日本侵略中国”的指令，从事各种有利于日本侵略者的活动，中国托派中央每月向日本侦探机关领取300元津贴。确凿的历史事实证明，这是王明、康生等人的恶意诽谤。
1931年5月，四个托派组织统一组成“中国共产党左派民主派”、陈独秀担任总书记后，活动不到一年半，即到1932年10月，由于叛徒出卖，托派中央即在上海被查获，陈独秀、彭述之等17名托派中央委员被捕，托派中央几乎一网打尽。虽然国内宋庆龄、蔡元培、杨杏佛、柳亚子、林语堂、傅斯年、潘光旦、蒋梦麟、刘作复、周作人、陶履恭、钱玄同、沈兼士、董仁坚、全增嘏、朱少屏等知名人士和国际上杜威、罗素、爱因斯坦等知名人士百般呼吁营救，国民党内翁文灏、胡适、罗文干等人说情，最后于1933年4月还是以“共同以文字为叛国之宣传”被判有期徒刑13年。
陈独秀被捕后，中央苏区的《红色中华报》第37期写道：“取消派领袖亦跑不了──陈独秀在上海被捕，彭述之也在内──蒋介石不一定念其反共产党有功，网开一面，许以不死；或者还会因祸得福，做几天蒋家官僚呢！”
庭审时，陈独秀以自拟洋洋五千言《辩护状》，痛斥蒋介石：吸尽人民脂膏以养兵，挟全国军队以搜刮人民，屠杀异己，擅作威福，法律只以制裁小民，其对共产党人，杀之囚之，犹以为未足；对日本侵占东三省，采取不抵抗主义，甚至驯羊般的跪倒在日本人之前媚颜投降，宁至全国沦亡，亦不容人有异词，家有异说。“宁赠友邦，不与家奴”，竟成国民党之金科玉律。庭审现场变成揭露国民党反动统治的宣传阵地。《辩护状》成为脍炙人口的佳作，上海沪江大学、苏州东吴大学均选为法学系的教材。
庭审中，审判长问：“你认识那几个被捕的人？”陈答：“党内情形，我不能报告，我只能说政治意见。谁是共产党，这是政府侦探的责任，我不能做政府的侦探。”审判长再问：“何以要打倒政府？”陈答：“这是事实，不否认。至于理由，可以分三点简单说明之。一、现在国民党政治是刺刀政治，人民无发言权，即党员恐亦无发言权，不合民主政治原则。二、中国人民已穷至极点，军阀官僚只知集中金钱，存于帝国主义银行，人民则穷困到无饭吃，此为高丽亡国时现象。三、全国人民主张抗日，政府则步步退让。……根据以上三点，人民即有反抗此违背民主主义与无民权实质政府之义务。”审判长再问：“托派和斯大林派（指中国共产党）主张虽有不同，但都主张打倒国民政府和建立无产阶级专政，是一样的目的，都是共产，都是危害民国。”陈答：“我只承认反对国民党和国民政府，却不承认危害民国。政府并非国家，反对政府，并非危害国家。”
民国著名大律师章士钊自愿免费为陈独秀辩护。为减轻老友刑罚，章士钊辩护道：“托派多一人，即斯大林派少一人；斯大林派少一人，则江西红军少一人。如斯辗转为用，谓托派与国民党取角之势以清共也，托派有功于国民党也。”章士钊的本意是强调陈独秀不但无“危害民国”之罪，还于民国有功，并对“清共”大为有利，借以要求对陈独秀无罪释放。
对章士钊的其他辩护，陈独秀并不反对，唯对此说，不能接受。听完辩词，陈独秀当庭声明：“章律师的辩护，只代表他自己。我的政治主张，要以我的辩护词为准。”
台下立时一片唏嘘：“多么崇高的革命家！”
庭审结果，陈独秀、彭述之二人均被判有期徒刑13年。
消息传到中央苏区，《红色中华报》第77期报道说：“托陈取消派向国民党法庭讨饶！”“所以保住了性命，而且很快便要在国民党的‘皇恩浩荡’下得以大赦，以至起用，大做其官咧！”
在社会贤达的努力下，一年过去，国民党最高法院作出终审裁决，改判陈独秀和彭述之各有期徒刑8年。陈独秀反而不安，说：“我对国民党无功，何以减去5年？”
在各界人士的奔走下，1937年8月23日，陈独秀提前出狱。
大名鼎鼎的陈独秀走出狱门，立刻引来各方关注和拉拢。蒋介石派国民党组织部长陈果夫及其弟陈立夫设宴邀请陈独秀出任国民党劳动部长，陈断然拒绝，说我拜蒋介石之赐，无罪坐牢五年，现在蒋介石想让我装点门面当他的走卒，真是异想天开。国民党中央秘书长兼国民政府教育部长朱家骅受蒋介石之命，以提供10万元经费和国民参政会五个名额的条件，要陈独秀“组织一个新共产党”，陈独秀说“蒋介石杀了我许多同志，还杀了我两个儿子，我和他不共戴天。现在大敌当前，国共二次合作，既然是国家需要他合作抗日，我不反对他就是了。”遭到陈独秀的拒绝。胡适、张伯苓、周佛海等人请陈独秀参加国防参政会，陈独秀也拒绝了他们的好意。上海托派在上海法租界为陈独秀租好公寓后，派人赶赴南京，在南京为陈独秀买好了赴上海的车票，恳请陈独秀回上海重整托派组织。陈独秀厉声说：“你们放明白些，我陈某不是三岁小伢子，现在国难当头，民族危亡，联合抗日，乃是头等大事。你们还要‘拉大旗作虎皮’，搞这种宗派是没有出路的。我决不去上海，日后你们不要再来找我！”另有好心朋友有邀请陈独秀去美国者，有邀请陈独秀去香港者，陈独秀表示抗战已始，无论如何他也要留在抗战区。
有记者采访陈独秀，问道：“陈先生今后要专做文化运动，不做政治运动了，是不是呢？”陈独秀明确回答：“不对！不对！……现在的抗日运动，就是政治运动，我能够不参加抗日运动么？”
此时的陈独秀，在抗日问题上与托洛茨基发生严重分歧。