这次会后，江青、康生等人继续由抛开陈伯达，张春桥、姚文元牵头组织人起草九大政治报告。不久，张春桥、姚文元越过陈伯达这个九大政治报告起草小组组长，通过江青、康生，直接将报告稿交中央政治局讨论。讨论中，陈伯达很激动地抨击了张、姚的报告稿，说：这个报告稿存在一个很大的缺陷，就是忽略生产。还是要发展生产，搞好生产，提高劳动生产率，不能尽搞运动。你们只强调搞运动，是在搞伯恩施坦主义，伯恩斯坦就主张运动就是一切，而目的是没有的。张春桥立即反驳陈伯达说：你是在宣传“唯生产力论”。中国现在就是要搞运动。你强调搞生产，不符合中国的实际。会上争论很激烈。毛泽东表态说：陈伯达的意见是对的，可以考虑在报告中加进陈伯达的意见。周恩来也说，陈伯达的意见是有道理的。林彪也表示陈伯达的意见好，要加上。
但是，随后，康生和江青继续到毛泽东那里告陈伯达的黑状，说陈伯达另搞一套，不与其他人合作，报告偏重强调唯生产力论。因此，毛泽东采用了张春桥、姚文元起草的报告，对陈伯达送上来的报告稿看都没有看就退给了陈伯达。陈伯达看到毛泽东连装报告稿的牛皮纸口袋都没有打开，知道毛泽东已经反感自己。自己写的报告稿，毛泽东连让人打开纸袋，随意浏览的兴趣都没有了。陈伯达看着完整如初的牛皮纸袋，感觉五雷轰顶一般，关起门来大哭了一场。
1969年4月1日至24日，中共九大在北京召开，林彪作政治报告。大会讨论和通过的党章把“无产阶级专政下继续革命理论”写进党章，并把林彪作为“毛泽东同志的亲密战友和接班人”写入总纲。随后召开的九届一中全会，选举毛泽东为中共中央委员会主席，林彪为唯一的副主席，政治局常委共5人，即毛泽东、林彪、周恩来、陈伯达、康生。在21名政治局委员中，林彪、江青集团的成员占12人。
虽然中共九大仍然保持了陈伯达原来的中共第四号人物的位子，但是，陈伯达自己知道，毛泽东已经不再信任自己了，中央文革小组组长名不副实了，原来由自己分管的部门，已经被江青逐步接收了，自己陷入孤立了。
八、折戟九届二中全会，结束政治生命
中共九大之后，陈伯达通过不断地给叶群打电话，开始主动向林彪靠近。对林彪来说，手下大都是赳赳武夫，也需要陈伯达这样的“理论家”。所以，很快，叶群向陈伯达转达了林彪对陈伯达的敬意，说：林彪同志十分尊敬你，认为你是我党不可多得的人才。林副主席是关心你的、支持你的工作的。有一次过节，陈伯达见别人家都有海螃蟹吃，也想吃点海螃蟹。叶群听说后，让广州军区用军用飞机给陈伯达送去一大筐。陈伯达一介书生，没有什么东西可以回赠，但写得一笔好字，从不给别人写，于是主动给林彪和叶群题字。给林彪的题字是：“天马行空，猛志常在”，“天马行空，知无涯”。给叶群的题字是：“李杜诗篇万口传，至今已觉不新鲜。江山代有才人出，各领风骚数百年。”据林彪的秘书回忆，陈伯达给叶群的“每临大事有静气，不信今时无古贤”题字，叶群高兴得自我飘浮起来。没过多久，陈伯达就成了林彪在毛家湾家里的常客。
陈伯达为什么要向林彪靠近呢？晚年陈伯达讲道：“到了1968年把***开除出党以后，我们就对文化大革命感到厌烦了，林彪对我说过：‘这个文化大革命应该结束了，再搞下去就会搞到我们自己头上。人心思治，谁也不愿意这么无休无止地折腾了。’我说：‘看毛主席的打算，运动还要继续深入，斗批改的任务还远远没有完成呢。’林彪讲：‘那不是一年两年能够奏效的事情，要是把文化大革命持续那么长的时间，谁也受不了了。顶多开完九大，就该结束运动。不然就会犯运动就是一切，目的是谈不到的那样的错误。’这也是我在给九大起草的政治报告中主张九大以后要集中精力抓生产的原因。”
中共九大之后，召开第四届全国人大提上议事日程。召开第四届全国人大面临一个重要问题，就是设不设国家主席问题。***被打倒后，一些需要国家元首必须出席的场合，由国家副主席董必武出面。但一个国家长期没有元首，总不是个办法。所以，中共九大前后，就有关于设国家主席的议论。1970年3月，毛泽东提出召开四届全国人大和修改宪法的意见，同时提出“改变国家体制、不设国家主席”的建议，指出修改宪法时，“不要写国家主席这一章，我也不当国家主席”。4月上旬，林彪向中央政治局提出“设国家主席，并请毛主席兼任，副主席可设可不设”的书面建议，得到政治局多数成员的赞同。下旬，毛泽东在政治局会议上第三次提出不当国家主席，也不设国家主席的建议，并借用《三国演义》中的典故说：“孙权劝曹操当皇帝。曹操说，孙权是要把他放在炉火上烤。我劝你们不要把我当曹操，你们也不要当孙权。”
1970年8月22日下午，在庐山召开中央政治局常委会，相当于九届二中全会预备会议。会上，除毛泽东外的四个政治局常委，即林彪、周恩来、陈伯达、康生，提出根据群众的愿望和要求应实现党的主席和国家主席一体化，也就是设国家主席，并请毛泽东做国家主席。鉴于毛泽东身体不是很好，周恩来提出：如果设国家主席，今后接见外国使节等外交礼仪活动可以有国家主席授权。陈伯达则说：如果这次毛主席再担任国家主席，将对全国人民是一个极大的振奋和鼓舞。陈伯达讲后，林彪也附和。毛泽东仍然坚持不设国家主席，不当国家主席的意见，说：“设国家主席，那是个形式，我提议修改宪法就是考虑到不要国家主席。如果你们愿意要国家主席，你们要好了，反正我不做这个主席。”
第二天，即1970年8月23日，中共九届二中全会在庐山开幕，毛泽东主持会议。会议议题是讨论修改宪法问题、国民经济计划问题和战备问题。会议第一天，林彪发表讲话，仍然坚持设国家主席，并大肆鼓吹“天才论”，极力主张把毛泽东伟大领袖、国家元首、最高统帅的地位，用法律形式固定下来。第二日是小组讨论，讨论林彪的讲话。在小组讨论发言中，陈伯达、叶群、吴法宪、李作鹏、邱会作等人，包括其他不少会议代表，在分组会上都建议设国家主席，并请毛泽东担任国家主席。会上同时还散发、宣讲陈伯达编纂、林彪审定的《恩格斯、列宁、毛泽东关于天才的几段语录》，形成大讲天才问题、歌颂毛泽东和设国家主席的一边倒舆论。如果说林彪及其一伙鼓吹“天才论”和坚持设国家主席有他们个人野心的话（至今尚无有力证据证明林彪是为了自己当国家主席而鼓吹天才论和坚持设国家主席），其他的中央委员们至少大多数是希望毛泽东同志担任国家主席，结束中国长期没有国家元首的不正常局面的。
鉴于在九届二中全会之前审定宪法修改草案的工作会议上，吴法宪主张在宪法中要写上“毛泽东思想是全国一切工作的指导方针”，在表达毛泽东发展了马克思、列宁主义前面要加上“天才地、全面地、创造性地”三个副词，而康生、张春桥则反对。同时也可能更多的是因为张春桥不断插手军队事务，引起林彪手下军队系统代表的愤恨，还可能是因为陈伯达失宠后张春桥成为毛泽东的红人，引起人们对小人得志的不满。各小组在赞颂毛泽东“天才”和坚持设国家主席、请毛泽东担任国家主席的同时，张春桥成为众矢之的。与张春桥有宿怨的陈伯达在其中表现最烈，应该在情理之中。
在24日的华北小组会上，陈伯达攻击张春桥道：“现在竟然有人胡说‘毛泽东同志天才地、创造性地、全面地继承、捍卫和发展了马克思列宁主义，把马克思列宁主义提高到一个崭新的阶段’这段话是一种讽刺。”“有人利用毛泽东的谦虚，妄图贬低毛泽东思想。”“有的人说世界上根本没有天才，但是他认为他自己是天才。”“我们知道，恩格斯多次称马克思是伟大的天才，他的著作是天才的著作。列宁多次称赞马克思是天才。斯大林也称马克思、列宁是天才。我们也称过斯大林是天才。否认天才，是不是要把马克思、列宁全盘否定呢？更不用说要把当代最伟大的天才一笔勾销。”“我看这种否定天才的人无非是历史的蠢材。”“有的反革命分子听说毛泽东不当国家主席，高兴得手舞足蹈了。”
吴法宪在西南组发言说：“这次讨论修改宪法中，有人竟说‘毛泽东同志天才地、创造性地、全面地继承、捍卫和发展了马克思列宁主义’是个讽刺。我听了，气得发抖。这是党的八届十一中全会就肯定下来的，林副主席在《毛主席语录》再版前言中肯定下来的，怎么能不写呢？不承认，就是推翻了八届十一中全会的决议，推翻了林副主席写的《再版前言》。”“要防止有人利用毛主席的伟大谦虚，来贬低毛泽东思想。”
叶群在中南组发言说：“林彪同志在很多次会议上都讲了毛主席是最伟大的天才。说毛主席比马克思、列宁知道得多，懂得多，难道这些都要收回吗？坚决不收回，刀搁在脖子上也不收回。”
李作鹏在中南组发言说：“本来林副主席一贯宣传毛泽东思想是有伟大功绩的，党章也肯定了的，可是有人反对在宪法上提林副主席。所以党内有股风，是什么风？是反马列的风，是反毛主席的风，是反林副主席的风。”