噶尔丹才平，而策妄阿布坦又起。从准部强盛以后，土尔扈特，已为所逐；杜尔伯特，亦为所胁服；只有和硕特部，虽然达延汗为噶尔丹所袭杀，究竟还据有青海，势力足以相敌。策妄阿布坦就注意于此。
西藏的第巴桑结，是个狡黠不过的人。暗中招噶尔丹袭杀达颜汗之后，藏事已大权在握。一六八二年，达赖五世卒，桑结秘不发丧。而矫达赖命请封。一六九四年，封为图伯特国王。当噶尔丹侵喀尔喀的时候，圣祖叫桑结劝噶尔丹罢兵，桑结反嗾使他入寇。乌兰布通之役，桑结的使者，又代噶尔丹乞和，让噶尔丹乘间遁去。一六九六年，圣祖得到厄鲁特的俘虏，才尽知其事。于是赐书切责。桑结无法，才奏称：“达赖五世，死已十六年，转生已十五岁；今年十月里，就要去迎立他。仍请暂守秘密，免得诸部听得达赖死了要骚动。”圣祖也答应了他。这时候，圣祖正传檄西北，叫诸部协擒噶尔丹。策妄阿布坦，业已出兵；桑结的使者，在路上遇着他，又叫他不要动。桑结又叫青海诸部，到察罕陀罗海去会盟，意甚叵测。刚刚这时候，达延汗之孙拉藏汗，又图干涉藏事。因议立新达赖，和桑结意见不合。一七○五年，把桑结杀掉。奏废桑结所立达赖六世，而别立伊西坚错。诏封拉藏为翊法恭顺汗。而青海诸蒙古，又说伊西坚错是假的，自奉里塘的噶尔藏坚错为六世达赖，把他迎接到青海，请赐册印。诏暂居西宁的塔尔寺，以图调停。而策妄阿布坦的事起。
策妄阿布坦蓄意吞并和硕特，先假意和他交欢。娶拉藏汗的姊姊为妻，又把自己的女儿，嫁给拉藏汗的儿子丹衷，把丹衷招赘在伊犁。一七一六年，以送丹衷夫妇归国为名，遣将策零敦多布，率兵六千，从和阗逾昆仑山，突入拉萨。袭杀拉藏汗。把伊西坚错，幽囚起来。于是圣祖派年羹尧备兵成都，皇十四子允，驻兵西宁。恰好西藏也承认青海所立的达赖为真。于是一七二○年，西宁、成都，两路出兵。策零敦多布，由旧路逃去。新达赖入藏。于是以拉藏汗旧臣康济鼐、颇罗鼐，分掌藏务。
藏乱乎后两年，而圣祖崩，世宗即位。固始汗嫡孙罗卜藏丹津，暗约策妄阿布坦为援，诱青海诸部，盟于察罕陀罗海。游牧喇嘛二十万，同时骚动。一七二三年，十月，世宗派年羹尧、岳钟琪去打他。明年，二月。钟琪乘青草未生，出兵掩其帐。获其母及弟妹。罗卜藏丹津逃奔准噶尔。于是置办事大臣于西宁，以统领青海的厄鲁特蒙古。