在英军正规部队未到之前，梅轩利又一次陷入了中国民众包围的海洋中。
4月14日，梅轩利为了赶修警棚，带着一队警察又一次来到大埔。而附近的抗英志士们闻讯又一次将他们围困起来。他们在大埔西北面的山上开始进入阵地，在警棚不远处挖好战壕。当数千名民众发现有一个连队的英军士兵企图接应被围困的梅轩利们时，他们纷纷向英军士兵们发起攻击，步枪、轻型火炮的火力竟把英军的一连士兵压制得抬不起头来。梅轩利的警棚又一次被烧毁。他们又一次被拥有武装的抵抗者所包围。当荣誉号军舰上的英军登陆后，才算给梅轩利们解了围。接着，汇合后的英军开始向山上的中国抵抗者发起攻击。荣誉号军舰上的大炮向山上阵地猛轰，急袭半个小时后，英军步兵开始冲锋。抗英义士们力不能支，被迫退却。英军占领了山上抵抗者的阵地，并缴获了写有文字的大旗。
卜力见抵抗者已退却，遂决定将原定的4月17日接管仪式提前进行。为了保证仪式顺利进行，他下令登陆英军和停泊在港口的军舰一律担任警戒和保卫任务，保证接管仪式不出一点差错。
4月16日下午，英国接管新界的仪式在危险和不安的气氛里匆匆举行。空气中流动着琉璜和火药的味道，远处的山峦上不时有人向这里放着冷枪，脚踩的土地下犹如奔突着炽热的地火，随时都会突冒出来致人死命。我们就是在这样没有一点安全感的土地上匆匆举行了一场接管仪式……这是当年一位叫威尔逊的侵略者所写的一段话，他真实地记录了当时的真实情景。卜力、海军准将鲍威尔、骆克、香港英国名流纷纷赶到会场，庆祝接管仪式。一些新界居民也被军队和警察赶来被迫参加。
仪式开始了，英军士兵列队进入场地，军奏起，军舰上礼炮齐鸣，骆克将英国国旗升起后，煞有介事地向当地群众宣读《拓展香港界址专条》和行政局的命令，声称：从1899年4月16日下午两点五十分开始，新界的中国居民必须服从英国的管辖；从该日起，新界日出时要升英国国旗，日落降旗，不得更改……新界从此落入英国殖民者的手中。一个世纪的漫漫长夜从此开始了。然而，新界土地上的抗英斗争并没有结束。
英军占领大埔，奉行接管仪式之后，继续向西推进，沿途不断遭到抵抗者的坚决抗击。4月18日，约有3000名居民在上涌与英军展开激战，英军猝不及防，大败而逃。5月初，英军组织大规模围剿抗英队伍，抗英队伍最后退至锦田吉庆围。英军分几路包围了吉庆围。
吉庆围里居住的均是邓姓乡民，他们是宋朝崇宁年间从江西迁来的定居者。村周围挖有寨河，深达十几米，乡民们将吊桥撤走，英军只能隔岸相望。村子四周垒有高墙数米，墙壁上有枪眼，乡民可以向外从容射击。凭借着这古堡一样的堡垒，抵抗者和英军对峙着，顽强战斗着。
邓青士将退守在吉庆围的各路义士组织起来。兵分数路把守寨门，全村的男女老少都发动起来，日夜巡逻，一有险情，立时就鸣锣示警，英人虽然凶残，也奈何不得吉庆围。
吉庆围的正门有扇大铁门，是康熙年间为防海盗袭击时制造的。铁门不仅坚固无比，且非常好看，工艺水平很高。铁门一关，万夫莫开。就这样一连多天把英军阻挡在铁门之外。
侵略者面对不屈不挠的吉庆围人，恼羞成怒，于是就从港岛调来数门大炮，对准铁门狂轰滥炸，将铁门轰塌后，英军士兵冲进围内，屠杀了许多无辜的乡民。英军还抢走了吉庆围的铁门，作为向英王炫耀的战利品，在伦敦展览。1925年，在锦田围乡民众的强烈要求下，这扇饱经苍桑的历史之门又从英国运回香港，归还给锦田人。
新界人民的抵抗运动最终失败了。邓青士、邓仪石等抵抗领袖逃往到广州、南头等地。
英军扑灭新界反英烈焰之后，又将矛头指向觊觎已久的九龙城。
九龙城在香港古代政治、军事及经济史上占有重要地位。宋代时在今九龙城以南设置官富场，是广东沿海重要盐场之一，曾驻有地方水军。元朝政府曾在这里设置过县以下的一个行政单位，名叫官富巡检司。明清时仍有这个建制。从清朝嘉庆年间王崇熙等编纂的《新安县志》记载的情况看，官富巡检司管辖的土客籍村庄，大部分分布在今天的香港岛、九龙和新界，只有福田、赤尾、小梅沙等少数村庄，分布在现在的深圳境内。官富巡检司的管辖范围与目前的香港地区大体相当。官富巡检司衙署设在九龙半岛的官富寨。清初，衙署年久失修，遂而废之。康熙十年，巡检蒋振元在赤尾村购地造衙府，衙署方迁往该地。香港被英人割占之后，九龙半岛地位岌发可危，清政府决定将官富巡检司改为九龙巡检司，巡检驻地迁回官富九龙寨。1846年8月，当时的两广总督耆英奏请修建九龙城寨，他说：查九龙山地方，在汲水门之外，与香港逼近，势居上游，香港偶有动静，九龙山声息相通。是以前经移驻大鹏营副将及九龙山巡检，借以侦察防维，颇为得力。第山势延袤，驻守员弁兵丁无险可据，且系赁住民居，并无故事署兵堪以栖止，现值停工，又未便请动公顷。英夷虽入我范围，不致复生枝节，而夷情叵测，仍应加意防备……
修建九龙城时，广东府特派通判顾炳章任督工委员专司其职。据顾炳章编《勘建九龙城炮台全案文牍》言，建城地点九龙寨在九龙山中间白鹤山五里以内的沿海地带，当时有店铺、民房数百余户。顾炳章等经过实地踏勘，决定在白鹤山南麓距海三里的一片官荒地上修筑石城一座，周长199丈，城墙上筑城门四座。城上东西南三面配置大炮32门。城内辟有水池，城北筑腰墙一道，圈围山顶周170丈。此外，将城外旧有的九龙炮台南面加高增厚，添加三千斤大炮两门，与城寨成犄角之势。九龙城工程浩大，其中还包括修建武帝庙、副将衙署、巡检衙署、演武亭、大校场、军装火药局、兵房配套工程等。九龙城建成后，成为清政府在香港地区的政治、军事中心。
由于九龙城显要的地位，英人一直没有放弃占领九龙城等地的计划。
吉庆围被英占领后，卜力借口说发现抗英群众中有穿号衣者，很可能是九龙城中的清兵参加了抵抗运动。他以清政府没有履行租借协议为由，下令英军占领九龙城和深圳。5月16日下午，大约有两个连的皇家威尔士火枪队士兵和部分炮兵、工兵及百多名志愿者在九龙城码头登陆，强行开进九龙城。驻在城内的大鹏协副将没有组织抵抗，他向侵略者提出强烈抗议后，被英军驱赶出城。英军在城内大肆搜寻，将搜来的枪支、弹药、大刀、长矛、军服等堆放在城中空地，然后一把火燃着。当大火燃起，英军又在九龙城头升起英国国旗，并鸣礼炮二十一响以庆祝占领九龙城的胜利。
接着，卜力又下令攻占了深圳。攻占深圳之后，还想攻占新安县城，终因兵力不够，而只得作罢。
英人的无耻行径引起中国人民的极大愤慨，中国政府数次与英国政府交涉。为防止激起国际事端，发生不利英国的事情，英国政府只得下令，命卜力于11月16日撤离深圳，回到新界一边。只是九龙城英人仍不肯归还。
1899年11月15日，中国政府照会英国政府，对英军撤出深圳表示满意，同时强烈要求英国恪守条约，恢复中国对九龙城的合法管辖权。驻英公使罗丰禄奉命照会索尔兹伯里说：英国占领九龙城明显违背《专条》。中国政府希望英国政府考虑解决此问题的办法。因为《专条》的九龙城条款与中俄关于旅大租地条约中金州城的规定相仿，中国政府担心英国违约会引起俄国效尤，希望英方不要再给中国政府制造麻烦，立即撤离九龙城，让中国行使对九龙的管辖。
1900年1月15日，李鸿章在香港与港督卜力举行会晤。李鸿章此时已经接任两广总督，谭鍾麟已被解职。卜力因李鸿章是首次来港，便亲自陪同李鸿章到香港街市参观游览。李鸿章虽已年逾古稀，但仍对充满西洋风格的建筑和颇具现代色彩的交通很感兴趣。他看得兴致勃勃。只是在看完这一切后，他以十分新潮的口吻对卜力说：我被任命为两广总督的消息将于本月18日在全国各地的报纸上发布。那个令贵国不喜欢的两广总督谭鍾麟已被解职，他为什么被解职我不太清楚，但我肯定地说，他绝不是因为固执要求收回九龙城的缘故。我想阁下应该考虑归还九龙城的问题……卜力说，据我所知，俄国人租借旅大，也占了金州。李鸿章说，正是因为你们已经知道俄国人的做法，俄国人才非常迅速地撤离了金州。他们不想让世界各国舆论说长道短。更不想让你们抓住他们的把柄。我想提醒阁下，俄国人会抓住你们继续占有九龙城的事情大作文章，你们会被国际舆论搞臭……
卜力哈哈笑道：由他们去吧。如果我们也占据到像旅大那样的好地方，我们也会迅速撤离金州的。英国人仍厚着脸皮坚不撤军。
1898年10月20日颁布的英国枢密院第四条曾经承认中国对九龙城享有管辖权。1899年12月27日，英国对此进行修订，并于1900年2月20日在《香港政府宪报》公布。新的枢密院令声称：鉴于九龙城内中国官员行使管辖权于保卫香港之武备有所妨碍，上述枢密院令第四条应予废除，九龙城内的中国官员应停止在城内各司其事，且该九龙城在上述中英《拓展香港界址专条》所说的租期应实际上成为女王陛下香港殖民地的重要组成部分……
1900年3月2日，英国外交部又致函殖民部说：关于九龙城问题，索尔兹伯里勋爵建议不再给中国政府任何回答……
此时，中国北方义和团运动风起云涌，教案迭出。腐朽的清朝政府已经日薄西山，行将就木。1901年11月7日，李鸿章在北京病逝。1908年11月14日、15日，光绪皇帝和慈禧太后相继死去。4年后，即1912年2月12日，清廷于万般无奈中颁发皇帝退位诏书：
今全国人民心理多倾向共和，南中各省既倡议于前，北方诸将亦主张于后，人心所向，天命可知。予亦何忍因一姓之尊荣，拂兆民之好恶。是用外观大势，内审舆情，特率皇帝将统治权公诸全国，定为共和立宪国体，近慰海内厌乱望治之心，远协古圣天下为公之义。
至此，统治中国达260年之久的清王朝宣告结束。然而，香港的耻辱却延续了下来。国事繁纷，已无人念及被英人无端赖去的九龙城。九龙城管辖权之事便被搁置下来。这一别就是99年……