初级阶段选举背后的故事，只要凭着想象就可以断定出一切情景。在不足以保证百分百公正的情景下，选举的结果自然也会招致很多非议。有人根据徐树铮当时的电稿研究，选举期间跟徐树铮密电往来的各地实力派北洋军人，至少有十六人。在一些省份，徐树铮甚至将拟当选的名单发给各省督军，让他们照单接受。当然，违规者并不只是徐树铮和安福系。有着商人投机心理的交通系，眼看大势已去，无意与安福系争锋，很快倒向安福系。这样，倒霉的就剩下研究系了。6月20日全国投票的结果是安福系大胜，四百七十席国会议员中，安福系控制了三百四十二席；其余的一百二十八席中，交通系控制了五十至八十席，研究系控制了二十席，其他席位由无党派人占有。在此之后，新一届国会选举出参众两院正副议长：梁士诒、朱启钤为参议院正副议长；王揖唐、刘恩格为众议院正副议长。
选举结果一边倒，最愤愤不平的，就是研究系的领袖梁启超了。本来以梁启超的社会影响力和能力，以及他对于议会政治的理解，研究系应该得到更多席位。不过因为研究系知识人士较多，组织松散，相互之间缺乏足够的团结，也不如安福系那样有充分资金支持，因而酿成此果。雪上加霜的是，研究系另一领袖人物，四十五岁的汤化龙在温哥华遇刺身亡——汤化龙是受北京政府委托，在北美考察政治制度的运行情况，被国民党员王昌刺杀。国民党斥责汤化龙为“袁之走狗，段之帮凶”。王昌在遗书中写道，“我不忍坐视国亡，实行铁血主义”。后来的结果显示，王昌背后的策划者是国民党海外部长陈树人——陈树人以五千元雇用了王昌行凶。汤化龙灵柩运回北京后，梁启超悲伤地拟就一副挽联，“一卧沧江惊岁晚，几回青锁点朝班”，表达出对国民党激进派的强烈愤慨，也感叹岁月的流逝与无常。这时候的梁启超，对政界已明显表示倦意了。
新国会的产生，让段祺瑞踌躇满志。不过这一次选举，也埋下了众人怨恨段祺瑞的种子。相比袁世凯，段祺瑞一直饱受诟病的是他的用人，这个合肥人似乎一直喜欢任人唯亲，在此之前他任用的段芝贵、王揖唐、徐树铮、龚心湛、吴炳湘等曾引起过很大争议，包括后来担任临时执政时任用的内阁总理贾德耀，这些人不是他的亲信就是他的同乡；至于陆军总长吴光新，更是他的妻舅。如果说之前的段祺瑞还没有充分表现武断和专权的话，那么，这一次段祺瑞借助安福会对于国会的控制，更让其专权得以大暴露。对段祺瑞和皖系怨恨最大的，是梁启超林长民所在的研究系。在他们看来，先前研究系与安福系一直有良好的合作，成立临时参议院、修改法律、重选议员、召集新国会，全都是研究系一力促成，没想到在这一次选举中，安福系如此无情逼人至绝境。让梁启超感到不满的还有，自己身为财政总长，却对政府秘密对日军械借款的事毫不知情，不过一点也不奇怪，如此独断专行，正是段祺瑞的一贯风格。合作一年后，梁启超算是看清了段祺瑞的面目，这哪里是个致力民主宪政之人呢？分明是个喜欢独裁与专制的旧军阀。如此当政，中国绝难走向民主和宪政。这个时候，梁启超已决意跟皖系决裂。
谁当大总统
冯国璋在北京的日子，过得并不愉快。虽然位居权力中心，但一举一动，都成为焦点。尤其是那些无所约束别有用心受制于各方势力的报章，对于领导人的任何举止，都心存监视，随意贬损，揶揄刻薄。上任伊始，冯国璋住进了中南海。代总统看到湖水中满是游来游去的肥鱼，便问随从：这些鱼能捞着吃吗？回答是：中南海都归大总统你管，鱼当然可以随意安排。冯国璋便让人经常从湖里捞一些做菜肴，因鱼太多，手下人也拿一些上街卖。没想到这样一件小事传出去后，报章争相报道，意指冯代总统爱财心切，连中南海湖里的鱼也不放过。冯国璋看到报章如此作文章，只好苦笑，也没申辩。
国会议员名单刚公布，冯国璋就明白，自己若想正式当选大总统，难度非常大。从名单来看，皖系占了半壁江山。自己若想当总统，就得与段祺瑞进行政治交易。这时候方方面面的消息，似乎是三朝元老徐世昌竞争大总统的呼声最高。徐世昌资格颇深，威信极高，不仅受段祺瑞和皖系尊重，也受到包括前清等方面势力的拥戴。冯国璋瞻前思后，发表通电，袒露自己的告退决心：“今距就职代理之日，已逾一年，而求所谓统一平和，乃如梦幻泡影之杳无把握，推原其故，则国璋一人，实尸其咎……所冀国会议员，各本良心上之主张，公举一德望兼备，足以复统一而造平和者，以副《约法》精神之所在，则国本以固，隐患以消……”
虽然表明不愿当总统，不过对于新国会，在接受《晨钟报》记者采访时，冯国璋仍表示了自己的支持立场：“余已决不愿下届总统之当选，且余乃承认新国会而不承认旧国会者。至于新国会之举总统，如为东海（徐世昌），我竭力赞成，万一而及于余，亦惟有不就而请副总统代理。余已在河间购置住屋，退职以后，不住在京，亦不在天津，将归河间故乡，耕种自活。”从这段话可以看出冯国璋去意已决，即使是当选总统，也要让副总统代理，这样决绝的态度，又有谁能挽留呢？冯国璋宣布退出，让段祺瑞压力倍增，社会上纷纷传言这一届国会是“安福国会”，是段祺瑞为当总统所做的铺垫。在这种情况下，段祺瑞不得不考虑自己的处境：自己若竞选大总统，应有相当可能。不过，若竞选，也存在不利因素：武力统一中国主张的争议，与日本潜在不干不净的联系为人诟病；加上段祺瑞为人处世处处强势，得罪了不少人。除此之外，西南各省对于新国会持不承认态度，斥之为“非法国会”；北方政界的交通系，以及研究系，因为国会选举上的失败，对段祺瑞怀恨在心；冯国璋的退出，也引起直系曹锟及长江三督的私下不满。反对力量如此巨大，难以预料的因素太多。段祺瑞左思右想之下，为显示公允和无私，也宣布退出大总统的竞争。
局势如此微妙，最有竞争力的冯国璋和段祺瑞都选择退出，那么，谁来继任这个大总统呢？局面纷乱的情况下，“家有一老，便是一宝”，这一“老”，便是为各方面所接受的徐世昌。徐世昌作为北洋元老，德高望重，智能超群，推崇“文治天下”，似乎是不错的人选，也为冯国璋和段祺瑞所接受。不过徐世昌一直游离于核心政治圈之外，对于功名和权力不算热衷，尤其对段祺瑞刚愎自用独断专权心有忌惮。因此，徐世昌迟迟不愿表态，迟疑着是否同意参选。倍感压力的段祺瑞于是干脆发表通电，不仅不愿意竞选总统，干脆连内阁总理一职也放弃了：“……惜祺瑞襄赞无方，未能早纾国难，上负总统知人之哲……元首改任之时，即政局重新之会，祺瑞自应及时引退，遂我初服。”
有了段祺瑞的公开保证，有了各方的统一协调，徐世昌这才放心大胆出山。9月4日，第二届国会在象坊桥众议院举行总统选举会，一大早起，宣武门和日绒线胡同一带，军警林立戒备森严，沿街的居民商铺都悬挂着五色旗。众议院的大门口，树立一个硕大的彩架，上面嵌有黄色的“总统选举会”五个大字。上午十点，参议院院长梁士诒宣布开会，众议院院长王揖唐任大会主席。参加选举的共有议员四百三十六人，其中参议院出席者一百三十一人，众议员出席者三百零五人，超过《大总统选举法》规定的三分之二以上法定人数。选举结果当场公布：徐世昌以四百二十五票的绝对多数当选为中华民国大总统。这也是民国第二任、第四位大总统（前三人为袁世凯、黎元洪和冯国璋）。徐世昌在得知自己当选的消息后，第二天发表一篇揖让文章，“以示谦德”，表示想辞去总统之位。这一行为，像是历代官场惯例的重演。以徐世昌的真实心理，对于总统职位，的确是犹豫不决。张作霖、倪嗣冲等各省要员纷纷表态，致电恭贺徐世昌当选大总统，其中以张作霖的态度最为积极。居于紫禁城的溥仪和遗老遗少们，也敦劝徐世昌不要辞职。以他们的考虑，老资格的徐世昌对于前清皇室，还是有相当感情的，如果徐世昌主政，至少遗老遗少们会感到踏实很多。
徐世昌的当选，同样招致了一些反对之声，其中以在湖南的吴佩孚和西南系军阀最甚。吴佩孚反对的理由是国会议员选举不合理，应由全民选举。西南势力则从“法统”角度出发，只承认冯国璋的代理大总统地位，不承认新成立的国会，也不承认新国会选举出的大总统。对于西南势力的态度，前任代理大总统冯国璋致电广州军政府岑春煊、陆荣廷等人，为徐世昌疏通，请他们以大局为重，赞成徐世昌为第二任大总统。不过冯国璋的通电和建议，遭到了西南势力的拒绝。
大总统定夺之后，开始副总统选举。安福系一直盘算把副总统留给曹锟，以换取直军对南方的进军。段祺瑞亲自致书参议院议长梁士诒、众议院议长王揖唐，力荐主选曹锟为副总统。不过徐世昌一心想推进南方和谈，考虑将副总统的位置留给南方；研究系和旧交通系对于提名曹锟担任副总统不感冒，出于对安福系占大多数的不满，均采取了不出席的方式以示抵制。10月6日是副总统选举日，四十多名议员组团到万牲园游玩，议员选举不到法定人数只得推迟。没想到在推迟的10月8日选举日，又有一些议员不知所踪，议长王揖唐无奈宣布副总统选举延会，实际上是无限期延期。
10月10日上午九点整，新旧总统交接仪式在大总统府居仁堂举行。这一座西洋建筑，是1902年慈禧下令在她曾经的寝宫中海仪鸾殿旧址上，参照俄国使馆的模样建造的。1904年竣工之时，取名为海晏堂。民国后，这里成为袁世凯办公会客的场所，更名为居仁堂。没有媒体和外国公使受邀出席，对外解释是总统府内部空间不足，实际上居仁堂可容纳上千人。政府不邀请外国人参加仪式的真正原因，是吃不准外国公使团对新总统的态度。仪式上，面对高悬的五色国旗，卸任的代总统冯国璋跟新当选的大总统徐世昌一起三鞠躬致礼。十时整，徐世昌在居仁堂宣读就职宣言：“惟是事变纷纭，趋于极轨，我国民之所企望者，亦冀能解决时局，促进治平耳。而昌之所虑，不在弭乱之近功，而在经邦之本计。不仅囿于国家自身之计划，而必具有将来世界之眼先。敢以至诚极恳之意，为我国民正告之。”在就职宣言中，徐世昌声明，眼前最要紧之事，“佥曰南北统一，求统一之方法，固宜尊重和平”。内政之外，还当求自立于世界之道，国家权力之发展、国际地位之保持，亦为国家存亡之关键。
新总统上任当天，发布了第一号总统令，免去了段祺瑞国务总理职务，由钱能训代理。段祺瑞专门发表一个退职通电，声明此后专任参战督办，以贯彻参战宗旨，对于国内战争无权过问。旧内阁的辞职和新内阁的组成，很快获得新国会的通过。值得一提的是，这一届内阁是民国早期少数几届经国会完全批准的内阁之一。
在徐世昌看来，一个各方面稳定的中国，是谋求和平与发展的前提，而他的手段，就是就职宣言中所提出的“偃武修文”四个字。“修文”，就是以文化来凝聚中国人心，将之作为社会前进的目标和方向。徐世昌上任之后的一系列举动，带有传统文化的中庸色彩——国会宣布将孔子的诞生日作为全国性节日。对于孔子的态度，一向可作为测验政权的“晴雨表”：当一个朝代变得保守时，孔子会成为拥戴的大旗；当一个朝代变得激进时，孔子则变成攻击的标靶。除此之外的举动还有，徐世昌将总统府从中南海搬迁出来，下令赦免张勋无罪，后来还委任张勋为林务督办；大力倡导尊孔读经，决定举行郊天祀礼。徐世昌还积极支持皇室王公毓朗当上民国议员，让载涛这位原清廷禁卫军训练大臣出任民国将军……徐世昌对于清朝的尊重和补偿，有一定个人情感的因素，在他看来，虽然清朝已退出历史舞台，不过在一些遗老遗少内心中，清廷也还是有一定号召力的。徐世昌的初衷，是想努力缓解当时社会存在的一切矛盾，包括前朝对于民国的潜在敌意，以及民国对于前清的不屑等。
至于“偃武”，就是促使社会各方面武装力量“停战”。徐世昌10日就任，15日签署和平令，并在北京召开各省督军会议，奉督张作霖、直督曹锟、皖督倪嗣冲、鲁督张怀芝、吉督孟恩远、豫督赵倜、鄂督王占元、赣督陈光远、晋督阎锡山等九省督军应邀到京；绥远都统蔡成勋、淞沪护军使卢永祥，黑龙江、湖南、甘肃、陕西、江苏、四川等各省代表以及参战督办段祺瑞等参加了会议。曹锟因没有当上副总统，郁闷羞愧不想参加，徐世昌一再电请，告知一定等他驾临才开会。如此给足颜面，曹锟只好于14日开会前到达。会议连开两日，各路军阀积极表示服从大局，赞成南北和平，原则上削减军队，整理财政等。与此同时，参议院院长梁士诒召集徐树铮、王揖唐、王郅隆、曾毓隽、吴炳湘等一干人开会，提议将副总统之缺位留给南方代表，以争取南北统一。16日，徐世昌下令前线部队停战休兵。一时间，全国上下竟有清新畅达之和平气氛，战争之阴霾似乎即将一扫而尽。
徐世昌担任大总统后一系列冷静平稳的政策，显示了他为人们所预料的保守派风格：先是竭力维持各方面稳定，维持方方面面势力的良好关系，以稳健的方式寻求沟通和探讨，然后逐一去解决问题。不过这种政治谋略释放出的信号是不准确的，在很多人看来，徐世昌似乎对清廷有特别好感；甚至有人说徐世昌是为溥仪重新出山做准备。一个足以佐证的现象是——徐世昌当大总统期间，北京街头的长袍马褂要比平日多得多。
政治就是这样经常传达着偏离的信号——有时候模糊不清，有时候一心一意；有时候心猿意马，有时候指桑骂槐；有时候南辕北辙，有时候又是在含糊中传递着坚定的脚步……这样的方式，身置其外，是很难看得很清楚的；甚至身陷其中，也很难对自己洞明。如果说一开始对于执政还抱有乐观态度的话，那么很快徐世昌就意识到，作为一个手中无权也无钱的总统，在军人和官僚之间周旋，是如何无能为力。徐世昌资历深厚，世事洞明人情练达，绝对堪称官场“老狐狸”，不过即使这样，一个手无寸铁的花甲老人，在纷纭的乱世以及粗鲁的强权面前，终究是难以占得便宜的。
我们也是战胜国