然而，事情并非一帆风顺。明成祖永乐十九年（公元1421年）四月初八日，北京新宫中的奉天、谨身、华盖三大殿遭雷击起火，化为灰烬。朱棣以为是上天示警，下诏求直言反省。其实许多大臣家在南方，本来就不愿意迁都。因此，大臣们借此事交相上疏反对迁都。朱棣很不满，甚至杀死了言辞激烈的萧仪。反对迁都的大臣不再敢指责皇帝，转而攻击那些拥护迁都的大臣。双方争辩激烈，朱棣命他们于午门外跪着辩论。户部尚书夏原吉为稳定局面，主动将责任承担下来，才逐渐缓和了矛盾，迁都之议平息下来。
“朱十族”、“瓜蔓抄”朱棣攻取南京后，对那些不肯归附自己的大臣肆意屠戮。朱允炆削藩的主要谋士黄子澄，先被砍去双手、双腿，然后方将其杀死，齐泰亦被“族诛”。对抵抗最为坚决的铁铉，朱棣非常愤恨，命人割下了他的耳鼻后才将其杀死。礼部尚书陈迪和儿子等六人同日就刑，朱棣在行刑前将陈迪儿子的耳鼻割下煮熟让陈迪吃掉，并问味道如何。陈迪没有惧色，回答道，“忠臣孝子的肉鲜美无比”，坦然就刑。
朱棣入京后，立即揭榜（悬赏捉拿）黄子澄、齐泰、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀宫人、女官以及内官无数，只留下一帮曾向他通过风报过信的太监。朱棣又迁建文帝朱允炆的母亲于懿文陵幽禁，杀掉建文帝三个兄弟。建文帝七岁的儿子太子朱文奎于乱中“不知所终”，想必是被朱棣杀掉。朱允炆另外的小儿子朱文圭当时才两岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，后来不知所终，想必也是被朱棣派人弄死，以绝后患。有记载说朱文圭一直幽禁在凤阳，至明英宗时才放出，已经五十七岁，尚不能分辩马牛，完全被禁锢成一个痴呆人了。
朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起草自己的继位诏书，因为在此之前，朱棣的谋士姚广孝曾在北平时对他讲，方孝孺是天下“读书种子，”可以笼络天下读书人的心，绝不可杀。
方孝孺深受建文帝朱允炆知遇之恩，乃建文朝的耿耿忠臣，身穿衰桎白衣大哭于阙下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施礼，依旧嚎哭不已。
朱棣劝说方孝孺：“我是效法周公辅佐成王啊。”
方孝孺止住哭声，厉声反问：“成王安在？”
“他自焚而死！”朱棣答道。
方孝孺又问：“何不立成王之子？”
朱棣回答：“国赖长君”。意指自己。
方孝孺咄咄逼人，“何不立成王之弟？”（意思是建文帝几个弟弟都已成年），朱棣不得已，亲自下殿走到方孝孺面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事费神。”
左右递过纸笔，朱棣说：“诏天下，非先生不可。”
方孝孺夺过诏纸，在上乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草！”
朱棣怒急，大声叫道：“怎能让你痛快一死，即死，难道你不怕我诛你九族吗？”
方孝孺大喝：“便诛十族又奈我何！”
此时，朱棣已皇位在座，顿呈残暴本性。朱棣命卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边。然后，命人逮捕其九族亲眷外加学生，凑成十族，共873人，依次碎剐杀戮于方孝孺面前。方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟于聚宝门外，时年四十六岁。
方孝孺临刑前做绝命诗，曰：“天降乱离兮孰知其尤，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉，庶不我尤！”
这之后，朱棣又兴“瓜蔓抄”。所谓“瓜蔓抄”，含有顺藤摸瓜之意，即转相攀援，广加株连，滥杀无辜。此事始于朱允炆的御史大夫景清。景清在朱棣登基后并没有马上殉节，而是委身于朝班很长时间。
一天，景清身穿绯衣，暗藏利刃，准备行刺朱棣。朱棣见景清神色异常，命人搜身，得到利刃。景清当庭辱骂朱棣，不屈而死。朱棣命人将景清剥皮实草，系于长安门示众，并令人用铁刷子将景清的肉一层层刷下，还把骨头打碎。景清死后，其街坊邻居，甚至包括和景清稍有些关系的人都被杀。这种打击面比“诛十族”还要宽，因为“十族”还有明确的界限，而这种“瓜蔓抄”几乎没什么界限可言，所以无辜受牵连被杀者不计其数。
建文朝右副御史练子宁，在殿上怒骂，朱棣命人先割掉他的舌头，此后寸磔而死，其宗族被杀者151人。
太常卿黄子澄，也被诛三族，凌迟处死。
建文朝监察御史高翔，因其丧服入见，朱棣命卫士杀之于殿上，没产诛族，又掘发高氏宗族墓地，焚骨抛尸，交杂狗骨马骨四散丢弃。
建文朝监察御史王度、宗人府经历宋征、监察御史丁志、监察御史巨敬，皆被朱棣施以族诛之刑。
建文朝大理寺丞刘端弃官逃去，被抓入殿。朱棣问：“练子宁、方孝孺是什么样的人？”
刘端笑答：“忠臣也！”
朱棣问：“汝逃，忠乎？”
刘端回答：“存身以图报耳！”
朱棣狼性大发，命人用刀割去刘端耳鼻，狞笑着问满头血污的刘端：“作如此面目，还成人否？”
刘端骂道：“我犹有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去见皇祖！”
朱棣狂怒，亲手用棍棒把刘端捶击而死。
除了多位建文朝忠臣自己或全家自杀外，朱棣虐杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。历朝历代异姓相伐相杀，从未有这样惨屠对方官吏臣下的举动。对建文朝遗臣的这场大屠杀，前后延续了十余年，无辜罹难者成千上万，难以尽数。其杀戮之惨，手段之恶，株连之广，甚至超过了异族入侵，确为历朝历代所罕见，朱棣因此遭到后人的严厉谴责。
建文帝忠臣惟一善终者，只有魏国公徐辉祖一人。朱棣召见徐辉祖，徐辉祖不出一语。由于徐辉祖是功臣徐达之子，家有免死的誓书铁券，其弟徐增寿又因想投降朱棣被建文帝杀掉，朱棣才免其一死，革其禄米，把他一直软禁在家。
残暴如此，坐稳龙椅后的朱棣很想换张脸皮以“仁德”形象留诸后世。明成祖永乐二十二年（公元1424年）的甲辰科举考试，本来第一名状元是孙日恭。考试官员最后把录取名单呈给朱棣过目，这位皇帝一反常态，细细研读，竟咬文嚼字起来：“孙日恭第一名，不行！日恭两字合起来就是‘暴’（古文是竖版，所以两个字看上去就是‘暴’字）。朕一向以仁心为本，平生最恶残暴苛刑，隐暴于名的人断断不能为我大明状元。”批来批去，从三甲之中点了一个名叫邢宽的人为状元。邢宽，乃“刑宽”的谐音，以此来显示永乐皇帝治下轻刑薄赋、仁德四海的“太平景象”。
身后谜团
朱棣的生母之谜
明成祖朱棣出生于元顺帝至正二十年（公元1360年），正是元末群雄并起、互相征伐的战乱时期。但直至元顺帝至正二十七年（公元1367年）旧历年底，朱棣七周岁时，朱元璋才为其正式取名为朱棣。朱棣不仅名字起得晚，而且其生母是谁，居然也是个谜，这在常人看来似乎不可思议。但这个谜确实存在，数百年来一直扑朔迷离。
朱棣自称是马皇后所生，自然也就是所谓嫡子了。但自永乐年间以来，各种官方史书和野史上都对成祖朱棣的生母问题有所记载和猜测。二十世纪以来，李晋华、傅斯年、朱希祖、吴晗等一批知名学者都对这个问题进行了翔实的研究，就连陈寅恪这样的学术大家也对这个问题怀有兴趣，并给傅斯年提供相关史料。但据历代学者考证，朱棣的生母应该不是马皇后。到底生母是谁，也说法不一：有的说朱棣与周王朱楠是马皇后所生，而太子及秦王、晋王等都是庶出。有的说朱棣是达妃所生，太子与秦王、晋王则是马皇后所生。有的则说朱棣的生母是硕妃。此外，还有其他一些说法。
明成祖朱棣自称自己是孝慈高皇后（即马皇后）所生。马皇后，凤阳宿县（今安徽宿县）人，濠州红巾军郭子兴养女。元顺帝至正十二年（公元1352），郭子兴将其许配给部将朱元璋。当年朱元璋受到了郭子兴的猜忌，马氏多次从中调解周旋。明朝建立后，朱元璋册封马氏为皇后，对她十分信赖，多次听从她的意见宽免大臣过错。因此，有人将她与历史上的贤后——唐代长孙皇后相提并论。
《太祖实录》和《太宗实录》都说朱棣为马皇后所生，后来的史籍如《明史》等正史多因循这种说法。
但是除朱棣外，马皇后亲生皇子都有谁，又有着不同的解释。一种说法认为马皇后生懿文太子、秦王、晋王、燕王、周王。朱棣在夺取皇位后，马上让人编了一部叫《奉天靖难记》的书，为自己篡夺皇位辩解。该书开卷就标榜自己是马皇后的嫡子：“今上皇帝（指成祖朱棣），太祖高皇帝第四子。母孝慈高皇后生五子：长懿文太子，次秦王，次晋王，次今上皇帝，次周王也。“还有一种说法认为马皇后只亲生燕王，周王、懿文太子、秦王、晋王都不是马皇后亲生。其实仔细推敲起来就会发现，《太祖实录》为成祖朱棣所修（成祖为了抹杀自己即位前的真实事实，曾两次改修《太祖实录》，删减篡改之处甚多），《太宗实录》为宣宗所修，其中自然也有粉饰的成分，当然宣称朱棣为马皇后的嫡子。
社会上更加流行的却是另外一种说法，即成祖生母是蒙古人洪吉喇氏。洪吉喇氏是元顺帝的第三福晋，是太师洪吉喇特托克托的女儿。元顺帝败走蒙古，朱元璋入大都（今北京）后见洪吉喇氏貌美，就留在身边。然而，洪吉喇氏入明宫时就已经怀孕，所生的就是明成祖朱棣。所以，朱棣即元顺帝的遗腹子。其实这只是民间的传说而已，徐达攻陷大都是元顺帝至正二十八年（公元1368年），而朱棣生于元顺帝至正二十年（公元1360年），两者相差达8年之久。这种情况可能由于朱元璋刑罚过严、朱棣杀戮过重，从而导致民情激愤，因而编造谣言以发泄胸中的不满情绪，以至于以讹传讹。
还有其他一些说法，比如说成祖是达妃所生，或元主妃不是洪吉喇氏而是翁氏，等等，但都影响不大。实际上，朱棣的生母争论的焦点是成祖到底是嫡出还是庶出？以上看法都可以归纳到这个问题上来。朱棣非马皇后亲生而生母为妃的说法，经过明史专家李晋华、吴晗等人的精细考证，已为大多数学者所接受。
朱棣为何一再强调自己是嫡出呢？这是因为明朝的皇位继承制为嫡长子继承制，只有嫡子继承皇位才是深得人心的，否则会危及皇权的稳定。特别是朱棣通过靖难之役，将建文帝赶下台后取而代之，更恐难以服众。朱棣担心后人说他篡权，所以才千方百计强调自己嫡出的身份。这种此地无银三百两的伎俩，是不足为怪的。
与世界同步
睁眼看世界
1403年，巴叶齐德一世卒，奥斯曼王子穆罕默德一世、苏莱曼一世和穆萨为争夺王位，各据一方，奥斯曼三子内战爆发。至1403年，穆罕默德一世重新统一奥斯曼，内战结束。
1403年，西方第一个民间出版行业组织——“书业公会”在英国成立。
1403年，前新加城国王拜里迷苏剌在马来半岛西南部建立马六甲王国。
1404年，葡萄牙探险者占领大西洋东部的加那利群岛，这些岛屿成为该国进行越洋探险的前沿阵地。
1405年，文莱人首领穆罕默德在加里曼丹岛北部建立了文莱政权。
1407年，奥尔良公爵路易一世与西勃良第公爵让争权，法兰西统治集团分裂为奥尔良派和勃良第派。同年11月，路易一世被刺杀。
1409年，比萨宗教会议召开，废黜罗马教皇格雷里哥里十二世和阿维尼翁教皇本尼迪克特十三世，另选菲拉尔伊为教皇，改名为阿历山大五世，设立波洛尼亚教廷，但格雷哥里十二世和本尼迪克特十三世拒绝退位，遂形成三教皇并立的局面。
1410年，波兰的波希米亚雇佣军在坦能堡战役中大破条顿骑士团。次年，波兰与条顿骑士团签订了《第一次托伦和约》，条顿骑士团割让萨莫吉希亚予波兰。
1412年，西西里国王马丁卒，无后代，巴塞罗那王朝结束。同年，卡斯提王子费尔南多一世兼称西西里国王。自此，西西里国王长期由外国君王兼任，费尔南多一世兼领西班牙两个最强大的邦国，奠定了日后西班牙一统的基础。
1413年，法兰西巴黎人卡博希起义，迫使政府分布《卡博希法令》，规定成立三个会议以处理公共事务。
1415年，君士坦丁宗教会议召开，决议解散波洛尼亚教廷。同年，罗马教皇格雷里哥里十二世退位，罗马教廷亦解散。
1415年，波希里亚宗教改革领袖胡斯出席君士坦丁宗教会议，被宗教会议宣判为异端分子，并予以处死，引起了波希米亚人的公愤。
1415年，葡萄牙王子、航海家恩里克斯率领船队抵达摩洛哥的休达，在当地建立起葡萄牙第一个殖民地，开始形成了葡萄牙殖民帝国。
1416年，意大利舞蹈家多梅尼科的舞蹈论文集《关于舞蹈和指挥合唱的艺术》手抄本问世。
1417年，纽伦堡伯爵弗里德里希兼称勃兰登堡选侯，也称为弗里德里希一世，建立了勃兰登堡，史上称之为霍亨索伦王朝。自此，霍亨索伦家庭在德意志北部渐渐强盛起来。
1419~1434年，发生了捷克胡斯战争。
1420年，法兰西战败，与英格兰签订了《特鲁瓦条约》。法兰西国王查理六世被迫承认英格兰国王亨利五世为其继位人及摄政，并将卢瓦尔河以北土地划归英格兰。
1420年，绍纳人卡兰加部首领尼亚齐姆巴·穆托塔在今津巴布韦和莫桑比克建立莫诺莫塔帕王国。
1421年，穆拉德二世继为奥斯曼国王。穆拉德二世在位期间，在小亚细亚发动统一战争，消灭各加齐政权，并进而入侵东南欧。
1422年，英格兰国王亨利五世和法兰西国王查理六世卒，亨利六世继为英格兰国王。同年，亨利六世兼称法兰西国王，以贝德福公爵约翰为法兰西摄政。
1423年，迈森侯爵弗里德里希四世改任萨克逊—维滕堡选侯，又称为弗里德里希一世，并将迈森和图林根地区并归萨克逊——维滕堡。自此，韦廷家庭开始统治萨克逊——维滕堡地区。
1423年，欧洲发现现存最早的有印发时间的印刷版画《圣克利斯道夫像》。