可就在明神宗十九年（公元1591年）八月，明神宗朱翊钧答应册立东宫的日期已经接近，工部主事张有德上疏要求准备册封的仪物，明神宗朱翊钧终于等到了这一天，先是扣了张有德三个月薪水，然后跟大臣们解释说，大家明明说好了的，在这期间谁也不提国本之事，这可是你们先犯规的。大臣们认为这是明神宗朱翊钧在耍赖，明神宗朱翊钧却反复重申那个约定。
在当时的明神宗朱翊钧看来，皇后并没有生儿子，朱常洛与朱常洵都不是嫡子，立哪个儿子做太子应该是自己的事。
郑贵妃很是高兴，在明神宗朱翊钧的耍赖下，对太子的册立可以延缓了。这不仅仅是延缓，如果明神宗朱翊钧继续耍赖下去，就很有可能是更改。可大臣们却不这样想，他们认为，这件事已经快十年了，兄弟们也被杀了不少，自己学富五车，又有这么多兄弟，居然用了十年时间也做不成这样一件事情，日后到了地府，如何跟大明的祖宗交代？
就在明神宗万历二十年（公元1592年）正月，礼科都事中李献可同六科诸臣联合上疏，要求皇长子朱常洛应该学习了。从这一点来看，明光宗朱常洛在十一岁之前就没有学过什么文化知识，可见明神宗朱翊钧对他的感情是多么的淡薄。
明神宗朱翊钧看到这封奏疏，大怒。其实大臣所谓的学习就是希望明神宗朱翊钧允许皇长子朱常洛接受帝王教育。明神宗朱翊钧一怒，就打人。但打了一批，又来了一批。一直到明神宗万历二十一年（公元1593年）正月，明神宗朱翊钧打不动了。此时，明神宗朱翊钧已把断头政治运用自如，只在国本事情上动一动脑袋。可明神宗朱翊钧觉得这样下去，有违自己的断头政治的宗旨，就跟大臣们说：这样吧，既然大家都对这件事这么感兴趣，我也只好按照祖宗成法来办了。祖宗说：“立嫡不立庶”，现在王皇后虽然没有生育，但未必不代表她以后也不生育。如果她生了一个孩子，我就将其册立为太子。那么现在，我就将皇长子朱常洛封王。
但同时，明神宗朱翊钧又把三子朱常洵与五子朱常浩封王。消息一传出，大臣们哗然。有大臣跑回家就开始写奏疏，第二天就呈给内阁。大臣们的意思是惊人的一致：您封了三个王，那么，请问三王之间有差别吗？如果没有差别，皇长子朱常洛的地位何在？
这种瞒天过海的计策没有取得成效，不得已，明神宗万历二十一年（公元1593年）的二月，明神宗朱翊钧收回三王并封之命，并跟大臣们保证，如果王皇后在二三年之内还没有生子，那么，就册立皇长子朱常洛为太子。
不得而知，已经十三岁、却没有一点知识的朱常洛到底作何感想。似乎朱常洛的祖宗们的好勇斗狠的血液并没有遗传给他。如果不是朱常洛太懦弱，或许国本之争也不可能持续了11年而仍悬而未决要继续下去。
明神宗万历二十一年（公元1593年）八月，一颗彗星横穿夜空，当时首辅王锡爵趁机向明神宗朱翊钧密奏：“您是天之子，太子是您的儿子。您如今不承认您有儿子，老天发怒了。”明神宗朱翊钧不理会，是年，皇太后生辰，王首辅又密奏：“皇上不要拖了，请立定国本。”
明神宗朱翊钧道：“万一皇后生子，该当如何？”
王首辅回答：“十年前，您这样讲还可。皇长子已经十三岁了。您听过哪一朝太子到十三岁时还大字不识的吗？”
明神宗朱翊钧听了此话似乎有所触动，据史载，他“颇感动”。在这感动之下，明神宗朱翊钧在同年的十一月二日，下令，要皇长子朱常洛“出阁讲学”。明神宗万历二十二年（公元1594年）二月四日，皇长子朱常洛正式出阁讲学。
大臣们见事情有了转机，马上发动进攻。明神宗万历二十四年（公元1596年）二月，礼部上疏，皇长子年近十五，应行冠礼。这其实就是要让明神宗朱翊钧先立朱常洛为太子，然后以太子冠服行冠礼。
明神宗朱翊钧给出的回答是：“知道了。”
明神宗万历二十五年（公元1597年），无数大臣都提出这样的请求，月月不断，明神宗朱翊钧给出的回答是：“不报。”大臣们依旧坚持，一直到了明神宗万历二十九年（公元1601年）九月，明神宗朱翊钧才册立朱常洛为太子。
至此，明神宗朱翊钧立三子为皇太子的愿望终于落空了。
千秋功过
前期勤于政务，后期醉生梦死
前期勤于政务明神宗朱翊钧自幼就聪慧过人，读经史过目不忘，而且颇为早熟。6岁时，明神宗朱翊钧看见其父明穆宗朱载垕在宫内骑马奔驰，便上前挡道谏阻说：“父王为天下之主，单身匹马的在宫中奔驰，倘若有一个疏忽，那可不得了。”明穆宗朱载垕听后深受感动，当即下马，立明神宗朱翊钧为太子，自此更加喜爱他。
明穆宗隆庆六年（公元1572年）五月二十二日，宫中传出明穆宗病危的消息。三天之后，即二十五日，内阁大学士高拱、张居正、高仪被召入宫中。高拱等人进入寝宫东偏室，见明穆宗坐在御榻上，榻边帘后坐皇后、皇贵妃，10岁的太子朱翊钧就立在御榻的右边。明穆宗抓住高拱的手，临危托孤：“以天下累先生”，“事与冯保商榷而行。”接着，司礼监太监冯保宣读给太子朱翊钧的遗诏：“遗诏与皇太子。朕不豫，皇帝你做。一应礼仪自有该部题请而行。你要依三辅臣并司礼监辅导，进学修德，用贤使能，无事荒怠，保守帝业。”三辅臣即高拱、张居正、高仪三人。司礼监的地位也很重要，司礼监秉笔太监兼提督东厂冯保其实也在顾命之列。三位大学士受托之后，长号而出。第二天，隆庆皇帝即死于乾清宫。六月初十，皇太子朱翊钧正式即位，改元万历。
明穆宗朱载垕去世时，为明神宗朱翊钧留下了很好的内阁班子，朝中贤臣当国、人才济济。内阁大学士张居正、高拱、高仪都是正直之士，极善谋略，而此时的内宫也非常安定，明穆宗朱载垕的正宫陈皇后与明神宗朱翊钧生母李太后相处得非常融洽，并且当时的大太监冯保也是明朝不可多得的好太监之一。
尽管明神宗朱翊钧当时还是一个非常年轻的“少年天子”，但在这些人的支持下，励精图治、推行新政，颇有英主气象。明神宗朱翊钧任用张居正为内阁首辅，并大力支持张居正的变法改革，从而换来了经济发展和社会相对安定的局面。这段时间，不仅是明神宗朱翊钧人生的辉煌时期，而且也使当时濒于崩溃的大明帝国获得了短暂的复苏和繁荣。这一切当然与李太后、冯保等人的支持是分不开的，但主要还是张居正忠心耿耿努力的结果。
张居正原本和高拱、高仪二人一样，同是明穆宗朱载垕去世时的内阁顾命大臣。只不过，由于种种原因，高拱、高仪先后都离开京城还乡，使得朝中三位顾命大臣只剩下张居正一人，而朱翊钧的生母李太后在明穆宗朱载垕去世后就把教育培养明神宗朱翊钧的任务交给了张居正。因此，张居正就不得不担当起辅弼小皇帝朱翊钧的重任。张居正一方面治理国事，另一方面非常注重对明神宗朱翊钧的教育，亲自指导他读书，为他安排周详的课程，选拔有素养的大臣主持教学，培养其治国安邦的本领。因而，明神宗朱翊钧也与张居正建立了深厚的师生之情。
据说，明神宗朱翊钧非常尊敬张居正，言必称张先生，从不直呼其名。冬天上课时，明神宗朱翊钧总是嘱咐小太监将厚厚的毛毯放在张居正的脚下，以免冻着脚。张居正生病后，明神宗朱翊钧更是亲自为他熬药，而张居正为了感激皇帝的知遇之恩，更是加倍努力，事必躬亲，将一个大明王朝治理得井井有条。
后期醉生梦死全面否定张居正改革，是明神宗朱翊钧本人由勤变懒、全面废弃励精图治的标志。当明神宗朱翊钧彻底摆脱了张居正的束缚之后，就开始了他的独裁统治。从此以后，明神宗朱翊钧完全变成了另一个人：昔日少年天子的气派与风采，已经不复存在，取而代之的是长年深居禁宫，嗜酒、恋色、贪财，私欲膨胀，恣意妄为。
继张居正而任首辅大学士的张四维、申时行，目睹张居正生前的宠荣和死后的受辱，自然再不敢以张居正为榜样。因此，曾经以才干受张居正赏识的申时行，深知伴君如伴虎的道理，吸取张居正的教训，一方面顺从皇帝朱翊钧，一方面用诚意打动整个文官政府。一句话，申时行是一个典型的和事佬。这位来自富饶的苏州府长洲县的明世宗嘉靖四十一年（公元1562年）状元，正如他的字“汝默”一样，力求清静，但也被人视为“首鼠两端”。申时行在任上，开创了两项很恶劣的先例——章奏留中和经筵讲义的进呈，他也因此被人批评为要为神宗的“荒怠”负责。章奏留中，就是皇帝对于大臣们送上来的奏疏不予理睬，放在宫中，既不批示，也不发还。经筵讲义的进呈，就是皇帝不需要参加经筵，经筵讲官们只需要把他们的讲义送到宫中就可以了。这两件惯例的养成，就彻底地切断了皇帝与大臣们交流的渠道。
明神宗朱翊钧的独裁统治的背后，必然隐藏着严重的危机。明神宗万历二十年（公元1592年）二月，宁夏副总兵官哱拜起兵反叛；五月，日本发动侵朝战争；同时，西南又发生播州杨应龙叛乱。明神宗朱翊钧被迫三路出征，史称“万历三大征”。三征历时十余年，虽然获得全胜，但却丧师数十万，耗银千万两，致使国库空虚、百姓遭难、由此开始，明朝一步一步由盛转衰。
就在明神宗朱翊钧隐居深宫，怠于临政、万事不理之际，东北的后金却迅速崛起，爱新觉罗·努尔哈赤以30年时间统一了满洲女真各部落，并于万历四十四年（公元1616年）建立了后金政权，形成了与明王朝相对立的地方政权。明神宗朱翊钧为了应付辽东战事的军费，先后三次下令加派全国田赋，时称“辽饷”。此举非但无济于事，反而使民不聊生，阶级矛盾激化，明王朝灭亡的危机已然形成。因此后人评论，“明之亡，不亡于崇祯之失德，而亡于神宗之怠惰”。
在明神宗朱翊钧亲政的后20年，他基本上是一个不理朝政的皇帝。因此，近代史学家孟森在他的《明清史讲义》里把明神宗朱翊钧亲政的晚期称为“醉梦之期”，并说其特点是“怠于临朝，勇于敛财，不郊不庙不朝者三十年，与外廷隔绝”。
事实上，明神宗朱翊钧亲政的晚期不仅仅是“怠于临朝，勇于敛财”，更重要的表现是过度纵情于酒色财气之中。明神宗万历十四年（公元1594年）十月，礼部主事卢洪春曾奏称，明神宗朱翊钧“日夜纵饮作乐”。明神宗万历十七年（公元1589年）十二月，大理寺左评事雒于仁曾上疏明神宗朱翊钧，疏中批评他沉迷于酒、色、财、气，并献“四箴”。明神宗朱翊钧看后暴跳如雷，大怒不止，从此奏章留中不发。雒于仁上疏的内容应该说基本上是属实的。
明神宗朱翊钧的好色是非常有名的。明神宗万历十年（公元1582年）三月，明神宗朱翊钧曾效仿明祖父明世宗朱厚熜的做法，在民间大选嫔妃，一天就娶了“九嫔”。而且，明神宗朱翊钧在玩弄女色的同时，还玩弄小太监。当时宫中有10个长得很俊的太监，就专门“给事御前，或承恩与上同卧起”，号称“十俊”。