第二，拟议改流的方针和方法。“改流之法，计禽为上策，兵剿为下策；命自投献为上策，勒命投献为下策。”对于投献者，“但收其田赋，稽其户口，仍量予养赡，授以职衔冠带终身，以示鼓励。”至于改流的策略，既要用兵，又不专恃武力，争取波及面小，尽量减少阻力，以便迅速奏效。
第三，任事大吏必秉公奋力才能达到目的。因为变革土司这样的旧制，困难很大，又有失败的可能。如果失败，主办人将受到舆论的谴责和行政的制裁。要取得好的效果，主办人必须殚精竭虑，勤奋不懈，“稍有瞻顾，必不敢行；稍有懈怠，必不能行”，这就要求任事大吏要不计较个人得失，实心实力地去行事。
鄂尔泰在奏折中阐述了改土归流的必要性和急迫性，以及推行这一政策的战略方针和具体措施。清世宗爱新觉罗·胤禛看了折本后十分高兴，当众称赞鄂尔泰：“卿，朕奇臣也，此天以卿赐朕也。”并全部批准了这个奏折，勉励鄂尔泰尽快实行，并说“事定之时，应具体题奏，当以军功赏叙”。
清世宗爱新觉罗·胤禛最终同意并支持鄂尔泰的改土归流政策，主要是出于以下考虑：政治上，要削弱或削除地方割据势力，巩固中央集权；在军事上，可以进而控制西南地区，巩固国防；在经济上，清政府可从西南各省获得更多的利益。在思想文化上，清政府要通过改土归流，兴办学校，发展生产，促进西南边缘之地人民的安定和进步，同时也让当地人民懂得君臣之礼、顺逆之义，以保证社会的稳定。鄂尔泰认为“黔治则有与之俱治者，黔乱则有与之俱乱者”，贵州地方土司势力最强，拿下最强的，其他就容易了。鄂尔泰认为，即使费时十年乃至二十年之久，“但能成事，实云贵永远之利也。”正因为鄂尔泰把改土归流的目的、意义、方法等筹划得详细缜密，再加上清世宗爱新觉罗·胤禛早就想按中央政府的政策对西南边疆少数民族实行军事、政治、经济、人事诸多方面的统一治理，清世宗爱新觉罗·胤禛才表现出了由“驳回”到“称赞”的巨大反差，同意鄂尔泰的计划。改土归流是清世宗雍正朝的一件大事，在这项地方制度的变革中，鄂尔泰充当了主要角色，由关键时刻的上疏，制定改流方略，到具体去实施，经历多年。至此，尽管朝中仍然有反对“改土归流”的保守论，但清世宗爱新觉罗·胤禛坚定地站在了改革派一边，大力支持鄂尔泰推行改土归流。据清史专家李世愉先生考证：“土司制度建立以来，直到清世宗爱新觉罗·胤禛大规模改土归流之前，却长期没有发生根本性变化，土司之患也长期没有彻底解决。”而清世宗爱新觉罗·胤禛无疑拉开了整个清代历史进程的强制性改革的帷幕。清正宗雍正四年（公元1726年），鄂尔泰接受圣命，进行改土归流。清世宗爱新觉罗·胤禛授鄂尔泰云贵总督，加兵部尚书衔，又把广西划归云贵总督管理，这样鄂尔泰管辖了云南、贵州、广西三省。清世宗雍正六年（公元1728年），清世宗爱新觉罗·胤禛又破格授予鄂尔泰三省总督衔。
鄂尔泰受命后没有辜负清世宗爱新觉罗·胤禛的厚望，他全面了解三省情况，认真研究各地的特点，上奏请求改土归流应分轻重缓急实行。清世宗爱新觉罗·胤禛对鄂尔泰无限信任，对鄂尔泰所奏一一照准，并说：“卿自有次第料理措置之道，实不烦朕南顾之怀也。”清世宗爱新觉罗·胤禛批示让他放手去干，不必要处处请示，这就更增加了鄂尔泰的信心。正是这种君臣间的充分信赖，西南改土归流工作才能得以大力推行。
自古以来，少数民族对抗朝廷有个显著特点，那就是大兵一至就逃，逃不掉就降。中原统治者为了收买人心，往往冲破寨子后安抚一番便撤兵而去，而大军一走，他们故态重萌，不久又起来造反，朝廷无奈，只得再次征剿。如此反复几遭之后，朝廷虽取得了胜利，但大军来来去去，损耗着实不小。云南、贵州的土司也是如此。清世宗雍正四年（公元1726年）四月，鄂尔泰下令对向官兵挑衅的广顺州长寨用兵，并亲到长寨巡查指挥，临机决断。鄂尔泰对长寨的用兵是清世宗雍正朝大规模改土归流的开端。长寨地区的土司十分凶恶，官兵进攻，土司挟众抵抗。官兵攻入长寨，焚烧了他们的寨巢，但首逆逃走。鄂尔泰命总兵石礼哈挥兵挺进，对抵抗的土司大小首领尽行斩杀，大获全胜。随后，鄂尔泰便在这里设立保甲，巩固夺得之地，设立长寨厅（今长顺县），以此地为据点向四外扩展，招服了永宁、永安、安顺生苗（所谓生苗，相对于熟苗而言。当时汉人将较开化、掌握了农业技术或较靠近汉人居住区的苗民称熟苗，而生苗则指那些由于居住偏远、尚处于文明入口处的苗民。他们不一定是苗族，也包括其他不为汉人熟知的少数民族）1398座村寨，广顺、定番、镇宁生苗680余寨。
鄂尔泰接着集中兵力，向黔东苗岭山脉和清江、都江流域进兵。这一带，俗称苗疆，其四周3000余里，有寨1300余座。左有清江可达于楚，右有都江可通于粤，左州（现左县）据其中央，群寨环于四周，地势险峻而重要。此地是生苗会聚之处，盛行蛊术、巫术和毒药，他们所用的武器均染剧毒，以蛇毒最为普遍，也有蜈蚣毒、蝎毒等，杀伤力很大。在苗民中，最为神秘的则要数蛊术，据说这是一种将毒术和巫术结合起来的杀人办法，汉人称之为“降头术”。当时的汉人，最怕的就是生苗。鄂尔泰在描述苗疆情况时说：“贵州土司向无钳束群苗之责，苗患甚于土司。”
可是这一地区的安定对于巩固清政府在西南的统治与沟通南北交通都有重要意义，为了开江路通黔粤，必须对此地生苗用兵进剿。进剿生苗可以说十分艰险，再加上地势险峻，就更需要系统专业的作战技术，鄂尔泰为此制定了“清理黔东南土民问题，重点在都匀府，其次是黎平府，复次为镇远”的方针。
鄂尔泰向清世宗爱新觉罗·胤禛推荐了张广泗，张广泗原为黎平知府，不但熟悉贵州地形，而且对苗民的习惯特性也知之甚详。清世宗爱新觉罗·胤禛用张广泗为贵州按察使。张广泗率兵深入黎平府古州地区的古州江流域、都匀府丹江地区小丹江流域和八寨等地区，以武力讨平了抵抗清军的苗寨，随后一面招抚，一面用兵，在黎平府设古州镇，在都匀府八寨、丹江、镇远府之清水江设协营。待这些地区稳定以后，张广泗又开辟了通向湘南、广乐的水陆交通，在这些地方设置官厅，派出同知，办理民政，并在各地设关驻兵。
云南的土司势力也很大，特别是乌蒙、东川、镇雄三土府，土司统治地域十分辽阔。清圣祖康熙三十一年（公元1692年），清圣祖爱新觉罗·玄烨帝也曾对东川府改土归流，然而土司势力分毫未损，流官上任有名无实，改土毫无成效。
清世宗雍正四年（公元1726年），鄂尔泰奏请东川归滇，标示着三土府归流的开始。清世宗爱新觉罗·胤禛批准后，鄂尔泰派刘起元屯兵东川，将巧家等六营地方，统统划归流官管辖。一切土目，尽行更撤。同年冬天，鄂尔泰因乌蒙土知府禄万钟攻掠东川府，镇雄土知府陇庆侯助纣为虐，遂命游击哈元生率军讨伐，在四川军队配合下，哈元生大获全胜，于是在其地改设乌蒙府（后改称昭通府）和镀雄州（今镇雄县）。清世宗爱新觉罗·胤禛为奖励哈元生，命鄂尔泰以副将或参将提用。后来哈元生在多处立功，几年间升至云南提督。
随后，改土归流进入滇南的镇沅，镇沅是傣族居住区，这里的土知府刀瀚、沾益土知州安于蕃是一伙“势重地广”的“积恶土官”，鄂尔泰发兵擒拿了刀瀚、安于蕃，在其辖地分设镇沅州（今镇沅县）、沾益州（今沾益县）。
清世宗雍正五年（公元1727年），广西泗城土知府岑映宸自恃力量较强，聚兵四千，耀武于南盘江以北地区，企图对抗改土。当岑映宸听到乌蒙改土归流的消息后遂撤兵敛迹，鄂尔泰巡察到贵州南部安笼镇，准备对他进剿。岑映宸乞降，鄂尔泰于是把南盘江以北划归贵州省，设立永丰州（后改称贞丰州，今贞丰布依族苗族自治县），又改泗城为府（治所为今凌云县）。这时梧州、柳州、庆远等地土民，为反对土舍的酷虐，“争备粮请兵”，极大地推动了广西改土归流政策的推行。
四川凉山是彝民集居的地区，宁远、峨边、马边、雷波等处山峦连绵，彝民在此劳动、生息。而彝民深受土司的迫害，好田好土为土官、土司占有，彝民多被逼居深山僻谷中居住，生活悲惨，类于野兽。清政府在云贵地区推行改土归流，也派兵深入彝民区，在沙马、雷波、吞都、黄螂而达建昌这广袤千余里的地区，建置营汛、革除土司、派驻流官，普遍设置府厅州县制。
与云贵广西接界的湖南、湖北等省的土司、土舍的改土归流进展比较顺利。这里比较接近内地，与地方政府的联系也较多，土民汉民交往密切，土司的势力也较小。从前，这里还曾有过一段“土流共治”的历史，所以相对于其他偏远省份来说，改土归流相对容易一些。当时湖广有四大土司，容美土司在鄂西，永顺、保靖、桑植三土司在湘西，当云贵等地改土归流的消息传来时，给他们事先敲响了警钟。
清世宗雍正六年（公元1728年），桑植、保靖二处土民控告土司向国栋、彭钾彬，湖南巡抚王国栋为此兴师问罪。这时，处于此二土司之间的永顺土司彭肇槐自知难以逆潮流而动，便采取了积极配合的态度，自动申请改流。清政府在彭肇槐管辖的地区设永顺府和桑植、保靖二县，这两县归该府辖治。与永顺府临近的湖北容美土司田曼如心里害怕，假装归顺，而实际上依旧实行残酷的统治，私征虐民，土民不堪其暴，相继逃亡。清世宗爱新觉罗·胤禛宣田联曼如进京询问，他害怕被杀头，拒不应召。清世宗爱新觉罗·胤禛于是命鄂尔泰派兵进剿。当大兵压境之后，田曼如众叛亲离，最后自缢身亡，清政府把他管辖的地区改设鹤峰州（今鹤峰县）。
清世宗雍正十二年（公元1734年），忠峒、金洞、忠路等十五家土司见势不妙，齐集武昌，自动恳请改土归流。清政府遂在施南土司处设宣恩县，管辖金洞、忠峒等土司。到了清世宗雍正十三年（公元1735年），两湖土司大都自动投献要求改流，使这里的土司制度基本宣告结束。
清世宗雍正八年（公元1730年），鄂尔泰在云、贵边界筑桥，是年为庚戌年，清世宗爱新觉罗·胤禛遂命名“庚戌桥”，以纪念鄂尔泰推行改流政策的功绩，这一年可视为改流基本成功的一年。在改土归流中，发挥作用的官吏首推鄂尔泰，次为哈元生、张广泗等。清世宗雍正九年（公元1731年），清世宗爱新觉罗·胤禛颁诏封鄂尔泰为军机大臣、大学士，赏赐伯爵。对哈元生不秩拔擢，召见时解衣赐之，命其为军机大臣。把张广泗由知府提升为巡抚。清世宗爱新觉罗·胤禛的这一论功行赏及拔擢政策，激励大臣们发挥能动作用，在改土归流中人人争立功勋。从其对臣下充分信赖，不秩拔擢来看，不失为一个领导高手、英明帝王，无怪乎清世宗雍正朝会人才辈出，世人瞩目了。
历史上的历次农民大起义，都是农民在走投无路之下发生的。大泽乡起义，是必死的九百人孤注一掷；隋末六十四路烟尘，是因隋炀帝杨广的奢侈将人民推入火坑而燃起；元末的大灾荒，导致了红巾遍地；明末饥荒，有的人甚至靠观音土充饥，饿殍满地，不得已之下，身为农民的李自成丢下锄头，拿起刀枪。这些事实提示了统治者：要想弓弦不断，弓就不能拉得太圆；要想人们不反，压迫就不能太狠；而要统治长久，就要使人民能吃饱饭，甚至能过上好日子。少数民族的人民也不例外。
有鉴于此，在改土之后，清世宗爱新觉罗·胤禛将开发新改流地区作为善后工作的一大重点。西南土地广袤、地形复杂，各民族的习俗差别很大，一下子改派满汉流官，难以适应这些地区的复杂形势，对当地的土官打击面也会很大，因此善后的重中之重就是如何做好土官的安置工作。
清世宗爱新觉罗·胤禛曾谕令，如何处理当地土司、土官，完全根据他们的态度而定。对那些自动缴印，主动要求改流的，可以重新授给他守备、千总、把总之职，并可以世袭，让他们照样做官，为清政府的统治服务。前面提到的永顺土司彭肇槐主动改流，清世宗爱新觉罗·胤禛授给他参将之职，世袭拖沙喇哈番，赏银一万两。其他归降土司都授给了千总、把总职。
另有一大批土官及其家属，在当地无法让其继续为官，有的是土民对他们很是反感，还有的是他们的地方力量还很强大，留他们做官或留在原地都易出问题，清世宗爱新觉罗·胤禛就下令把他们迁往远处地区安置。这些土司、土官被安排到安徽、江苏、江西的最多，浙江、河南、陕西、广东、盛京（现沈阳）等地也有。清世宗爱新觉罗·胤禛要求给他们较为优厚的生活待遇，让地方官尽量照顾他们。多数土司、土官的远迁、安置都还好，少数地区因地方官吏安排有问题，使土司逃走了，清世宗爱新觉罗·胤禛对当地地方官严厉批评，让他们设法找回这些土司，再行妥善安排。
对那些始终抗拒改土、罪行深重的土司、土官，清世宗爱新觉罗·胤禛则给予严厉打击，从重治罪。云南镇沅土知府刀瀚、贵州薛世乾都因平日恶行昭著，又一直对抗官兵，改土之后把他们处死或终身监禁，土地财产等全部没收，当地土民皆同声称赞。
在革除了土司之后，新任的流官就对安定改土归流地区起着至关重要的作用。因此，必须派去有能力、忠诚可靠、肯吃苦、清正廉明者为官。清世宗爱新觉罗·胤禛对此十分清楚，他在谕旨中写道：“凡属番夷苗倮杂处省份，若能使文武弁员清正自持，丝毫不敢不利于彼，可保无一事也。此乃探本寻源上策，当竭力勉此。”
改土归流后，乌蒙地区总兵刘起元恣为贪虐，私派公费，侵欺粮饷，引起了当地少数民族人民的愤怒。在这种情况下，原来乌蒙土司利用民怨进行了叛乱。鄂尔泰针对流官为政苛猛的问题，也在奏折上感慨万分地说：“欲使人民相安感戴，实不在法而在人，得人之难，难于任事。”因此，清世宗爱新觉罗·胤禛和鄂尔泰一方面加强对流官的选任，一方面又加强对流宫的监督和考察，一旦发现有不利于地方安定的流官就撤换和治罪。由于清世宗爱新觉罗·胤禛、鄂尔泰君臣二人的努力，改土归流地区的第一任流官基本上是清廉的，对安定地方、发展地方的生产起到了良好的促进作用。