第三，设军机处。雍正创设军机处，作为辅助皇帝决策与行政的机构。地点在紫禁城隆宗门内北侧。军机大臣没有定员，少则二人，多则九人。主要职掌：每日晋见皇帝，商承处理军政要务，以面奉谕旨名义，对各部门、各地方发布指示；面奉谕旨，起草公文，由朝廷直接寄发，称为“廷寄”，封函标明“某处某官开拆”字样，由兵部捷报处发送；誊录保存公文，就是将皇帝批阅的奏折，誊录副本，称为“录副奏折”。这项制度使大量档案得以保存。在清初，重要的军政机构有三个：一是议政处，二是内阁，三是军机处。议政处源自关外，主要由王公贵族组成，称议政大臣，参画机要。后设内三院，即后来的内阁。军务归议政处，政务归内阁。议政处的权力逐渐减弱，到乾隆朝撤销。内阁，仿明朝制度，逐渐排斥议政处于机务之外。而军机处建立后，军政要务归军机处，一般政务归内阁。军机处权力远在内阁之上，大学士的权力为军机大臣所分，逐渐排斥内阁于机务之外。大学士兼军机大臣才有一定实权。内阁宰相，名存实亡。军机处的建立，标志着皇权专制走向极端。明代内阁对皇权有一定的约束，如诏令由内阁草拟、经内阁下发，阁臣对诏令有权封驳。但是军机处成立之后，排除了王公贵族，也排除了内阁大臣。军机处的设立，使清朝皇帝乾纲独断——既不容皇帝大权旁落，也不许臣下阻挠旨意。
第四，改土归流。在云、贵、粤、桂、川、湘、鄂等省少数民族地区，主要由世袭土司进行管辖。此前已有“改土归流”的举措，但雍正全面实行“改土归流”制度，就是革除土司制度，在上述地区分别设立府、厅、州、县，委派有任期的、非世袭的“流官”进行管理。这种管理体制，同内地大体一样。清世宗爱新觉罗·胤禛的改土归流，打击了土司的世袭特权和利益，减轻了西南少数民族的负担和灾难，促进了这一地区社会经济与文化的进步。
第五，摊丁入亩。中国过去土地和人丁分开纳税。清世祖康熙五十年（公元1711年）后，实行“盛世滋生人丁，永不加赋”，但此前出生的人丁还要缴纳丁银。雍正推行丁银摊入地亩。这项赋役制度的重大改革，从法律上取消了人头税，减轻了贫穷无地者的负担。就这一点来说，摊丁入地制度有一定的积极意义。但是，自“盛世滋生人丁，永不加赋”之后，特别是实行“摊丁入地”制度之后，社会人口急剧增长。清宣宗道光年间，人口之数，突破4亿。
第六，废除贱籍。贱籍就是不属士、农、工、商的“贱民”，世代相传，不得改变。他们不能读书科举，也不能做官。这种贱民主要有浙江惰民、陕西乐籍、北京乐户、广东疍户等。在绍兴的“惰民”，相传是宋、元罪人后代。他们男的从事捕蛙、卖汤等；女的做媒婆、卖珠等活计，兼带卖淫。这些人“丑秽不堪，辱贱已极”，人皆贱之。在陕西，明燕王朱棣起兵推翻其侄建文帝政权后，将坚决拥护建文帝的官员的妻女，罚入教坊司，充当官妓，身陷火坑，陪酒卖淫，受尽凌辱。安徽的伴当、世仆，其地位比乐户、惰民更为悲惨。如果村里有两姓，此姓全都是彼姓的伴当、世仆，有如奴隶，稍有不合，人人都可加以捶楚。广东沿海、沿江一代，有疍户，以船为家，捕鱼为业，生活漂泊不定，不得上岸居住。江苏苏州府有丐户，也为贱民。雍正对历史上遗留下来的乐户、惰民、丐户、世仆、伴当、疍户等，命令除籍，开豁为民，编入正户。
雍正所采取的一些改革方式凸现了他重农业的思想，雍正由于思想的局限性，对于工商业并不重视。他认为“农为天下之本务，而工贾皆其末也。市肆之中多一工作之人，即田亩之中少一耕稼之人。群趋为工，则物之制造者必多，物多则售卖不易，必至壅滞而价贱，是逐末之人多，不但有害于农，而并有害于工也”。根据这一理论制定的政策必然不利于工商业的发展。他又认为，开矿“断不可行”。因为开矿将引诱人们离开农本，追求末业，而且矿工聚集一地，易于闹事。
雍正皇帝是中国历史上无人能及的勤政皇帝，他每天都要批阅大量的奏折，少则一二十件，多则三四十件，为此常常工作到深夜，有时他的批语甚至比奏折本身的文字还要多。今天，在留存下来的清宫档案中，就有数以万计的清世宗爱新觉罗·胤禛批过的奏折。由此可以看出清世宗爱新觉罗·胤禛务实的作风。具体地说，清世宗爱新觉罗·胤禛的务实精神主要体现在以下几个方面：
首先，他认为奏报（奏折）“只可信一半”。虚假不实的奏报，在封建官场上比比皆是。因为有那么一批所谓巧于仕宦的官员，往往能通过弄虚作假吹拍弹唱阿谀奉承而获得那些好大喜功的君王的赏识，并从中捞到好处。然而，这一套在以务实精神治天下兴邦国的清世宗爱新觉罗·胤禛那里，却是行不通的。在清代，官场上曾流行着这样一种陋习，文武百官刚刚到任时，几乎都是极力地述说当地的吏治民生如何地糟，等过了几个月，就一定奏报说，通过雷厉风行的整顿，情况已经如何地好转，以此显示自己的才干和政绩。对这类奏报，清世宗爱新觉罗·胤禛毫不客气地指出：“只可信一半”。
其次，绝不放过浮夸粉饰的奏报。对于大臣奏折中的浮夸成分，清世宗爱新觉罗·胤禛总是毫不客气地明确指出，并进行尖锐批评。清世宗雍正二年（公元1724年），河南巡抚石文焯奏报说：全省各州县的蝗虫灾害已扑灭十之八九。清世宗爱新觉罗·胤禛通过查问河南的其他官员，察觉到石文焯的奏报不是实情，于是尖锐地批评石文焯说：“如果不是你在欺骗朕，就是你本人被下属欺骗了！”可是，这个石文焯不知悔改，他调任甘肃巡抚之后，依旧故伎重演。清世宗雍正四年（公元1726年）夏天，甘肃大旱，七月下了一场小雨，石文焯赶紧奏报说：“已是丰收在望，这都是皇上敬天爱民的结果。”清世宗爱新觉罗·胤禛看了很不耐烦，挥笔批道：“经此一旱，何得可望丰收？似此粉饰之言，朕实厌观。”清世宗雍正四年（公元1726年）七月，巡视台湾的监察御史索琳上折说：台湾地方官兵严加操练，精益求精，可保海疆万载升平。看了这一言过其实的奏报，清世宗爱新觉罗·胤禛警告说：凡事最重要的是务实，不欺不隐才算良吏，“粉饰、迎合、颂赞、套文陋习，万不可法”。
第三，厌恶没事找事地奏报。奏折是君臣之间沟通情况，上传下达的工具。清朝文武大员的奏折，都是派专人送到京城，直接送到皇宫大门。因此这是非常需要人力、物力与财力支持的。一个官员，一年究竟应该奏报几次合适呢？清世宗爱新觉罗·胤禛在给宁夏道员鄂昌的一条朱批中曾这样明确指示：遇有应该呈报的事情，就是在一个月内上奏几次也是应该的；如果没有什么可奏报的，哪怕是几年没有折子送来，朕也不会怪罪你的。他反复强调：“只务实行，不在章奏。”有的官员无事找事，频繁上奏，用意是与皇上联络特殊感情，向皇上讨好，清世宗爱新觉罗·胤禛对这种怀有投机心理的官员常常予以斥责。清世宗雍正三年（公元1725年）二月，广东巡抚年羹尧具呈三件折子，清世宗爱新觉罗·胤禛看后发现，折内所谈之事早就上报各部了，于是批道：已经报到部里的事，又何必多此一奏。是不是你广东省内没事可报而又非要找事上奏才好。这么远的路途，专门派人送来这等无用奏折，不知你用心何在？
第四，不要一味地遵旨。清世宗爱新觉罗·胤禛作为一个务实的皇帝，常常训导臣工要灵活用谕，因时因事贯彻朝廷旨令，而不可一味迎合、生搬硬套。他强调处理政务一定要“因地制宜，化裁取当”。清世宗爱新觉罗·胤禛甚至要求内外大吏，不要因钦发谕旨而影响了自己的主见，这点他在给湖北巡抚马会伯的一件朱谕上说得十分明白：朕凡所谕，皆因人因事，权宜而发，有合于彼而不合于此，有可行于此而不可行于彼者。因此，他要求臣工不能“随朕一时谕他人之谕，来惑自己主见”，并进而指出，只有秉公报国，才会有“根本主见”。清世宗爱新觉罗·胤禛早就发现，有些地方官员凡事都要请皇上指示一番，自己不拿主意，只看皇上的脸色说话，听皇上的口气行事，没有明确指令宁可等待也不动手。对于这种现象，清世宗爱新觉罗·胤禛一针见血地指出：这些人实际是在推卸责任，为自己留后路，是在为自己做官。
第五，主张务实的政治，反对沽名钓誉。清世宗爱新觉罗·胤禛在继位一周年的时候，告诫臣下说：治理国家最重要的原则，就是脚踏实地去办事，做实事，而不是耍花招，讲空洞的好听的话，去博取一个虚假的美名。朕自从登基以来，时刻想的是吏治澄清、兵民乐业的事，不是为图好名声。清世宗爱新觉罗·胤禛对官场中流行的追求名实兼收的做法非常不满，一针见血地指明官员讲的“实”是个人的“货财”，而不是国计民生的“实”；官员讲的“名”，是官爵，是钓誉，而不是由于实心从政而应得的美名。他反对不顾民生吏治的“名实兼收”和官员的沽名钓誉。这对当今的社会是很有警示意义的。
第六，报喜更要报忧。封建官场一般存在着报喜不报忧的想法和做法，清世宗爱新觉罗·胤禛认识到这种现象不利于了解真实的情况。因此，清世宗爱新觉罗·胤禛反复告诫内外百官，务必据实上奏言事，万万不可隐饰，并且对报喜亦报忧敢讲逆耳忠言者多加褒奖。雍正执政期间，署理四川陕西两省军政要务的总督岳钟琪，就因为“报忧”而多次受到清世宗爱新觉罗·胤禛的夸奖。1725年（雍正三年），岳钟琪将川陕两省乱摊乱派的名目进行综合，发现共有三十多项，他把这一情况如实奏报朝廷。清世宗爱新觉罗·胤禛称赞岳钟琪毫不护短，一片苦心，朱笔批示“此奏甚属公诚”。清世宗爱新觉罗·胤禛还指出，不但四川、陕西有乱摊乱派的现象，其他各省都一样。随后，清世宗爱新觉罗·胤禛选派一大批官员调往四川、陕西，让岳钟琪坚决果断地替换各府州县的不法贪官。
第七，坦然承认“朕不知”。清世宗爱新觉罗·胤禛作为一国之君，对自己不很了解难以决断的事情，往往坦率地承认，而不轻下结论草率颁谕。一次，清世宗爱新觉罗·胤禛收到一件有关料理台湾事务的奏折，他看后认为“其中多有可取之处”，但他并没有立即下令推行，而是十分慎重地批示：朕不知地方情形，不敢轻易颁旨。清世宗爱新觉罗·胤禛把这件奏折转给福建总督满保，让他与提督、总兵等经办台湾事务的官员共同商讨，选择其中可行的去办。
第八，不掩饰“朕之过”。清世宗爱新觉罗·胤禛曾多次颁发谕旨，要求身边大臣看见“朕的过错”直接指出，“使朕有则改之，无则加勉”。清世宗爱新觉罗·胤禛即位的第一年，就命令朝中文武大臣每人写一份奏折，专门给皇上挑错，并交代说：挑的错哪怕是不太合适，朕也不会怪罪，但若是瞻前顾后用一些空话来搪塞，却是万万不可的。有一个叫周英的人，清世宗爱新觉罗·胤禛派他到西藏去统领军队，后来发现周英这个人能力不行，办事浮躁；地方官员反映也不好。清世宗爱新觉罗·胤禛很坦率地对身边大臣说：派周英到西藏，属于用人不当，这是我用人上的错误。清世宗爱新觉罗·胤禛的难能可贵之处，不仅在于他相信自己可能犯错误，尤其在于一旦发现错误，他能够公开承认并立即加以改正。
在雍正皇帝帝执掌朝政的十三年中，他的的确确是一个务实的君主。清世宗爱新觉罗·胤禛的务实，不仅在清朝十二帝中，就是在古代中国的二百多位皇帝中也是相当突出的。清史学者孟森说：“自古勤政之君，未有及世宗者。”“其英明勤奋，实为人所难及。”清世宗爱新觉罗·胤禛求真务实的工作作风对惩治腐败弊症、振作朝纲、整顿吏治是一剂切中要害的良药；在一定程度上革除了清圣祖爱新觉罗·玄烨帝后期遗留下来的弊端，缓和了社会矛盾，推动了清王朝的发展。
清世宗爱新觉罗·胤禛是在康乾盛世前期———康熙末年社会发展出现停滞的形势下登上历史舞台的。当时的社会矛盾异常激烈，这种状况为清世宗爱新觉罗·胤禛提供了施展抱负和才干的机会。他有步骤地进行了多项重大改革，高瞻远瞩，又惟日孜孜，励精图治，在他当政的十三年中取得了卓有成效的业绩。