清高宗爱新觉罗·弘历做了四年太上皇，仍紧紧地把持着实权。这时的和砷依然受宠，但是毕竟形势发生了变化。和砷在清高宗爱新觉罗·弘历与嘉庆间采取“四手”：第一手是紧紧依靠太上皇清高宗爱新觉罗·弘历，第二手是讨好清仁宗爱新觉罗·甬琰，第三手是限制清仁宗爱新觉罗·甬琰的权势，第四手是防止清仁宗爱新觉罗·甬琰日后对自己进行惩处。所以和砷在清高宗爱新觉罗·弘历和清仁宗爱新觉罗·甬琰之间、在清仁宗爱新觉罗·甬琰面前和背后，都表现了“两面派”。和砷竭尽全力限制清仁宗爱新觉罗·甬琰，培植任用自己的亲信。清仁宗爱新觉罗·甬琰即位时，清仁宗爱新觉罗·甬琰的老师朱珪当时任广东巡抚，向朝廷上了封表示庆贺的奏章。和砷就到清高宗爱新觉罗·弘历面前告朱珪的状，不过清高宗爱新觉罗·弘历未予理睬。清仁宗嘉庆元年（公元1796年），清高宗爱新觉罗·弘历准备召朱珪回京，升任大学士，清仁宗爱新觉罗·甬琰写诗向老师表示祝贺。和砷又到清高宗爱新觉罗·弘历那里告状，说清仁宗爱新觉罗·甬琰笼络人心，把太上皇对朱珪的恩典，算到自己身上。这一次，清高宗爱新觉罗·弘历生气了。清高宗爱新觉罗·弘历问军机大臣董诰：“这该怎么办？”董诰跪下劝谏清高宗爱新觉罗·弘历说：“圣主无过言。”清高宗爱新觉罗·弘历才作罢。不久，和砷还是找了个借口，怂恿清高宗爱新觉罗·弘历将朱珪从两广总督降为安徽巡抚。和砷还将他的门下吴省兰派到清仁宗爱新觉罗·甬琰身边，名义上是帮助整理诗稿，实际上是监视清仁宗爱新觉罗·甬琰的言行。清仁宗嘉庆二年（公元1797年），领班军机大臣阿桂病故。和砷只知进、不知退，便成为领班军机大臣。这时的清高宗爱新觉罗·弘历，已年老体衰，记忆力很差，昨天的事，今天就忘，早上做的事，晚上就不明白了。和砷真正成了清高宗爱新觉罗·弘历的代言人，也就更加为所欲为。和砷自作聪明，作茧自缚，自坏其事。清仁宗爱新觉罗·甬琰当皇子时，被定为储君。和砷密知此事，于清高宗爱新觉罗·弘历公布清仁宗爱新觉罗·甬琰为皇太子的前一天，送给清仁宗爱新觉罗·甬琰一柄如意，暗示自己对清仁宗爱新觉罗·甬琰继位有拥戴之功。清仁宗爱新觉罗·甬琰笑在脸上，恨在心里。但因和砷是清高宗爱新觉罗·弘历的宠臣，老奸巨滑，朝廷上下各种关系盘根错节，不便动手。
清仁宗爱新觉罗·甬琰在清高宗爱新觉罗·弘历死后短短的15天里，就把一个被先帝恩宠30年的“二皇帝”加以惩治，举措得体，干净利落，取得胜利。清仁宗爱新觉罗·甬琰采取的办法是：
第一，欲擒故纵。清仁宗爱新觉罗·甬琰继位后，太上皇还健在。清仁宗爱新觉罗·甬琰面对一个老谋深算，并深受太上皇宠爱的和砷，采取了欲擒故纵的策略。和砷的一举一动，清仁宗爱新觉罗·甬琰看在眼里，不动声色。有些大臣在他面前批评和砷，清仁宗爱新觉罗·甬琰说：“我还准备让和砷帮我治理国家呢！”清仁宗爱新觉罗·甬琰向太上皇奏报的一些军国大事，也经常让和砷去代奏、转奏，以此表示信任，稳住了和砷。
第二，调虎离山。清高宗爱新觉罗·弘历驾崩，和砷失去靠山，死期已经逼近。当天，清仁宗爱新觉罗·甬琰一方面任命和砷与睿亲王等一起总理国丧大事，一方面传谕他的老师安徽巡抚朱珪来京供职。初四日，清仁宗爱新觉罗·甬琰发出上谕：谴责在四川前线镇压白莲教起义的将帅玩嬉冒功，并借此解除和砷死党福长安的军机处大臣职务。清仁宗爱新觉罗·甬琰命和砷与福长安昼夜守灵，不得擅离，切断他们与外界的联系。这实际上削夺了和砷的首辅大学士、领班军机大臣、步军统领、九门提督的军政大权。
第三，突然出击。正月初五日，给事中王念孙等官员上疏，弹劾和砷弄权舞弊，犯下大罪。初八日，清仁宗爱新觉罗·甬琰宣布将和砷革职，逮捕入狱，在朝野掀起政治大波。清仁宗爱新觉罗·甬琰进行了一系列的人事调整。如初八日，清仁宗爱新觉罗·甬琰命令从即日起，所有上奏的文件，都要直接向皇上奏报，军机处不得再抄录副本，各部院大臣也不得将上奏的内容事先告诉军机大臣。并命宗室睿亲王淳颖、定亲王绵恩、仪亲王永璇、庆郡王永磷等分别掌握军政大权。
第四，制造舆论。清仁宗爱新觉罗·甬琰命各直省和在京大员，就和砷事向朝廷表态。直隶总督胡季堂首先表态，他在奏折中指责和砷丧心病狂、目无君上、蠹国病民、贪黩放荡，真是一个无耻小人，请求将其“凌迟处死”。“凌迟”就是千刀万剐。清仁宗爱新觉罗·甬琰立即批示，在京三品以上官员讨论这个意见，若有不同意见，也可以自行向皇帝上奏。实际上，就是以胡季堂的意见定下基调，并通报各省督、抚，要他们都表明态度。
第五，惩办和砷。初九日，在公布清高宗爱新觉罗·弘历遗诏的同时，将和砷、福长安的职务革除，下刑部大狱。命仪亲王永璇、成亲王永瑆等，负责查抄和砷家产，并会同审讯。初十日，清仁宗爱新觉罗·甬琰御批“实力查办以副委任”，全面清查和砷大案。十一日，在初步查抄、审讯后，清仁宗爱新觉罗·甬琰宣布和砷二十大罪状，主要有欺骗皇帝、扣压军报、任用亲信、违反祖制、贪污敛财等。十八日，在京文武大臣会议，奏请将和砷凌迟处死，将同案的福长安斩首。清仁宗嘉庆四年（公元1799年）正月《上谕档》中记载：清仁宗爱新觉罗·甬琰谕示“和砷罪有应得”，就是说怎么严惩和砷都不过分，但考虑到他曾任领班军机大臣，为了朝廷体面，赐他自裁。据说和砷在狱中，自知生命不久，对着窗外元宵明月，感慨赋诗道：“对景伤前事，怀才误此身。”在电视剧《宰相刘罗锅》中有这样的镜头：和砷得到清仁宗爱新觉罗·甬琰赐给他的三尺白绫，在狱中自尽。福长安以阿附和砷，令其到和砷死所跪视和砷自裁，并革去军机大臣、户部尚书职，逮下狱，籍其家。
第六，讲求策略。清仁宗爱新觉罗·甬琰说，和砷得罪的是先皇，所以要在父皇大丧期间，处治这个先皇的罪臣。和砷被诛后，其党羽皆惶恐不安。有的朝臣上疏，力主穷追其余党。清仁宗爱新觉罗·甬琰并没有这样做，而是在除掉和砷后，马上收兵。对和砷的亲信，除伊江阿、吴省兰、吴省钦等人给予处分外（和琳已死），其他由和砷保举升官者或给和砷送贿者，概不追究。清仁宗爱新觉罗·甬琰宣谕：“凡为和砷荐举及奔走其门者，悉不深究。勉其悛改，咸与自新。”此谕一下，人心始安，政局稳定。
清仁宗爱新觉罗·甬琰对和砷的惩治，动作迅速，干净利索，宽严适当，十分成功。这是清仁宗爱新觉罗·甬琰一生处理重大政治事件中最为精彩的一笔，也是他作为政治家的惟一杰作。但是，清仁宗爱新觉罗·甬琰定和砷的第一大罪是：在宣布自己皇太子前一天，和砷向他送如意以示拥戴之功。这表示和砷要投靠新主，其心不能算恶，既不叛君主，也不反社稷，此条构不成杀头之罪。清仁宗爱新觉罗·甬琰将此定为和砷第一大罪状，表明清仁宗爱新觉罗·甬琰胸中没有大格局，掌上没有大手笔。这是清仁宗爱新觉罗·甬琰亲政之后，平庸性格的一次表露。那么，清仁宗爱新觉罗·甬琰为什么杀和砷？
有人说是因为和砷“富可敌国”，扳倒和砷，可以缓解清仁宗爱新觉罗·甬琰面临的财政压力。所谓“和砷跌倒，清仁宗爱新觉罗·甬琰吃饱”就是这个意思。和砷被抄家时，抄出藏金32000多两，地窖藏银200余万两，取租地1266顷，其他还有取租房屋1001间半、各处当铺银号以及各种珠宝、衣物等，其总家产折合白银，有的说约1000万两，有的说2000万两，有的说达到了8亿两。当时清政府财政年总收入约7000万两。还有违制的珍珠、大珠、手串、大宝石等，实际数字已经无法考据。大量的财富使和砷过着帝王般奢华的生活，娶出宫女子为妾，仅巡捕营在和宅供役者就达1000余人。和砷在承德丽正门外、北京北长街会计司胡同等处，都建有住所。和砷在北京什刹海畔，建造起豪华宅第，也就是恭王府的前身。府内甚至仿清高宗爱新觉罗·弘历的宁寿宫，建起楠木房，称为锡晋斋。还有违制修建的垂花门和皇宫用的宫灯、多宝阁等。和砷还在北京海淀建有宏大秀美的淑春园，今北京大学校园的一部分。和砷不仅享受着姬妾成群、锦衣玉食的生活，还梦想着死后像皇帝一样风光气派。和砷在河北蓟州（今蓟县）修建了巨大的坟墓，规格超过亲王，民间称之为“和陵”。
也有人说是为缓解官民之间的矛盾。清仁宗嘉庆元年（公元1796年），发生白莲教民变，清军连连失利。清仁宗嘉庆三年（公元1798年），清军抓住四川农民军首领王三槐，王三槐的口供说“官逼民反”。清仁宗爱新觉罗·甬琰意识到，正是因为地方官吏皆如和砷似的贪暴，所以屡屡激起民变。清仁宗爱新觉罗·甬琰总结说：“层层朘削，皆为和砷一人。”又说：“朕所以重治和砷之罪者，实为其贻误军国重务。”所以，清仁宗爱新觉罗·甬琰杀和砷，以谢天下。
有人说是为解决君权与相权的矛盾，是和砷“权高震主”。清仁宗爱新觉罗·甬琰说：“朕若不除和砷，天下人只知有和砷而不知有朕。”清仁宗爱新觉罗·甬琰甚至怀疑和砷蓄意谋反，所以要杀掉和砷。当相权威胁到君权的时候，君主必然采取行动。从清仁宗爱新觉罗·甬琰的先祖来看，清太宗爱新觉罗·皇太极继位之后，幽禁了二大贝勒阿敏、三大贝勒莽古尔泰，大贝勒代善屈从，爱新觉罗·皇太极得以从四大贝勒“并肩共坐”到“南面独坐”；清世祖爱新觉罗·福临亲政后，追罪死后的摄政睿亲王多尔衮；清圣祖爱新觉罗·玄烨亲政后，擒拿辅臣鳌拜；清世宗爱新觉罗·胤禛登极后，杀了隆科多和年羹尧；清高宗爱新觉罗·弘历继位后，也采取了一些措施。所以，清仁宗爱新觉罗·甬琰执掌朝纲，必然惩办权相和砷。
不过，清仁宗爱新觉罗·甬琰对和砷的功绩和才能还是肯定的。但是，和砷的问题已不仅仅是个案，而是成了社会现象，可以叫做“和砷现象”。清仁宗爱新觉罗·甬琰没有把这种现象当作制度的弊端去解决，进行制度性的改革，也就没有从根本上解决问题，而只是处理了和砷一个人而已，更加凸显了清仁宗爱新觉罗·甬琰的平庸。
生平最失意之事
在圆明园被刺
清仁宗嘉庆八年（公元1803年）闰二月二十日，清仁宗爱新觉罗·甬琰从圆明园启銮返回紫禁城皇宫。按照惯例，清仁宗爱新觉罗·甬琰带领朝中重臣、御前侍卫自圆明园上马车驾，入神武门后换乘御轿进宫。因近日清军镇压白莲教的战争取得了胜利，平定教乱，清仁宗爱新觉罗·甬琰一连数日带领群臣在圆明园欢歌宴饮，吟诗作赋，几天前还亲往东陵谒拜父皇清高宗爱新觉罗·弘历。此时清仁宗爱新觉罗·甬琰在返回皇宫的路上还满心欢喜，陶醉在连日的喜庆之中。就在清仁宗爱新觉罗·甬琰换轿欲进入神武门内的顺贞门时，忽从神武门内西厢房南墙后冲出一条大汉，手持短刀直奔御轿而来。在场的众多护军、侍卫一时被突如其来的举动行为吓懵，一个个呆若木鸡、不知所措。轿旁的御前大臣定亲王绵恩还算清醒，意识到情况不妙，忙迎上前去阻挡大汉，固伦额附拉旺多尔济、乾清门侍卫丹巴多尔济等几人也随即冲上前去与大汉搏斗。清仁宗爱新觉罗·甬琰被这突发事件吓得魂飞魄散，慌忙逃入了顺贞门内，先前的喜庆之情，霎时间烟消云散。大汉见清仁宗爱新觉罗·甬琰逃走，手挥短刀左扎右刺，一心追杀皇上。经过一番激烈搏斗，几人将大汉团团围住，终将大汉擒住，侍卫丹巴多尔济被刺伤三处，定亲王绵恩的袍袖也在拼杀中被刺破。
清仁宗爱新觉罗·甬琰险些被刺，惊动了朝野上下，这起发生在光天化日之下的神武门刺杀皇帝案，遂成为了清仁宗嘉庆朝有名的一桩大案。案发当天，清仁宗爱新觉罗·甬琰立即降旨，命令“军机大臣会同刑部严审定拟具奏”，下令一定要将此案审个水落石出。
刺客名叫陈德，47岁，北京人，其父母原本是官宦人家的家奴。陈德幼时与父母随主家迁往山东，成年后也一直在山东有钱人家当差为生。陈德23岁时娶妻生子，31岁时因父母先后病故，他带着家人回到北京投靠亲戚，辗转在大户人家当差。案发前，陈德在一孟姓人家做厨役。其间陈德的媳妇不幸病故，留下80岁瘫痪在床的岳母和一对未成年的儿子，日子过得十分艰难。清仁宗嘉庆八年（公元1803年）二月，陈德又被孟家解雇，他只好投亲靠友，受人接济。据陈德交待，“因无路寻觅地方，一家老少无可依靠，实在情急，要求死路。”遂于二十日在神武门行刺清仁宗爱新觉罗·甬琰，为的是犯了惊驾之罪，必定一死，“图个爽快，也死个明白”。
陈德行刺案在朝廷掀起了波澜，大臣们惊恐万状，人心惶惶，有的朝中重臣认为此案背后一定有人指使。清仁宗爱新觉罗·甬琰想起了明末刺客张差闯入慈庆宫企图刺杀太子朱常洛的历史掌故“梃击案”，心里更是疑虑重重，随即又连发两道御旨，旨令添派满汉大学士、六部尚书、九卿科道会同审讯，命令一定要“穷究主使何人，同谋何人，有无党羽”。