清朝的军事领导体制经历了一个由分权制向集权制转变的过程。后金时期，满族社会由奴隶制向封建制演变，与之相适应的军事领导体制带有分权制的特点，由八和硕贝勒“共议国政”，凡军政大事皆由旗主共议集体裁决，议政王大臣会议为最高决策机构。清定鼎北京后，统治者认识到，必须对旧的政治体制和军事体制进行改革，以加强皇权。随着王权的不断被削弱，有名无实的议政王大臣会议终被取消。雍正年间设立的军机处，虽然总揽了军、政二方面的大权，但它只不过是一个秉承皇帝旨意办事的秘书班子，实际上大权完全操于皇帝一人之手。康、雍、乾时期，封建专制主义的中央集权制达到了前所未有的高度，皇帝“乾纲独断”。康熙帝说：“今天下大小事务，皆朕一人亲理，无可旁贷。若将要务分任于人则断不可行。所以无论巨细，朕必躬自断制。”（《东华录》康熙朝卷91）与此相适应，在王权不断削弱过程中，原为各旗旗主私属的八旗兵逐渐变为国家亦即皇帝的军队，军权由分散趋向集中，皇帝把军权牢牢地抓在自己手中。康熙帝曾说：“部院诸事，朕尚与诸巨商酌之，惟军旅之事，皆出自一心筹画。”为了达到兵权归一的目的，统治者采取了一系列措施，并从理论上进行了阐述。如作为中央最高军事机构的兵部，并无实权，“不过稽核额籍，考察弁员而已”，一切军务皆由秉承皇帝旨意的军机处办理。为了防止武将擅权。形成尾大不掉之势，清王朝一是实行以文督武的方针，即地方军权分寄予总督、巡抚，以文臣总督、巡抚节制武将提督、总兵，法律明确规定：“国家军旅之事，专任武臣，其在直省者以文臣监督，日总督，日巡抚。”（《康熙大清会典》卷93）作为各省绿营的高级将领的提督、总兵，只有统兵权而无调兵权。督、抚在管区内虽有调兵权，但也要同时奏报皇帝认可。二是不准武将久任一地。康熙帝从吴三桂叛乱的教训中总结出兵权不可令武将久擅的思想，他说：“边疆提镇，久据兵权，殊非美事。兵权久握，心意骄纵，故每致生乱……即此观之，兵权不可令久擅也。”他还说：“武官久任非善事。在昔唐朝藩镇骄蹇跋扈，皆由久典兵权之故耳。”
（三）兵农相分，专于为兵
八旗兵是满族社会特有的军事组织，皇太极在谈到八旗兵制时曾把它与明朝兵役制度进行对比，说“南朝规矩兵民为二，民有常业；兵有常粮；我国兵民为一，出则备战，人则为农，兼以收拾兵器”（《明清史料》丙编第一本，《敕谕副将高鸿中稿》）。八旗兵役制度的特点是兵民合一、耕战结合，这是由当时满族人口少、生产力低下的社会环境所决定的。入关之后，八旗兵逐渐失去生产职能，不再从事生产，成为常备兵。这种变化，与社会发展的趋势相一致，是历史的进步，然而它又很不彻底，在某种程度上仍然保留了兵民合一的传统，当兵披甲局限于旗人狭小的圈子里，成为一种特权，给八旗兵带来许多负面影响。统治者对此视而不见，相反却对兵民合一的传统大唱赞歌，说：“设兵之制，历代因革损益，虽互有不同，而其实不甚相远，其出于特创而无所因袭者，则我朝八旗之制是也……其制以旗统人，即以旗统兵，盖几隶于旗者皆可以为兵，非如前代有签派招募充补之烦而后收兵之用也。”（《清朝文献通考》卷179，《兵》一）相反，不少官员和学者充分认识到八旗兵民合一的弊端，以评论寓兵于农为幌子，对其进行了尖锐的批判。清初杰出的思想家王夫之（1619~1692）认为，任何事物的存在，都有一定的条件，“三代寓兵于农，封建之天下相承然也”，后世伴随着社会的发展，兵民分为两途，农出粟以养兵，兵用命以卫农，“固分途而各靖”。腐儒不懂得“因时而利用”的道理，称说寓兵于农而不绝，其愚足以祸天下。“农之不可兵也，厉农而以弱其国也；兵之不可农也，弱兵而只以芜其土也”（《读通鉴论》卷17，《简文帝》）。陆世仪（1611~1672）也指出，兵民合与分，要视情况而定，“人习战斗，法令森严之时，宜于兵民合；太平日久，人不知兵之时，宜于兵民分”（《论兵制》，《清经世文编》卷71）。顾栋高（1679~1759）认为，兵民为一，行之愈力，危害愈甚。王昶（1724~1806）认为，治国者不应当承袭寓兵于农的迂谈，而应任良将，驭精兵。乾嘉时期著名的散文家姚鼐（1732~1815）则指出：兵民相分是历史的必然，“虽有圣人不能使之复合者，势也”；后世由于战争规模巨大，参战兵力众多，而战争的胜负在极短的时间内即可决出，这就要求士兵必须具备极高的军事素养，军队应以强军为本，“士卒知战斗而已”，兵农无法兼顾；否则，“兵农两为，战则速败，而田野为芜莱，国何赖此哉”（《议兵》，《清经世文编》卷70）。清统治者中也有人认识到军队只有专于为兵，精于训练，才能有战斗力。然而这一思想并没有真正贯彻到军队建设中去。
（四）骑射为本，振奋精神
对于满族人来说，骑射既是他们赖以生存的一种基本的生产技能，又是重要的军事活动。清王朝马上得天下，所以统治者历来都十分崇尚骑射，认为骑射“乃满洲之根本，旗人之要务”（《清朝文献通考》卷192，《兵》十四）。他们重视骑射，一方面是因为它是八旗兵建设的重要内容，乾隆帝曾说，“满洲素习，原以演习弓马骑射为要”，“武备尤以弓矢为要务”。另一方面，骑射还极大地影响着人们的精神品格，这在和平时期尤为重要。也更为统治者所重视。满族本来有尚武的传统，在长期行师围猎中形成了不怕劳苦、勇敢强悍、锐意进取的精神。但在取得全国政权之后，政治上、经济上的种种特权以及和平安定的生活，严重地腐蚀着满洲贵族和八旗官兵，统治阶级日益腐败，武备逐步废弛，“八旗人民怠于武事，遂至军旅隳败，不及曩时”。政府官员和军队官兵中滋长着养尊处优、贪图享乐的坏风气。统治者对此十分忧虑，为改变这种情况，康熙、雍正、乾隆皇帝一再谕令八旗官兵要勤习骑射，并特别强调军队建设中的精神因素。雍正帝告诫八旗官兵，要“以柔弱怯懦为耻，以安逸华丽为戒”。乾隆帝则指出：“行围出猎，既以操演技艺，练习劳苦，尤足以奋发人之志气，乃满洲等应行勇往之事”。他特别强调这种精神因素与国家命运的关系，说：“若惟事偷安，不知愧耻；则积习相沿，实于国势之隆替，甚有关系。”他还一再强调，八旗官兵应为戒贪图安逸、怯懦畏敌、不求上进的坏风气，培养耐受劳苦、不尚浮华、敦崇淳朴、勇往直前等优良的精神品格，以振奋清军的士气。
三、先弱后强、各个击破、集中兵力、
速战速决的战略战术思想
（一）攻取强敌，如伐大木
清太祖努尔哈赤初起兵时，力量十分弱小，他之所以能够佐强敌如林中迅速崛起，一个重要原因就是他采取了正确的战略。他曾把自己的战略思想作了非常形象的说明：“欲伐大木，岂能骤折？必以斧斤伐之，渐至微细，然后能折。相等之国，欲一举取之，岂能尽灭乎？且将所属城郭尽削平之，独存其都城。如此，则无仆何以为主？无民何以为君？”其核心是以各种方法不断打击、削弱敌人，逐渐发展壮大自己的力量，由量变到质变，改变强弱形势，待力量对比发生根本变化之后，再集中力量一举消灭敌人。皇太极继承发展了“伐大木”的战略思想，在对明战争中他五次派兵绕道人关袭扰明朝，其目的就是不断削弱明朝的实力，为最后夺取明朝政权作准备。当群臣提出直攻明都的建议时，他解释说：“取燕京如伐大树，须先从两旁斫削，则大树自仆。”伐大木”的战略思想在清代产生了极为深远的影响。
（二）集兵要害，以众击寡
集中兵力、各个击破，是清军的传统战法和一贯的作战思想。努尔哈赤在古勒山之战中，面对敌人的优势兵力，提出“我兵是少，并力一战，可必胜矣”的思想。在著名的萨尔浒之战中，明军兵分四路，分进合击，围剿后金军；努尔哈赤则采取“凭尔几路来，我只一路去”（《幸存录》卷卞《东彝大略》）的方针，集中实力打敌二路，在局部上形成优势，取胜之后再转移兵力迎击敌另一路，最终取得了决战的胜利。
康熙帝也主张集中兵力。平定三藩叛乱时，他把兵力集中在主要战略方向湖南战场上，特别是在岳州（今岳阳）和长沙，更集中绝对优势的兵力。在其他战场，他也要求集中兵力，反对分兵。康熙十七年六月，吴三桂派大将马宝率兵进犯湖南永兴，清扬威大将军喇布部作战失利。康熙帝指出，吴三桂以大队来犯，而清军却所在遣防，兵势太分，这是清军失利的主要原因。因此，康熙帝要求将军穆占和喇布等将领，迅速将可缓之地的所有防兵，撤回要害之地，会合群力，给敌以痛击。他指授用兵方略说：“凡摧寇破贼，必审量己力，可击则击之；如贼众我寡，即宜调集诸路，合为一军，壮其声势，以图攻剿。倘株守新复城池，以已经驻镇，惮于旋师，迟留疑畏，于大事殊无所济。”不久，康熙帝又谕将军穆占：“满兵之势贵聚，聚则处处攻战，始克有济”。如果分兵驻守于无用之空城，用于进攻的兵力必然单薄，就会造成无谓的牺牲。所以，“宜合全力以破贼众。若徒分守恢复之空城，似乎不可”。在康熙帝的指导下，清军集中兵力，终于顶住了吴三桂的进攻。在收复雅克萨、平定准噶尔部噶尔丹等战争中，康熙帝也都贯彻了集中兵力的思想。