概念的获得，是把记忆所收藏的零乱混杂的部分通过思考加以集合，再用注意力把概念引置于记忆之前。这样，原来因分散、疏略而躲藏的东西与我们的思想相稔，很容易呈现在我们思想之中。
在概念中，按规则分门别类的感觉材料又按照一定规则被集合在一起，成为确定的知识。奥古斯丁对认识过程的分析以记忆力为中心，始终强调理性规则的判断和指导作用，同时也承认感觉材料的独立性，这符合心理活动的自然过程。
时间学说
《圣经·创世记》关于上帝七天创世的说法与希腊人“元不能生有”的观念格格不人，引起了普遍的质疑。其中一个问题是：上帝何时创造时间？《创世记》说，上帝在第一天结束时创造昼夜，在未有昼夜之前，何来“一天”呢？如此等等。奥古斯丁开玩笑说，他准备为提出这些问题的人下地狱去寻求答案。在《忏悔录》第l 1卷，他讨论了“什么是时间”的问题。他说，我们把握时间的方式决定了时间的本性，流逝的时间只能被知觉的运动所度量。他说：“正是在我的心灵里，我度量时间。”被心灵所知觉的时间即持续的知觉，知觉虽由外物引起，但知觉的持续却不取决于外物。外物消失之后，关于它的知觉仍能持续。奥古斯丁把知觉的持续称为“现在”。
“现在”不是时间的一部分，而是全部。理由有两点：第一，任何时间都可以被度量。“但是，过去的时间不复存在，将来的时间尚未存在，谁能度量它们呢？除非有人胆敢说，他能度量不存在的东西。”第二，过去和将来都可被归结为现在。他说：
很明显，将来与过去都不存在，说过去、现在和将来是三种时间是不妥的。妥当的说法似应是：有这样三种时间，关于过去事物的现在，关于现在事物的现在和关于将来事物的现在。
这是按照知觉内容做出的区分：“关于过去事物的现在”指对过去事物的记忆，“关于现在事物的现在”指对当下事物的直观，“关于将来事物的现在”指对将来事物的期待。这三类知觉分别与过去、现在和将来相对应，但它们都是现在知觉到的状态，都是现在的时间。
奥古斯丁接着提出一个关于时间的定义：“时间是心灵自身的延伸。”“心灵”并不专指人的心灵，应被理解为上帝的心灵。在奥古斯丁看来，上帝是永恒的，他并不是时间中的存在。时间的理念“现在”是上帝心灵的瞬间创造。上帝心灵之中的“现在”理念是一切时间的原型，人所知觉到的流逝的时间是对时间原型的摹仿。这也是上帝为什么能在瞬间创造出连绵不断的时间的道理。
神正论
对恶的思考在奥古斯丁思想发展中占据重要位置。他最初以为基督教无法解决恶的起源和性质问题，因而采用摩尼教的解释。摩尼教的教义为二元论，以代表善的光明之神与代表恶的黑暗之神的永恒斗争说明恶的普遍性。基督教信仰惟一的全能、全知、全善的上帝，于是产生了一系列问题：上帝造出的人为什么会犯罪？世间的恶来自何方？当时的伊壁鸠鲁派利用恶的来源问题否证了基督教信仰的全善、全知、全能的上帝。他们说，如果恶出自上帝创造，那么上帝就不是全善的。如果恶不是上帝的创造，那么它的出现是上帝不能阻止的。如果上帝不知道恶的存在而没有去阻止它，那么他就不是全知的；如果上帝因为没有能力去阻止它，那么他就不是全能的。总之，恶的存在与上帝的全善、全知、全能相矛盾。这些问题严重困扰着神学家。奥古斯丁皈依基督教之后，面临的一个重要任务是排除摩尼教的影响，合理地解释恶而不违反基督教教义。奥古斯丁关于恶的起源和性质的解释是最早的神正论（theodicy）。这个词来源于两个希腊词：“神”（theo）和“正义”（dike），它的意义是：面临着恶的存在而显示出上帝的正义。
按照恶的定义，一切被称作恶的东西可分为三类。第一类是“物理的恶”，指事物的自然属性造成的损失和伤害，如自然灾害，人的生老病死造成的痛苦，等等。这一类恶的原因是缺乏完善性，能否把这一原因归咎于上帝创世的不完善呢？奥古斯丁断然否定。他说，上帝创造的是一个完善的整体，单个被造物的不完善性正是完善秩序的组成部分。“在宇宙中，即使那些所谓的恶，只要能够加以控制，使之处于应处之地，也能增加我们对善的景仰，因为善著与恶相比较，更显出价值，更可羡慕。”物理的恶不但无损于上帝的善，而且衬托、显扬出上帝的善。
第二类为“认识的恶”，指真理与谬误、确定与不确定的认识秩序的颠倒。认识的恶的原因是人类理智的不完善。它虽然比物理的恶更加危险，可以导致不相信上帝，但和物理的恶一样，其原因不能归咎于上帝。人类理智的不完善性“应当被看做现世生活的错误”，只是相对的、局部的、表面的，并不影响上帝的智慧的绝对完善性。
第三类为“伦理的恶”。只有这类恶才称得上罪恶，这是奥古斯丁关心的主题。他说，罪恶是“人的意志的反面，无视责任，沉湎于有害的东西”。“意志的反面”不是说罪恶与意志无关，而是说罪恶是意志的背逆活动。他说：“当意志背离了不变的共同的善，追求个人的好处，即外在于自身、低于自身的好处，它就是在犯罪。”（5）意志是灵魂的活动，其正当目标应是高于灵魂的上帝；当意志追求低于灵魂的身体时，造成秩序的颠倒，产生伦理的恶。就是说，邪恶意志不是由一个外部动力所造成的，邪恶意志的原因在于意志内部的缺陷，即人类意志自身的不完善性。或者说，罪恶不是上帝的创造，而产生于人类意志的缺陷。
意志自由说
如果人们要继续追问：上帝为什么要赋予人有缺陷的意志，以致产生出罪恶呢？上帝为什么不赋予人只会行善、不能作恶的意志呢？奥古斯丁回答说：
不是有意做的事既不是恶，也不是善，因此，如果人没有自由意志，则将不会有公正的惩罚和奖赏。但是，赏罚的公正来自上帝的善，它必然存在。因此，上帝必然赋予人以自由的意志。
奥古斯丁把罪恶的根源归咎于意志自由，他认为灵魂的“背道和皈依都是自愿的，而不是被迫的”。也就是说，人的意志有行善或作恶的选择自由，上帝并不干预人的选择，但对自由选择的后果进行奖惩。上帝的恩典主要表现为赏罚分明的公正，而不在于帮助人择善弃恶。
原罪和恩典
奥古斯丁在与佩拉纠派异端的争论中，修改了早期的意志自由说。佩拉纠派的基本立场是坚持性善论，否认原罪说，认为人是否获救取决于自己的选择，人只要依照固有的善良本性行事，便可择善而从，得到拯救，不需要上帝的恩典。奥古斯丁认识到他早期的观点可能被佩拉纠派所利用，他在《更正外书中说，早期著作是为反驳摩尼教而作，主要讨论恶的起源问题，“这些著作没有谈及上帝的恩典”。奥古斯丁在反佩拉纠派著作中强调，没有上帝的恩典，人的意志不可能选择善，只能在罪恶的奴役之下，不能遵循正当的秩序，丧失了选择的自由。伦理的恶的原因与其说是人类的意志自由，不如说是人类的原罪。他把《圣经》中有关“罪”的说法发展为“原罪”说。根据这—教义，亚当夏娃受益惑所犯下的罪，是世世代代遗传下去的原罪，自那时以后，人类的自由意志（1iberum）已经被罪恶所污染，利用自由意志犯罪，完全失去上帝造人时赋予人的择善避恶的自由选择的能力（1iber—tas）。只有依靠上帝的恩典，人的意志才能摆脱原罪的奴役，做出善的选择，恢复真正的自由。上帝的恩典首先表现在为人类赎罪，上帝之子耶稣基督牺牲自己，换取全人类的新生。自此以后，人类面临的善恶选择就是做基督徒或异教徒的选择。
上帝之城
410年西哥特人洗劫罗马城，这在基督教内外引起了强烈的反响。基督徒对罗马的感情相当复杂。罗马统治者对早期基督教的迫害曾在基督徒中间引起强烈的反罗马情绪。《启示录》以“七头巨兽”比喻坐落在七座山丘上的罗马城，以身穿紫红眼、喝圣徒和烈士血的淫妇影射罗马皇帝。然而，基督教成为罗马帝国的国教之后，罗马城被涂上神圣色彩。罗马历史学家。基督徒尤西比乌（Eusebius）盛赞君士坦丁大帝在历史中实现了基督的救世意愿，罗马是上帝治理人类分裂和堕落的工具。在这种看法普遍流行的环境里，不难想象罗马城的沦陷在基督教内部引起的沮丧、恐慌以及在异教徒中产生的幸灾乐祸情绪。罗马的劫难对基督徒似乎意味着罗马所担负的拯救人类的历史使命的破灭；异教徒也认为，这是罗马人背叛本民族庇护神。转而崇拜基督教而得到的报应。
为了鼓舞士气，坚定信仰，奥古斯丁写下《上帝之城》，对历史做出新的解释，做出了圣史和俗史的区别。圣史是《圣经》所记载的上帝启示于人的事件，分成六个阶段，与创世六天相对应。《旧约》描述的以色列人的历史构成前五个阶段，《新约》记载的耶稣基督活动是圣史的最后阶段，圣史结束于耶稣为人类赎罪而献身之时。俗史即历史学家记载的事件，其发生时间与圣史平行，在圣史结束以后仍然持续。圣史结束于耶稣之死，这意味着圣史之后的俗史与人类命运无关，不但世界末日不可预测，而且世俗人事的兴衰都不会影响圣史已揭示了的思典与拯救。
与圣史与俗史相区别的历史观相对应的是圣城和俗城相区别的社会观。这里所谓的“城”（civitate）是“社会”的意思。奥古斯丁认为，社会是按照一定协议组成的人的群体。他说：“一群有理性的存在者就他们所爱的对象达成共同协议而结合在一起，因此，为了知道一群体的性质，我们只需了解什么是他们所爱的对象。”按照这一定义，“爱自己并进而藐视上帝者组成地上之城，爱卜帝并进而藐视自己者组成天上之城”。这是按基督教伦理学标准做出的圣城与俗城的区分。奥古斯丁对国家基本功能的看法与亚里土多德大致相同，认为国家的作用在于“提供现世生活必需的利益，保障能使我们在现世生活中享受健康、安全和人类友谊的世间和平”。他接着又说，和平是有序的平衡，人与上帝的秩序表现为人对上帝的信仰以及对永恒律的服从，人与人之问的和平表现在当权者与从属者的合作以及他们对现世法律的服从。或者说，“天上的和平”是上帝之城的目的，“地上的和平”是世俗政权的目的。
奥古斯丁说，上帝之城与地上之城的说法只是“神话般”的（mYstice）隐喻，表示“一部分人命定与上帝一起进行永恒统治，另一部分人与魔鬼一起永遭劫难”。如果说，圣史与俗史在时间上平行，那么，圣城和俗城在空间上交织。他说：
天上的城与地上的城在世间始终交织在一起……两者享受同样的世间利益，或被世间邪恶所折磨，但伴随着不同的信、望、爱。
就是说，圣城和俗城是区别实际上生活在同一国家中的人们的不同精神生活和命运的概念，并不是指两个独立的政治实体。两者的区别在现世是无形的，但在来世却是有形的。