惟明帝既尊礼师傅，又要追忆功臣。特就南宫云台中，图绘遗像共得二十八将。再加王常、李通、窦融、卓茂四侯，合成三十二人，当时诸人多已怀故，赖有云台遗迹表著千秋。特列如下：
太傅高密侯邓禹；中山太守全椒侯马成；大司马广平侯吴汉；河南尹阜成侯王梁；左将军胶东侯贾复；琅琊太守视阿侯陈俊；建威大将军好时侯耿弇；骠骑大将军参蘧侯杜茂；执金吾雍奴侯寇恂；积弩将军昆阳侯傅俊；征南大将军午阳侯岑彭；左曹合肥侯坚镡；征西大将军阳夏侯冯异；上谷太守淮阳侯王霸；建议大将军鬲侯朱祐；信都太守阿陵侯任光；征虏将军颖阳侯祭遵；豫章太守中水侯李忠；骠骑大将军栎阳侯景丹；右将军挽里侯万修；虎牙大将军安平侯盖延；太常灵寿侯邳彤；卫尉安成侯铫期；骁骑将军昌成侯刘植；东郡太守东光侯耿纯；城门校尉朗陵侯臧宫；捕虏将军扬虚侯马武；骠骑将军慎侯刘隆；横野大将军山桑侯王常；大司空固始侯李通；大司空安丰侯窦融；太傅褒德侯卓茂。
这三十二人中邓禹至刘隆共二十八将，并佑光武中兴，相传为上应二十八宿，或说他是星君下凡。但将云台所纪，史官所采依次列入。尚有伏波将军马援也是个中兴功臣，光武帝便听了梁松谗言，把他薄待。
伪作飞书不甘失败至命丧
山阳王刘荆为明帝同母弟，性独阴刻，专喜害人。先帝驾崩召其入都，他则临丧哭亦不哀。且用精神去伪作飞书，用函密封，嘱使苍头即打手，冒充郭坚家奴，送交东海王强。强展开一阅大为惊异，但见书写着：“君王无罪猥被斥废，即好像有罪一样，被人家指责驳斥，你都不敢作声，冤冤枉枉地废掉了太子。不仅你自己如此，还有您的兄弟都坐进了班房（实在他亲弟刘辅被封为沛王。但与恶意为父报仇的刘玄之子刘鲤一齐刺死刘盆子兄刘恭有嫌而株连入狱）。太后失职，即郭后被废失去中宫正后之位，即别居北宫及至年老还远斥居边疆实封沛太后。这一切海内都深痛，观者鼻酸。及太后死，尸柩在堂洛阳吏就捕斩宾客至有一家三尸伏堂者（实为诸王子与王莽从兄王仁子叫王肃父子往业而株连）但你现在有地并两国，即东海和鲁地拥有百万人口，你不是可以举兵讨伐吗？请王努力从事。高祖起亭长，先帝（指光武）兴白水，何况于你为先帝长子本故付主哉？上以求天下事必举，下以雪沉没之耻，报死母之仇！夫受命之君天子所立，不可谋也。今天嗣位的皇帝乃是人为之所置，诸者为右，愿君王为高祖，先帝所志，毋为扶苏（始皇长子）将闾（始皇庶子）徒口乎天也！”
是书却无署名。不过来人传言，说是大鸿胪郭况亲笔。强亦不暇细问，但将来使执住，解送京城长安。并将原书呈入，明帝立命将来使系狱，不令穷治。惟留心访察，知是亲弟山阳王刘荆所为。企图谋害东海王。明帝自思荆为胞弟，未便举发，不如暂从隐秘。但遣荆出止河南官，几天后令荆还国。
却说刘荆奉诏还国后，仍然抓着异图，暗中引入术士，屡与谋议。且日望西羌有变，可借防边为名，称兵构乱。事又为明帝所闻，特将他撤离荆地。荆越加意恨，至年已三十岁，复召相工入王宫对他说：“我和类先帝，先普卅得天下，我今亦三十，可起兵否？”相工吱唔对付，一经趋出便向地方官报明，地方官也当然出即向上奏报。朝廷遣使责问，荆因叛逆意谋发觉不免惊惶。便自系狱中，明帝尚不忍加罪，仍令衣租食税。惟不得管理属臣与官吏，另命国相中尉代理国事，慎加约束。荆犹不肯改过，秘密令丞祝祈祷为解除祸灾，国相中尉只恐自己坐罪，只好详报上去。廷臣即刻荆诅咒，立请加诛，可是诏尚未下。那刘荆自己认为干了那么多的坏事，屡次不改，只有自杀了事。
马氏中选立后贤良
伏波将军马援元配贾氏早殁无子，继娶蔺氏生有四子三女。少子客卿幼即很懂事，专对宾客。援甚加钟爱。因名为客卿。自援家遭谗失势，客卿亦哭父病亡。蔺夫人也是不胜悲悼，经常弄得精神失常，外事具由马援子、马廖防等主持，内事则由援女料理。少女年仅十岁才超过二个姐姐。独会主办家事，驾驭僮仆，且勤且俭，事茗成人。惟因生性是个好劳不闲的人，常常劳累得辛辛苦苦。蔺夫人令卜人占验，卜人说道：“此女虽有小恙，将来必当大贵。”接着又叫相士审视该女，相士也说：“少女极贵，他日当为国母，不过生子当中有限，若养他人子比亲生子还要好哩！”蔺夫人虽然心喜，但因为自己身上现在遭受着夫死又被诬陷的冤枉，心里显得实在不好受，而对待这样一件事则无心或者也未敢去信为真言。
当时有马援哥哥的儿子叫做马严，他见到叔父马援人死还被谗，祸由梁松，固而不胜悲愤。本来自己与窦家结婚为此将他离绝。且听得说从妹生有贵相，特提出要为求进掖庭。当时光武帝尚还在世。马严即上书呼请：说他叔父马援家生有三个女儿，年龄分别在十三、十四、十五岁。人材都在上中上，品性优良，要求竞选进宫。这书虽入，总算蒙恩旨准。派遣宫监至马援家筛选，通过仔细端祥第三女最优秀乃将她选入，小三年尚只十三，却能奉承阴后，礼仪修备，人无间言。后来年渐长成，越加欣晰，又生成一头美发光润细长，常笼发四起，梳成大髻尚多有余。眉不施黛，惟右眉角稍有小缺，略加点染。身长七尺二寸，亭亭玉立，袅袅花姿，又能不妒、不悍，上下协调。如此淑媛能不令人怜爱么？阴丰是阴太后同父异母弟弟阴就的儿子。他娶了阴太后的小女郦邑公主做老婆。那阴丰放肆不法，公主则娇纵成性，两下里常吵闹不休。一次阴丰盛怒之下将公主刺死。公主是刘氏人掌上明珠，此事一出，感到皇家颜面尽失，无形中给明帝施压很大，大怒之下逐将阴丰斩首，并赐阴就夫妇自尽。这样对阴太后说则是阴氏弟侄死了，自己心爱的女儿死了，故心底的创痛实难以愈合。是多亏了马氏的精心照料，才得以渐渐复苏，因而马氏也获得了阴太后的欢心和喜爱。明帝未即位时已是宠爱异常，主嗣承大统以后，便册为贵人。永平二年（公元59年）竟立贵人马氏为后。
立后时可巧，也正是朝廷造方台忆追故功臣时。有东平王苍至方台观图，独不见马援遗像，便转问明帝何故不画伏波将军马援像？明帝微笑不语，揣明帝的用意，无非马援为岳父，不便列入，省得他人滋议。其实根本不是这样，完全是由于先帝误听梁松而把他薄待，至明帝也不好再抬起。免得众臣非议。立后的事倒是他自己有权决定的。
马皇后正位中宫，但是一直无子嗣承。惟马后前母姨的女儿贾氏，亦得选入嫔嫱，她产下一男，取名为炟。马后爱炟如已生，抚养甚勤，常对左右人说：“人未必定自生子，但患爱养不至呢！”马皇后还想到目前皇子还是不多，常加忧叹，因此见有后宫淑女，便积极主动地推荐引导明帝去光顾哩！竟欲使明帝能多生几个儿子。就这点阴太后也常常称赞她德冠后宫，故很同意把她立为皇后。成为国母！马皇后尚爱习文，平居能诵《周易》，好读《春秋》，尤喜阅董仲舒的书。她那持柔和近人的态度，勤俭节约的风尚，朴素简洁的穿戴。后宫妃嫔都无不为之赞叹。明帝常欲试她的才识，有时故意将群臣奉牍，令马后去裁阅，马后能随事判断，并有条不紊，独未敢以私事相干。明帝有时出外，马后总是咛嘱恐冒风寒。朝廷上下，公卿大臣，无不称赞好一个马皇后，一代贤后流传千古！
臣有过不少恕
惟明帝这个人从来素好讥察，发人稳私，每遇大臣有过，喜欢加面斥。近侍尚书以下，且亲手提拽不肯少恕。是时海内承平明帝政务轻闲，屡至濯龙园消遣。园近北宫，因欲塌筑宫室与园相连。当下就派人召集工匠大加兴筑，当时正好天旱无雨，盛夏炎热，有尚书仆射钟离意上疏切谏：“监复天旱，百姓有灾，你做天子的岂有置之不理，还去筑什么宫室，又费财又费力，未免劳民伤财。”且引古时成汤王遇到天灾追究下级，对民不负责任的人，要予以处分的故事，来说明目前的问题。
明帝揽书心里总不免有点不舒服，觉得碰上了一个这样的人出来打消自己的兴趣，但又觉得他说的有一定道理，便即下诏停止了工作，暂停缓建。果然天心默应，不几天就下起雨来了。
过了不久明帝赐降胡十缣。（就是发给降胡十匹丝绸，利于解决当前生活困难的救济）那尚书郎误十为百，记入帐薄，交给大司农。大司农复奏上去，被明帝察觉，顿时起怒，立即召尚书郎问责，将加笞杖。钟离意得知后，慌忙入朝见了明帝叩头代请，说道：“这是一点不免的小失误，无关紧要。当是以批评教育为主，既使笞杖也不要那么重。若要像现在这样对待，宁肯要求我来代罪，因为他是我的部下，我没有教育好，若是以上次我谏阻筑宫是错而又想拿他出气的话，我愿请罪受罚，首先处分我好了。”说罢解衣待缚。这时明帝才怒始渐平，仍然令钟离意穿好衣服。并免除了尚书郎不笞杖。竟拜谢趋出。
明帝亦常常因事怒斥郭宫，有一次郭宫药菘不知做错了什么事情，被明帝发觉追着要打。那药菘只好躲到了床下，又被明帝追到了床前。逼得药菘无法，便答说道：“天子穆穆，诸侯煌煌，未闻人君，自起撞郎”明帝听着便也认为在这样紧急的时刻还能说出这般话来，还算是有一些口才哩，于是才转怒为笑，丢掉笞杖，赦免了药菘。药菘才从床下爬出来谢恩而去。
虎贲中郎将梁松，永平初年已迁官太仆。梁松这个人持势益骄，屡作私书，请托郡县。数次多了，后来被明帝察觉，饬令免官。但梁松尚不知省悟，痛改前非，反阴怀忌怒。进而又捏造飞书，诽谤朝廷，结果的是被发觉，只好下狱坐罪论死。也就是前朝在光武帝面前害了伏波将军马援的那个梁松。的确也是个无事生有的人，今天碰上明帝当然也不会放过他。
还有前大中大夫郑兴之子，名叫郑众。明帝且召来为给事中接着丈提为越骑司马乃兼给事不变。当时北匈奴又来朝乞请和亲。明帝特遣郑众北行，肩负重任。那郑众见了北单于不拜，北单于面有愠色。左右喧呼道：“汉使何不下拜。”郑众勃然道：“众为汉臣，只拜天子，不拜单于”北单于亦怒，令左右拽众出帐，派兵围守不与饮食。郑众对虏众说：“单于不想与大汉和亲倒也罢了，既想和亲就应该优待汉使。须知和亲以后谊关甥舅的关系了，奈何硬要使人为难呢？如若逼迫我硬要下拜，我郑众宁肯自杀，不愿屈膝。”说着拔出佩刀意欲自刎，虏众不禁慌张，一面劝郑众要忍，一面转告单于。单于恐众或自杀有碍和议乃改颜相待，并遣使送郑众还都。
郑众回都后将情况向明帝作了汇报，哪知明帝尝令责他没有办成事。仍然要遣他去。郑众认为前去一次抗礼不屈，幸得脱身南归，是固然没有丢大汉朝廷的脸。今天明帝又要我去，这是要我复入虎口，于身有害，于国也无益呀。怎么讲明帝也不听，郑和不去，被下狱坐罪。后因匈奴使来到大汉朝廷，面问前时郑众与单于情形，匈奴使臣据实对答，且说郑众意气壮勇，不亚苏武，成帝才赦免郑众罪，遣归田里。
东平王苍，以至亲辅政，声望日隆。不免有位高震主的嫌疑，好在东平王自己知觉，再不能长期留京，因回原王国。奉还骠骑将军印绶，明帝准他归国。
九江太守宋均，自上任后，政宽刑简，百姓宁安。因此名传远近，明帝知均贤名。便征拜尚书令，安有口才，多合上意。但宋均又喜欢在僚友面前轻谈朝政然而有些话传到了明帝耳里来，明帝视他不正派宋均被调为司隶校尉，终不得进言了。
永平五年（公元62年）皇太后阴氏寿终年已六十。尊谥光烈皇后合葬原陵。先前阴太后常会进言劝明帝谦虚谨慎，待臣要宽容有礼，轻徭薄税，重教轻刑于民。至阴太后死，明帝的这种作风有所改变，使朝臣产生恐惧。独钟离意还是敢谏，屡次奉上诏书，都要为同事有错说理，明帝亦知他忠诚，但终于直道难容，还是调出为鲁相了。后在鲁相职上终身。
此外三公也改易数人。永平三年（公元60年）太尉赵熹，司徒李欣皆免官，任南阳太守虞延为太尉，左冯翎郭丹为司徒。越年丹复免职，连司空冯鲂一并罢去，改用河南尹范迁为司徒，太仆伏恭为司空。这些频繁变动都不免是明帝的喜好甄察而造成。
佛教传入中国