这时，接替杨岳斌任陕甘总督的左宗棠，给朝廷来了一份词气亢厉的奏疏，称赞曾国荃劾官文一疏，是当今天下第一篇好文章，第一等好事，人心大快，正气大张，并以自己在湖南抚幕多年的身份为证，指责官文贪劣庸碌，不堪封疆重寄，请求太后、皇上撤官文之职，以昭朝廷公正之心。左宗棠正处在平回民之乱的前线，他这封奏折的分量，远胜他省督抚和都察院的御史。曾国藩密保官文的奏折此时也到了慈禧的手中。慈禧是个精明的人，她深知曾国藩不早不迟，恰好这时来封保官的折子，无疑是在为弟弟弥缝，希望这件事不要水火不容地闹下去。曾国藩的这个态度很使慈禧欣慰。她想：倘若曾国藩和弟弟站在一边，坚决与官文为敌，那就更麻烦了；曾国藩的面子还是要给的。慈禧决定按督抚不和的处置成例来个和稀泥。于是将官文内调京师，以大学士掌管刑部，兼正白旗蒙古都统，调李鸿章为湖广总督。因苏抚一职暂不能离开，遂调湖南巡抚李瀚章暂署湖督，由刘昆接替李瀚章，对曾国荃则未加任何指责。一场大风波就这样平息了。
正当曾国藩为九弟平安度过险境，湖督一职落入湘淮军手中而欣喜的时候，赖文光、张宗禹趁着清廷官场这场内耗的大好时机，在禹州大败郭松林部，然后挥师北上，率领五万铁骑，轻而易举地突破由豫军守卫的朱仙镇至开封府一带的防线，昼夜急驰，挺进鲁西。苦心经营半年之久的河防大计，一夜之间便付之东流。消息传来，曾国藩在济宁州一病不起。
若许当初亲骑射，河淮处处是高楼
新湘军的再次大败和河防之策的彻底破产，给官文抓到了报复的把柄。官文现在处于极为有利的形势：京师本来就有一大批曾氏兄弟的反对派，他们之中一部分出于正统观念，认为一家兄弟两人手握重兵，位居督抚，且功盖天下，不是国家之福，尽管有裁军自抑之举，仍是隐患。这中间有满人、蒙人，也有不少汉人。另一部分是嫉妒眼红，这中间多为满蒙亲贵，自己无能，却又不让别人发挥才干，便以汉人宜防的祖训，不断地提醒规劝太后、皇上。现在曾氏兄弟军事失败了，这两部分人自觉地结合起来，要求朝廷乘机制裁他们一下，以示天威而杜异心。官文本人位高权重，钱多势大，他并不买曾国藩密保的账，指使、收买一批言官上书弹劾，要求朝廷收回钦差大臣之命，罢曾国藩的两江总督之职。就这样，短短的半个月内，曾国藩一连接到军机处寄来的两道严责上谕和御史穆辑香阿、阿凌阿等五人措词强硬的参劾抄件，面临着带兵十多年以来，直接针对他而来的最险恶的政治形势。五十六岁的曾国藩，在经历过一番极度的痛苦之后，头脑异乎寻常地冷静下来。
他反复对河防之策进行自我检讨，又重新翻阅《明史》，细心研究明末官军对付高迎祥、李自成的办法。高、李的部队是继黄巢之后，最有成就的流动作战的军队，明朝官军将领们，包括能干的杨嗣昌都无法对付，大明王朝最终就栽在李自成的手里。这中间只有一个人最有本事，那就是孙传庭，而孙传庭的制胜之策便是围堵。捻军也是流寇，而自己所采取的沙河、贾鲁河、淮河沿线包围的战略，与孙传庭的办法是一致的。曾国藩坚信河防之策是正确的，绝不能因一次失利而予以否定。但现在朝野一片聒噪，似不给他以总结教训再决胜负的机会。对于这个现象背后的一切，曾国藩洞若观火。他不再像咸丰初年初出茅庐时的一味蛮干，硬拼到底，也不再像打下金陵后成天如同履薄临深，为防功高震主而不顾一切地自我裁抑，他这次要跟朝廷软顶一场。
曾国藩用的依然是老子以退为进的办法。他借病重难速痊为由，上疏太后、皇上，请开协办大学士、两江总督之缺，并请另简钦差大臣接办军务，自己以散员留营效力，不主调度。又附片奏河防失败，剿捻无效，请将一等毅勇侯封爵注销，以明自贬之义。
奏疏拟好后，赵烈文、汪士铎、薛福成等人都劝他不必如此。担心朝廷会像咸丰八年那样顺水推舟，全部接受。曾国藩执意拜发，他并非意气办事，他有自己的深沉思考。
捻军势力仍很强大，一日不平息，太后、皇上就一日不会安宁。自从僧格林沁死后，绿营、旗兵再没有一支部队可以独任此事，平捻，非湘淮军莫属。淮军五万精兵，天下无出其右，湘军陆师力量虽弱些，而二万长江水师却仍然是一支强大的力量。所有这些军事力量，其实就是他和李鸿章的私家武装。因此，朝廷目前要完全抛开他是不可能的。就是起用李鸿章为钦差大臣，湘军水陆两支人马也不会服服帖帖听李鸿章的话，还得他点头才是。这便是曾国藩对自己力量的信心所在。即使退一万步讲，朝廷绝情绝义，不顾后果将他开缺，他也不再留恋，立即挈眷回荷叶塘。他甚至后悔，早知有今日，不如当初打下金陵就与老九一起辞官回家为好。
中国专制王朝最后一位女主，毕竟不是等闲之辈。她主持朝政已逾六年，比起“叔嫂合谋”的三年前来，显然要成熟多了。她曾经下过大力气对朝中的大学士、六部尚书侍郎、军机大臣，以及各省的督抚一个个地作过深入的研究。其中，对曾国藩所下的工夫最多。自道光十八年点翰林以来，三十年间曾国藩每年做的事情及年终考评密语，宫中都完整地保存着。慈禧全部调来审阅。再加上这几年的直接交道，尽管从来没有见过面，关于这个为保卫她儿子的江山，立下了汗马功劳的书生出身的汉大臣的一切长处短处、心性品行，她已有了一个基本认识。她知道，曾国藩要求开缺江督、注销侯爵云云，都不过是对朝廷的批评和御史的参劾表示不满而已。在慈禧的心目中，这个年老的湘军统帅和他所统辖的湘军一样，已经暮气深重，不能再留在前线了，希望只能寄托在年富力强的李鸿章和方兴未艾的淮军身上。按慈禧的意思，军机处拟了一道上谕：
年余以来，曾国藩所派将领驰驱东、豫、楚、皖等省，不遗余力，歼贼亦颇不少，虽未能遽蒇全功，亦非贻误军情者可比。御史穆辑香阿等人之疏着毋庸议。曾国藩着回两江总督本位。湖广总督、暂署两江总督李鸿章着授为钦差大臣，专办剿捻事宜。朝廷赏功之典具有权衡，该大臣援古人自贬之义，请暂注销侯爵，着毋庸议。
上谕到了曾国藩手里，他心中甚为不快。太后、皇上虽作安抚，实际上仍认为他剿捻无能，逼令他离开前线。他不服气，又上一折：
钦差大臣关防已赍送徐州交李鸿章祗领。钦奉谕旨，饬臣回本位。臣自度病体不能胜两江总督之任，若离营回署，又恐不免畏难取巧之讥。请仍在军营照料一切，维系湘淮军心，庶不乖古人尽瘁之义。
为表示自己的决心，曾国藩将朝廷颁发的两江总督和一等毅勇侯两颗铜印封起来，另刻木质关防一颗：“协办大学士两江总督一等侯行营关防”。并将此事附片上奏。
慈禧太后看完这道奏折后微微一笑，命军机处再拟旨：
曾国藩请以散员仍在军营自效之处，具征奋勉图功，不避艰险之意。惟两江总督责任綦重，湘淮军饷，尤须曾国藩筹办接济，与前敌督军同为朝廷倚赖。该督忠勤素著，且系朝廷特简，正不必以避劳就逸为嫌，致多顾虑。
这道上谕，肯定了他的功绩，表示了对他的倚重，曾国藩看后略觉心舒。但他意犹未足，于是三上奏折，请开两江总督、协办大学士之缺。
十天后，上谕以日递五百里的速度送到济宁州曾国藩行营：
曾国藩当体仰朝廷之意，为国分忧，岂可稍涉嫌虑，固执己见！着即懔遵前旨，克期回任，俾李鸿章专意剿贼，迅奏肤功。
显然，慈禧为曾国藩三请开缺的举动而愤怒了。双方都未在原定的基调上后退一步。赵烈文、汪士铎等人都来劝说，就此罢休算了。曾国藩也觉得骑虎难下。最后，他下了狠心，与其这样以失败之员重回江宁，赧颜见江东父老，不如干脆让她全部开缺，回荷叶塘做老农算了。辞职毕竟不是谋反，再有人从中挑唆、搬弄，也不至于到达杀头灭门前功尽毁的地步；只要不到这一步，他就不怕。正拟第四次再辞江督时，内阁又递来一道上谕：“曾国藩着补授大学士，仍留两江总督之任。”
慈禧太后终于让步了，曾国藩也就不再固请了。他收拾行李，带着幕僚们打马重回江宁。一路上心事重重，很少说话。在徐州城外，路过有名的折柳长亭时，曾国藩在轿中隐隐见长亭粉壁上题满了诗，打头的一行字大些，写的像是“中兴将帅咏”几个字，他吩咐停轿。
曾国藩走出轿步入亭中，抬头细看，粉壁上写的是十首七绝，总题叫“中兴将帅咏”，每首咏的是一个带兵将领。他一首首看着，前八首像是咏的赛尚阿、乌兰泰、吴文镕、江忠源、何桂清、胡林翼、胜保、僧格林沁，看到第九首时，他的心跳了起来，那诗写道：
古今无两庆封侯，北进惜乎无善谋。若许当初亲骑射，河淮处处是高楼。
这不正是咏的他自己吗？曾国藩满面羞惭。薛福成吩咐亲兵：“村野俚语，无礼之甚，还不赶快涂掉它！”
“让它留着吧，也好作面镜子照照。”曾国藩有气无力地挥了挥手，蹒跚地走进绿呢大轿。
正在这时，前来徐州接钦差大臣关防的李鸿章带着一班文武大员亲到城外郊迎，将曾国藩一行前呼后拥地迎进知府衙门。李鸿章恭恭敬敬地向恩师请教治捻之策，曾国藩抚须沉思良久，什么话也没说。李鸿章再三恳求，他仍只字不言，只挥笔在纸上写了几个字。李鸿章接过看时，纸上写的是：“捻乱止于河防”。
望着恩师坚毅的面孔，李鸿章重重地点了一下头，将这张纸细心折好，放进衣袖里。