秦尚未统一六国前,北方的游牧民族匈奴逐渐强大起来,并且经常进入内地掠夺百姓的牲畜、财产,使相邻的燕、赵、秦深受其害。尤其是秦灭六国的最后阶段,匈奴趁各诸侯无暇顾及,占领了河套地区的所谓“河南地”。秦王朝建立后,匈奴威胁的问题日渐突出。秦始皇三十二年(公元前215年),秦始皇派大将蒙恬率军三十万大举北伐匈奴,尽取河南(今黄河河套西北)地。第二年,蒙恬又率军越过黄河,夺取了被匈奴控制的高阙(今内蒙古杭锦后旗东北)、阳山(今内蒙古狼山)、北假(今内蒙古河套以北、阴山以南、大青山以西地区)等地。在秦军的打击下,匈奴首领头曼单于放弃河南地及头曼城向北退却。秦王朝收复河套以北、阴山一带地区后,又增设四十四县,重新设置九原郡,在黄河岸上构筑城堡驻守。始皇三十六年(公元前211年),秦迁内地人三万户到北河、榆中(今内蒙古自治区伊金霍洛旗以北)屯垦,以进一步巩固对这一地区的统治。蒙恬北伐匈奴,不仅有力地制止了匈奴奴隶主贵族对中原的抢掠,而且大大促进了这一地区的开发。在长期的劳动和交往中,不少匈奴人南迁中原,逐渐同秦人及其他各族人民共同居住和生产,促进了民族的大融合。