光绪帝支持的维新变法活动,触及了慈禧为首的守旧派的利益,他们仇视新法,反对新法反对维新,不能容忍其发展。1898年九月二十一日凌晨,慈禧太后突然从颐和园赶回紫禁城,直入光绪皇帝寝宫,将光绪皇帝囚禁于中南海瀛台;然后发布训政诏书,再次临朝“训政”。慈禧太后随即下令追捕在逃的维新变法人士康有为、梁启超;逮捕谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁等六人。九月二十八日,谭嗣同等六人在北京菜市口就义,后人称之为戊戌六君子。另外参与变法的徐致靖被处以终身监禁;张荫桓被遣戍新疆。所有新政措施,除开办京师大学堂外,被全部废止。