韩愈因“日与宦者为敌”，弄得东都留守郑余庆十分为难，于是调他出任河南令。东都下辖河南、洛阳二县，属于京县，地位很高，县令是正五品上，比起都官员外郎，显然是一次迁升。韩愈在县令任上，振兴教育，整顿风俗，还主持过一次河南府的府试，为朝廷选拔人才。而尤其值得一提的是他和不法军人的斗争。当时当地一些市井无赖冒充军人身份横行不法，欺压百姓，还有一些拥兵自强的藩镇在这里暗养军士，以作它们谋反的内应。韩愈对他们毫不留情，“追而问”，“怒而杖”，严加惩处。这些不法军人群起诉冤，郑余庆慑于军人的威胁，袒护不法军人，使韩愈和郑余庆之间关系紧张。但他严惩不法军人之举却得到唐宪宗的赏识，唐宪宗十分高兴地说：“韩愈助我者。”遂于元和六年秋调韩愈回京，出任职方员外郎。
职方员外郎属于尚书省的兵部，掌管天下的地图及一些边防防御设施等，属于朝官，可参与朝廷大事，这对韩愈来说，无疑又是一次迁升，但上任不久，他便陷入一场是非争执之中。
当时，华阴县令柳涧因“公事”被华州刺史阎济美停了职，闲居旅馆，但几个月后，阎济美也被罢职。于是柳涧就乘机煽动百姓闹事，拦道不许其离开，使阎济美十分狼狈，后任华州刺史赵昌调查柳涧有罪，将其贬为房州司马。韩愈路过华阴县，知道此事后，认为两任州刺史是一伙的，他们合谋整柳涧，于是就上疏朝廷，请求重审此案。这次朝廷还真的重视了此事，派监察御史李宗奭调查此案。结果，“得涧脏状，再贬封绩溪。以愈妄论，复为国子博士。”（《旧唐书·韩愈传》）柳涧是个贪赃枉法者，被加重处罚；韩愈则以“妄论”（胡说八道）罪被调任国子博士。
韩愈对此事始末未作调查研究就贸然上疏，结果是替贪官求了情，由职方员外郎再降为国子博士，看是咎由自取，管闲事，落不是。但平心而论，韩愈的本意并不错，华州近在京畿，刺史奏县令有罪，朝廷理应调查清楚，而不该听刺史的一面之词就将县令停职、贬官。其实，韩愈根本不认识柳涧，和柳涧之间更无利害关系。他替柳涧申诉，初衷是维护正义和国家法律尊严，并非为谋私利。然而宰相未能理解韩愈的出发点，只以柳涧有罪就认定韩愈“妄论”，将其由朝官贬为大学教授这样的闲职，不可谓不是一件冤案，然韩愈也有口难辩，只好自认倒霉。