“天有不测风云，人有旦夕祸福”。正当周祖训踌躇满志，率领漯河高中全校师生循着德、智、体、美全面发展的教育方针阔步前进的时候，厄运悄悄地降临到他的头上。
1957年4月27日，中共中央正式发出《关于整风运动的指示》，决定在全党范围内开展以反对官僚主义、宗派主义和主观主义为内容的整风运动，发动群众向党提出批评建议。尔后，各级党组织纷纷召开座谈会，听取党内外群众的意见。党内外的广大干部和群众，对党的工作及干部的思想作风提出了大量的批评和建议。但是，有极少数资产阶级右派分子乘机向党和新生的社会主义制度放肆地发动进攻。他们把共产党在国家政治生活中的领导地位攻击为“党天下”，公然提出共产党退出领导机构，要求“轮流坐庄”，妄图取代共产党的领导。他们极力抹杀社会主义改造和建设的成绩，根本否定社会主义制度的优越性，把人民民主专政的制度说成是产生官僚主义、宗派主义和主观主义的根源。6月8日《人民日报》发表《这是为什么》的社论。一场全国规模的群众性的疾风暴雨式的反右派运动迅速地开展起来了。对右派的进攻坚决反击，对反社会主义的思潮进行批判，是完全必要的。但是，右派分子只是极少数。由于当时党对阶级斗争和右派进攻的形势作了过分严重的估计，结果反右派斗争被严重地扩大化了。许多知识分子、爱国人士、党的干部被错划为右派，给党和国家带来了不幸的后果和损失。
在这次运动中，周祖训也被错划为右派分子。
1957年5月下旬，中共漯河市委邀请民主人士在市政协召开会议，请大家给共产党提意见，帮助党整风。身为漯河市人民代表大会代表和市政协常委的周祖训，积极响应市委的号召，出于帮助共产党整风的诚意，在会上发言。前不久他曾看到费孝通先生在报纸上发表的《知识分子的早春天气》一文，引起他的“春色遥看近却无”的共鸣，便对党的知识分子政策提出三点意见。第一要鼓励知识分子敢讲话、多讲话，因为他们在旧社会都信奉《金人铭》上说的“勿多言，多言多败；勿多事，多事多患”，也都熟悉历史上发生的焚书坑儒和文字狱的故事。他们吸取过去惨痛教训，养成了明哲保身、少说为佳的积习。所以党要鼓励知识分子讲话，特别是鼓励他们讲不同意见的话。古人说的“千人之诺诺，不如一士之谔谔”是有道理的。古人又说：“防民之口，甚于防川，川壅而溃，伤人必多。”禁止人讲话，结果是不好的，甚至适得其反。第二，关于党和知识分子的隔阂问题。新中国成立后，党正确地贯彻了对知识分子团结、教育、改造的方针，党和知识分子的关系一般是亲密无间的，但个别党员和知识分子间的矛盾是有的。怎样解决他们之间的矛盾呢？根据春秋责备贤者之义（贤者指品德高尚或觉悟高的人），应由党员多负责任并主动地解决。第三，知识分子有职无权问题。知识分子有职无权，虽是个别现象，也应解决；因为知识分子一般是有责任感和事业心的，因而是不甘于尸位素餐的。
周祖训的发言，在与会者中反应很好，有的当场提议，把发言稿打印报送到许昌地区和省里去。可是时隔不久的暑期，在许昌地区“反右”斗争学习会议上，突然对周祖训进行揭发、批判、斗争，说他这个发言是“反党言论”，是“借古讽今的大毒草”，武断地斥责周祖训在发言中提出的三种情况：知识分子不敢讲话，党员和知识分子间有矛盾，知识分子有职无权，都根本不存在，完全是对党的诬蔑；在发言中他引用的历史事实和古人语言，是借古讽今，别有用心。由此得出结论：周祖训是彻头彻尾反对共产党的。最初，说周祖训反党，他思想不通，心以为非，口不敢言，困惑惊疑，寝食不宁，但经过群众对他的反复批判斗争，特别是他阅读了当时报纸上批判右派分子的大量文章后，感到以上对他的批判方式已成为一种思潮，不是某一个人所能抗拒的。他虽百思不得其解，但迫于形势，他只有把自己的思想提高再提高，把自己的言论行动上纲再上纲，最终只好违心地忍气吞声地接受了。
周祖训被划为右派分子后不久，校长兼党支部书记边成武亦被划为严重右倾分子。边成武为人憨厚坦荡，但矜躁之态常溢于言表。他对自己从许昌地区中级人民法院院长之职调任漯河高中校长兼党支部书记有意见，一直耿耿于怀。因此他被定为严重右倾分子，遭受批判斗争，与右派分子一起劳动改造。不久，上级给漯河高中派来新的党支部书记。新任党支部书记，调来之前在原任领导岗位上，曾被打为右倾分子，所以在领导学校“反右”斗争中，惟恐重蹈覆辙，就来了个“宁左勿右”：在教师中“深挖右派”的同时，又在学生中开展了反对“坏分子”的斗争。为了掀起“反右”高潮，学校采取大会发动，小会动员，号召学生“大鸣”“大放”。开始效果不大，学校内大字报寥寥无几，比较冷清；学校就组织学生到市直鸣放得所谓好的单位和漯河师范参观学习。接着进一步动员学生“大鸣”“大放”，并在大礼堂设论坛，鼓励学生登台发表演讲。甚至于给学生规定每天必须写若干条（张）大字报，完不成不准睡觉。大多数学生没内容可写，但为了早点睡觉，就胡编乱造。结果一下子全校成了大字报的海洋，所有墙壁上都贴满了大字报，又在院子里和大礼堂里扯一些细绳子，把大字报挂在上面。接着，学校组织积极分子，对大字报逐张逐条地审视，把认为有“问题”的内容摘抄下来，再逐人逐条分析，上纲上线。最后，在学生中划37名“右派分子”，报请市委审批。因市委根据中央精神，不允许在中学生中划右派分子，学校党支部竟将这37名学生全部划为“坏分子”。当时“地（主）、富（农）、反（革命）、坏（分子）、右（派分子）”是阶级敌人，是专政对象。这37名学生便成了阶级敌人。在学校里对他们经过一阵批斗、劳改之后，便开除遣送回家，交当地管制劳动。另外，还有百余名学生，因为在“大鸣”“大放”中有所谓错误言论，受到党纪、团纪和政纪处分。在这里还要提一下，有的学生被打成“坏分子”或受到处分，是因为替周祖训被划为右派分子鸣不平所致。周祖训在上世纪30年代，不顾个人安危救地下共产党员吴芝圃；新中国成立前夕率领原中原临时中学3000名师生，留原地迎接解放，最后率领大家回到河南等感人事迹，当时在学生中曾有所传闻。加之他学识渊博，治校有方，德高望重，许多学生对他非常敬仰和崇拜。所以，当他被划为右派分子之初，不少学生不理解不接受，纷纷行动起来，或写大字报，或发表演讲，为其鸣冤叫屈，因此被划为“坏分子”或受到党纪、团纪、政纪处分。据说，在“反右”斗争中，对高中学生残酷斗争，无情打击，造成严重后果的，全省乃至全国独此一家！