随着南美考古研究的不断发展，人们逐渐揭开了古老印加文明的神秘面纱。
公元6世纪时，安第斯山区和沿海地带大约共生活着100多个部落，其中最主要的有4个：艾马拉、莫契卡、普基那和克丘亚。普基那和艾马拉部落活跃在的的喀喀湖周围地区，莫契卡部落则占据了秘鲁沿海北部地区。与它们相比，居住在库斯科谷地的克丘亚部落无疑是十分原始的，然而这个不甘落后的部族很快就吸收了其它文化中心所取得的成就，从而迅速发展起来，萌生了印加文化之源。
到了公元13世纪，克丘亚部落群中的印加部落开始崛起，建立了奴隶制国家。印加国家由大酋长统治，它与周围的部落和国家进行着和平的产品互换和社会交往。随着国势日益强大，印加国家开始谱写自己的征服史。
据传说，印加王国大酋长曼科·卡帕克带领军队，穿过利利奥高原，征服了科利亚人，最先占有了库斯科谷地；迈塔·卡帕克率军渡过河普里马克河，到达了今天秘鲁的莫克瓜和阿雷帕；此后的卡帕克·尤潘基是个英勇的武士，他率众到达了今天的玻利维亚，控制了沿海的纳斯卡人。
1438年，帕查库蒂（又称作帕查库特克）上台执政。这位印加王国史上最有名的君主是第九位统治者。他对外进行大肆扩张，屡建奇功，特别是他率军征服了阿班凯，消灭了昌卡族入侵印加的基地，取得了决定性的胜利，为印加王国走出库斯科谷地并向安第斯山区扩张扫清了道路，据说，在这次征服活动中，帕查库蒂被敌人砍去了一只耳朵，他嫌一只耳朵难看，便命令工匠打造了一个金耳壳戴上。后来他又觉得独自如此过于显眼，于是便下令所有贵族都必须戴上金耳壳，在战胜了昌卡部落后，他又率军征服了卡哈马卡、纳斯卡、利马和奇穆等地区。他的南征北战使印加的疆域版图不断扩大，最终完成从早期奴隶制王国向帝国的过渡。继帕查库蒂之后，印加王卡帕克·尤潘基开始向北扩张，取得了基多，向南推进到了今天智利中部的毛莱河。
印加部落经过近百年的征战，征服了整个安第斯山脉中部地区的各个部落，建立了幅员辽阔的中央集权帝国。16世纪初的印加帝国以秘鲁为中心，向北包括厄瓜多尔的大部分、玻利维亚的大部分和阿根廷的西北部，向南到达智利中部的毛莱河，东南亚马逊河丛林地区，西濒太平洋，面积200多万平方公里，人口600万以上。由于印加帝国是美洲空前强大的帝国，被后人称之为“新世界的罗马”。因此，印加人也就成了“新世界的罗马人”。
宗教在印加帝国各族人民的生活中占有很重要的地位。印加人崇拜祖先，崇拜自然力，更崇拜太阳神。印加帝国的统治者把印加部落的主神——太阳神强加给安第斯山地区的各族人民，要他们信仰和崇拜，同时又允许保留和继承各部落与村社或者家族的各种宗教信仰。
图腾崇拜的残余是最为古老的。印加人崇拜一些被认为是神圣的草、木和动物。动物主要有美洲豹，还有南美兀鹫、大鹰和猿。某些村社地区以动物命名。植物的宗教化身，首先是玉米神和马铃薯神，因为这两种农作物在印加人的生活中起了重大作用。
瓦卡崇拜也是最为普遍和较原始的宗教。瓦卡崇拜同祖先崇拜联系极为密切，它把氏族祖先神演化成公社土地神和一般地方的保护神。瓦卡就是崇拜圣地或圣物，或者说是崇拜能引起人们崇敬之心以及能使人联想起传说中的历史事件的地点，如山岳、岩石、河流、湖泊、泉水和山洞等等。有的地方被看做是一个部落或村社的起源地，因此，人们经过此地时，都要唱哀歌进行祈祷。有些瓦卡崇拜已成为一种习俗而保持至今。如一条道路上的某一处被认为是地方神的所在地点，行人经过该地时就把一块石头加在多年堆起来的石头堆上，以求地方神保佑行人一路平安。还有些地方，如桥梁、河流、岩石，或传说中英雄首领的墓地，也成为瓦卡崇拜的对象。譬如，库斯科附近山上的一些石头，被认为是曾变成人来帮助帕查库蒂打败昌卡人的圣物，所以，这些石头就成为受崇拜的神。库斯科的瓦纳考里小山上有一块奇形怪状的石头，人们认为它是传说中印加始姐的兄弟卡奇变的，这块石头也就成了印加青年们举行成年仪式的圣地标志。库斯科附近的帕卡里——坦普岩洞也被当做瓦卡祟拜，因为，它是传说中印加首领曼科·卡帕克的出生地。
印加人祟拜木乃伊之风也很盛行，这与崇拜祖先是密不可分的。人们常把木乃伊埋葬在用岩石凿成的坟墓里，木乃伊穿着盛装，戴着首饰，旁边放有日常用品以及食物和劳动工具。印加人对统治者的木乃伊崇拜尤为虔诚。所有印加王的木乃伊都被仔细地保存着。它们在庙宇里受到崇拜。在盛大节日时，祭司抬着它们去游行，以示神圣。印加人认为国王的木乃伊具有超自然的威力，所以，人们出征时常常把这些木乃伊抬到战场上，以示祖先之威，相信战争定会因此取得胜利。
印加人还热心于对自然力的崇拜，各种星辰和星座都被看做是神。印加人同样崇拜地球和海洋。据传说，两个蛇形的神话人物能够联系宇宙中几个不同的世界。一条叫做“亚库玛玛”的蛇。到达地面时就变成大河，经过天界时就变为闪电，它被认为是水神，威猛无比。另一条叫做“萨查玛玛”的蛇，有两个头，能直立缓行，像棵老树。它到达天界时就变成彩虹，成为肥沃富饶之神。这两个神都受到印加人的热烈崇拜。
大地母亲崇拜影响深远，根深蒂固。大地母亲叫帕查·玛玛。在奇楚亚语中，帕查就是土地，在今厄瓜多尔境内的印第安部落叫做“依圭”。大地母亲崇拜是地方性的，在每个地方，人们都把大地母亲当做自然界的女主人，无论土地的收成、骆马的繁殖和经济的繁荣，都取决于她。在专门的节庆时，人们用玉米和马铃薯做成类似妇女的形状，来作为他们的保护神。
无论是图腾祟拜、瓦卡祟拜，还是木乃伊崇拜、大地母亲崇拜。它们都有共同的属性，都是地方性的原始宗教，是地方部落意识的体现，也是安第斯山各地区人民的潜在意识。它们在印加向统一帝国的转变过程中具有持久的影响力。
太阳神本是印加部落之神，后上升成为全国的主神，它在印加语中有几个不同的名字：因蒂、维拉科查和帕查马克。太阳神的形象，一般是人形，面部如金盘，光芒四射。太阳神的三个名字反映了人们对它崇拜的不断政治化的过程。印加人传说中的祖先曼科·卡帕克是太阳神在太阳岛中创造出来的，是“太阳之子”，神的使者，他享有印加的称号，拥有最高权力。这是太阳神崇拜向王权神圣化方向发展的开端。
14世纪，即帕查库蒂执政年代，是印加太阳神崇拜、王权神化的制度化阶段。“帕查”在克丘亚语就是时间，“库蒂”就是转变的意思，所以，帕查库蒂名字本身就含有改革者的含义。帕查库蒂本人厉行宗教改革，并树立新神，使王权进一步神化。这也可能是解决王权同太阳祭司教权冲突的结果，因为，据说专掌太阳神的祭司曾企图限制王权。帕查库蒂并非否认崇拜太阳神。但他宣扬说，一切神灵都是由无形的、永恒和万能的主神创造的。“太阳神操劳得很好，早晨起来很早，照暖大地，晚上退走。可是如果没有上帝即万物之主——伟大的帕查马克，那么谁来指挥太阳神呢？”这样，库斯科神也获得了至高无上的地位，有了新的含义。帕查库蒂把库斯科太阳神庙变成全印加的圣殿，增设新神帕查马克的神位，确立起王权神化的政治制度。
帕查库蒂增设新神的运动也可能是王权同地方贵族妥协的结果。相传，他征服了秘鲁卢杯河谷的部落后，发现了一个巨大的部落神褓祗，它是人们朝拜的圣地。他懂得要巩固王权，特别是“萨帕”的大王之权，必须把这个圣地的神包括在自己的国教之中。因而，他给这个神取了一个克丘亚语的名字，并供养在宫廷神庙中。
印加的的太阳神崇拜与祖先崇拜有关。印加人广为流传的印加起源神话保留着祖先崇拜的痕迹。印加起源神话认为印加人的祖先是神，印加王朝是“太阳之子”阿亚尔四兄弟和玛玛四姊妹开创的。这四男四女是从库斯科东南35公里处帕卡坦普里地方（起源之地）出来的，他们决定寻找一块肥沃的土地，来建立代表他们的父亲和保护人的太阳王国。这四兄弟的名字分别表示不同的意思：阿亚尔·曼科是首领之意，阿亚尔·乌丘象征生长胡椒的国土，阿亚尔·奥卡是反叛和抗拒权威的人，阿亚尔·卡奇则象征有盐滩的海岸。四姊妹的名字也有不同意思：玛玛·沃利奥是生殖力旺盛的母亲和照料家庭的主妇，玛玛·瓦科代表有男子气概、勇于承担责任的妇女，玛玛·科拉是生长在东部森林中一种野草的名称，玛玛·拉瓦代表安第斯山区种植最多的农作物玉米。兄弟姐妹八人都将去瓦纳考里，在那里播种太阳赐予的玉米。神话传说认为，阿亚尔·卡奇是力气最大的人，他一路上用单刀开山劈岭，他的兄弟们因妒嫉他的巨大力量，设计陷害他。起初，卡奇中计被引进一个山洞里，接着一块巨石滚落下来，封住洞口。卡奇痛斥他兄弟对他的陷害，并祈求创造天地之神来援救他。后来，创造天地之神把他变成神鹰，让他从山洞中逃出，飞往瓦纳考里山顶上，把他变成岩石。这岩石就是印加青年崇拜的最神圣的瓦卡之一。另一个兄弟阿亚尔·乌丘由于亵读圣物而被变成石头。这样，只剩下曼科和奥卡去库斯科了，他们有一根太阳神赐给的金杖，是开辟通向库斯科之路的圣物。在去库斯科途中，曼科多次试图把金杖插进地里，但毫无成效，并引起奥卡对曼科的蔑视和反叛。曼科耐着性子，任其弟嘲弄，直到这根金杖插进了地里，这就是适于人们生活和植物生长的湿润之地——库斯科。后来，曼科从地里拔出金杖，打破了奥卡的头颅，追使他服从太阳神和曼科的意志。最后，阿亚尔·曼科同他妹妹玛妈·沃利奥结为夫妻，曼科成为库斯科的祖先和印加王朝的统治者，沃利奥则成为印加王朝的女祖先。印加起源神话通过库斯科的发现过程，展现了太阳神崇拜同祖先崇拜的密切关系。
印加人的太阳神崇拜与自然力崇拜也是紧密相联的。对于生活在安第斯山地区的人们来说，初升的旭日会创造出无比美丽的晴空，给人们带来美的享受，也会发出无限的光和热，给人们送上光明和温暖，这正是印加人祈求的赐予，他们多么希望大地永久处在阳光照耀之下。黄昏时，太阳的余辉往往沉入浩瀚的大海，这十分自然的引起印加人依依惜别的心情。所以，印加人崇拜太阳是十分自然的选择。
印加人庆祝太阳神有四个宗教节日。第一个节日是春分时举行的叫“拉伊米”，是王室祭神之日。第二个节日叫“西图西”，在秋分时举行。这一天，克丘亚人半夜起床点火，然后去洗澡赎罪。第三个节日叫“拉伊米·因蒂”，是在夏至时举行。这一天，全国都要供奉太阳神。清晨人们等候日出，并向初升的太阳欢呼致敬。仪式由印加王主持，朝臣、祭司和居民都要参加，并用骆马肉和玉米酒举行盛宴。最后一个节日，叫“阿莫拉伊”，冬至时举行，向太阳神献祭。国王在祭祖活动中占有重要地位。拂晓，国王穿着太阳使者的服装，右手拿着印加军队统帅的标志——金长矛。他从萨克萨瓦曼堡出发，跑下山坡，来到中心广场。四个王子挥舞长矛在那里迎候他，并等国王发布赛路的命令，此举象征在整个国土上将驱除邪恶。四个王子每人在一条通向一个行政区的道路上赛跑。跑完1公里多的路程后，把长矛传递给另外三个人，这样依次传递，直到30多公里路程像接力赛一样跑完，最后一人把长矛插进地里，象征驱除邪恶。
印加宗教仪式的基本内容是供奉牺牲和祭典。祭典主要用海豚、骆马作祭品，在非常的场合下，例如庆祝新的印加王登基时，在发生地震、旱灾、传染病时，在发生战争和印加王出征时，则用活人作祭品。活人祭品主要来自战俘，或是被征服部落作为贡物送来的小孩。仪式神秘庄重，气氛恐怖，具有浓厚的迷信色彩。
神秘的印加文明，和所有的美洲文明一样，都牵涉到外星文明的存在。并且它们的结局也都一样，在一度的辉煌之后突然消失。留下一个又一个难解的谜，让后人去猜测，去想像……