1937年7月，卢沟桥事件爆发，当时冯沅君因患盲肠炎正在燕京大学寓所疗养，得知事变后悲愤不已，随即题《北平事变》诗一首：
地室避兵朝复夕，亲朋生死两茫茫；
相逢事后无他语，骨肉平安谢上苍。
正欣失地俱收复，忽报大军去析津。
两地悲欢浑一梦，河山梦里属他人。
她针对事变后燕京大学校园里还是一片华灯高照、歌舞升平的景象沉痛地写道：
金爵翠盘纵以横，燕园何处不歌声。
可怜圣诞狂欢里，万姓椎心哭历城。
由于抗战的兴起，强烈的爱国主义激情和颠沛流离的生活，冯沅君又恢复了中断了近十年的创作热情，创作了大量的旧体诗，成为其创作园地里的一道特殊的风景。
1938年春，冯沅君与陆侃如一起离开了沦陷的北平南下，从此开始了八年流徙奔波的生活。他们离京后，经过上海，取道香港、河内，然后到达昆明。不久，中山大学聘请陆侃如去执教，冯沅君也随之去了广州。后来广州失守，他们又随中山大学师生沿西江迁到粤西的罗定。1939年初，冯沅君应武汉大学之聘，只身一人经昆明、成都来到峨眉山下的嘉定县。同年，中山大学由粤西迁到云南。自1938年南下以来，冯沅君来回奔波于滇粤道上，看到美丽的南国景色，勾起她无限的思乡之情，竟令她产生“粤南毕竟似中原”的感慨。冯沅君蛰居西南一隅，心系北国人民，八年抗战，她“漂泊西南天地间”，足迹遍及云贵川广各省，饱受流离奔波、水土不服、病魔缠身、思念亲人的折磨。尤其是国家的命运，战局的变化，人民的苦难、饥馑、流离失所，无不牵动着她的心，她情动于衷，形之于笔，写出了大量的诗词，辑为《四余诗稿》、《四余词稿》、《四余续稿》等。这些诗词中，有欢呼胜利的，如“鲁南一战树奇勋，万姓欢呼处处闻”；有描写苦难经历的，如“身世百年陌上尘，七哀五噫太酸辛”；有写敌机轰炸的，如“铁鸟破空来……尸骸纷狼藉”；有写豫鲁饥荒的，如“百金籴斗粟，无人不菜色”；有斥责执政当局奢侈腐败、纸醉金迷的，如“战士饥欲死，狗彘食人食”，“肮脏乾坤行欲遍，不知怀抱向谁开”。诗人的爱国热情，忧国忧民的情怀溢于笔间。
1942年春，冯沅君夫妇再度入川，到设在三台的东北大学任教。在三台期间，冯沅君参加了爱国社会活动，他们夫妇接受老舍先生的委托，组织在东北大学任教或流寓在当地的文化人，成立“中华文艺界抗敌协会”川北分会，会址就设在冯沅君家中。他们开展了座谈、讲演、演剧等一系列文化活动，以唤起爱国行动。冯沅君还在三台妇女运动大会上，作了题为《妇女与文学》的长篇演讲，从介绍我国历史上许穆夫人、蔡文姬、李清照等爱国女诗人的事迹和创作入手，激发广大妇女的爱国热情。在颠沛流离的岁月里，学校数次迁徙，图书资料极其缺乏，冯沅君在繁忙的教学之余，还克服重重困难，挤出时间进行学术研究，写出了《古剧说汇》、《古优解》等学术价值很高的著作。特别是《古优解》和《古优解补正》，从社会学的角度，揭示了“优”这种常见于古籍又为外人所不甚了解的人的地位、职能、特点，得出了“古优”为一种供君王贵族们娱乐的奴隶的科学结论，并进而探讨了“古优”与后世“优伶”的渊源关系等问题。这也是冯沅君在学术上做出的重要贡献。
抗战胜利后，冯沅君夫妇随东北大学复校到沈阳，1947年夏又转到青岛山东大学任教。这期间，她一扫抗战以来的沉郁心情，又恢复了活泼开朗、文思活跃的心态。除了继续从事古代戏剧研究，发表了《元杂剧中的〈东墙记〉》、《记侯正卿》、《元杂剧杂考三则》等论文外，还翻译了《法国歌曲的价值及其发展》、《新法国的文学》两篇文章以及《人民颂》、《工人歌》等多首诗歌。她通过自己的译笔传达了发自心底的激情：
如果你们爱听，我的好朋友，我向你们歌颂人民。
……
人民已变得茁壮，强大，我以我是人民的孩子为光荣。
从这些译作中可以看出，冯沅君的思想正在发生着变化，她开始由崇尚个性、追求自由，转向歌颂人民。正是怀着这样的心情，冯沅君迎来了新中国的诞生。