长期国会开会后，围绕取消主教制问题展开了激烈的斗争。1640年12月11日，伦敦5万人签名请愿书要求连根带枝完全废除主教制。国会内部对废除主教制问题分歧很大。温和派主张宗教自由，限制主教的权力。他们认为，监督宗教的权力应属于国王，废除主教制将使教会和政府分离。激进派则主张完全废除主教制，一切宗教问题由国会指派的教士会议解决。
教士会议采取长老会制，取消祈祷书。众议院通过禁止主教进入贵族院的议案。在讨论中亨利·温说：“主教制和教皇主义相近；主教们成为上院议员最能促进我国民政制度的不幸状况的恶化。”“当他们留在国内时，就不能有巩固的公民和平。”贵族院认为各院只能有决定本院议员的资格因而否定了这项议案。众议院则弹劾12名主教犯有叛国罪。众院根据伦敦市民的请愿书起草《根枝法》，于1641年夏勉强通过，但被上院否决。