博格开始担心来自波士顿的合作伙伴的真实意图是想掌握对威灵顿管理公司的控制权—很不幸，事实再一次证明了他的敏锐直觉。波士顿方面对博格的管理个性很不满，双方通常都要经过反复争吵才能做出决策。
在这样的权力角逐下，博格曾一度面临被威灵顿公司扫地出门的危局，对此博格进行了反击，虽然换来的只是别人眼里的残羹冷炙、无聊与琐碎的工作岗位。在新的岗位上，博格取得了一些阶段性的胜利，这将成为他东山再起的基础。在这个时候，博格说：“每个人都很清楚这不是我的目标，我想在这个基础上实现更大的成就。”
那些讥笑博格处境的人恐怕并不知道此时他胸中的鸿鹄之志。
在20世纪60年代末的几年中，博格一直对外宣称公司合并的结果非常理想，很好地保护了全体股东的利益，只不过，后来谈起这个阶段时，博格坦言：“它对我的个人利益来说似乎毫无裨益。”1
问题的原因在于，整个合并事宜慢慢地开始出现变化，让博格感到困扰不已，他开始怀疑来自波士顿的合作方只会花言巧语，并不具备他们所说的专业投资管理实力。例如，博格注意到爱维斯基金的长期优良表现并不可靠，原因在于它的前身是一只名为“专业投资者”的私募基金。换句话说，它是一个私营的投资联合体，而非共同基金。他还高度质疑对方管理层的一些个人决定，例如多兰任命沃尔特·卡伯特负责基金的日常管理。卡伯特绰号“摩西”，被认为是带领威灵顿基金走出泥沼的救世主（其绰号来源于《圣经》中的故事，摩西是带领以色列人前往福地的先知）。但是，卡伯特的表现和大家的期望似乎相去甚远。实际上，1967～1974年，威灵顿基金的收益情况变得越来越差。
博格开始感到此次合并并不那么理想，而是充满问题和不堪一击的。比这更危险的是，他开始担心来自波士顿的合作伙伴的真实意图是想掌握对威灵顿管理公司的控制权—很不幸，事实再一次证明了他的敏锐直觉。波士顿方面对博格的统治个性很不满，多兰和桑代克称支持参与式管理，但每次都要经过反复的争吵才能做出决策。对博格来说，唯一应当包括在内的参与者就是他自己。威灵顿基金董事会成员芭芭拉·豪普特富勒（Barbara B.Hauptfuhrer）说：“只有博格的方式才是正确的方式，多兰倾向于随大流，他是个很善于思考、一向保持低调的人。”2
地理位置的差异也是造成双方关系紧张的一个原因。波士顿派的业务重心是退休金管理—一项由专业人员向机构投资者提供的服务。与其相反，费城派的业务重心是经营管理共同基金，当时是一项面向消费者的零售服务。由于业务范围不同，两派之间总是貌合神离，互相倾轧。更糟糕的是，公司经营的基金也分作两派管理，费城派负责威灵顿基金和万盛基金，波士顿派负责爱维斯、探索者、摩根、技术投资和受托人股权等基金。波士顿方面曾表示想把所有基金业务转移到波士顿开展，这一建议让以博格为首的费城派十分恼火。
投资政策方面的差异也是一个让双方头疼的问题，其中尤以威灵顿基金管理方式的争议为甚。作为一只均衡型基金，威灵顿基金把60%～65%的资产投资到了无固定利息的股权证券中，其余部分投资到固定收益证券中。波士顿派对威灵顿基金负有最终投资责任，他们认为应当增加对股权证券的投资（但是要降低传统蓝筹股的比例），减少对固定收益证券的投资。而忠实于基金原定结构的费城派则认为，应继续发挥其保守均衡基金的优势，注重对高品质证券的投资。此外，在公司的投资战略方面，两派之间也存在着分歧。波士顿方面坚持动量投资战略，主张积极投资市场看好的热门股票，对遭遇市场冷遇的股票概不考虑。而在费城方面，负责管理万盛基金和吉米尼基金（Gemini Fund，创建于1967年的一只封闭式基金）的约翰·内夫则是坚定的逆向思维者，总是选择投资对方想要卖出的股票。
随着时间的发展，博格逐渐对波士顿方面失去了耐心和敬意，开始感觉他们还不如自己了解基金行业。如果说对方的积极投资策略确实有效，博格倒也能够容忍，但长期的错误终于让他无法承受，从貌合神离发展到公开的争吵和敌对。随着双方对彼此的不满日益升级，他们的冲突逐渐蔓延到了波士顿派占优势的威灵顿公司管理层董事会。博格回忆道：“公司董事会和我展开了激烈的权力之争，我想控制一切，对方则毫不退缩，针锋相对。”3
就在这时，威灵顿公司创始人、当时已经72岁的沃尔特·摩根决定辞去基金董事会主席职务。本来应当接替其职位的是威灵顿公司前总裁约瑟夫·韦尔奇，韦尔奇不但是公司的基金董事，也是一位经验丰富的高层主管。但是，韦尔奇也年事已高，不愿卷入纷争，于是摩根便推选博格担任此职。
担任公司的“双料”领导人之后，博格和波士顿方面的关系却变得越来越紧张。感觉自己被派系斗争逼到了悬崖尽头，博格想到了辞职。他甚至考虑过在公司发起一场针对波士顿派的讨伐战，但是博格很清楚这样做根本不会取得成功。另一方面，用他自己的话说，博格也不愿为此把公司搞得天翻地覆，鸡犬不宁。4
1971年4月1日，摩根原定的投票信托计划到期。在此期间，波士顿和费城两派之间虽然没有爆发激烈冲突，但即将进行的所有权正式分配无疑预示着灾难时刻的降临。仿佛是大战之前的宁静，在最初的两年内，两派之间都努力维持友好，但1973年9月26日，就在威灵顿管理公司从费城市中心搬迁到福吉谷附近切斯特布鲁克区一个月之后，波士顿派和博格举行了一次会谈。在会议上，多兰告诉博格，波士顿派希望在共同基金业务中获得更多股份。此次会谈显然是一个不祥的预兆，它让博格感到事已至此，再做努力也是徒劳。1973年11月14日，多兰再次和博格商谈，这一次他一反常态，语气冰冷地说：“现在情况变了，我和其他几位合作伙伴谈了一下，大家认为你最好离开公司。”多兰表示，博格可以获得一笔经济补偿，连续15年领取每年2万美元的年金。而作为回报，博格必须放弃其4 000股公司股份。
博格冷静地听完对方的话，语带讥讽地嘲笑道：“这可真是我听过的最傻的事了。我一直都在努力，确保我们之间的友好沟通和和睦相处，我已经烦透了这种工作。好吧，那你们就拟定协议好了，别忘了签上你们四个人的大名。”当然，博格只是在发泄自己的不满，他才不会让这些人用公司的钱来做交易。一方面要让自己辞职，另一方面又要夺取对公司的所有权，波士顿派的计策不可谓不高明，不费吹灰之力就能一箭双雕。
15天后，博格和多兰第三次商谈，博格明确表示不会辞职。多兰认为博格只有两个选择，一是彻底离开威灵顿公司，二是离开公司但保留其基金业务中的行政职位，说白了就是当个文秘主管。
为了确定是否还有争取机会，博格和威灵顿公司董事会的一些成员对此事进行了探讨。但是，此次讨论的结果对博格很不利，他几乎没有成功的机会。原因在于，多兰已经控制了董事会的多数选票，博格肯定会被解聘出局。尽管公司董事会几乎已经做出了决定，波士顿派还是决定听取基金董事会的意见后再行动。于是，董事会成员纷纷对博格施加压力，建议他离开公司并接受对方开出的经济补偿条件。
在威灵顿管理公司内部，按照联邦法律规定，每只基金都必须另行设立董事会，且其中多数成员必须为独立成员，不得参与公司管理活动。不过，对大多数基金公司来说，为了节省每只基金选聘不同董事所产生的费用，这些被选定的“独立成员”基本上服务于公司每一只基金的董事会，这样就便于公司管理层保持对各项基金的控制。这些由独立成员组成的董事会就是基金董事会。
在威灵顿公司管理层中，博格、桑代克和多兰三人虽然在11人组成的基金董事会中不占多数，但也属于利益相关的董事会成员。他们三人负责监督每次基金董事会会议，在这种情况下，由他们挑选的董事会成员要想做出反抗或是违背威灵顿公司董事会的意愿简直是荒唐透顶的事。
按照法律规定，基金管理公司和基金董事会之间的合同谈判应当保持一定的“安全距离”。但实际上，由于两者之间存在着密切关系，要做到这一点几乎是不可能的。如果基金管理公司决定更换基金董事会的成员，后者根本没有任何选择，只能被动接受对方指定的人选。对基金董事会来说，他们手中的唯一王牌是选择终止与这家基金管理公司的合同。可是，这样做无异于工厂员工炒掉雇用自己的老板，因此几乎从来没有出现过。从这个意义上说，威灵顿公司显然又创造了一个例外，而这个例外则跟博格有着莫大的关系，这是因为，作为前任基金管理公司的高管，正是在博格的积极影响下，基金董事会才改变了决策方向。
到1974年时，就连基金董事会的独立成员也开始感觉到威灵顿公司内部的派系之争大有失控之势。1月3日，董事会成员芭芭拉·豪普特富勒在给同事查尔斯·鲁特（Charles Root）的信中这样写道：“有传言说威灵顿公司的内部争斗会对股东利益造成影响，这让我感到很担心。因为这些消息很可能导致恐慌性赎回，使投资者无法正常变现，从而损害股东的利益。你认为这种情况是否可以避免？”显然，这个问题的答案是否定的，因为就在四天之后，博格明确通知多兰，拒绝了对方让其辞职的要求。
如此一来，要想正式免除博格公司总裁兼首席执行官的职务，只能依靠1月23日即将举行的威灵顿管理公司董事会决议和24日的基金董事会决议了。博格深知，此时唯一能够用来自卫的武器就是他的智慧了。他准备充分利用这两个会议，一方面慷慨陈述自己过去的成绩，另一方面为公司提出未来发展的新思路。为做好参加董事会的准备，博格写了一份长达20页的备忘录分发给基金董事会的每一位独立董事。
在这份备忘录中，博格谈到了自己多年来一直在思考的一个想法，一个被他称为“共同化”（mutualization）的理念。自20世纪70年代初以来，博格开始认为威灵顿公司遇到的困难局面有一个重要原因，即公司组织结构的不合理。具体表现是，基金管理公司掌握一切生杀大权，而基金本身却毫无反制之力。他认为这种组织结构存在问题，在这种情况下，基金管理公司的决策只会惠及管理层和公司股东的利益，毫不顾及基金股东的利益。换句话说，管理层实现的巨额利润并不会全部转化为基金股东的收益。实际上，现实情况恰恰相反，基金公司的管理费用和利润水平越高，基金股东的回报率就越低。