听了燕太子道出了心中所愿，荆轲沉默了好一会儿才做回答，说：“这是国家的大事，而且此事的成败所关系到的后果非同小可，我的才能低劣，恐怕不能胜任。”太子的情绪很激动，听到荆轲拒绝的言辞，上前伏在地上，并且向荆轲叩头，坚决请求不要推脱，最后荆轲便同意了。当时太子就尊奉荆轲为上卿，卿是当时的一种官职，分为上、中、下三等，上卿便是诸侯之下最高的官职，相当于后来所说的宰相，并且安排荆轲住进燕国当时最上等的馆舍，可能相当于现在的五星级国家宾馆，可见燕太子对于荆轲的重视和对此项行刺计划寄予了很大的希望。此后，太子天天到荆轲的住所进行拜望，不但供给精美贵重的饮食，时不时地还献上奇珍异宝，车马美女也任荆轲随心所欲地享用，太子这些做法都是为了满足荆轲的心意。
过了很长一段时间，荆轲都没有要开始行动的表示。荆轲并不是贪恋物质的享受，只是他在等待时机。此时，秦将王翦已经攻破赵国的都城，俘虏了赵王，把赵国的领土全部纳入秦国的版图。秦军又挥师向北挺进，夺取了大片土地，一直挺进到燕国南部边界。大兵压境，燕国危在旦夕，太子丹心中十分恐慌，于是请求荆轲说：“秦国军队早晚之间就要横渡易水，到那时即使我想要长久地侍奉您，可能也办不到了。”荆轲回答道：“太子就是不说，我也要请求行动了。但是如果现在到秦国去，我没有带给秦王能够让他信服我的东西，我是不能够接近到秦王的，那样我们的计划也不能实现。我听说樊将军如今在您这里，秦王悬赏黄金千两、封邑万户来购买他的脑袋。如果能得到樊将军的人头和燕国督亢的地图，献给秦王，秦王一定会非常乐意接见我，这样我才能够有机会报效您。”太子很为难地说：“樊将军走投无路才来投奔我，我不忍心因为自己的私利而伤害了这位忠厚老实的长者的心，希望您能考虑别的办法。”荆轲明白太子不忍心，但是为了大局就只好让部分人作出牺牲，更何况这也可能是樊於期的一条复仇之路，他于是就背着太子会见樊於期，向他说明情况和复仇计划。“秦国对待将军可以说是太残酷了，您没有做错任何事情，只因为秦王的一己私利就把您逼到今天这种境地，残暴地杀害您的父母、家族的人。如今我听说秦王还用黄金千两、封邑万户，购买将军的首级，您打算怎么办呢？”荆轲先从樊於期的利益出发对他进行诱导，可见荆轲不但是位武士，还长于辞令。荆轲的话正说中了樊於期心中的痛楚，他仰望苍天，叹息流泪地说：“我每每想到这些，就痛入骨髓，考虑再三，但是却找不到任何出路能够让我报仇。”荆轲说：“现在有一个计策不但可以解除燕国的祸患，还能洗雪将军的仇恨。”樊於期凑向前说：“您究竟想怎么办？但说无妨。”荆轲说：“希望得到将军的首级，我把您的首级献给秦王，秦王一定会非常高兴地召见我，我左手抓住他的衣袖，右手用匕首直刺他的胸膛，那么将军的仇恨可以洗雪，而燕国被欺凌的耻辱也可以涤除了，将军是否有这个心意呢？”樊於期听了荆轲的计策很激动，他脱掉一边衣袖，露出臂膀，一只手紧紧握住另一只手腕，走近荆轲说：“这是我日日夜夜切齿碎心的仇恨，今天才听到您的指引，就让我献身来帮助您实现这个计划吧。”于是就自刎了。太子听到这个消息，驾车奔驰前往，趴在樊於期的尸体上痛哭，极其悲哀。事情既然已经没法挽回，只好踏着献身人的鲜血上路，于是就把樊於期的首级装到匣子里密封起来，准备派上用处。
俗话说，工欲善其事，必先利其器，关于荆轲刺秦王用的匕首有很多的传说。当时太子已预先派人寻找天下最锋利的匕首，最后选用了赵国人徐夫人的匕首。这个徐夫人是战国时的铸剑名家，姓徐，名夫人，是个堂堂的男子汉，太子花了百金买下他的匕首，让工匠用毒水淬它，用人试验，只要见一丝儿血，那人就会立刻死去。于是就准备行装，送荆轲出发。燕国有位勇士叫秦舞阳，13岁时就杀过人，别人都不敢正面对着看他。太子让这个秦舞阳做荆轲的助手。但是荆轲此时正等待一个人，打算同这个神秘的朋友一道出发，那个人住得很远，还没赶到，而荆轲已替那个人准备好了行装。又过了些日子，荆轲还没有出发，太子认为荆轲是在拖延时间，怀疑他反悔，就再次催请说：“日子不多了，荆卿有动身的打算吗？请允许我派遣秦舞阳先行。”荆轲听了这话很生气，他知道自己的迟迟不动身已经引起了太子的怀疑，同时也为太子的心浮气躁感到失望，于是斥责太子说：“太子这样派遣是什么意思？只顾着急去执行任务而不顾是否能完成使命回来，这种急于行事的做法是没出息的小子的行为！况且是拿着一把匕首进入难以测度的强暴的秦国。我所以暂留的原因，是等待另一位朋友同去，以确保计划能够顺利完成，眼下太子认为我拖延了时间，那就告辞诀别吧！”于是就出发了。
公元前227年，荆轲从燕国出发到咸阳，经过了一系列的准备和筹划，荆轲终于动身了。太子和他的宾客中知道这件事的人都明白荆轲此行即使完成了使命也可能要以献身而告终，大家都穿着白衣，戴着白帽给他送行。到达易水（易水源出河北省易县，是当时燕国的南界）的边上，举行过拜祭路神的礼节，就要上路了。高渐离敲着筑，荆轲和着节拍唱起歌来，歌声凄厉悲怆，众宾客听了都流下眼泪，暗暗地抽泣。荆轲又上前作歌唱道：“风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复还！”这便是流传千古成为著名典故的易水歌。荆轲明白自己永远不会回来了，却还是毅然成行，他这种慷慨赴死的精神让易水送别的场面更加悲壮。接着高渐离又奏出悲壮激昂的羽声，众宾客听得虎目圆瞪，怒发冲冠。荆轲登上马车飞驰而去，始终不曾回头看一眼。
一行人到达秦国后，荆轲先拿着价值千金的玉帛等礼物，赠送给秦王的宠臣中庶子蒙嘉。蒙嘉替他事先向秦王进言，说：“燕王确实非常惧怕大王的威势，不敢出兵来抗拒，愿意全国上下都做秦国的臣民，排在诸侯的行列里，燕国愿意同别的诸侯一起尊秦王为天子，像秦国的郡县那样贡纳赋税，只求能够奉守祖先的宗庙。他们诚惶诚恐，不敢自己来陈述，恭谨地砍下樊於期的头颅用盒子封好，并献上燕国督亢一带的地图，燕王在朝廷上行跪拜大礼送出来，派使者来禀告大王。一切听凭大王吩咐。”这一番话的意思很明确，就是燕国甘愿做秦王的奴隶了，秦王听了蒙嘉的话自然非常高兴。于是穿上了上朝的礼服，安排下隆重的九宾大礼仪式，在咸阳宫接见燕国的使者。“九宾之礼”为古代宾礼中最隆重的礼仪，主国有九个迎宾赞礼的官员延迎上殿。《廉颇蔺相如列传》：“今大王亦宜斋戒五日，设九宾于廷。”荆轲和燕太子对于秦王的揣测还是十分正确的，丰厚的礼物和樊於期的人头赢得了秦王的信任和欢心。
朝见的仪式开始了。荆轲捧着装了樊於期头颅的盒子，秦舞阳捧着督亢的地图，按着次序一步步走上秦国朝堂的台阶。到达了正殿的台阶之下，秦舞阳迫于大国朝堂雄壮的气象，和秦王以及群臣在宫殿上表现出的威严气势，不由得害怕得发起抖来。秦王政左右的侍卫一见，吆喝了一声，说：“使者为什么变了脸色？”荆轲回头一瞧，果然见秦舞阳的脸又青又白，就对他笑了笑，上前替他向秦王谢罪说：“北方蛮夷地区的粗鄙人，没有拜见过天子，所以害怕，希望大王原谅他，让他在大王的面前完成他的使命。”秦王政毕竟有点怀疑，对荆轲说：“叫他把地图给你，你一个人上来吧。”荆轲从秦舞阳手里接过地图，捧着木匣上去，献给秦王政。秦王政打开木匣，果然是樊於期的头颅，秦王的心里不免十分得意，又命令荆轲拿地图来。荆轲把一卷地图慢慢打开，到地图全都打开时，荆轲预先卷在地图里的匕首就露了出来。这便是“图穷匕现”这个成语的来源。秦王政一见，惊得跳了起来。荆轲连忙抓起匕首，左手拉住秦王政的袖子，右手把匕首向秦王政胸口直扎过去。秦王政使劲地向后一转身，把那只袖子挣断了。他跳过旁边的屏风，刚要往外跑。荆轲拿着匕首追了上来，秦王一见跑不了，就绕着朝堂上的大铜柱子跑。荆轲紧紧地逼着，两个人像走马灯似地直转悠。阶下的群臣也慌了手脚，事情突然发生，意料不到，大家都失去了常态，各个吓得六神无主，在大臣的提醒下秦王才记得拔剑出鞘，但是剑身太长，秦王心里又急又怕，佩剑一时卡在剑鞘里没能拔出来。旁边虽然有许多官员，但是都手无寸铁，按照秦国的法律，臣子们侍立在殿上时，不能携带任何兵器；那些宫廷侍卫握着武器，都排列在宫殿的台阶下面，没有君王的命令不能上殿。当危急的时候，来不及召唤阶下的侍卫，所以荆轲追逐秦王，大家仓促间惊慌失措，没有武器用来击杀荆轲，仅仅用空手一起同荆轲搏斗。这时，秦王的随从医官夏无且，急中生智，拿起手里的药袋对准荆轲扔了过去，荆轲用手一扬，那只药袋就飞到一边去了。秦王还在绕着柱子跑，完全失去了作为春秋战国时期霸主的气概和才略。侍臣们提醒他说：“大王把剑背到背上！大王把剑背到背上！”秦王于是把剑甩到背后得以拔出剑用来攻击，就在这一眨眼的工夫，秦王政往前一步，拔出宝剑，砍断了荆轲的左腿。荆轲站立不住，倒在地上。他拿匕首直向秦王政扔过去，秦王政往右边一闪，那把匕首就从他耳边飞过去了，打在铜柱子上，“嘣”的一声，直迸火星儿。这最后孤注一掷的投击，却中了柱子，最后一线希望也破灭了。秦王政见荆轲手里没有武器，又上前向荆轲砍了几剑。荆轲身上受了八处剑伤，自己知道已经失败，靠着柱子笑着，像撮箕一样地张开两腿坐在地上，骂道：“事情之所以没有成功，是想活生生地劫持你，得到归还侵占土地的凭证去回报太子。”这时候，侍从的武士已经一起赶上殿来，顷刻间结果了荆轲的性命。台阶下的那个秦舞阳，也早就给武士们杀了。
嬴政从惊吓中恢复过来之后，心中顿时冒出愤怒的火焰，一个小小的燕国竟然骗取了我的信任，用燕国富庶的土地和樊於期的人头做幌子来行刺本王，根本不把秦国的实力和我的威势放在眼里，这对于我完全是一种侮辱。于是秦王在愤怒之下加快了吞并的步伐，增派军队赶往赵国旧地，命令大将王翦带领军队讨伐燕国。王翦的部队在易水西大破燕军的主力，秦王政二十一年（公元前226年）十月攻陷燕都蓟城，得胜而归。燕王喜、太子丹等率领精锐部队退守辽东。秦将李信紧追燕王不舍，燕王十分着急，惊恐之下不知如何是好。代王嘉致信燕王喜说道：“秦军之所以追得这么紧，是想得到太子丹。如果大王能主动杀掉太子丹献给秦王，以表明您的心迹，摆脱掉派荆轲刺杀秦王的责任，燕国就能保住。”软弱的燕王喜在无奈之下，不顾父子和君臣的情意，采用了这个牺牲血亲的办法。太子丹得到消息逃到了衍水（今辽宁省的太子河），燕王的武士逮到了太子并残忍地斩下了丹的头颅。燕王喜将太子的头献给了秦王，但是李信、王贲并没有停止进攻。秦王政二十五年（公元前222年），李信随秦将王贲攻取辽东，俘燕王喜，燕国作为诸侯国的历史从此结束了。
最后秦国横扫六国，以绝对的优势统一了中原，建立了空前强大的封建制中央集权国家，成为秦始皇。他心胸狭窄和残暴的性格进一步暴露出来，他没有忘记太子丹和荆轲给他带来的惊吓和侮辱，下诏通缉太子丹和荆轲的门客，昔日的门客和追随荆轲刺秦王的武士们纷纷潜逃了。荆轲的知己高渐离更名改姓给人家当酒保，隐藏在宋子城里做工。时光在苦闷和抑郁当中渐渐消逝，对于好友荆轲的怀念和对自己的失望常常折磨着高渐离本来就已经很脆弱的心，有一天他听到主人家堂上有客人击筑，悄悄地躲在门口听，走来走去舍不得离开。常常张口就评价说：“那筑的声调有好的地方，也有不甚精当的地方。”侍候的人把高渐离的话告诉主人，说：“那个庸工懂得音乐，私下说是道非的。”家主人叫高渐离到堂前击筑，满座宾客都被他奏出的优美旋律吸引住了，赏给他酒喝。高渐离考虑到长久地隐姓埋名，担惊受怕地躲藏下去没有尽头，便退下堂来，把自己的筑和衣裳从行装匣子里拿出来，改装整容来到堂前，满座宾客大吃一惊，离开座位用平等的礼节接待他，尊为上宾。请他击筑唱歌，宾客们听了，没有不被感动得流着泪而离去的。宋子城里的人轮流请他去做客，这消息传到了皇宫。秦始皇召令进见，有认识他的人，就介绍说：“这是高渐离。”秦始皇怜惜他擅长击筑，特别赦免了他的死罪。于是薰瞎了他的眼睛，让他成为宫廷的乐师，并且常常赞赏他的音乐才能。渐渐地他在宫中的活动自由起来，更加接近秦始皇。于是高渐离觉得为荆轲报仇的时机到了，便把铅放进筑中，当他再次为秦始皇演奏的时候，举筑撞击秦始皇，但是他没有击中。秦始皇大为惊恐，高渐离被斩杀了，但是秦始皇被他的义节所感动，并且终身不敢再接近从前东方六国的人了，这是荆轲刺秦王的后话了。