元末经过农民起义，进入了明朝。政治上，明代的封建统治实行了高度的中央集权；经济上，国家出台了一系列促进措施，生产力快速发展，手工业和商业日益兴盛，并出现了资本主义萌芽；科学技术方面，天文、数学、建筑学和水利工程等都有很大的成绩。郑和的七次出海，将西方的一些知识带入了中国，这对中国的学术思想、学校教育和科学技术发展都产生了相当大的影响。
医学也在大环境的影响下得到了发展。在临床方面的成绩尤为突出，瘟疫学说以及传染病的研究，人痘接种预防天花的创举等；医学综合性著作的问世，如张景岳的《景岳全书》和药学方面《本草纲目》的问世，集合了之前历朝历代的药学成就；一些经典著作的注解读本的出版，普及了医学知识；外国医学著作的传入，对中医学也产生了一定的冲击。
（一）明朝的医学行政机构——太医院
朱元璋自称吴王之时就仿照元制，设立了全国性的医药行政管理机构，也命名为“医学提举司”，人员设置为提举（从五品）、同提举、副提举、医学教授（正九品）、学正、官医与提领。之后，改名为“太医监”，人员为少监（正四品）、监丞。几年后，再次改名为“太医院”，人员为院使（正三品）、同知、院判、典簿。从官的级别来看，不论是哪一个时期，从医人员的级别还是降低了很多。
明代的太医院分为南京和北京两处，其中北京太医院规模略大一些，占主要地位。洪武元年，南京太医院设有院使、同知、院判、典簿四个官职。到了洪武十四年，人员配置变为太医令1人、太医丞1人、吏目1人、御医4人。洪武二十二年，太医令又改回为“院使”，太医丞改为“院判”。迁都北京后，南京太医院仅设院判、吏目各1人，掌管医事，下有医士和医生。此时的北京太医院人员配置则是院使1人、院判2人、御医4人，后增加吏目1人。隆庆五年，人员改设为御医10人、吏目10人，下设医官、医生、医士，人员不定。
太医院主要负责统治者的医疗，以及对于医药人员的培养。太医院的医生主要有以下几个来源：
1.从事医疗行业的人。明代仿照元代的户籍统计政策，并在一定程度上更加严格了，规定儿子必须接替父业。但是从上文可以看出，从医人员的地位大大降低，因此，很多人家力图“转行”，但是国家加大了审查的力度，一经发现，将严格惩治。这些接替父业的人——医丁，成为了太医院学生的主要来源。
2.考试选拔。这是一个历朝历代一直沿用的制度。元代也是通过考试审核现有医生的水平，又通过考试选拔出新的医生。
3.地方保举。地方可以举荐医生，到太医院参见考试，一旦录取就可以直接入太医院做事。如果不能录取，将应试者退回原籍，而推荐的地方官员将会受到惩罚。这一办法有利于广泛吸纳优秀的医学人才，是一种比较灵活的做法。
4.“捐”出医官。地方家中世代为医者或自称精通医术的，就可以通过“捐”钱，免考而得到一定的医官职位，这种做法是当时的一大陋习，严重影响了从业医官的水平，是中国历史上从医资格认定最为轻率的一个时期。
（二）明朝医学教育的相关情况
1.更加广泛的地方医学教育
较之于中央医学教育，明代的地方医学教育在继承元代的地方医学教育模式时，又采取了一系列措施，加强地方医学教育。国家规定：在某一新成立的州县建立地方政权的同时，必须同时建立儒学、阴阳学和医学；洪武十七年，规定地方“医学”兼管地方的医学行政与医学教育工作；弘治十七年，规定各个府、州、县都要建立“医学”，负责处理当地医学的行政和管理工作。从以上情况可以看出，明代很重视地方医学的发展，有利于医学教育在各地的普及。
2.呈现新特点的民间医学教育
民间医学教育不论在哪个朝代都是一种主流的医学教育方式，尤其是元、明两代，要求医学世袭，这时家族相传的医学更加兴旺。元代采取了一些促进学术交流的方法，明代也有新的学术交流的方式。很多医学刊物出现在市面上，有的是医户根据自身经验编写的一些总结类作品，有些是名家们编写的医学入门之作，如李中梓的《医宗必读》等，这些医学著作的面市，既有利于医学知识的普及和传播，又使那些想要学医的人士增加了一种自学的方式。
3.有所侧重的医学分科
在医学教育的分科上，明代的13科较之元代的13科有所改变，变为大方脉、小方脉、夫人、疮疡、针灸、眼科、口齿科、咽喉科、按摩科、正骨科、金镞科、祝由科和伤寒科。其中伤寒科的独立，表明当时对外感流行病的研究已经非常深入，为清代设立伤寒科提供了借鉴。
4.从浅到深的课程设置
在医学教育的课程设置上，仿效前朝，既要学习《内经》《难经》《神农本草经》等一些经典的名著，各个专业还要学习各自专业方面的书籍。这与前代基本一致，但是有一些经典著作很难理解，不适合初学医学的学生去研读，这时，一些医学入门读物的出现解决了这个问题。这些医学入门读物非常容易理解，其中非常具有代表性的是洪武年间的《医经小学》，包括本草、脉诀、经络、治法和运气这五部分，其中的知识以韵语的方式体现，便于理解和记忆；还有就是李中梓的《医学入门》，其中的内容包括：释方，解释医生所用方名的意义；介绍很多医家的事迹，以助于学生了解各位医家之所长，继承其经验，铭记其过往的医学贡献；诊断、针灸、本草、内科、女科、小儿科、外科等方面的知识；教授学生学习医学的方法，引导其进入规范的医学学习轨道。
经过入门级医学著作的学习，有助于医学生们更好地学习和钻研医学理论。
（三）明朝的世医制度
世医制度起源于元代，元代将从业者分为十类：官、吏、僧、道、医、工、猎、匠、儒、丐。明朝继承了这个制度，但为了加强统治，制订了更加严格的世袭制度。在医业方面，从医户籍管理得也更加严格，内容如下：
1.对于医学户籍严格管理，新的医学从业者要立即登记造册，之后同其他的医学从业者定期接受查报。
2.对于医药的从业者，同其他“技术类”从业者一样，管理得更加严格，除了在户部登记造册之外，还要在吏部备案。
3.医学从业者的户籍管理更不容易“修改”，并制定了专门的对篡改户籍行为的惩罚措施。
4.医学从业人员的登记造册，有利于太医院从中选拔学生参加考试，以获得太医院医生的资格，并且这是一个非常重要的学生来源。
5.若医户中没有可传之人，可以在其亲戚中选拔一名有前途之人继续家中的医业。
6.在一定特殊的条件下医户可以除名。
以上便是明代关于世医制度的规定。各方面都非常完备，其中有些制度是积极的，可以稳定医学从业人员的数量。但是另一方面，由于只强调医家的代代相传，而没有如同元代加强交流的措施，使得医学创新受到了限制。而且，由于太医院的学生主要来自于医户中的子弟，加之又可以“捐医”，这使得太医院这支医疗队伍里水平参差不齐，降低了其医疗的质量。更加突出的是，明代从医人员的地位明显下降，使得主动从医之人越来越少，加上世医制度的存在和其他多方面的影响，明代医学教育和医疗效果的整体水平下降了。