整个雍正朝十三年几乎都是在对准噶尔的备战与决战中度过的。雍正初大将军年羹尧平定青海罗布藏丹津叛乱，实际上是康熙出兵西藏之战的继续。罗布藏丹津兵败后又投奔准噶尔，使清准关系更加恶化。雍正对准噶尔战略地位的重要性实在太清楚了，正如他在心腹重臣鄂尔泰密折上朱批所讲的：准噶尔不比俄罗斯、安南等外国。准噶尔一日不平定，西藏事一日不能安稳；西藏料理不能妥协，众蒙古就难免怀有二心——此实为国家隐忧、社稷生民忧戚所系。所以圣祖康熙皇帝明察事之始末利害，立意灭取准噶尔、安定西藏者，圣知灼见，不得已，必应举者也。基于如此清晰的对战略大局的判断，雍正知道与准噶尔的一场生死决战必不可免。因此在平定罗布藏丹津之乱后，便积极而稳妥地从政治体制、经济财政以至兵马粮草等多方面进行了秘密的备战工作。雍正七年（1729年）命西北两路大军出征准噶尔，但战争尚未开始，准噶尔先发制人，突袭清军西路军营，第二年又在和通泊大败北路清军，清军损兵折将，为之气夺。准噶尔骁将大小策零敦多布乘机率大兵进袭喀尔喀，情势空前危急。幸亏喀尔喀赛因诺颜部郡王、额驸策零率训练有素、军纪严明的蒙古军在雍正十年（1732年）取得光显寺大捷，击杀准噶尔万余人，“河水数十里皆赤”，这才勉强挽回败局。经过光显寺一战，准噶尔元气大伤，请求议和。清准双方经反复交涉谈判，直到乾隆皇帝即位后才划定游牧界限，准噶尔保证不越过阿尔泰山，清朝方面保证喀尔喀不越过扎卜堪。这样，清准这两个死对头就保持了相当长一段不稳定的对峙状态，双方之间的贸易也有所发展，但彼此不共戴天的基本形势并未改变。
乾隆十五年（1750年）准噶尔发生内讧，一批批数以万计的准噶尔部落人众陆续投向清朝，乾隆准备抓住这个天赐良机。
策妄阿喇布坦汗之后，先是噶尔丹策零继为准噶尔汗。乾隆十年（1745年）噶尔丹策凌去世，他的嫡子年方十岁的策妄多尔济那木扎勒于第二年嗣汗位。乾隆十五年晚些时候，乾隆得到确切情报称，策妄多尔济那木扎勒为其属下所拘禁。原来噶尔丹策零去世时遗有三子一女——长子喇嘛达尔扎，庶出；次子策妄多尔济那木扎勒，嫡出；幼子策妄达什；女儿乌兰巴雅尔。因策妄多尔济那木扎勒汗年岁幼小，就由其姐乌兰巴雅尔代管政务。策妄多尔济那木扎勒及汗位后淫乱昏暴，乌兰巴雅尔时加规劝，策妄多尔济那木扎勒不但不听，反疑乌兰巴雅尔，将其拘禁。乾隆十五年（1750）夏，策妄多尔济那木扎勒密谋欲谋害其兄喇嘛达尔扎，结果事机不密，乌兰巴雅尔之夫赛音伯勒克与准噶尔大头目联合先动手，起兵将策妄多尔济那木扎勒擒住，刺瞎他的双眼，送往阿克苏囚禁起来，随即立喇嘛达尔扎为大台吉。据乾隆得到的情报称，当下准噶尔“诸台吉皆觊觎大位，各不相下，喇嘛达尔扎篡弑得国，其危亡可以立待”。
果然不出所料，乾隆十七年（1752年）十一月，大策凌敦多布的孙子大台吉达瓦齐起兵突入伊犁，杀死喇嘛达尔扎汗，自立为准噶尔汗。消息传来，乾隆开始调兵遣将加紧备战，但公开发布的谕旨仍说“我大国断无乘乱兴师之理”。乾隆十八年冬，准噶尔杜尔伯特部台吉车凌、车凌乌巴什、车凌孟克（即所谓“三车凌”）苦于内乱不已，率所部三千余户、一万余人，离开长期住牧之额尔齐斯河归附清朝。这件事使乾隆最后下决心对准噶尔开战，以完成父祖两代“灭取准噶尔”的未竟之业。
乾隆十九年（1754年）五月，乾隆密定明年两路进剿准噶尔。他对军机大臣说，准噶尔内乱已有数年，外部又有哈萨克为难，他们人心离散，而在我恰逢可乘之机。朕意机不可失，明年准备两路进兵，直逼伊犁，即将三车凌等分驻游牧，众建以分其势。此从前数十年未了之局，朕再三思之，有不得不办之势。“不得不办”，其实就是雍正说的“不得已，必应举者”的意思。可见他们祖孙三人在乎准战略重要性的认识上是一脉相通的。乾隆和军机大臣计议已定，立即开始紧张准备一应兵丁、驼马、粮饷等事宜，计划西北两路进兵，北路派兵三万名，西路派兵二万。按每兵需马三匹计算，共马十五万，另需驼一万六千只、羊三十万。至于粮饷，数目更为庞大，大概从内地购买军粮需银一两上下，而千辛万苦运到前线则费银二十余两。由于这次进兵主要用满洲、蒙古兵，所以又密谕此次剿办准噶尔，所有关系军机事件，俱用“清字”，即满文具奏，以确保军事机密不外泄。不过，明年具体进兵时间还没有定。
两个月后，准噶尔辉特部大台吉阿睦尔撒纳等率众两万余人归附，乾隆兴奋不已，决定加速进兵准噶尔。
阿睦尔撒纳这个人将在以后两年多的残酷拉锯战中扮演十分重要的角色，而平准之役也必得阿睦尔撒纳已死的确信，乾隆才能宣布最后胜利，所以在他出场前先介绍几句。阿睦尔撒纳，和硕特部拉藏汗的孙子，父亲叫丹衷，准噶尔汗策妄阿喇布坦是他的外祖父。丹衷的妻子，即策妄阿喇布坦之女，先生子叫班珠尔。及丹衷被杀，她改嫁辉特部台吉韦征和硕齐，生下了遗腹子阿睦尔撒纳。初，准噶尔分四卫拉特，为准噶尔、杜尔伯特、和硕特、土尔扈特，辉特部附庸于杜尔伯特。等到土尔扈特远徙俄罗斯伏尔加河流域，辉特则别为一部，仍称四卫拉特。阿睦尔撒纳既袭为辉特台吉，其同母兄班珠尔为和硕特台吉，又娶杜尔伯特台吉达什之女，所以在达瓦齐汗袭杀达什后，阿睦尔撒纳胁持达什之子讷默库，遂令行辉特、和硕特和杜尔伯特三部。乾隆认为“阿睦尔撒纳乃最要之人”，对他率三部人众来降大喜过望，原因就在这里。
阿睦尔撒纳在达瓦齐夺位称汗后，以自己雄厚的实力向达瓦齐提出南北分辖准噶尔，为达瓦齐所拒。本年四月，达瓦齐出兵分两路夹击阿睦尔撒纳，阿睦尔撒纳三战皆败，暂驻博罗塔拉地方。六月，达瓦齐亲率兵三万至阿睦尔撒纳游牧之地，阿睦尔撒纳不敌，遂与杜尔伯特台吉讷默库、和硕特台吉班珠尔率众向内地迁移。七月初六日抵达北路喀尔喀，遣人通报到境，请求内附。乾隆命军机大臣寄信定边左副将军策楞即将阿睦尔撒纳安插于阿尔泰山以东，并为其提供保护。但同时又密谕副将军策楞，说朕闻阿睦尔撒纳之为人，诡诈反覆，全不可信，故防范不可不周。
阿睦尔撒纳来归更加坚定了乾隆用兵准噶尔的决心，他认为应该向满洲王大臣公开即将对准噶尔开战这件天大的事了。十月十三特召见满洲王大臣说：朕于准噶尔，开始并无利其土地人民用兵之意，今岁辉特台吉阿睦尔撒纳等又领数万众投诚，朕以天下大君，焉有求生而来者不为收养之理？再者，达瓦齐作乱之人，今即收纳其数万众，虽目前不见得敢兴兵来犯，而日久力足，必又蠢动，侵我边圉。与其费力于将来，不若乘机一举平定准部，将三车凌、阿睦尔撒纳安置原游牧处，使边境永远宁谧之为得也。准噶尔之事，历有年所，因机无可乘，故大勋未集。今事机已值，无烦大举，以国家之余饷，两路并进，不过以新降厄鲁特之力，少益以内地之兵，即可成积年未成之功。乾隆知道，满洲王大臣自雍正末和通泊惨败后，都患有严重的“恐准症”，所以，必须先打消他们的疑虑，以期得到他们的理解和支持。乾隆特别对他们说，这次用兵只不过“以新降厄鲁特之力，少益以内地之兵，即可成积年未成之功”，目的也在于解除他们的担忧。据乾隆日后讲，当年决策用兵平准，他是很孤立的，支持他的只有大学士、首席军机大臣傅恒一人而已。乾隆在最困难的时候能得到傅恒有力的支持，对此，他念念不忘。
阿睦尔撒纳安顿好之后，乾隆召他来避暑山庄觐见。时间已过了十一月，阿睦尔撒纳一行还在路上，大约十二三日才能抵达，而皇太后的寿辰是十一月二十五，乾隆还必须在接见阿睦尔撒纳后从避暑山庄及时返回京城庆祝。乾隆想早一点赶到热河，所以，离京后并站兼行，三日即驰抵避暑山庄。十一月十二日阿睦尔撒纳、讷默库等率众至广仁岭恭迎乾隆皇帝车驾。十三日，乾隆在避暑山庄万树园大蒙古包赐亲王阿睦尔撒纳等宴，与宴者有宗室王公、蒙古王公、文武大臣等。嗣后连日赐阿睦尔撒纳等宴。又降旨加封阿睦尔撒纳亲王，为“辉特额尔德尼诺颜部落”盟长。据《啸亭杂录》作者礼亲王昭梿记载，乾隆与阿睦尔撒纳行的是亲密的抱见礼，“皇上从容抚慰，并赐上驷与之乘，亲与其分较马射，并以蒙古语询其变乱始末，赐宴而退。阿悚然，时冬月严寒，阿逆汗下如雨，退告其下曰：‘真天人也，敢不慑服’”！
总之，热河召见，乾隆给了阿睦尔撒纳相当高的礼遇，意在笼络怀柔新降之准噶尔大小头目。但乾隆在避暑山庄驻留期间，主要还是与阿睦尔撒纳密谈如何用兵征伐达瓦齐的军事方面的问题。阿睦尔撒纳当面陈述进兵准噶尔的方略。乾隆起初已降旨赏给阿睦尔撒纳等八旗上三旗旗色大小旗帜，以为进兵时的标志，但阿睦尔撒纳最后说服了皇上，明年进兵时仍用阿睦尔撒纳“旧纛”，理由是“使彼处人众易于识认，投降甚便”。是用满洲旗纛，还是用阿睦尔撒纳“旧纛”，这里面乾隆与阿各自都用心很深，乾隆经过深思熟虑，还是答应了阿睦尔撒纳的要求。这就种下了第一次平准之役大获全胜不久，突然出现准噶尔全境叛乱的大起大落的戏剧性局面的因由。
乾隆二十年（1755年）二月，西北两路出师，平准之役开始，也是乾隆日后所说的“西师”正式拉开了帷幕。在此之前，乾隆已任命班第为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军；永常为定西将军，先已投诚的准噶尔台吉萨喇尔为定边右副将军；阿兰泰为北路参赞大臣，鄂容安为西路参赞大臣。本月十二日，阿睦尔撒纳率北路哨探兵六千名比原定出发日期提前三天从乌里苏台军营起程。八天后，定边将军班第即率察哈尔兵三千名衔尾而进。萨喇尔率西路哨探兵也比原议提前三日从巴里坤军营进发，定西将军永常随后率兵继进。两路军各二万五千、马七万匹，各携两月粮，两路约期会师于伊犁东北的博罗塔拉河。
自大军出师，前锋副将军阿睦尔撒纳、萨喇尔皆以故准噶尔台吉，建其“旧纛”先进，准噶尔各部落望风归附，大军几乎没有遇到什么抵抗，因而进军极为迅速。四月，西北两路大军在博罗塔拉会师，随即大军开进伊犁。五月初，大军渡伊犁河。准噶尔汗达瓦齐拥众万人退据格登山，结营固守，但军械不整，马力疲惫，众心离散，到处弥漫着失败的情绪。清军两路逼近格登山，阿睦尔撒纳派翼领喀喇巴图鲁阿玉锡等带兵二十二名连夜往探达瓦齐踪迹。阿玉锡等突入敌营，敌众如惊弓之鸟，自相践踏，一哄而散。达瓦齐仅率二千余人窜往天山南路回部地区。不久，为乌什伯克霍集斯所擒，呈献清军大营。
出兵未及半载而兵不血刃克定伊犁，举国为此欢欣鼓舞，乾隆也慨然兴叹说“朕筹办之初，亦未敢遽信大功计日可就”，于是大封有功之臣，赏阿睦尔撒纳亲王双俸（双亲王），班第、萨喇尔以下俱封赏有差。大学士忠勇公傅恒“协心赞画”西陲用兵，再授一等公爵。其实，大军之所以神速取得全胜，说穿了，就是准噶尔部众并不认为清军“灭取”准噶尔来了。他们箪食壶浆叩马迎接的是打着准噶尔旗纛的准噶尔大台吉阿睦尔撤纳和萨喇尔。乾隆“欲借其声威，以收速定准噶尔之效”的目的确实达到了，但危机也恰恰在大军全胜、共同的敌人达瓦齐被擒送京师后迅速凸显出来。