医学伦理学中的原则主义是直到最近才形成的。现代医学科学发展和医药实践的复杂性使单纯的个体美德经常面临现实道德困境的挑战，在这种情况下，更好的选择似乎是诉诸原则。一项好的道德决策，往往不是一条道德原则就能做出，通常是涉及到一组道德原则，这就使医学伦理学的道德原则成为一个原则体系，在这一原则体系中有基本原则与应用原则之分。
一、医学伦理学基本原则
医学科学发展和医疗实践中经常会出现一些生命伦理学道德难题，这里所讲的”难题“是一个专业术语，它指的是一种争论方式，在其中，从两个不同的前提推出了相同的结论，当然，它也是一个常用词语，意指人们必须在两个几乎是同样令人不愉快的选择当中做出抉择。一般情况下，提出一个左右为难的问题会迫使人们不得不任选其一，非此即彼。
这些问题在医疗现实中的表现千差万别，面对这些问题，生命伦理学不可能给出一个统一的解决方案，只能是提出一般性的指导原则。生命伦理学发挥作用的现实样态一定是把生命伦理学的基本理论与原则应用于现实的道德问题，通过分析与比较最后做出一个最为合理的道德抉择，这就凸显出生命伦理学基本原则的重要价值。其中特别重要的是2005年联合国教科文生命伦理学委员会通过的《世界生命伦理与人权宣言草案》中的15条生命伦理学基本原则以及美国学者比彻姆与丘卓斯提出的生命伦理学”四原则“。
（一）《世界生命伦理与人权宣言草案》中的生命伦理学基本原则
2005年联合国教科文生命伦理学委员会召开大会，大会意识到人类具有独特的能力反思自身的存在及其所处的环境，感知不公正，避免危险，担当责任，寻求能表现出体现伦理原则的道德观念。鉴于科学技术的飞速发展正在日益影响我们对生活及生命本身的认识，为此非常有必要在全球范围应对这一发展所带来的伦理影响。认识到在研究科学飞速发展和技术应用所带来的伦理问题时，应当充分尊重人的尊严，普遍尊重并遵守人权和基本自由。国际社会有必要及时提出一些普遍原则，为应对科技发展给人类及其所处环境带来的日益增多的难题和矛盾奠定解决问题的基础，为此大会制定了《世界生命伦理与人权宣言草案》。在《宣言》的28项条款中有15条（第3条至第17条）与”原则“有关，其目的在于”提供一个普遍适用的框架“，用以指导教科文组织各成员国”制定本国在生命伦理学方面的立法、政策或其他措施“。这些原则是生命伦理委员会所有成员都需要了解的一般原则。
第3条：人的尊严和人权。应充分尊重人的尊严、人权和基本自由；个人的利益和福祉高于单纯的科学利益或社会利益。
第4条：受益与损害。在应用和推进科学知识、医学实践及相关技术时应尽可能使病人、参与研究者和其他受到影响的个人直接或间接受益，并最大限度地减少可能对他们带来的损害。
第5条：自主权和个人责任。应当尊重人们在负责并尊重他人自主权的前提下自己作出决定的自主权。对没有能力行使自主权的人应采取特殊措施保护他们的权益。
第6条：同意。（1）只有在当事人事先、自愿地作出知情同意后才能实施任何预防性、诊断性或治疗性的医学措施。必要时，应征得特许，当事人可以在任何时候、以任何理由收回原同意的决定而不会因此给自己带来任何不利和受到损害。（2）只有事先征得当事人自愿、明确和知情同意后才能进行相关的科学研究。向当事人提供的信息应当是充分的、易懂的，并应说明如何收回其原则和规定，特别是宣言第27条阐述的原则和规定以及符合国际人权法的国内伦理和法律准则，否则这条原则的贯彻不能有例外。（3）如果是以某个群体或某个社区为对象的研究，则尚需征得所涉群体或社区的合法代表的同意。但是在任何情况下，社区集体同意或社区领导或其他主管部门的同意都不能取代个人的知情同意。
第7条：没有能力表示同意的人。对于没有能力表示同意的人应当根据国内法给予特殊的保护：（1）研究和医疗的准许应当符合当事人的最大利益，并遵守国内法。但应尽最大可能让当事人参与作出同意决定和收回同意决定的过程。（2）在获得准许并符合法律规定的保护条件前提下，只有在当事人的健康能直接受益，而且没有其他当事人有能力表示同意的替代方案可以获得相同效果的情况下，才可开展相关的研究。对当事人的健康没有直接益处的研究只能作为特例处理，在符合法律规定的条件以及保护人权的前提下，如果预期该项研究有助于其他同类人的健康才可进行，并尽量谨慎，使当事人承受最小的风险和最轻的负担。
如果当事人拒绝参与研究，应当给予尊重。
第8条：尊重人的脆弱性和人格。在应用和推进科学知识、医疗实践及相关技术时应当考虑到人的脆弱性。对具有特殊脆弱性的个人和群体应当加以保护，对他们的人格应当给予尊重。
第9条：隐私与保密。应当尊重当事人的隐私和对他们个人的信息加以保密。应根据国际法，尤其是国际人权法，尽最大可能使这类信息只用于收集或同意提供该信息的初始目的，不能为了其他目的而使用或披露这类信息。
第10条：平等、公正和公平。尊严和权利面前人人平等的基本原则应得到尊重，以确保所有人得到公正和公平的对待。
第11条：不歧视和不诋毁。不得以任何理由侵犯人的尊严、人权和基本自由，歧视和诋毁个人或群体。
第12条：尊重文化多样性和多元化。文化多样性和多元化应当受到应有的重视。但不得以此为由侵犯人的尊严、人权和基本自由，也不得因此而违反本宣言阐述的各项原则或者限制各项原则的适用范围。
第13条：互助与合作。应当鼓励人与人之间的互助和为此而开展的国际合作。
第14条：社会责任和健康。（1）各国政府的一项根本目标是促进其民众的健康和社会发展，这是社会各界的共识。（2）鉴于享有最高可能水准的健康是所有人，不分种族、宗教、政治信仰、经济和社会地位的一项基本权利，科学技术的发展应当有助于：提供高质量的医疗服务和必要的药品，尤其是为了妇女和儿童的健康，因为生活离不开健康，必须将健康视为社会和人类的福祉；提供充分的营养和水；改善生活条件和环境；消除基于任何理由对人的忽视和排斥；减少贫困，降低文盲率。
第15条：利益共享。（1）科学研究及其应用所带来的利益应与全社会和在国际社会内共享，特别是要与发展中国家共享。
为了实行这一原则，可以采取下述任何一种形式来共享利益：对参与研究的个人和群体给予特殊的、持续的帮助，并向他们表示感谢；提供高质量的医疗服务；提供科研开发的新的诊断方法、治疗方法以及设备和药品；支持卫生事业；利用科学技术知识；研究方面的能力建设设施；符合本宣言阐述之原则的其他任何形式。（2）不应当将利益作为鼓励参与研究的不恰当手段。
第16条：保护后代。应当充分重视生命科学对后代的影响，包括对他们遗传基因的影响。
第17条：保护环境、生物圈和生物多样性。应当对人类与其他形式的生命的相互关系给予应有的关注，重视合理获得和利用生物和遗传资源，尊重传统知识以及重视人类在保护环境、生物圈和生物多样性方面的作用。
为了很好地贯彻执行这些原则，该草案在”最后条款“的第26条中规定”各项原则的相互关系和互补性“，即”应当将本宣言作为一个整体来加以理解，各项原则应视为互补和相互关联。
各项原则都应视具体情况与其他原则相联系加以考虑“。
（二）比彻姆与丘卓斯的生命伦理学”四原则“生命伦理学”四原则“出自于1977年出版的《生物医学伦理学原则》一书，该书为美国著名生命伦理学家比彻姆和丘卓斯合著。”四原则“即尊重自主原则、不伤害原则、有利原则（行善原则）和公正原则。虽然四原则的提出引起了很多非议，但是该书提出的四原则一直被学界援引为生物医学伦理学公认的普遍原则。
1.第一原则：尊重自主原则
尊重自主性的原则表示的是对个人的自主和自由的尊重，其核心是对人权与人格尊严的尊重以及知情同意、隐私权保密等内容。自主原则的词根来自于希腊语，意思是导致个人行为，使人成其自我的，如自治、自由权利、隐私权、个人选择、自由意志等，狭义的自主是指不受别人的影响和限制；自主选择，即一个人的行为一是有意识的，二是理解的，三是不受限制的影响。
尊重自主性原则指的是尊重一个有自主能力的个体所做的自主选择，也就是承认该个体拥有基于个人价值信念而持有的看法，做出选择并采取行动的权利。换言之，就是有能力做决定的病人应当享有权利选择、决定他所喜爱的医疗行为方式，医务人员有义务尊重病人的决定。而对于缺乏自主能力的病人（如某些精神病患者、儿童）应当为其提供保障，不仅是态度上的尊重，且应该是行动上的尊重。那么，医生就有责任和义务帮助病人建立或保持病人自主选择的能力。相反，漠视、侮辱病人权利就视为不尊重自主。
尊重自主的积极义务来自于医务工作者对于病人、研究者对于受试者的义务。尊重自主包括以下原则：说实话；尊重隐私；保密；得到受试者的同意；当病人有要求时，帮助病人做决定。
在自主原则之下，在临床医疗实践中，知情同意是自主原则的具体化。医生有义务告知病人尽可能详尽的信息，包括医疗或者受试风险、受试者利益、试验方法和方案，并推荐最佳方案帮助病人做出自主的选择。
患者的自主性不是绝对的，而是有条件的。患者自主性实现的前提条件是：
第一，医务人员为患者提供适量的能够理解的信息。如果对患者缺乏必要的信息公开，那么患者就难以实现其自主性。
第二，患者必须具有一定的自主能力。对于丧失自主能力（如精神疾病发作期的患者、处于昏迷状态和植物状态的患者等），或缺乏自主能力（如婴幼儿、少年患者，先天性严重智力低下的患者等）是不适用的。他们的自主性应由家属、监护人或代理人代替。
第三，患者的情绪必须处于稳定状态。患者虽有自主能力，但情绪处于过度紧张、恐惧或冲动状态，往往失去自制而难以做出自主决定。
第四，患者的自主性决定必须是经过深思熟虑。也就是说，患者在做出决定时，知道医疗问题的种种选择办法及其可能后果，并且对这些后果做出利弊评价，最后经权衡并和家属商讨后做出抉择。如果患者未经周密思考而轻率地做出决定，往往不能反映患者的真实自主性。
第五，患者的自主性决定不会与他人、社会发生冲突。也就是说，当患者的自主性会对他人、社会利益构成严重危害时，就要受到必要的限制。
在临床实践中，实现自主原则必须处理好病人自主与医生作主之间的关系，尤其要解决好医生如何正确运用医疗干涉权的问题。医生作主是指医务人员代替病人作主，实行时有两种类型：
一是医生全权作主，即在选择重大医疗决策时，事先不征求（不能征求或不宜征求）病人意见而由医者全权代替病人作出决定；二是医生半权作主，即在选择重大医疗决策时，先征得病人或其家属的同意或授权，然后由医者代替病人作出原则性决定。当病人与医生的认识和决策不一致时，病人自主与医生作主既相容又矛盾，医疗干涉既必要又不可滥用。医生作主的合理性，取决于病人或其家属行使自主权受限的程度和时间。当遇到下列情况时，医生作主（或行使干涉权）是合理和必需的：病人病情十分危急，需要立即处置和抢救，来不及经任何人知情同意；病人患”不治之症“，将治疗权全权授予医生；身边没有或难以找到任何代理人，本人缺乏或丧失自主能力，不能行使自主权又需急救的病人；病人患有对他人、社会有危害的疾病，又坚持其不合理要求和做法；病人或其家属错误地行使自主权，所作出的决定明显对病人的健康和生命构成危害，或是病人家属的代理决定明显违背病人本人意愿。医生行使干涉权时，应根据患方的错误决策可能招致的不同后果，进行解释、劝导、限制和阻止，以避免不良后果的发生。
2.第二原则：不伤害原则
不伤害原则是指一种不伤害他人的义务。不伤害的基本内容是：个人或集体的行为不应该对其他人或集体造成不必要的伤害。临床实践中的不伤害原则指在临床诊治、护理过程中，不使患者的身心受到不应有的损伤的原则。