宋代之后，儒者们大多接受了程氏的上帝观。只有戴震等少数儒者，坚持认为理只是气存在和运动的条理，而气自身是有灵的，上帝，其形体就是那浩大元气，起主宰作用的是气中固有的灵。
上帝的名称，一直是昊天上帝。到了明代中叶，嘉靖皇帝改革礼制，将上帝又更名为“皇天上帝”，并被清代所沿用。所以至今保存在北京天坛公园的清代祭天神主牌，仍然写的是皇天上帝。不过在这一时期的文献中，上帝则仍然多被称为昊天上帝。至于皇家的日常文书，则往往据《尚书》，简称为“皇上帝”。后来洪秀全所创“上帝教”的上帝，部分内容是基督教的，但其名称，却仍然是来自儒经被当时朝野普遍习用的“皇上帝”。
天又叫上帝，依《毛诗传》，那是由于帝号尊贵，人们“讬之于天”，故称上帝。朱熹对之作出新的解释。
淳熙中，朱熹为先朝南北郊之辩曰：“……或问： 郊祀后稷以配天，宗祀文王以配上帝，帝即是天，天即是帝，却分祭，何也？曰： 为坛而祭，故谓之天；祭于屋下而以神祇祭之，故谓之帝。”（《宋史·礼志》）
汉代王莽定郊祀制度，认为天父地母，实行合祭。即在南郊设坛，坛上设天地神位，如同皇帝皇后。此后儒者对郊祀礼仪多有争论。或依王莽制，实行天地合祭；或认为以地为天后，是亵渎，应以地为男神，实行天地分祭。明代开国之初，朱元璋行天地合祭，并且在天坛之上架屋，以便祭祀。嘉靖时，认为这样的制度不合礼制，于是依朱熹“为坛称天”、“屋下谓帝”的意思，不仅实行天地分祭，而且在设屋之南，重建天坛。这就是今天仍然存在的天坛公园中的圜丘。当时所设的屋，就是今天那圆顶高耸的祈年殿。朱熹有关礼仪的议论，在后代得到了贯彻。
明代祭天礼仪还有一项重要改革，就是取消五帝祭祀，其理论根据，也是程颐对六天说的进一步否定。五帝中的五人帝，在帝王庙享受祭祀。所谓五方上帝，被认为是不存在的。在祭天时，也不再用它们陪祭。否定了五帝，所谓感生帝也就不存在了，所以明代也不祭祀感生帝。与五帝一起，那个来历不明的天皇大帝，也被取消了。清代继承明代，也不祭祀五帝和天皇大帝。这样，儒教礼仪就比较彻底地摆脱了汉代谶纬说的影响。而依所谓比较纯粹的儒经为依据。
北宋时，欧阳修曾经要求删除经注中的谶纬内容，但得不到响应。到南宋，魏了翁将这个建议付诸实施，促使儒教进一步理学化。明代，与祭天礼仪领域中否定汉代谶纬相伴，一些原本从祀孔庙的汉代儒者遭到了否定。
六孔庙祭祀的改革
孔子的称号，隋唐以前，或是先圣，或是先师、宣尼、宣父。唐代，加封孔子为文宣王。宋代，在文宣王前加“至圣”二字；元代，又在至圣前加“大成”二字。北宋时曾有儒者建议给孔子加帝号，未获通过。明代嘉靖年间，认为称孔子为王，不合礼制。于是经过合议，去掉王号，保留“至圣”，称“至圣先师”。这个称号，一直被清代所沿用。
孔庙祭祀，唐代曾经设有神像。宋代从二程开始，认为祭祀设像是错误的：
古之言鬼神，不过著于祭祀，亦只是言如闻叹息之声，亦不曾道闻如何言语，亦不曾道见如何形状。（《程氏遗书》卷二下）
今人以影祭，或画工所传，一髭发不当，则所祭已是别人，大不便。（《程氏遗书》卷六）
二程的鬼神观和他们的上帝观是一致的。上帝、鬼神是存在的，但不具有人的形象。这是他们和世俗鬼神观念最重要的区别之一。
到了南宋，朱熹也主张“宣圣本不当设像”（《朱子语类》卷九○）。他曾经在学校中整顿孔子祭祀，但没有成功。明代初年，宋濂又指出“开元八年之制，抟土而肖像焉。则失神而明之之义”（《孔子庙堂议》），但也未被朱元璋采纳。
嘉靖年间，在改革了祭天礼仪之后，又企图改革孔庙祭祀。大学士张璁建议，去掉孔子王号，撤去孔子塑像。
张璁的建议被交付朝臣们讨论。编修徐阶认为不可易号毁像，嘉靖帝大怒，降了徐阶的官，并亲自撰写《正孔子祀典说》。大意是，孔子认为鲁国僭号称王是不对的，他自己岂肯僭用天子的礼仪？又自著《正孔子祀典申记》，张璁也作《正孔子庙祀典或问》，一同提倡改革孔庙祭祀。这些文件，都一齐发给朝臣讨论。御史黎贯上言说，当初太祖订正祀典，去掉诸神封号，只保留了孔子的封号，其中是有深刻含义的。祭孔用祀天之礼，也是恰当的。黎贯的理由是：
夫子之不可及也，犹天之不可阶而升，虽拟诸天，亦不为过。（《明史·礼志》）
至于封号，黎贯说，唐代尊孔子为文宣王，宋真宗还要为孔子加帝号。有人认为，周才仅称王号，不宜加孔子帝号，但罗从彦认为，加帝号也无不可。周敦颐、邵雍等人都认为加王号是可以的，只有吴澄一人认为不应加王号。他希望嘉靖能认真思考这些事实先例，再做决定。
这些儒者的建议遭到了否定，孔庙中撤除了塑像，改用神主牌位。如今北京的孔庙中，还保留了这样的制度。
对于从祀诸儒，也进行了清理。明初宋濂作《孔子庙堂考》曾经指出，荀况主张性恶，扬雄曾事王莽，王弼混杂庄老，贾逵不拘小节，马融依附势家，杜预提倡短丧，这些人都不应从祀孔庙。嘉靖年间，上述六人中，保留了扬雄，此外又罢除了公伯寮、秦冉、颜何、戴圣、刘向、何休、王肃、吴澄。还有一些，被降低规格、仅在本乡享受祭祀。这些儒者是： 林放、蘧瑗、卢植、郑众、郑玄、服虔、范宁。此外，先后增补的儒者有后苍、王通、欧阳修、胡瑗、陆九渊、罗从彦、李侗、陈献章、胡居仁、王守仁。到明末崇祯年间，又因左丘明曾亲自领受过圣人的教导，改称先贤。周敦颐、程颢、程颐、张载、朱熹、邵雍等六人也改称先贤，位于七十贤人之下，汉唐诸儒之上。清代，朱熹又从先贤升跻先哲，位于七十贤人之上。
明代及其以后孔庙祭祀制度的改革，表明儒教进一步理学化了。
七宋以后儒教的新神
宋代开始，儒教出现的新神，最重要的有三尊。他们是城隍、关帝和天后。最重要的新礼仪是祠堂的设置。
城隍神祭祀一般认为最早开始于三国时代，而据元代儒者王恽考察，城隍祭祀汉代初年就有。然而对城隍的祭祀不见于杜佑的《通典》，也不见于《唐书·礼志》。《宋史·礼志》也仅在《诸神祠》最后，把它作为最小的神祇之一顺便提到。
在唐代后期，有关祭祀城隍的文献多了起来。到了宋代，似乎又有所发展，国家官员上任之初，城隍似乎是必拜的神祇之一。《程氏遗书》卷二二上载：
范公甫将赴河清尉。问： 到官三日，例须谒庙。如何？
曰： 正者谒之。如社稷及先圣是也。其他古先贤哲，亦当谒之。
又问： 城隍当谒否？
曰： 城隍不典。土地之神，社稷而已。何得更有土地邪？
又问： 只恐骇众尔。
……
城隍确是“不典”之神，程颐甚至主张应像唐代狄仁杰废除淫祀那样，废除这尊不典的神祇。不过从程颐师生的问答可以看出，这不典之神在宋代，已经成为到官三日例须拜谒的神祇。不拜，就有可能惊俗骇众。
元代，城隍神终于和孔子、社稷一样，成为儒教国家通祀的正神见王恽《汴梁路城隍记》。。至元四年（1267），大都城修成。七年，太保刘秉忠和大都留守段贞、侍仪奉御忽都于思、礼部侍郎赵秉温“言大都城既成，宜有明神主之，请立城隍神庙。上然之”（虞集《大都路城隍庙碑》，载《道园类稿》卷三七）。天历年间，城隍神被封为“护国保宁佑圣王”，其妃被封为“护国保宁佑圣王妃”。
明代初年，根据城市的大小，分别加封城隍神王、侯、伯等爵。比如京城城隍为“承天鉴国司民升福明灵王”，开封、临濠、太平、和州、滁州等地的城隍都封为王，其他各府城隍为“鉴察司民城隍威灵公”，秩正二品；各州城隍为“鉴察司民城隍灵佑侯”，秩三品；县城隍为“鉴察司民城隍显佑伯”，秩四品。其服饰也都各有规定。
后来，明代儒者认为给神祇封爵不妥，在取消对山川之神封爵的同时，也取消了城隍的封爵，只称某府州县城隍之神。城隍祭祀原来依附于岳渎祭坛，后来单为城隍建庙。城隍庙的规格和当地官府的规模相同。庙中屏除其他神灵，取消塑像，代以木主。每年正月合祭天地时，城隍神也列入从祀。正常的祭祀，由太常寺主持。在诸侯王国的，由诸侯王亲自祭祀；在郡县的，由当地主官主持祭祀。这样，城隍神就正式列入国家祀典，成为儒教国家通祀的主要神灵。