然而，强化入境管理的结果，导致大批来自闽粤的大陆民众无法登陆台湾，以至演出一幕幕海上、岸边亲友遥遥相望，呼声尤在耳傍却不能相聚的凄凉画面。如此出入境管控措施，既难免遭致民怨，也不利于日本在台殖民统治和民心之收揽。由是之故，个别殖民地地方官员就《清国人入境台湾条例》的执行提出了变通处理的建议，鹿港派出所所长佐竹义和在其政务报告中写道：
由于清国人入境条例施行规则之颁布，清国人由鹿港口外不问何人皆不能入境。然而仔细考量结果，本岛中部中，本管内住民乃由对岸之清国泉州、漳州等地移往前来者，十之八九，随之其关系之多，盖实难辨者也。又如本港向来乃系商业港，船主或货主等彼我之关系颇为多且船舶之往来亦不在少数，今遽然将鹿港口禁止入境时，搭载货物而入港者，卸货及薪水粮食困难，本港及其附近之住民，实际父子兄弟或有其他亲戚之关系，呼应在目睫之间，不能相见，诚堪悯谅者。如此乃尚禁止者，等于断其戚畹之情义，地方牧民之官实有不忍者。故有人申请入境时应调查事实正确及其真伪，认为时预先限定其时日，准许其入境之决定，要者只为期无害，法令之着眼在于希望不悖于情。
1896年1月4日发布《鹿告第五号》，规定：“非台湾住民之清国人，有左列之事由者应将其要旨，向本厅提出申请，由本厅调查事实，得允其限时日入境许可。一、为商业将货舶装载来港，其卸货及薪水之需要者。一、为鹿港住民有亲戚之关系，有入境之必要者。”虽无证据显示该措施是否在全岛普遍推广，但它至少说明严厉的《清国人入境台湾条例》在实际执行过程中，还是有所变通的。
另一方面，近代开港以来台湾已逐步纳入西方列强的视野，而台湾丰富的茶、糖、樟脑资源也是列强觊觎的目标，并成为各洋行获利丰厚的事业。日人称：“本岛原来特有物产丰饶，其农产即茶、糖、苎麻、蓝、烟草等最为有名”。其中茶的制作和输出，牢牢地控制在以英国为首的西方洋行的手中。“台地物产以茶为大宗。每年输出五六万担，内地运至厦门转卖外洋者大概拾五万余担。运输至香港销售者亦有数千担。”据日据初统计数字，台茶输出额为1800万斤，价额约600万元，“占输出品之第一位”。
如所周知，茶叶生产由于其特殊性（采茶、选茶、烘焙等）需要大量的手工劳动者，这些劳工许多来自海峡彼岸。据日人1895年调查，当时从事茶叶精制、运销的洋行有6家，台湾本地茶商131家，雇佣制茶工2000余人，采茶女10000余人，制茶箱工、铅叶工、施彩工1000余人，茶叶鉴定师约200人，加上书记、助手等，从事制茶业者总计约为20000人。除了采茶工为台湾女性外，其余大都从闽南、福州一带渡海而来，大致每年约00余人。换句话说，台湾茶叶生产的主要技术工种均依赖于大陆劳工，大陆技术工人在台湾茶叶制作领域发挥着举足轻重的作用。
问题来了，《清国人入境台湾条例》截断了大陆茶工的入台路径，尤其是其中“将无赖汉苦力等类一并严禁登陆”条文，简直就是针对他们量身定制的一样。此条例一旦实施，各茶商势必闹起劳工荒，利益严重受损。掌握台茶大部分利益的英国率先起来抗议，淡水英国领事伊尔顿（W·S·Ay-rton）就《清国人入境台湾条例》向台湾总督府提出异议案，略谓：
茶叶对在本地之英国人关系重大，这些商人所雇佣之清国人约略不下五六千人。此等清国人依例在制茶季节之初来台，茶季结束即回到原地，本条例实施以后对彼等造成许多不便之处。尤其本年茶叶季业已结束，回清国者不少，这些清国人如欲再来台时，根据本条例第二条规定，须向清国该管官厅申请发给护照或证明书。但依自己所见，向清国机关申请发给护照或证明书，究竞是不可能之事。按照现行条文规定，这些已回去之清国人，若无再来台之机会，则在此之英国商人所经营茶叶，从下一季起即将告全数毁灭。本条例一实施，对英国商船亦有重大影响。
接着，英国人提出修改条例第二款的请求：“在欧洲，甲国国民欲赴乙国，通常是由乙国驻甲国领事发给护照或证明书，贵府可仿效不由清国该管机关而考虑改由驻清国帝国领事发给护照或证明书，并考虑仅允许携带是项护照或证明书者始准其登陆。”并且要求“在得到（英国驻东京）公使相关训令之前，对英国商人雇佣之清国人，暂停适用本条例”。台湾总督桦山资纪告知此事“难以变更”，主要缘由即“战乱之后，清国人之出入频繁，岛民不能安居就业，且亦难保匪徒不来台煽动，是以严格加以取缔。”“此乃经营本岛且为维持秩序最必要之事”。因此，在台各国人等均需一体遵守，不能“仅给予贵国商人特权”。但面对英国的强烈要求，日本殖民当局不得不针对茶工这一特殊群体做出重大让步：“已归国之清国人，欲再来台者，由其雇主之商馆提出经贵国领事之证明，应可允许登陆。”此时，日本国内《大阪每日新闻》、《大阪朝日新闻》、《东京朝日新闻》等报纷纷刊登了相关新闻报道，称台湾总督断然拒绝英国的要求。为避免国际纠纷，总督府甚至于致电中央政府“请设法命令取消该前述新闻消息之刊登”。显见日人对日英关系之重视。于是，作为《清国人入境台湾条例》的补充规定，1898年10月，发布《清国人茶工券规则》，规定受雇于洋行的大陆茶工凭所持“茶工券”，贴上持有人照片并加盖领事馆印信后，得申请登陆台湾。
综上所述，《清国人入境台湾条例》在实际运作过程中，还是有一定程度的变通的，其中最主要的就是受雇于外国洋行的茶工另行安排了“茶工券”制度，而对于商业贸易来台却暂无入境证明书的大陆民众，也允许限时登岸补给或与亲人会面。不过，条例总的精神——限制、阻隔大陆人民尤其是劳苦大众来台这一点，则没有发生根本的改变。
三、台湾人身份地位的变化与闽粤移民迁台之中挫
对于台湾来说，1895是个转折性的年份。丧权辱国的《马关条约》的签订，使得台湾被迫割让给了日本。台湾从中国的一个省变成为日本的殖民地，台湾与大陆的关系从中国国内两个地区间的关系，转变成为中国与日本殖民地间的关系，随之而来的则是台湾人身份地位发生重大变化。
《马关条约》第五条规定如下：“本约批准互换之后，限两年之内，日本批准中国让予地方人民愿迁居让与地之外者，任便变卖所有产业，退出界外。但限满之后，尚未迁徙者，酌视为日本臣民。”很显然，台湾民众在1895-1897年两年的选择期过后仍留台湾者，将被“酌视为日本国民”。事实上，即便是两年选择期内，日本殖民者也早就已经将台湾人与中国大陆民众区分开来了。上引档案资料中我们就已经看到了随处可见的“台湾住民”和“清国人”的不同称谓。在这里，日本占领时已居住台湾的被称为台湾住民，之后来台的大陆民众被称为“清国人”。《清国人入境台湾条例》的条文中对于二者也是分别对待的。按照该条例，台湾住民在日据后持殖民当局颁发的证明书可前往大陆并允许返回台湾，而大陆民众则需要清国政府颁发的护照、证明书才得申请登陆，且被限制在几个主要的沿海口岸，进入台湾内地需要特殊批准，等等。
除去《马关条约》之外，1896年8月27日台湾总督府评议会归化法调查委员会审议通过的《有关台湾居民国民身份令》，也是一份涉及台湾人身份地位的另一重要法律文件，特摘录如下：
有关台湾居民国民身份令
第一条：本令所称台湾居民，系指在明治二十八（1895）年五月八日以前，在台湾岛及澎湖群岛内有一定住所者之谓。
第二条：迄明治三十（1897）年五月八日，未离开台湾总督府管辖区域外之台湾居民，依据马关条约第五条第一项规定，为日本帝国国民，但台湾总督不承认者不在此限。
第三条：家长未给与日本帝国国民身份时，其家族亦不能取得日本帝国国民身份。
第四条：为台湾居民，虽现未居住台湾总督府管辖区域内，而欲取得日本国民身份者，得于第二条之期限内，经由地方厅先向台湾总督府提出申请。
第五条：给与日本帝国国民身份，发给日本帝国国民证。
总督府民政局长水野遵在向拓务大臣和台湾事务局总裁伊藤博文呈报的《理由书》中详细解释了该令之立法缘由。他认为，《马关条约》签订后，台湾虽然已为日本的殖民地，但两年选择期内台湾人仍然是清国国民，“其未视为日本国民之理甚为明显”。因此，1897年5月8日，“日本国可依自国之考虑，有将之视为或不视为日本人之自由”。“故若欲将台湾居民赋与日本国民身份，必须再以具有法律效力之台湾总督府命令示之，此即是必须制定有关台湾居民国民身份令之理由。”换句话说，该令乃总督府就《马关条约》第五条第一款所作之配套法令。其中“台湾居民”的定义为“该条约缔约时及在这之前居住在该地方人民之谓”，“本条（《有关台湾居民国民身份令》第二条）采行所有居民皆为日本国民之精神，唯类如有土匪嫌疑、妨害治安之类人员，给与日本国民之身份，显属不利，有必要不给与日本国民身份，因此，特加但书。”
依照《有关台湾居民国民身份令》，1897年5月8日后，除了总督府甄别出来的少数特定人群外，原台湾居民将一律转变为日本国民。实际上，一些殖民官员早在1896年1月《清国人入境台湾条例》正式实施之时，就已经将新来的大陆民众视为不同于台湾住民的外国人了，其典型例子就是凤山派出所所长柴原龟二所说的：“惟帝国政府对于属于外国人之清国人宣布可入境或居住之地，宣布其地名者，以本条例为嚆矢”这句话中的“属于外国人之清国人”便是对大陆民众再清楚不过的身份界定。简而言之，1895年日本占领台湾后，台湾人被划定为特定意义上的“台湾住民”，新来的大陆人则是“属于外国人的清国人”；1897年国籍选择日之后，台湾人成为日本国民，“给与日本帝国国民身份，发给日本帝国国民证”。台湾人与大陆民众的关系转变为日本国民与清国民的关系，这样的身份定位关系不能不对闽粤移民台湾历史产生深远的影响。
如所周知，台湾早期开发史其实就是一部移民史。史料记载明末以前已有零星的闽粤移民活跃在台湾岛的一些地方，荷兰人到来的时候在许多台湾少数民族部落都发现了汉人的踪迹。在荷据时期，热兰遮城下聚居着来自大陆的数万汉人。郑氏时代和清代，一波又一波的闽粤移民横渡海峡、来到台湾，在台湾岛内逐渐形成了闽南、粤东和台湾少数民族三大族群聚集、竞争和涵化的社会形态。近代台湾开港后，移民社会的发展进入了一个新的阶段，亦即逐步由移民社会向定居社会转型，并引致学界所谓“内地化”或“土着化”的争论。日本殖民统治之初进行的旧惯调查报告中针对台湾历史的移民社会特点也做出了如下描述：
台湾岛民乃移殖之“支那人”，主要原籍地为南部“支那”福建广东两省中的一部分。《台湾府志》：台阳僻在海外，旷野平原，明末闽人，自郑氏挈内地数万人以来，迄今闽之漳泉、粤之潮惠，相携负来率，参错寄居，故风尚，略内郡云云。即福建省（闽）辖九府中泉州、漳州二府，广东省（粤）辖十府中潮州、惠州二府之民，多移殖台湾。而此闽粤二属之民移居台湾比例，今日虽未有确证，然“支那人”文书中可见泉四、漳三（以上闽）、潮惠三（以上粤）之记事，盖亦相去不远。
然而，正如日据时期台北高商教授松尾弘略带激昂的语调所称的，日本占领台湾后的明治（1897）年5月8日“住民去就决定日”对台湾人来说是个“划时代”的日子，“居住在台湾的‘支那人’从此改天换地成为了日本人”。加上《清国人入境台湾条例》的颁布实施，二者叠加作用、发酵，造成了闽粤移民台湾态势的激变，台湾社会历史发展随之步入了一个新的时期。
首先，台湾社会的族群结构发生了重大变化，随着台湾沦为日本的殖民地，大批日本殖民当局官吏、军事组织、工商业界人员和农业移民等普通民众涌入台湾，台湾社会从闽南人（或福佬人）、粤东人（或客家人）和台湾少数民族（或“生番”）三大族群，转变为台湾人（或本岛人）、日本人（或内地人）、台湾少数民族（或“高砂族”）的新三大族群。日据后来到台湾的闽粤民众身份，由历史上源源不断补充台湾社会新鲜血液的正常移民，变成了所谓的“华侨”。1943年松尾弘在谈及台湾“华侨”之渊源时写道：“台湾华侨与本岛人五十年前是完全一样、毫无区别的。其分别之产生，乃基于日本领有台湾这一历史事实，即与明治二十八（1895）年领有台湾同时逃亡清国及迄明治三十（1897）年五月八日‘住民去就决定日’前离开台湾者，乃至即便留在台湾但因手续不全无法获得日本国籍仍保留支那国籍者等除外，其余的均成为本岛人（日本人），此后进入台湾者即使是以台湾为栖息地也只称作华侨。所以也出现了同为一个家族，一部分为本岛人，一部分为华侨的情况。”