到了评估和选择阶段，两种主张的斗争便显现出来了。1992年2月，“宪改”小组召集人李元簇报告小组的结论，以“委任选举”为宜。这时，李登辉表示不同意，他说，据他了解，民间要求公民“直选”，因而主张把“委选”和“直选”两案并陈，提交中常会决定。这说明幕僚拟定的备案没有被决策者采纳。决策者另有自己的“信息系统”和“智囊系统”，提出了不同的方案。决策者为了推翻“宪改”小组的方案，召开了中央委员的分组座谈会，可是多数人同意“宪改”小组的意见。决策者便决定进行全面动员，3月间，李登辉带了宋楚瑜、邱进益南下。当时李已告诉宋，决定“直选”。他们约见了一些地方人士，企图以“民意逼迫党意”，以“地方包围中央”，争取在临时中常会中得到半数以上的支持。可是，在中常会上，两种意见互不相让，只好决定两案并陈提交国民党三中全会决定。3月，三中全会气氛凝重。“如果进行表决，变成火车相撞，党要分裂”。会议无法做出决定，只好留待“总统”选举以前再做决定。
当时就有人质问，决策过程究竟是怎样的，为什么是“黑箱作业”？为什么“宪改”小组不能作出说明？有人问参加“宪改”小组的施启扬，什么时候知道党中央改变为支持“直选”，他说：“根本不知道”。《李登辉的一千天》一书的作者周玉寇在一篇报道中写道：“有关公民直选案的推出，迟至三中全会前一周左右才由李总统公开出面与执政党内核心人士咨商，而频遭非议，更是理所当然”。这说明李登辉的“直选”主张，在国民党内受到了挫折。可是，过后李登辉却说：“修宪”小组达成的只是初步结论，决策要经过中常会及三中全会讨论后才能决定。“而经过三中全会热烈讨论之后，终于得到了大家能接受的结论。这才是本党的决策。我想，这就是民主。”实际上三中全会并没有结论。
紧接着举行“国大临时会”，李登辉表示支持“直选”，于是“直选”和“委选”之争又起。“终至于整个社会力量都被动员到政治力的分歧对峙之中”。但“国代”无意也无力在本次会议上做出决定，而建议推迟到选前再行决定。
1993年，通过国民党“十四全”的斗争，非主流派元气大伤。年底，由李登辉指定成立“第三阶段修宪策划小组”，完全由主流派主导。先由“国代”、“立委”和学者专家组成的“修宪咨询顾问小组”达成“公民直选”的“共识”，提报策划小组。1994年2月，策划小组“在几乎一致同意的情况下，作成重大政策性决定：直选”。据报道，“与会小组成员包括前‘行政院长’郝柏村等都无异议支持公民直选，过去在委选、直选之争，曾明确主张应采委选的‘考试院长’邱创焕则表示，他‘没有意见，以大家的意见为意见’”。第一、二次“修宪”都未能通过的直选案，这时已经接近解决了。7月间，召开“国大”临时会，对于“总统”选举方式，国民党内主流、非主流两派“国代”意见对立，互不相让。“在朝野‘国代’不断发生肢体冲突、民进党‘国代’中途退席抗议的混乱状态下”，经过国民党秘书长的协调，双方达成妥协，终于通过了“直选案”。对于这个结局，台湾报刊评论说，这是“一党修宪”“一人修宪”，为未来的政争埋下了伏笔。
（二）“戒急用忍”
1996年8-9月间，台湾当局在两岸关系上做出一个重要的决策，在经济上和政治上采取以守为攻的“戒急用忍”政策。这个决策出乎许多当事人的意料，令人颇感不解。
我们从决策过程的几个步骤加以分析：
1.确定决策目标：两岸关系一向是台湾当局需要面对的重大问题，全岛有许多部门和人力资源为这方面的决策服务。特别是在5月20日李登辉就职之后，企图在不回应一个中国原则下，促使两岸恢复接触和商谈，造成两岸局势缓和的迹象，可是，正因为不回应“一个中国”这个大原则，祖国大陆未予表态。另一方面，当时台商赴大陆投资的势头正在发展。这种“冷处理”的局面，使得台湾当局力图寻求对策予以突破。如何突破两岸僵局的问题，已经成为决策的目标。
2.决策的重大改变：连战为首的“行政院”本来以亚太营运中心为政经的核心方案。江炳坤担任“经济部长”以来，也一贯主张发展两岸经贸关系，放宽经贸和投资限制。以大陆为腹地，已经成为台湾当局的重要政策。可是，1996年8月14日，李登辉却突然提出“以大陆为腹地，建设亚太营运中心的论调，必须加以检讨”，对大陆经贸政策来一个“急转弯”、“急刹车”，使得大家不知所措。李登辉的讲话，等于根本批驳了连战的政经主轴政策，从此行政部门失去了章法。人们看到政策只“层峰”一人清楚，“李六条”分明主张以大陆为腹地，现在却反过来批评“行政院”的基本政策。财经官员前一天还通过了九项赴大陆投资案，他们无法了解李登辉的意图，对限制指标更认为根本不可行。但官员们也只好强调自己与李登辉的政策是一致的。
不但官员们搞不清，企业界、学术界、报界也都提出质疑。王永庆指出，无须摒拒大陆，要尊重市场经济走向。张荣发认为担心“三通”会使产业快速流向大陆，是错误的想法，应当借着“三通”活络台湾经贸发展。学者们则认为限制大陆投资比例的做法，与亚太营运中心化、国际化的精神和目的背道而驰。在商言商，强行刹车会使台商无所适从。有的认为这种“大转弯”“国人难以适从”。既定方向可以随时改变，决策体系紊乱不清，是最大的行政危机。
8月底，江泽民主席接见了台湾工业总会理事长高清愿等工商界人士，并就两岸关系发表了谈话，台湾舆论界普遍认为，这个谈话充满了善意，“由于两岸经贸有共同利益基础，如能通过业界务实对话取得共识，或将有助于打开目前两岸协商管道的僵局”。反之，“在政治分歧下，如果我们在经贸政策上采取降温、阻挠的手段与中共抗衡的话，那么我们将被迫站在对抗市场、逆势操作的一端，反而使大陆成为顺应市场的另一端，如此一来，顺逆立见，将来主动、被动形势一旦被定了性，逆势而为的一方必然遭遇事倍功半的压力”。显然，在对大陆的政策上有两种不同的主张，但是当局并没有接受多数人的意见，李登辉反而在9月14日进一步提出：“必须秉持‘戒急用忍’的大原则，来因应当前的两岸关系”。这说明不但在经济上，而且在政治上，要进行全面“降温”，可见所谓“台湾希望恢复商谈，而大陆却不予回应”的说法完全是欺人之谈。
台湾当局竟然作出“戒急用忍”这样违背民意的决策，使人们看出，除了决策者身边的一些智囊以外，似乎企业界、学术界、舆论界的“民意”以及许多“政要”都被排斥在决策之外。当时有的报纸指出：“最高当局明白揭示这样一个看法，无异宣告两岸的政经关系进入一段长时期的‘冷冻期’了”。有的则认为戒急用忍“是一种撤回善意的倒退性姿态”。“两岸自从恢复经贸交往以来，双方早已发展出合作互补的依存关系，贸然欲以戒急用忍为辞，切断或阻滞双方经贸关系的发展，既难收实效，而徒然可能坐实或加深了对岸以为我方并无发展两岸关系诚意的疑虑”。台湾当局口头上说要“增进两岸关系”，实际上是“节制”或“扼阻”两岸关系。
（三）“冻省、废省”
就这次“国发会”对这个问题的讨论过程来说，经过情形大体如下：
1996年6月3日，当时的学者（现为官员）黄德福在国民党中央总理纪念月会报告《调整政治生态，再造政党活力——国民党跨世纪政治改革运动刍议》，提出行政区域重划的建议，主张设立三个直辖市、五至六个省。他指出，台湾省人口占地区总人口80%，面积占地区面积90%以上，“中央”与省的关系紧张，主张行政层进行调整，乡镇是黑金和派系政治的温床，应予废除。
6月5日，《台湾新生报》发表社论《台湾行政区划再议的探讨》，指出黄德福的报告是一个政治气球，目的是使省长的民意基础永远低于“总统”，以此消除“中央”与地方的紧张关系。新党认为这种主张是“为台独铺路”，而民进党则认为“相当好”，因为他们早就主张废省了。另有一些人开始主张废省或省虚级化。不少学者认为这个问题要慎重研究。
9月11日，李登辉批评“地方政府”出了毛病，他请宋楚瑜“督促改进”。舆论界认为这表明李、连、宋之间的关系发生了问题，也表示省级机构面临被改革的境遇。
果然，10月8日，“内政部”提出，行政要从四级简化为二级的设想。李对此持“开放态度”，于是，“内政部”表示，“废省”或“省虚级化”的可能性很大。这就引起省一级的反弹，他们认为“中央”人事经费的增加是省的22倍，应当精简的是“中央”；如果地方民代选举减少，县市长选举成败便会使政治资源发生全面的“改朝换代”。
到了11月5日，出现100多名“立委”连署的“冻省”案，主张冻结“宪法”条文中有关省的规定。发动连署的国民党籍“立委”洪性荣公开表示，废省是来自“高层”的讯息。民进党主席许信良也表示要把废省作为社会运动。民进党国代发起“废省推动联盟”，要求“国大修宪”直接废省。国民党政策会也在这时举办“民意调查”，说是有59.77%受访者赞成废省或省虚级化。宋楚瑜公开反对废省，他说民意调查与事实不符。废省案在“立法院”没有得到通过。
12月18日，李登辉主持党内高层会议，讨论有关省虚级化的问题。由学者蔡政文、田弘茂提出冻结省级选举的“省虚级化”的报告，提出了“冻省”的十一条理由，并由李作出“裁示”：要研究省政府功能的调整和简化，表现了省虚级化的基本立场。
在国民党与民进党联手合作的情况下，12月28日，两党在“国发会”上达成共识：调整精简省府之功能与组织，并冻结省自治选举，乡镇市长改为派任。人们称之为“实质冻省”。对此，作为“台湾省长”的宋楚瑜只得提出辞职。后来，国民党内的部分“国大代表”也反对“冻省”的主张。
这是台湾当局利用与民进党达成的“共识”，来压服内部不同意见的一个事例。这个有关“省”的决策，既不征求“省长”和省一级官员和“民意代表”的意见，也不在党内讨论，企图通过“外力”予以解决。
（四）“双首长制”
台湾现行的“宪法”究竟是“内阁制”还是“总统制”，历来众说纷纭。据报道，李登辉早已委托一位学者对此作出研究。1990年有的刊物就发表过多篇论文专门讨论法国第五共和宪政体制，为“混合制”制造舆论。1992年，“修宪策划小组”曾经讨论过“双首长制”。据郝柏村说，当年李登辉说“我管国防、外交和大陆政策”，就是表明要采用“双首长制”。1993年“国策研究中心主任”田弘茂专门成立了一个“法国宪政体制研究小组”，当年9月他和一批学者前往法国从事研究，并且请了法国宪法会议主席巴登特访台，与李登辉见面。1994年，“国策中心”专门出了有关这方面的专书。这说明智囊系统的工作早已开始进行。
1996年12月18日，在“国发会”召开前，李登辉主持召开了高层会议，由学者田弘茂、蔡政文对“改良式双首长混合制”提出说明。于是，李指出国民党主张“中央体制”朝改良式的混合制度着手。接着，田弘茂和蔡政文在《中央日报》上连续发表《推动宪政改革的大原则》《总统的权责宜与直选制度联结》《建构具有化解僵局功能的政府体制》等文章，极力鼓吹“双首长制”，强调要建立“以总统为中心的权力结构”，要“以法国第五共和为参考对象”，主张“总统”有解散“国会”的权力、有任命“行政院长”的权力。有的还主张未来“总统”可以每周主持国务会议；在党内高层会议上报告宪政议题规划案；在“国发会”中担任国民党最后辩论代表的角色。就这样，只靠一些智囊进行研究、作出说明，“双首长制”不经国民党内的充分讨论，也不经过专家论证，就被当作国民党“党版”的政治主张而提交给“国发会”讨论。
这种做法不仅在野党提出批评，国民党内部也有许多不满。有的认为这是“不折不扣的帝制”，“总统”扩权，却没有任何直接监督的机制；有的认为这种“改良制”是“愈改愈不良”，是企图一手掌握军政、军令大权。国民党籍“立委”30多人公开批评党中央，指出这种“混合制”是“混乱制”，表示要进行抵制。舆论界也认为这是一种“民主倒退”，“双首长制”的直接效应是“第一，拥有极大权力的总统，全面排除了有效的制衡；第二，立法院的民意监督机制一落千丈”。即使在“国发会”取得“共识”后，还受到学术界强烈的批评和反对，他们指出，这个对“宪法”的重大改变并未“广纳民意”，实际上是一种“巨无霸”的“总统制”、“超级总统制”。