李懋之去了辽宁兴城的八一疗养院。可疗养院也不是世外桃源，不久造反派说他是级别最高的官儿，官儿越大，越是修正主义。李懋之不服：“按你们的讲法，那毛主席也是修正主义了？”这还了得！你敢说毛主席！于是连续批斗李懋之两个月。“早请示，晚汇报”，人家都喊“毛主席万寿无疆，林副主席永远健康”，李懋之对林彪拆散哈军工有气，就是不说祝林健康的话，为此又得挨批斗。李懋之自有主意，你斗你的，我就是不吭气。对造反派们的胡说八道，权当放屁！
在疗养院住了一年多，总政还要他等，李懋之可住不下去了。1968年初，他到北京要工作。在总参第一招待所见到陈再道、李成芳、秦基伟等老战友，他们还在被审查，见了面谁也不敢吭气。李懋之不管这些，在进出吃饭时，见到老战友，就主动打招呼，也上去说几句话。招待所管理员责难他“立场有问题”，硬把李懋之撵走了。没有办法，李懋之到陈赓家住了几天，傅涯正受审查，处境也难。乱世中人心剧变，世态诡异，李懋之找谁谁都不理，总是说，等运动完了，再考虑工作。没办法，李懋之只好回哈尔滨等工作。此时的哈军工是造反派的天下，“造反英雄”们不请自到，叫李懋之交代问题，还让他揭发刘居英的“罪行”。李懋之冷冷回答道：“我已经调离军工了，归总政管，总政有话，不让我参加运动，所以在疗养院住了一年多。现在回来了，你们要批斗我的话，得请示总政。”这时，省军区也给学院打了招呼：李懋之不能斗争，不能批判，因为他已经不是你们的人了。“造反英雄”还不死心，警告李懋之说：
“你不准出门，不准跟别人来往。”他们趁李懋之不在家时，强行抬走他的保密柜，一些重要的文件、照片不知去向。
1971年，李懋之再次进京，要求工作。这次他住在总参三所，不管招待所的头头脸多难看，话多难听，李懋之就是不走。后来，不让他住前面的客房了，在后楼给他找了一间小房子，李懋之弄个煤油炉，自己做饭。
每隔几天李懋之就去总政走一趟，总政新贵烦得不行，只好找他谈话：“现在分配你到贵州省军区当副司令。命令已下，你去报到吧。”
有工作当然是个好事，贵州省军区归昆明军区管，昆明军区是二野四兵团的老底子，也算是老部队了。可李懋之一打听，心里凉了半截：贵州省军区已经有十几个副司令了！李懋之明白，去贵州就是安置他，不会有工作干的。李懋之想干事，不想去养老。一些老同志闻讯后为李懋之抱不平：这不是整老实人嘛！李懋之深思熟虑后，正式给总政干部部写信，他说：“组织决定我服从，但是要把情况和我说清楚，哈军工是个大级别的单位，把我下到省军区当副司令，一下降了两级，是因为我有什么错误？给我讲清楚；或者是工作必须，离了我不行，也给我讲清楚。只要讲清楚了这些问题，我就报到去。”信送上去以后，总政干部部无法答复，只得说，命令是林副主席亲自批准的，不能改变。刚说完没几天，林彪就折戟沉沙了，自此再无人催李懋之到贵州了。
1972年5月，李懋之去总参二所看望监护中的薄一波，门卫不让进，李懋之硬闯进去。薄一波见到李懋之，吃惊地说：“你怎么敢来看我，不怕受牵连？”李懋之说：“你是我的老领导，你没问题，我也没问题，怕什么？”这事传到宋任穷等老同志那里，大家都说：“懋之真是正人君子，不怕邪。”
1973年秋后，罗瑞卿、张爱萍、杨成武、李达等也先后住进总参三所，李懋之本来就和他们熟悉，经常去找他们聊天，除了谈“文化大革命”以后个人的经历外，李懋之还详细介绍了军工被拆散的情况。这些老领导过去都视察过哈军工，有的子女还是军工学员，所以对军工被肢解都痛心不已。
1974年，邓小平重新复出，任党中央副主席兼中央军委副主席。1975年，邓小平主持召开军委扩大会议，提出军队要整顿，同时调整了全军各大单位领导班子，力图纠正“文化大革命”对军队的严重破坏。此时军委领导想到了李懋之，决定启用这个靠边站九年之久的老同志，于是李懋之精神抖擞地重新走上了领导岗位。
十、呕心沥血，二炮老将立新功
1975年8月31日，根据军委秘书长罗瑞卿的提名，中央军委任命李懋之为第二炮兵副司令员，主要分管武器装备建设和科学技术工作。
年近古稀的李懋之壮心不已，宝刀不老。“文革”之后，他和二炮的老将军一起，做了大量的拨乱反正的工作。他带上助手，上高原、赴戈壁、钻山沟，亲临训练发射基地和武器研制生产单位，和干部、战士、工人面对面交谈，事无巨细都要亲自做调查研究。祸国殃民的十年浩劫同样给二炮这支中国战略部队带来严重的破坏，每到一地，李懋之都要求汇报的干部说实话，不要报喜不报忧，再来“假大空”那一套。
展现在李懋之面前的真实情况让他忧心忡忡，由于国防科研工作和国防工业生产被文革拦腰斩断，不能按期向二炮提供新型导弹，基层部队只有少得可怜的过了保险期的旧导弹。在一次野战机动发射演习中，要求打四发弹，部队紧急从其他装备上拆下上千个零配件，才使得四发弹配套完整，最后发射成功；在云南某基地的双剂加注试验时，同样是拆下其他装备上的三十多个零配件，才保证试验成功。更严重的是，导弹核武器的现代化指挥控制系统还是空白，我们没有技术侦查手段和遥测遥控设备，等于闭上眼睛放炮……
李懋之叹道：“二炮现有的武器装备，还谈不上有作战能力。”
回到北京，他常常夜不能寐，深为二炮部队的落后局面而忧虑。有一次因病住院，正好碰到老首长李达副总长也在这里住院，李懋之就把一年多来的调研情况当面汇报，李达甚为震惊，嘱咐李懋之尽快写一份书面报告。病中的李懋之写了一份《关于战略导弹部队建设中存在的问题》，上报总部和二炮党委，还特地给罗瑞卿写了信，这份报告得到中央军委的重视。
李懋之在二炮任职八年，他勤奋工作，留下了骄人的业绩。
（一）重新组建科技人员的队伍
“文革”期间，在极左思潮的影响下，知识分子被看成“臭老九”，技术有专长的人被批判为“走白专道路”、“反动权威”，二炮研究所、院校的大批专业技术干部，处理了将近三分之一。其中复员处理的就有290多人。导弹院校是二炮科技力量的一个重要方面，“文革”期间更遭到严重冲击。两所院校的教员被处理了百分之六十。其恶果是造成科技人才奇缺，许多急需的科研项目无法上马。
负责检验验收导弹核武器装备的二炮驻厂军事代表室，在十年动乱中被认为是“知识分子成堆的地方，”“板结了，要掺沙子”，也处理了一大批大专毕业生，调进了一些初中文化程度的干部战士。有一次李懋之去导弹生产厂调研，向工厂党委征求他们对二炮驻厂军代表的意见。工厂的领导坦言，军代表里有少数人“滥竽充数”，“不懂装懂，瞎指挥”。
用非所学的现象在二炮十分普遍。李懋之在基地遇到一个在哈军工学了五年核武器专业的学员，她叫冯淑芳，竟被安排在幼儿园当保育员，实属荒唐。