“文革”前，住在西安女儿家的曹老太太被强行驱赶到哈尔滨，理由是她是“地主婆”。见到儿子，老太太哭诉：“我们曹家没有一分土地，我怎么就成了地主婆？”曹鹤荪沉默无语，时格势禁，他只能忍耐种种屈辱。
当哈军工育红小学的红小兵登上专政舞台的时候，哈军工一群老太婆便成了他们肆意蹂躏的阶下囚。这些喝狼奶长大的少年在折磨人的行当上无师自通，比如，看到裹小脚的曹母，颇感刺激，要试试老人能不能站得稳，多次推倒老人，把曹母的嘴唇都磕肿了；一次押着老太太们去烧废旧大字报，他们也想玩玩，就把曹母的衣襟点着了。曹母大惊，慌忙用手去扑灭火苗，红小兵不许，用棍子抽打老太太的手……1967年“清队彻查”，哈军工成为人间地狱，曹鹤荪和许多老教师被关进“牛棚”。
继刘居英、沙克、杨仲枢之后，又有曹鹤荪等五户老教授被扫地出门，撵到外号叫“黑帮楼”的97号楼。曹鹤荪正蹲“牛棚”，残破的家上有老下有小，全靠薛任一人支撑。她处于半隔离状态，晚上八点以后才准许离开哈医大，夜色中疲惫不堪地赶回哈军工大院。食堂不准黑帮家属买饭，她还得为填饱家人的肚子而操心伤神。冬天到了，曹家栖身的“新居”只有一间屋子有暖气，薛任让孩子们和奶奶住，自己住在没有暖气的那一间。那分明是个冰窖啊，她戴着皮帽子，穿着厚毛衣，在冰冷的被窝里盼黎明，这种日子什么时候才能过去啊！
1969年春，上面一道令，哈军工五百多专案一刀切，关押的彻查对象统统放回家，但没有给政治结论，专案组说了，抓人也正确，放人也正确。
见到瘦得皮包骨的老伴走进家门，薛任喜不自禁，笑呵呵地说：“你活下来了，真不简单！”
与世隔绝两年的曹鹤荪听薛任说起两桩噩耗。
其一，他的老友马明德教授死了，革委会、军宣队和工宣队统一口径说，是“自杀身亡”。
“这不可能！”曹鹤荪悲愤地反驳道：“老马和我关在一起，劳动时他悄悄劝我要想得开，当年在南京时他经历过政治运动，有经验。他怎么会去自缢？老马死不瞑目啊！”
其二，表弟薛鸿达教授死于非命。
材料力学教授兼图书馆主任薛鸿达是一位与世无争的谦谦君子，只因为同情了“炮轰派”，就被列为“反革命教授集团”成员。
1968年10月10日早晨，造反派强令薛鸿达参加集体跑步，然后又逼着他跑上三楼。薛鸿达面色苍白，呼吸急促，挣扎着进了门，又被强迫面向毛主席像，低头请罪，最后他重重地栽倒在地面上……表弟的惨死，让曹鹤荪伤心不已，多少天寝食难安。他惦念弟妹钱庆五和孩子们，那个年月，曹家和薛家的孩子都戴着“可以教育好的子女”的标签，到北大荒插队落户去了。钱庆五被红卫兵折磨得腰椎摔伤，病情越来越严重，要回上海医治又没有路费。曹鹤荪闻讯悄悄去看望她，把三百元钱塞到她手里说：“快去上海看病吧！”说罢匆匆离去，消失在昏暗的文庙街。
六、老骥伏枥，志在千里
1970年夏，哈军工被无情肢解，主体部分奉命南迁长沙，建立长沙工学院。上面的精神是“去长沙的人员必须纯而又纯”，没有被平反的“资产阶级知识分子”曹鹤荪的问题还在那里“挂着”，自然是属于不纯之人，只能滞留在哈尔滨留守处。一身傲骨的曹鹤荪似乎忘了乱世的纷乱喧嚣，他组织三个年轻教员，合作编纂《英汉航空与航天技术辞典》，自任主编。这是一件常人难以承受的艰巨浩繁的文字工作，可老先生心如止水，乐在其中，一丝不苟。他常跑哈尔滨外文书店，自费2000余元陆续购买了多种字典、词典。有一回买了一部《韦氏大字典》，那大字典重得像块大石头，他吃力地扛着抱着走不动路，幸好路遇一个好心人，推着自行车，帮他把大字典送回家。
编纂辞典工作长达七年，曹鹤荪不顾血压高，每天埋头在数不清的条目卡片堆中，夜以继日地伏案工作。功夫不负有心人，该辞典于1976年得以付梓出版，1978年获全国科学大会奖，老先生为中国的航空与航天事业填补了一项空白。
后来长沙工学院的负责人也想把学贯中西的教育家曹鹤荪调来，可老先生不愿意去。儿子问他为什么不去长沙工学院工作，“没法干！”他头也不抬地说，“交白卷都能上大学？听说毛远新还把那个‘白卷先生’捧成英雄，真是天大的笑话！不过，我相信我们的社会总要变化，不会总是这个样子！”
1976年1月，被推举为湖南省政协委员的曹鹤荪偕夫人薛任南下长沙开会，其间他到学院走走看看，如果学校形势好，他就想留下来，不回哈尔滨了。然而学院负责人的一席话让他大失所望：“看来，朝阳农学院的办学经验我们还是要学的。”曹鹤荪心里一惊，就是毛远新通过“反潮流英雄”兼“白卷先生”张铁生鼓吹的那个“朝农经验”？就是“要和17年反革命修正主义教育路线对着干”的“朝农经验”？要学这种经验，那长沙工学院可就完了，对不起，我可是讲“马尾巴功能的”资产阶级知识分子啊。
曹鹤荪神态自若，他告别哈军工的老朋友们，又偕夫人回到冰天雪地的哈尔滨。
“四人帮”垮台后，随着春回大地，冰雪融化，滞留在哈军工大院留守处的老教师们恍若隔世，表情都明朗起来。曹鹤荪在感慨人生无常、世事沧桑中改变了初衷，表示愿意南下了。
1978年春，学院再次恳请曹鹤荪南下，他不慌不忙，先到长沙看了看，等中央文件下达，国防科技大学正式成立了，他才举家南迁。
张衍校长主政国防科大，任命曹鹤荪为国防科大副校长兼训练部部长，主管全校教学工作。老骥伏枥，志在千里，曹鹤荪重振昔日风范，重新走上工作岗位。他仍是双肩挑，既是校领导，又是带研究生的博导。他领导的导师组严格执教，为了选好研究课题，他亲自在北京奔波调研，天气炎热加之劳累过度，老先生病倒了，住进医院。随着学校培养方向的变化，曹鹤荪提出理工结合的专业设置思想，提倡编写高水平的教材。他负责抓研究生的培养工作，制定了一套规章制度，获得国家教委的好评。
1984年1月，曹鹤荪光荣地参加了中国共产党。
1985年，在瑞典斯德哥尔摩召开的国际宇航科学院建院25周年纪念大会上，他被提名并当选为国际宇航科学院院士。
虽年逾古稀，曹鹤荪仍远涉重洋，出国考察。1985年去美国拓宽对外交流渠道。1986年独自一人去法国土鲁兹参加空间研究委员会会议和国际宇航科学院会议，深夜散会，没有汽车，老先生冒着严寒，步行十多公里才回到宾馆。在此期间当地报纸以显着的位置刊登中国科学家曹鹤荪的照片。
晚年的曹鹤荪在研究高超音速空气动力学、稀薄气体动力学和计算流体力学方面，为中国航天飞行器空气动力学的发展做出了自己的贡献。
1998年10月29日晚，久病不起的曹鹤荪教授驾鹤西去，享年87岁。
一生，其君子之风，学养之厚，都是后来者难以企及的。他是名副其实的学林骄子、一代名师。从陈赓把他请到哈军工之时，他就是陈赓教育思想的实践者之一，是哈军工精神的播火人。他一生致力于科技人才的培养，高度重视学术梯队的建设，治学严谨，寓爱于严，为人师表，身体力行。坚持寓德育于教学之中，“业精于勤，学成于思”，是他几十年治学的座右铭。十年浩劫中，一身傲骨的曹鹤荪，气节如虹，在哈军工传为佳话。
曹鹤荪逝世之后，遵照他生前遗嘱，骨灰撒入湘江，他的英灵将与滔滔江水永存。