（三）建立奖惩制度
在政府管理中特别是对干部的管理中建立严格的奖惩制度，实现赏罚分明，能起到很好的惩戒作用和激励作用，有助于形成良好的行政风气。1951年，周恩来在政务院第109次政务会议上再次提出：按级检查工作，必须继之以有奖有罚。现在监察委员会已在行使职权，但也有行使不力的，例如对某些错误人员只是草率地说“已予以批评”、“等待思想觉悟”等，使严肃的监察工作流于庸俗化。周恩来的这些主张表明了他对建立奖惩制度的重视，对监察工作中存在的检查不力、流于形式等现象的不满。
新中国成立初期，对工作人员的行政处分一般采用的是警告、记过等，对工作人员的奖励一般是口头表扬。当时对干部的奖惩制度还很不规范。1952年根据周恩来的指示精神，邓小平副总理审核签发了《关于国家工作人员行政处分批准程序的通知》。这个通知规定了对机关工作人员进行行政处分的执行主体是机关首长，同时还列举了不同处分形式的执行主体。通知还明确了对国家工作人员行政处分的主管机构：各级国家机关工作人员的惩戒案件，分别由各该级人民监察委员会（包括专署人民监察处）和各该部门的监察机构负责管理；未建立监察机构的部门，由管理人事工作的单位负责管理。
1956年5月，国务院常务会议讨论了监察部起草的《国务院关于国家行政机关工作人员的奖惩暂行规定》草案。周恩来在会上明确指出：开除工作人员应该严格控制，应该分清性质，予以不同的处理，大体应分四种类型分别对待。周恩来还谈到国家监察机关处理奖惩案件的范围及与各部门的关系，并就“提议”、“交议”、“审议”、“复议”四种审查程序做出说明。该草案经协商修改后，于1957年10月由第一届全国人民代表大会常务委员会通过，周恩来签署命令颁发实行。该规定将奖励分为：记功、记大功、授予奖品或者奖金、升级、升职、通令嘉奖6种；纪律处分分为：警告、记过、记大过、降级、降职、撤职、开除留用察看，开除8种。规定还对纪律处分的权限加以明确说明，尤其对国家监察机关管理奖惩工作的范围做了规定。作为新中国制定的第一部结构完整、规范性较强的干部奖惩文件，它对干部奖惩的种类、奖惩办法、奖惩权限及奖惩程序等做出了比较系统完整的规定。体现了赏罚分明的干部管理原则。
（四）建立健全保密制度
民主革命时期周恩来长期领导地下斗争，非常重视党内的保密工作。新中国成立初期，帝国主义国家为了颠覆我人民政权，千方百计刺探我国家机密。同时，在机关工作人员中由于缺乏保密教育，丢失文件，泄露机密的现象屡有发生。周恩来为了国家的安全，把保守国家机密的工作作为政权机关建设的一个重要环节来抓，在工作中一再强调保密工作的重要性。1953年5月9日周恩来致电李富春：“国内在经济宣传上经常发生保密的界限问题，即何者可以公开宣传，何者应当严守秘密，因缺乏经验，很难判断。随着有计划建设时期的到来，工业生产和基本建设日益发展，此一问题就日益严重而迫切需要加以解决。”
在周恩来的重视和领导下，1950年2月政务院第20次政务会议通过了《政务院关于各级工作人员保守国家机密的指示》。同年6月，政务院对各级机要的定员、密码方针、密码的颁发等作了规定。同年9月，周恩来又签署了《政务院关于军政要电利用有线电路传递的通令》，规定一切军政要电均交由电讯局利用有线电路传递。
翌年3月，政务院制定了《保守国家机密暂行条例草案》，三个月后政务院第87次政务会议正式通过了《保守国家机密暂行条例》，由政务院总理周恩来签署颁布。这是我国制定的第一个全国性的保密工作行政法规，对加强我国的保密工作管理起了重要作用。暂行条例对国家机密的基本范围做出列举；要求各级人民政府和各武装部队均需成立保密组织，负责领导保密工作；并对保密教育、保密人员审查工作、国家机密的管理与检查制度等内容加以规范。为加强对保密工作的领导，政务院第87次政务会议上决定各级政府设立保密委员会。中央政府于1951年7月成立了政务院保密委员会，主任由政务院秘书长李维汉担任，副主任由刘景范、屈武、周荣鑫担任。该委员会在周恩来的直接领导之下，制定了一套国家机关行政人员的保密制度。
周恩来不仅在保密制度建设上发挥了重要作用，同时带头执行，并监督领导干部和机关工作人员一起执行。1964年10月16日，我国第一颗原子弹爆炸试验获得成功。核试验前夕，周恩来在紫光阁主持召开重要会议。在张爱萍副总参谋长刚准备离去时，周恩来堵住了张爱萍的去路，关切地询问他身上带走核试验的文件没有？
在得到张爱萍没有带的回答后，他仍要求张爱萍再搜一搜口袋，看里边有没有纸条。
最后看张爱萍确实没带走任何文件，周恩来才如释重负地说：“保密无小事啊！你邓大姐是老党员、中央委员，她就不知道我们要搞核试验，我从不对她讲。”原子弹研制成功与否关系到国家安全和人民利益是否能够得到保障，意义重大。周恩来对这一关系重大的科技尖端工程保密工作的高度重视，是确保该工程的顺利进行和最终成功的不可或缺的因素之一。
除了上述干部管理的制度建设之外，周恩来还领导制定并实施了关于政府公文的行文关系的规定。
中央政府成立后，行政管理部门日渐增多，所处理的行政事务日趋复杂。在这种情况下，行政公文的处理也成为日常行政管理中的一项重要工作，如何根据行政部门具体的组织设置情况来规定行文关系？如何在各部门之间形成有效的公文流转规范？如何避免文件变成无头文件或文件不知该往哪里送之类的问题？就需要建立一套合理的行文关系，以便于领导机关对其所属的各部门、各地区工作的有效领导和管理。1951年周恩来领导制定了《公文处理暂行办法》和《政务院与所属各部门及各级人民政府行文关系的暂行规定》。前者规定了我国行政公文为7类12种，统一了政府机关干部公文撰写的形式，后者则对政务院与各行政机构之间就批复、抄送、请示、联合请示等公文处理方式和行文关系做出明确规定，如：“各委报政务院的事项批复委，有关各部、会、院、署、行的，抄送该关系部门。各部、会、院、署、行直接报政务院的事项直接批复，有主管委的，同时抄送主管委。”
为使公文制作规范化，1953年9月7日周恩来签署了《政务院关于清理现行调查统计表格及禁止乱发统计表格的指示》。《指示》指出：调查统计是建立计划经济的重要工具，但一些单位滥发统计表格，干扰了工作的正常进行。要求建立制度禁止乱发调查统计表格。随着国家经济建设的发展，国家机关公文中特别是经济、财政部门的公文使用数字和表格的情况日益增多，传统的行文格式已不适应实际工作的需要。1955年国务院秘书厅根据周恩来的指示，提请国务院常务会议讨论通过了《关于改变国家机关公文用纸格式的报告》，决定从1956年2月1日开始将公文印刷排版改为横排，以上这些规定和指示，提高了机关干部公文处理质量和行政效率，奠定了机关干部日常工作规范化的基础。
第二节 重视对干部队伍的教育和培训
一、周恩来对加强干部教育培训问题的总体思考
新中国诞生之初，政务院及其所属机构的大量工作人员成分复杂，文化水平和政治素养不一。既有长期参加革命工作的坚定干部，也有原国民党政府的旧职员，还有从旧社会中来的知识分子。当时国家的基层干部不但人员缺乏，而且现有干部文化水平普遍较低。政务院迫切地感到需要抓紧培训和迅速提高广大干部的思想理论水平、专业技术水平和文化素质。
针对当时政务院干部存在的问题，周恩来在1950年3月政务院第25次政务会议讨论政务院所属各部门机构、编制时分析道：我们现在的干部有两种：一种是旧职员，不懂或不熟悉政策，一种是熟悉政策的干部，可是有许多人文字又不通畅。这在草创时期是不可避免的。要给他们以锻炼和培养的机会。他以他直接主管的外交部为例说：外交部为了提高干部的工作能力，开部务会议的时候各司长要参加，有关的科长也要列席，借此机会，让干部多了解政治情况和熟悉业务，提高他们的工作水准。又说：在日常办理公文，一般性的公文，可由下面的干部起草，如办不好，领导应提出意见退回叫他再办，或者由科长办了拿给他们看看。对于有关政策性的公文，由负责首长自己起草。总之，对于工作人员要多加教育培养，使他们的业务工作水平不断提高。有的干部，如果文化水平大低，长期待在行政机关内也会耽误事情，不如让他们转入劳动中去或者其他工作中去。
新中国成立初期，加快加大干部培训，提高干部的思想素质和文化水平，适应国家建设的需要成为了亟待解决的问题之一。周恩来对当时行政干部的素质和能力之不足有充分的认识，对现实中缺少合适行政干部给行政工作带来的危害有深刻分析，并将干部教育和培训的工作放在了重要位置来加以安排。他指示为培养国家建设需要的有充分政治觉悟和文化知识的干部，政务院应采取三种形式来培训干部：“第一，大规模地提高现有干部（主要是工农出身的干部，包括人民解放军的干部）的文化水平，为他们举办工农中学和工农文化补习班，或者吸收其中具有适当条件的人到各种高等学校和中等学校。第二，大规模地训练旧公务人员和知识分子，使他们在较短期间抛弃旧的错误的政治观点，取得新的为人民服务的观点。第三，有步骤地改革现在的高等学校和中等学校，使他们能够适应人民的需要。”如何提高干部的政治、业务和文化素质，将干部培训教育工作做好？周恩来对此问题有整体思考和筹划。他认为，为了搞好培训工作，首先要抓好规划，确定培养目标，按照规划有步骤地开展工作。在对外交部干部培训工作的指导中，充分体现周恩来的这一主张。1954到1955年日内瓦会议和万隆会议后，新中国国际地位不断提供高，当时估计在未来的十几年内将有一大批国家同我国谈判建交，这就需要大量的相关外交干部。周恩来指示外交部制定干部培养规划，根据工作需要确定培养目标，在普遍提高全体干部政治、业务素质的同时，有针对性地重点培养新人，要特别重视对年轻干部和女干部的培养，大胆提拔德才兼备干部，造就一批高级翻译、专家、笔杆子。根据周恩来的指示，外交部于1955年制定了《培养外交干部十二年规划》，第二年又根据形势发展修订了《培养外交干部七年规划》。以后又制定了以补齐语种为目标的《十年规划》，培养翻译的三年规划等。这些干部培养规划的实施，为新中国外交事业的发展储备了人力资源。
周恩来的干部教育与培训思路具有针对性和灵活性的特征。根据干部的具体情况和特点安排教育培训的方式和时间。他强调对干部的教育和培训要实事求是地灵活地设置学业长短，设置的标准就是要将国家建设需要与干部特点结合起来考虑，充分体现其干部培训思想的灵活性和实用性。1950年周恩来在《关于举办工农速成中学和工农干部文化补习学校的指示》中指出“工农速成中学修业年限暂定为三年，必要时得延长之，其课程相当于普通中学的基本课程。工农干部文化补习学校修业年限暂定为二年，必要时得延长之，其课程相当于完全小学的基本课程。这两种学校的课程内容均须力求精简，使之切合国家建设的需要及工农干部的特点。”1952年3月31日，周恩来在其署名发布的《关于整顿和发展中等技术教育的指示》中指出，面对国家建设所迫切需要的中级和初级技术干部的问题，中等技术教育的发展“在办学方针上，必须掌握革命建设初期的特点，采取革命的办法。除整顿和发展正规的技术学校外，还应根据实际需要举办各种速成性质的技术训练班，或在各工矿企业和农场中以及各技术学校中附设各种业余性质的技术补习班或训练班，务使正规的、速成的，业余的各种技术学校或训练班得到适当的配合发展。”对于外交领域的干部，周恩来在50年代中期还提出了科学的培训与实践锻炼结合的“三三制”的构想，即：三分之一在国内，三分之一在国外，三分之一储备培训，并通过挂职锻炼、出国学习、脱产进修、社会实践等形式提高干部素质，确保国内外干部轮换制度化。