中华人民共和国第一届中央政府与此前和其后的历届政府相比，是一个容纳了最多爱国民主党派和各界进步人士的，高素质、高效率、精明强干的政府。在周恩来的精心安排下，各民主党派主要负责人、社会知名人士多被安排进了中央政府及地方各级领导机构。从当时中央人民政府最高领导层看，6名副主席中就有3人（宋庆龄、李济深、张澜）是党外人士。在中央人民政府的56名委员中，党外人士2７名，所占比例近50%。政务院的人事安排也充分体现了这一特点。在政务院4名副总理中，党外人士2名（郭沫若、黄炎培），比例达到50%；在15名政务委员中，党外人士9人（谭平山、章伯钧、马叙伦、陈劭先、王昆仑、罗隆基、章乃器、邵力子、黄绍），比例达到60%。
周恩来精心建立的政务院及其所属机构的大量工作人员，主要由三部分人组成：
一是长期参加革命工作的老同志，二是原国民党政府的旧职员，三是在旧社会被埋没的知识分子和新教育出来的青年学生。对国民党政府机构的工作人员，除少数市政公用部门、卫生部门等机关人员外，对行政、司法、军事、警察等军政人员一般不依靠他们来进行工作。对此，周恩来特别说明：“政府正在草创中，政权机关需要很多人工作。这三部分人各有长短，希望大家团结起来，取长去短，加强思想意识和工作作风的修养，搞好工作。各部门用人都要照顾到这三个方面。”
周恩来对新中国第一届中央人民政府及其政务院各部门领导职务的人事安排，呈现出以下三个基本特点：
第一，确保中国共产党在政权中的领导地位。这主要通过中共领导人在最高行政机关中担任重要行政职务来实现。除周恩来担任政务院总理外，政务院4个委30个部级机构中由中共党员担任正职的行政职务达到19个，分别是：政法委主任、财经委主任、内务部部长、外交部部长、公安部部长、财政部部长、贸易部部长、重工业部部长、燃料工业部部长、纺织工业部部长、食品工业部部长、铁道部部长、劳动部部长、情报总署署长、海关总署署长、新闻总署署长、人民银行行长、法制委员会主任委员、民族事务委员会主任委员。
第二，吸收民主人士参加，建立中共领导的民主联合政府。对民主人士如何进行平衡、安排是一件极其复杂的事情，周恩来为此做了大量的协调工作。有关民主人士的任职名单，大多是由周恩来提出报中共中央决定，再同各民主党派反复协商后正式任命的。经慎重酝酿、仔细斟酌，各民主党派主要领导人和无党派民主人士的代表人物，大都被安排进了中央政府及其所属各机构。政务院的人事安排即充分体现了这一特点。在政务院4个委30个部级机构中，担任正职的党外人士15人，比例达到44%。其所担任的职务分别是：文化教育委员会主任、人民监察委员会主任、轻工业部部长、邮电部部长、农业部部长、交通部部长、林垦部部长、水利部部长、文化部部长、教育部部长、卫生部部长、司法部部长、华侨事务委员会主任、科学院院长、出版总署署长。关于政务院的这一人事安排，周恩来曾指出：“根据中央人民政府委员会的意见，3个指导委员会扩大了，这样可以容纳各方面的人士，以便集思广益，并且还可以将政府的方针政策宣传到各方面去。政法委，国民党革命委员会的人士参加的较多；中财委，民主建国会的人士参加的较多；文教委，民主同盟及无党派民主人士参加的较多。”
集中体现这一人事安排特点的是政务院参事室的设立。毛泽东在建国前就提出过在政府中设置参事室的想法。他曾在上海解放前夕电示华东局领导，在上海解放后应“设立某种咨询机关，例如参事室”，以招揽更多的上层民主人士。新中国成立后，按照《中央人民政府政务院组织条例》的规定，政务院于秘书长之下设立秘书厅、参事室、人事局、预算室4个部门。其中，政务院参事室的职掌事项包括：关于政策、政令、法案等研究及草拟事项；关于政务院所属各委、部、会、院、署、行呈院有关政策、法令、规章之专案审议事项；关于政策、政令推行实况之调查研究事项；关于政务院与所属各委、部、会、院、署、行之间工作联系事项；关于总理临时派遣或交办事项。1949年10月22日政务院第3次政务会议首批任命了政务院参事32名，他们都是长期与中共合作的民主党派、无党派高层人士，以及起义、投诚的原国民党高级军政官员。参事室为民主人士参政开辟了一条通道，按照定则，参事们轮流列席政务院会议，审议法规，会签各部委上报政务院的报告，调查研究政策法令的推行情况，对政务院的建章立制、公文起草、审核和运转发挥了建设性作用。
第三，交叉任职及兼职现象较为普遍。由于政权创立之初领导干部和各方面专业人士比较紧缺，因此政务院中交叉任职及兼职现象较为普遍。按照《中央人民政府组织法》的规定，政务委员可以兼任各部部长及委员会主任，但部长和主任委员不一定是政务委员。在政务院15名政务委员中，有9人兼任了部长和委员会主任职务，分别是：谭平山兼任人民监察委员会主任、谢觉哉兼任内务部部长、罗瑞卿兼任公安部部长、薄一波兼任财政部部长、曾山兼任纺织工业部部长、滕代远兼任铁道部部长、章伯钧兼任交通部部长、李立三兼任劳动部部长、马叙伦兼任教育部部长。此外，还存在一身兼数职的情况。比如，政务院总理周恩来同时兼任外交部部长，政务院副总理陈云同时兼任财经委员会主任和重工业部部长，1950年4月召开的中央人民政府委员会第6次会议任命李富春为政务委员兼财经委员会副主任、重工业部部长，财经委副主任薄一波同时兼任财政部部长，文教委主任郭沫若同时兼任科学院院长等。
四、中央人民政府下辖政务院的二级政府体制分析
新中国诞生后，中国共产党作为执政党，对国家政权的领导主要体现为政治领导，既确保中共的领导地位，同时又支持政府在行政范围内独立行使职权。在新生的人民政权创立阶段，周恩来作为政务院总理兼外交部长、中共中央副主席、全国政协第一副主席、中央军委常务副主席，在新中国行政体制的确立、完善及其运行过程中发挥了他人无可替代的重要作用。由周恩来精心筹备的第一届中国人民政治协商会议直接产生了新中国第一届中央政府，由他直接领导制定的《共同纲领》和《中央人民政府组织法》、《中国人民政治协商会议组织法》等几个纲领性文件为新中国中央政府的成立提供了基本的组织框架，并对国家政治制度及最高国家权力机关和最高国家行政机关的归属及其相互关系做出了明确规定。在这些重要的纲领性文献指导下，新中国成立了中央人民政府下辖政务院的二级政府体制。关于中华人民共和国中央人民政府和政务院的各自职责范围以及各自在国家政治生活的地位我们可做如下进一步的分析：
首先，新中国成立之初的中央人民政府委员会是国家的最高权力机关。
按照《共同纲领》规定，中央人民政府委员会是新中国成立时期的最高国家权力机关，这与1954年宪法颁布后中央人民政府（即国务院）的概念不同。《共同纲领》时期的中央人民政府是由中央人民政府委员会及其下属的政务院、人民革命军事委员会、最高人民法院及最高人民检察署共同组成的。从机构间的统属与相互关系来说，政务院与其他三个国家机构都隶属于中央人民政府委员会之下，在中央人民政府委员会和中央人民政府主席领导下，各司其职，各负其责，为互不统属、相互平行的关系。中央人民政府委员会及其下属的政务院都是中央人民政府的重要组成部分，但其本身并不是也不能构成为中央人民政府。
从中央人民政府委员会的产生来看，按照《共同纲领》等几个纲领性文件中的规定，在普选的全国人民代表大会召开前，由中国人民政治协商会议的全体人员执行全国人民代表大会的职权，制定中央人民政府组织法，选举中央人民政府委员会，并赋之以行使国家权力的职权。此项规定具有以下两层涵义：
第一，在普选的全国人民代表大会召开以前，由政协全体会议代行全国人民代表大会的职权。关于其代行的职权内容，按照《中国人民政治协商会议组织法》的规定，包括：制定或修改中央人民政府组织法；选举中央人民政府委员会，并赋之以行使国家权力的职权；就有关全国人民民主革命事业或国家建设事业的根本大计或重要措施，向中华人民共和国中央人民政府委员会提出决议案。但是，当中国人民政协全体会议闭幕后，中央人民政府委员会已经选举产生，政协全体会议选出的全国委员会即成为国家政权外各党派、各人民团体的协议机关，不再代行国家最高权力的职能。
第二，中央人民政府委员会选出后，即被赋予以行使国家权力的职权，它开始履行最高国家权力机关的职权。对此，周恩来曾明确指出：“根据我们民主集中制的组织系统，在人民代表大会闭幕期间的最高权力机关，是中央人民政府委员会。”从中央人民政府委员会行使的职权来看，它也完全符合最高国家权力机关的职权要素。包括立法权、决定权、监督权和任免权等在内的属于国家的一切权力都由中央人民政府委员会统一行使。任何其他机关地位都在中央人民政府委员会之下，接受它的领导和监督。按照《中央人民政府组织法》的规定，中央人民政府委员会对外代表中华人民共和国，对内领导国家政权。对此，董必武在关于《中央人民政府组织法》的报告中指出：组织法中“所规定的中央人民政府委员会的职权，各国宪法多规定为国家元首的职权”。1949-1954年间由中央人民政府委员会享有的各项职权，在后来的宪法中，主要都是全国人民代表大会享有的权利。
由此可见，由中国人民政协全体会议选举产生的中央人民政府委员会，是最高国家权力机关，同时也是新中国的国家元首。需要说明的是，由于新中国成立之初，国家各项制度都处于草创阶段，中央政府在华北人民政府基础上组建完成，一定程度上沿袭了华北人民政府的组织结构及其特征，中央人民政府委员会与政务院存在一部分职权重叠，国家权力机关也分担了行政机关的部分职能。
其次，政务院是新中国成立初期的最高国家行政机关。
在《中国人民政治协商会议共同纲领》和《中华人民共和国中央人民政府组织法》、《中国人民政治协商会议组织法》几个纲领性文件中，并未出现“最高国家行政机关”的提法。《中华人民共和国中央人民政府组织法》中关于政务院的正式表述是：“中央人民政府委员会组织政务院，以为国家政务的最高执行机关”，并明确规定“政务院对中央人民政府委员会负责，并报告工作。”
虽然从文字表述上看，这几个纲领性文件中没有像1954年宪法中那样的关于国务院是“最高国家行政机关”的明确规定，但在政府组织法起草过程中却多次对政务院“最高国家行政机关”的界定有所涉及。例如，董必武作为政协筹备会政府方案组组长，在小组会议上作《政府组织纲要中的基本问题》的报告，就最高国家政权机关及其组织原则提出了初步意见。他指出：“在人民代表大会召开前由新政协产生政府，将来是人民代表大会产生政府；中央人民政府委员会是最高政权机关，政务院是最高行政机关。组织法起草小组在其通过的对政府组织法基本问题的最后决议中提出，最高行政机关可称为国务院或其他适当名称。”
关于最后采用政务院而非国务院的名称，董必武亦在其报告中阐明：“关于政务院的名称，原来有人主张用国务院，但国务院包括军事，不太合适；有人主张用行政委员会，但中央人民政府委员会是委员会，最高行政机关下还有指导性的委员会一级，其下还有各种委员会，这样名称容易混淆。至于部长会议或部会长会议也不合乎我们的实际，在我们的最高行政机关中，部长不一定是政务委员。所以最后我们仍采用了政务院的名称。”由此可见，之所以采用政务院的名称，主要是基于对政务院所行使的职权中不包括军事内容的考虑，但对政务院即最高国家行政机关的定位是十分明确的。
此外，判定政务院是否是最高国家行政机关的关键在于它行使什么样的职权。
通过将1949年的《中央人民政府组织法》与1954年《国务院组织法》中关于政务院和国务院的职权规定进行对比，可以看出，两者都规定了政务院或国务院的提案权、统一领导各级地方人民政府的工作、发布决议或命令、任免官员等行政基本职权。但政务院的职权范围小于国务院，最明显的是不设国防部，而是设人民革命军事委员会，它和政务院地位平等，都归中央人民政府委员会领导。通过上述对政务院名称与职权的分析，我们可以看出新中国成立初期（1949-1954年）政务院不但是最高国家行政机关，而且事实上也行使着最高国家行政机关的职权。