1.负笈金陵
1946年9月，章开沅进入南京金陵大学。
金陵大学是中国创办最早、影响较大的教会大学之一，有“北有燕京，南有金陵”之誉。早期金陵大学的校领导和师资均以外国人为主，1927年受非基督教运动的冲击，外籍教职员全部撤走，留校学生仅100人左右。校长包文(A.J.Bowen)正欲辞职返美，而南京国民政府颁布法案，要求教会大学向国民政府立案，并且校长必须由中国人担任，时任文理学院院长的陈裕光随即出任校长，这是金陵大学第一次由中国人担任校长。陈裕光领导金陵大学期间（1927—1951），学校顺利实现了“中国化”，而且校风优良，农学、化学、社会学、历史学、教育学、电化教育等多门学科得到发展，英才迭出。
作为复员军人，章开沅享受保送升学的优待。最终选择金陵大学，有两方面考虑：一是金陵大学农经系闻名遐迩，而自己原本在会计专修班学了一些经济学方面的课程，也看了不少相关书籍，稍有若干基础，想在农经系继续深造；二是打算将来学有所成后，从事农村调查与农业改良工作。但事与愿违，章开沅接到的却是历史系的入学通知书。原来，他在入学笔试时，语文成绩非常出色，文笔流畅老练，金陵大学历史系老师当即看中他扎实的理论和写作素养，特意录取他在历史系学习和深造。
酷爱文学的章开沅入校之初有点“三心二意”，并未树立史学专业理想，特别想当一名跨马佩枪、文武双全的战地记者。然而，他在金陵大学收获的人生第一个起点，却是历史系的几位恩师给他开启了通向史学研究道路的大门。
对章开沅影响最大也最为深远的是美籍业师贝德士（Miner Searle Bates， 1897—1978）。贝德士不仅是一名传教士教育家，也是一位受过良好训练的历史学者。曾在牛津和耶鲁学习和深造，精通近世欧洲史与英国史，也熟悉中国史、日本史、印度史、俄国史和美国史，对政治学和社会学也有所涉猎，除母语外，还谙习法文、中文、德文等多门语言。1921年秋，贝德士在金陵大学政治系正式执教并兼任系主任，1924年历史专业从政治系脱离，独立成系，他担任历史系主任，为历史系的创建与发展竭尽心力。贝德士的教学侧重于中国传统史学所轻视的近现代史，开设的主要课程有《国际关系学》、《世界通史》、《历史方法论》、《俄国史》等，兢兢业业，一丝不苟。对苏联历史颇感兴趣的章开沅选修了贝德士的《世界通史》和《俄国史》，每次听课他都如沐春风，仿佛自己已溶入到浩瀚的历史长河。他还“现买现卖”，应原九中同学周承超邀请，利用课余时间担任南京一所私立中学的代课老师，给学生上了一个学期世界史课程，这可以看作是章开沅从事历史教学的发端。贝德士对学生要求甚严，经常给他们布置参考书和读书报告，报告写得不好的，必定退回重写，学生在这种严谨的训练中养成了良好的学风。他还常常利用周末举行家庭茶叙，轮流邀请学生到家里做客，与学生亲切交流。这对学生而言，不仅是史学的第二课堂，还借以训练了英语口语表达能力。让章开沅深为感动的是贝德士夫妇的乐于助人以及开明的教育理念。当时，章开沅正热衷于印第安人文学，而金陵大学图书馆并没有这方面的书籍，贝德士夫妇得知后，不仅没有批评他不务正业，反倒对他独立寻求新知的勇气大为赞赏，并设法帮他办理了美国新闻处和英国文化委员会的图书借阅证。
1946年至1948年内战激化、学运高涨，章开沅和其他一些进步学生都被卷入革命潮流，经常办进步墙报或参加集会、游行而未能专心于学业，贝德士为此感到忧心，曾在家信中有所表述。1950年贝德士永远离开中国，回到美国在纽约协和神学院任教，1965年退休后全身心投入到《基督徒奋进在华五十年》的繁重撰写工作中，直至1978年猝然病逝。贝德士遗留下一大批珍贵文献，包括《基督徒奋进在华五十年》这一书稿的部分章节、工作笔记和南京大屠杀期间的日记等，这些珍贵的资料被统称为“贝德士文献”。师恩难忘，师德永记。1988年，已逾花甲之年的章开沅在耶鲁大学神学院图书馆无意间发现业师遗留的这批文献，冥冥中感觉到一种责任和希冀，毅然开始研究南京大屠杀和教会大学史。2007年8月底，章开沅在英国牛津访学一个月，追随贝德士老师的足迹，参观了当年贝德士在圣约翰学院学习与生活过的旧址，并把自己整理和保存的“贝德士博士与牛津”相关重要文献赠予其母校牛津大学。“我们终于把贝德士老师特别是牛津史学与金陵史学之间的渊源关系带回牛津了。”章开沅在完成这一夙愿时，发出由衷的慨叹，他希望后代学人能永远记住这位为中国近现代史学科乃至整个中国做出诸多贡献的好老师。
陈恭禄（1900—1966）是另一位对章开沅影响深刻的好老师。他是贝德士的早期得意门生，在学术上已有大成，课堂上摒弃灌输式传统方法，注意培养学生分析和解决问题的能力。同时，主张学生要有广博的基础知识，不能仅限于历史专业，还要广泛涉猎经济学、政治学和社会学等。他也经常劝勉学生遇到问题要虚心请教前辈，犯了错误要勇于承认，并且要坚信自己在新的研究领域必能做出成绩。陈恭禄是章开沅的指定导师，章开沅刚入学时，他帮助选课，但从不强迫，一般都遵从章开沅自己的爱好，师生关系极为融洽。陈老师在学业上孜孜不倦的追求精神和独特的教学理念都深深感染了章开沅。1954年，初为人师的章开沅多次通过信函向陈老师请教教学和科研方面的问题，陈老师当时已在学校频繁的政治运动中饱受批判之苦，处境艰难，但仍热心为他指点迷津。2010年，为纪念陈恭禄先生诞辰110周年，他的《中国近代史》重新出版，章开沅应其家人邀请撰写长序，实事求是地评价了陈老师在教育领域和学术研究领域的杰出贡献：“平心而论，陈恭禄先生是中国近代史学科草创时期重要的先驱者之一，他不仅培养了一批中国近代史学者，还撰写了好几部颇有影响的教材，这是他留给我们的一笔学术遗产，理应给以珍惜并从中吸取一些有益的治学经验，至少可以作为进一步完善中国近代史学科的参考。”
章开沅从历史系另外两位老师的授课中也收获良多。历史人类学家马长寿讲授社会学课程；从牛津大学进修归来的系主任王绳祖课余开设汤因比阿诺尔德·约瑟·汤因比（Arnold Joseph Toynbee， 1889—1975）。英国著名历史学家，人类文明批判家，其巨著《历史研究》被誉为“现代学者最伟大的成就”。的史学介绍讲座。章开沅或多或少接受若干西方新近史学思潮的影响，后来从研究辛亥革命开始就运用了社会学方法，以社会运动为整体对象，没有局限于个别人物与事件。1948年北大名教授向达随同运送故宫文物南下，并且在中央大学与金陵大学客座讲学。他带领学生参观一批已开箱的珍贵文物，并且亲自进行详尽讲解，也使章开沅大开眼界。
在这些良师的引导下，章开沅得到初步史学训练，同时把老师们这种开明而严谨的治学风格，无私关怀和提携后进的精神继承下来，并且又传授给自己的弟子。饮水思源，章开沅至今难忘母校的培育与引导。而原金陵大学的师友也以在史学领域卓有建树的章开沅为荣。1988年，金陵大学百年校庆，也恰逢陈裕光老校长94岁高寿，章开沅和其他校友重返校园，齐聚一堂，为母校和德高望重的老校长祝寿，王绳祖老师当着众人面，不无自豪地称赞章开沅是“金陵大学的骄傲”。2012年5月，南京大学（金陵大学于1952年并入南京大学。）110周年校庆，章开沅又被评为该校2012年十大杰出校友之一。
2.民主追求
面对国民党的黑暗统治，广大民众争取和平、反对内战独裁的斗争日益激烈，大学校园学生进步组织如同雨后春笋一般纷纷涌现。缘于教会大学背景，金陵大学中共地下党利用基督教团契形式来团结和教育有进步倾向的学生。章开沅所在历史系也有一个小型进步学生组织，名为爝火团契。它由十来个学生组成，属于读书会性质，平时成员把进步书籍陆续带进宿舍，互相传阅，自己写读书笔记，开会时再交流心得。章开沅入学不久，就被吸收参加了这一组织，他们一起学习马列著作如《国家与革命》、《列宁主义问题》，毛泽东的《新民主主义论》、《目前形势与我们的任务》、《论联合政府》以及《大众哲学》等普及性和通俗性的读物。章开沅由于此前已经读过一些马克思主义著作，所以在讨论会上往往成为主要发言者。他还是这个团契所办墙报《天南星》的主要撰稿人，团契负责人为他代拟一个“文封湘”的笔名。章开沅为《天南星》写了好几篇文稿，曾模仿马凡陀（即诗人袁水拍）的活泼风格，采用印第安古老歌谣《大白翅》(Big White Wing)的格律，写了一首题为《火车抛锚》的政治讽刺诗，因其内容和形式都比较清新而流传到校外，后来还有音乐系的学生想为它谱曲。校内学生非常喜欢看《天南星》墙报，虽然他们并不知道“文封湘”为何许人也，但对其作品多有佳评。
读书会有一个大皮箱，里面装满进步书籍。有一段时间，国民党反动势力监视、打击进步学生组织，读书会唯恐这些珍贵书籍被查获，便把箱子转移到章开沅的床底下，因为他有退伍军人身份，可在某种程度上起到掩护作用。章开沅二话不说，义无反顾地肩负起这个任务。“近水楼台先得月”，他有空就埋头苦读，很快就把一箱子书读完了。课余时间，他还在学校附近的书店广泛阅读进步书籍。此外，学生会举办的一些大型讲座，也促使他不断思考国家的命运与前途，如马寅初公开点名抨击蒋介石不懂经济，祸国殃民；梁漱溟讲人生哲学与乡村教育，大骂国民党独裁专制；罗隆基颇有英国海德公园议政风度，号召进步青年投身民主自由追求……
1948年8月，南京国民政府实行所谓币制改革，发行金圆券取代原来的法币，借以挽救濒临崩溃的危局。金圆券的发行，实际上是对全国人民又一次残酷搜刮，不仅关系到国民政府的统治延续，还直接严重影响到每个人的生计。读书会配合民主运动，立即举办一个小型座谈会，就金圆券发行的利弊展开深入讨论。因为章开沅发言比较中肯，公推他执笔写一篇题为《漫话金圆券》的时事评论。章开沅花费不少时日，棲身图书馆一角，认真了解金圆券的发行背景，充分利用他在会计专修班所学的世界经济史和货币学基础知识，剖析了金圆券的实际运作及其前景，指出国民政府的黄金储备远远达不到金圆券的发行数量，金圆券的发行实际是对民间资金的强取豪夺，必将迅速因为失去信用而严重贬值，从而导致物价进一步疯狂上涨，乃至整个社会经济的崩溃。墙报贴出后，引来很多人前来观看，连经济系有些师生都惊诧于论析的专业话语与切中要害，到处打听“文封湘”到底是谁。
同年秋，随着解放战争的推进，国民党反动统治元气尽失。一部分民主人士已从所谓“第三条道路”的幻梦中清醒过来，加入到共产党的革命洪流。但是仍然有一部分追随蒋政权的御用学者继续鼓吹“第三条道路”，而且在知识界并非完全没有影响。鉴于这一形势，读书会负责人曾宪洛（曾国藩后人，与地下党有直接联系）策划并组织了一场题为“中国向何处去”的大型辩论会，邀请“第三条道路”代表人物刘不同教授前来与学生面对面交锋。这场辩论会原本在一个只能容纳一百多人的教室里举行，没想到，热心的师生越来越多，只好挪到学校北大楼前宽阔的草坪上。刘不同是会上发言的唯一的老师，一贯以雄辩出名，从一开始就以滔滔不绝的气势给学生来了一个下马威。为了扭转被动局面，章开沅在读书会友人敦促下，从容不迫地用自己的话语把新民主主义革命道路阐释得明确而又清晰，顿时让刘不同的“第三条道路”高论黯然失色，旗帜鲜明地表达了众多进步学生的心声。这是章开沅在最终离开金陵大学前留给母校的一场大辩论。
通过参加进步组织和广泛阅读革命书籍，章开沅的思想逐渐升华，并且明确了人生的核心价值——把自己的生命全部奉献给人民解放事业。多年以后，他回忆说：“进金大以前，我虽然有两次因为反抗国民党思想压制而横遭学校开除的往事，但都属于少年叛逆性格使然，并没有多少政治思想内涵。直至到金大以后，经过参加群体性争取民主自由的大规模抗争以后，才真正明确了人生的意义与奋斗的目标。在两个政党、两条路线、两个中国之命运最后决战的关键时刻，经过比较冷静与理性的思考，如同千千万万其他进步大学生一样，我自觉地选择了马克思主义，选择了共产党，选择了新民主主义革命道路。”
3.奔向中原
辩论会后，章开沅和曾宪洛毅然决定中辍学业，投奔解放区，参加革命，并约好取道浙江四明山。可是，章开沅自此再也没有见到曾宪洛人影（后来得知他已到上海，不幸被捕），而且他俩出走的消息竟然不胫而走。章开沅为此忐忑不安。就在他踌躇万分时，一位姓罗的同学来到宿舍，表示愿意和他一起到解放区，他已经与地下党取得直接联络。紧接着，与章开沅同宿舍的王元圣以及政校另一位同学也要求同行。四人带上简单行李，悄悄坐船到达汉口。在双洞门铁路桥边停留几天后，经由地下党周密安排，他们乘坐运煤火车前往中共河南许昌市委报到。
经过一路颠簸和风餐露宿，四人终于顺利通过国民党封锁线，平安到达已经解放了的许昌。许昌市委热情接待了他们，并要求每人写份自传。随后市长又正式宴请并安排几位银行干部与他们座谈。解放不久的许昌非常缺乏人才，一听说南京来了几位大学生，好多单位都赶来要人。银行干部竟把他们当成金融专家，邀请他们到银行帮忙；邻近军分区看中他们的文笔，希望他们参与办边区报纸。何去何从，大家心里都没谱。许昌市委一位从中央大学来的新干部，建议他们先学习一段时间，提高认识并适应环境以后再正式参加工作。正好中原大学（1948年6月22日，河南开封第一次解放，解放区华北大学、华东军政大学、豫皖苏建国学院、华野随营学校在开封联合招生，河南大学师生踊跃报名，投身革命。1948年8月1日，刘伯承、邓小平以这批赴豫西解放区的近400余名河南大学师生为基础创办了中原大学，范文澜、潘梓年分任正副校长，由潘实际主持校务。）已迁至开封并大规模招生，著名历史学家范文澜是该校校长。章开沅在南京曾读过范校长的《中国通史简编》等著作，非常敬佩他的人品与学识。四人随即前往中原大学报名。
刘、邓领导的第二野战军是所有野战军中最艰苦的一支部队，住宿和生活条件都极其简陋。早先来的学员早已把大学宿舍住满，到校甚晚的章开沅一行四人只能和其他晚到学生住宿于利用清代考棚改建的简陋宿舍（国民党时期已作为马厩）。屋顶瓦缝很大，时值寒冬腊月，漫天雪花夹杂着刺骨寒风钻进屋内，使得冰冷的土炕更增添几分苦寒。棉被仅2.5斤，根本不足以保暖，学员们只好和衣而睡，次日早晨起来被褥上满是雪花，从头到脚仍然一片冰凉。章开沅脚已冻肿，鞋都穿不进去。伙食更为粗劣。为了不给新区民众增加负担，部队吃的多半是从东北长途运来的高粱面，途中因日晒雨淋而霉变，做成的窝头被大家戏称为“铁塔”（铁塔本为开封一古迹，在中原大学后墙外面，系陶砖砌成，以黯黑如铁得名。），黑而无味，而且冷了便坚硬如铁。另外，学校用水严重不足，唯一的水源是井水，因人员众多，井水尽量保证食用，早晨每个人只能用小瓦钵领一点连毛巾都打不湿的热水。至于洗澡，更是无从谈起。战乱给校园留下好多弹坑，雨后留有积水，学员就用这种碱性很重的水擦身，之后又用它洗涤衣服。
然而，艰苦的生活并没有消减革命热情，章开沅如饥似渴地认真学习，政治理论素养得到进一步提升，对共产党与中国革命的认识也有所加深。
中原大学把学生编成了20多个队，每队有100多人。入学伊始，学员一般要上四个月的政治理论课，主要课程有社会发展史、中共介绍和新民主主义论等，旨在改造学员的世界观。章开沅分配在第20队，任学习小组组长（每组有20余人），负责组织自学与讨论，课余还要协助学生会办墙报。20队队主任牟政非常欣赏章开沅的文笔和理论素养，有一次他让章开沅为20队结合学习中的重大争论办一期墙报，章开沅就针对若干思想困惑，刊登了一组简明易懂的评析，还配了一些名词解释，以求增进学员对课程的理解。不料引起全校关注，校领导安排其他各队前来参观。他还在校刊《改造》上发表了洋洋洒洒的《二十队墙报工作总结》，对各类墙报与宣传工作做了比较深入的探讨。
1949年初，中原大学有4个大队提前结业，正式参军，以配合即将到来的渡江战役。章开沅也恨不得立即奔赴前线，决战疆场。稍后，学校副教务长梁维直为全体留校学员作政治报告，课间突然提问：“你们现在最想干的是什么？”章开沅正好坐在第一排正中，不禁大声脱口而出：“打过长江去，解放全中国！”梁老师听后大乐，笑着说：“你们一心只想打仗，但是中央已经提前考虑建设新中国的问题，以后你们不一定都需要上前线。”听到这些话，章开沅心凉了半截。果然，1949年4月，20队结业分配工作，很多同学兴高采烈地奔赴前方，而章开沅与王元圣却被留校，分配到政治研究室中国革命史组。这个研究室是全校的教学中心，办公室兼宿舍是一座小巧的四合院。章开沅无心久留日复一日的学校工作。轰轰烈烈的渡江战役一经打响，他就向学校请战；此后解放军进军西南乃至解放海南岛，他都不断请战。可是屡次都未获得批准。原来，学校领导通过他为20队办的那一期墙报及总结报告，早就有意把他作为理论骨干留下，作为将来办新型正规大学的储备力量。
中辍大学学业、冒险投奔革命，却是如此结局，章开沅心里很不是滋味。研究室副主任李光灿委婉规劝说：“全国很快就要解放，我们理论战线的任务极为繁重，特别是中原大学即将为建设新中国正规人民大学做更大贡献。”研究室另一位资深成员也勉励他说：“别忘记这段啃窝头的艰苦岁月，将来回忆起来是一种光荣，一种幸福。”章开沅的思想逐渐通畅，他也确实珍惜这段燃情岁月，那床2.5斤的棉被后来随他南下带到武汉，一直用了十几年。
1949年5月，武汉解放，中原大学随军南下。经过大别山时，老区人民敲锣打鼓，用红旗、鲜花、鸡蛋、大枣热情款待这群穿着二野军服的准教员，章开沅深切体验到军民之间的鱼水情，同时更加坚定了献身教育事业的决心。1949年10月1日，中华人民共和国建立，举国上下一片欢腾，章开沅的人生道路也随之发生根本转变。他逐渐定下心来，开始走上史学教学与研究的道路。少年时代带有浪漫色彩的流浪文学梦和战地记者梦，乃至青年时代朝思暮想决战疆场的革命梦，都成过往云烟。