无锡国专有一位教员叫王子畏，主讲中国文学史，很欣赏冯其庸的才华，多次在课堂上称赞冯其庸的文笔真好，他用曹丕《与吴质书》中的“书记翩翩”来形容。他知道冯其庸家中贫困，看冯其庸写的字好，就让冯其庸刻写他的讲义：《中国文学史类编》，由学校支付费用，这对冯其庸经济上多少是一个弥补。但是此人是一个顽固的国民党党员，他见学生运动起来，就出面干预和反对。冯其庸本来跟他私人关系比较亲，但是见他干预学生运动，就觉得这是大是大非问题，不能容忍，不可接受。他认为学生对国民党的批判是有道理的，有根有据，对黑暗政治当然要反抗，因此他一定要站在同学一边。于是他就带了几个同学到王子畏的房间去，告诉他，“从现在开始，我不能再给你刻讲义了，我不赞成你反对我们学生运动的态度。我正式声明，以后我要参加学生运动，绝不会跟着你反对学生运动”。同学们都夸奖冯其庸在大是大非面前毫不含糊，可是把王子畏气得火冒三丈，他对冯其庸恨得牙根痒，总想找机会整治他。
1947年5、6月间，全国各地学生掀起了轰轰烈烈的“反饥饿、反内战、反迫害”运动。无锡社会教育学院和无锡国专的学生联合起来，声势更大了。冯其庸成了学生运动的骨干，每次活动都带头参加，于是也就更成了被国民党方面监视和打击的对象。王子畏在校务会上提出要把他开除，但好几位教授为冯其庸说话，一位叫俞钟彦，讲授诗歌的，别号“白门老兵”，跟国民党元老李济深关系特别好。他听说王子畏提出开除冯其庸，气得隔着大桌子拿起大茶杯就扔了过去，用南京话大骂，说：“学习这样优秀的学生你怎么开除呀？反国民党又不是反你一个人，我也是国民党员，比你资格还老呢，你管这些干什么？”还有一个年轻教师叫冯励青，是地下共产党员，紧跟着俞教授起来反对王子畏，说：“刚才俞老先生讲得非常好，我们做学问不要和党派连在一起，学生表达自己的意见，你又不是国民党当政的，管这些干什么？我们是个学校，不管政治。”主持校务会的是冯振心老师，也特别欣赏冯其庸的才华，本来就想袒护他，但不便说话，见俞老先生一闹，冯励青一讲，马上定调子，说不要开除了，就记两个大过、两个小过吧。按照规定，再加一个小过就会被开除。会后冯振心老师私下把冯其庸找了去，将会上的情况跟他讲了，说：“你不要计较两个大过、两个小过，只要不开除，你就能留下来读书。”
有意思的是，冯其庸在无锡国专前两年的两份成绩单有幸保存到了今天，“文字学”、“诸子概论”、“地理”、“杜诗”、“词选”、“中国文化史”等许多课程，他的成绩都名列前茅，而操行成绩却是“丙”，原因就是带头搞了学生运动。
到1947年底，冯其庸的处境更危险了。有一天，他突如其来地接到通知，叫他赶快离开无锡国专，说是无锡城防司令部的黑名单上有他的名字，马上要逮捕他了。可是到哪里去呢？有人提醒他，说他跟王蘧常先生有点交往的嘛，看能不能请王先生帮忙，转到无锡国专上海分校去。冯其庸就给王先生去了信，王先生很快回复了，叫他赶快去，不要犹豫，有什么具体问题去了再说。因为王先生知道国民党是不讲什么法律程序的，学生一旦列入黑名单，随时可能遭到不测。冯其庸接到信，立刻和另外两个同学悄悄地去了上海，顺利转入了上海分校。
3.学术钻研的乐趣
冯其庸从1947年底到1948年夏，在无锡国专上海分校前后有半年多。暂时离开了无锡的学生运动，这一段时间过得比较平静，其精力主要用在了读书上。
上海分校的名教授更多了。王蘧常先生亲自讲授《庄子》，他上课不带课本，从正文到注释全是背诵，在疏解了各家的注疏后，往往出以己意，特别发人深思，由于分析得深入细致，一学期竟然没讲完一篇《逍遥游》，却教给了学生治学的门径，让学生领略到那种“独上高楼，望尽天涯路”的境界。童书业先生讲秦汉史，精彩极了，人人爱听。他不修边幅，里面的衣服比罩衣还长，脚蹬一双黑色运动鞋，邋邋遢遢，可是一站到讲台之上，马上显得气宇轩昂，神采四射。他什么书也不带，衣袋里塞满粉笔，引文全靠记忆，原文和疏解随手写在黑板上，一字不差。他安排了两名学生一左一右做记录，后来整理出来就是那部有名的《秦汉史》。这些名师的课给了冯其庸很大的启发。
上海分校的管理是比较宽松的，学生可以根据学术兴趣自由选择听课。冯其庸那时正迷词学，并准备毕业论文，一般课程想不听就不听了，像刘诗荪先生讲授的《红楼梦》，就只听了开头几节。他的毕业论文研究对象是蒋鹿潭，这是他从初中就感兴趣的一位清代词人。王蘧常先生了解到他正在苦心搜集资料，就写信介绍他拜识了顾廷龙先生，于是他得以到顾先生主持的合众图书馆看书。很长一段时间，除了上课，每天的大部时间他都泡在图书馆。使他感铭在心的是在顾先生的格外关照下，图书馆将他所读的书，单独存放一个书架，他每天到后就可以取书阅读，无需再办借书手续，不浪费一点时间。他也经常去福州路的旧书店搜寻资料，把那里几家旧书店的集部书架，挨次翻检了一遍，有时晚上看书太晚了，就住在温知书店的楼上，因此和书店经理王兆文成了好朋友。他在图书馆和旧书店的苦心搜寻，没有白费力气，终于找到蒋鹿潭《水云楼词》的各种版本，其中有一部钤有“水云楼”三字的阴文图章，极有可能是鹿潭的自藏本，也或许是他用以赠人的，显得格外珍贵。他同时收集到清代道光、咸丰时期其他一些词人的集子和年谱、日记等书籍，其中有一些是不经见的，如江都丁宝庵的《十三楼吹笛谱》（又名《萍绿词》），嘉禾周存伯的《范湖草堂遗稿》等等。就这样，经过半年时间，他在合众图书馆完成了《蒋鹿潭年谱考略》初稿。这部初稿38年后经增补之后出版，他曾撰联对这位清朝江阴的著名词人表示了由衷的敬佩：“云水苍苍蕴天地浩然正气，兵戈扰扰育乾坤百代词人。”联系冯其庸在乱世中求学的经历，这联语仿佛也是他的写照呢！
经王蘧常先生介绍，冯其庸还拜识了词学泰斗龙沐勋先生和著名女词人陈小翠，两个人都很亲切地接待了他。他聆听了他们的词学见解，还曾把自己的习作给陈小翠看，得到陈小翠“很有灵性”的评价，颇受到教益与鼓励。