知识产权司法组织的法院化和专门化，已经成为当今的发展大势。德国早在1961年即设立联邦专利法院，美国于1982年设立联邦巡回上诉法院，英国于1990年设立专利行政法院及专利民事法院，泰国于1997年设立中央知识产权暨国际贸易法院，韩国于1998年设立专利法院，日本于2005年设立知识产权高等法院，欧洲专利法院也预计在2010年成立。
鉴于知识产权保护重要性的与日俱增，考量知识产权保护的国际化和专业化趋势，并回应国际社会对知识产权的重视，自2004年2月起，台湾地区“司法院”积极筹划成立知识产权法院事宜，在多次考察论证的基础上研拟完成草案。在该法案的讨论审议中，虽然多数人对知识产权法院的设立持积极支持立场，但是也存在一些关于专门法院设立必要性的质疑。
例如，成立知识产权法院将导致组织机构、人员的增加，是否符合组织精简的基本精神？设立知识产权法院的目的无非是为了提高审判效率，并回应知识产权法的高度专业化，通过在现有高等行政法院中设置技术审查官、增加对审理期限的要求即可实现同样的效果，又何必专门设置一个法院？此外，虽然台湾地区“司法院”的草案说明对设置知识产权法院有无来自外部的压力的质疑予以否认，但实际上，自2005年起，美国的《特别301评估报告》就已将台湾地区成立知识产权法院一事，列为台湾保护知识产权的承诺加以密切关注。而欧洲商务协会在其《2006～2007建议书》中也称“台湾地区计划设立知识产权专属法院，管辖民、刑事著作权侵害案件的构想，应尽早实现”。由此可见，台湾地区知识产权法院的设立，在一定程度上也是其对外经贸谈判的一个重要砝码。
二、主要内容
台湾地区《智慧财产法院组织法》共四十五条，分“总则”、“法官之任用资格”、“技术审查官之配置”、“书记处、辅助单位及其人员之配置”、“司法年度及事务分配”、“法庭开闭及秩序”、“司法行政之监督”及“附则”共八章。本文仅介绍其中凸显该法特色的主要问题。
（一）受案范围
据台湾地区《智慧财产法院组织法》第二条和第三条的规定，知识产权法院“依法掌理关于智慧财产之民事诉讼、刑事诉讼及行政诉讼之审判事务”，管辖如下案件：
第一，专利法、商标法、著作权法、光碟管理条例、营业秘密法、积体电路电路布局法或公平交易法所保护之智慧财产权益所生之第一审及第二审民事诉讼事件。
第二，因刑法第二百五十三条至第二百五十五条、第三百一十七条、第三百一十八条之罪或违反商标法、著作权法、公平交易法第三十五条第一项关于第二十条第一项及第三十六条关于第十九条第五款案件，不服地方法院依通常、简式审判或协商程序所为之第一审裁判而上诉或抗告之刑事案件。但少年刑事案件不在此限。
第三，因专利法、商标法、著作权法、光碟管理条例、营业秘密法、积体电路电路布局保护法、植物品种及种苗法或公平交易法涉及智慧财产权所生之第一审行政诉讼事件及强制执行事件。
第四，其他依法律规定或经“司法院”指定由智慧财产法院管辖之案件。
需要说明的是，与上述民事诉讼事件有关的证据保全和行为保全程序，亦属知识产权法院的受案范围。少年刑事案件之所以被排除在外，主要是考虑到被告人的特殊性，应由少年法庭依其特别法审理，不宜由知识产权法院审理。关于该条第三项所称的行政诉讼事件，系指关于知识产权的申请、撤销或无效程序，不公平竞争及其他有关公法上争议所产生的争议。
在该法的讨论中，知识产权法院的诉讼形态问题争议较大，即民事、刑事及行政诉讼是“三合一”，还是排除刑事诉讼，仅民事及行政诉讼“二合一”。为此，台湾地区“司法院”曾于2004年召开会议，听取各界代表的意见和建议。多数意见认为应采取“三合一”模式，主要理由是：（1）知识产权刑事案件大多涉及技术问题的判断，虽然刑法没有关于专利侵权刑事责任的规定，但实务中仍存在被控专利侵权者以妨害秘密罪被起诉的情形，如果审理法院没有相当的专业素养，判决的权威性将受到置疑；（2）盗版、仿冒的刑事案件，尤其是涉及计算机技术的案件，是将来知识产权刑事案件的主流。其既属知识产权法律范畴，自不宜被排除在知识产权法院的管辖范围之外。只有将民事、刑事、行政三种诉讼形态合并由知识产权法院管辖，才能解决执法标准不一的问题；（3）将知识产权刑事案件纳入知识产权法院的受案范围，将改善知识产权法院案件量不足的问题。
反对“三合一”的观点则认为，（1）民事诉讼和行政诉讼的程序同质性较高，而刑事诉讼与之有明显不同，而且涉及被告人羁押、检察官出庭等问题，实际操作难度较大；（2）台湾地区现行刑法并无对侵犯专利权、集成电路布图设计专用权、植物品种权的刑事责任的规定，知识产权刑事案件仅限于商标、著作权案件，而这两类案件很少涉及专门的科学技术问题，并无技术专家协助的必要，与知识产权法院的专业职能关联不大；（3）在诸多域外知识产权（专利）法院中，迄今只有泰国“中央知识产权暨国际贸易法院”将知识产权刑事案件纳入受案范围。
最后审议通过的法案决定采取“三合一”模式，即将刑事案件一并纳入知识产权法院的受案范围。因知识产权法院具有知识产权刑事案件管辖权，相应地设立“高等法院检察署智慧财产分署”。
（二）管辖权
台湾地区知识产权法院系高等法院层级，管辖知识产权第一、二审民事案件，第一审行政案件以及第二审刑事案件。关于管辖权，存在如下三个主要问题：
1.专属管辖？抑或优先管辖？
专属管辖，是任意管辖的对称，系指基于案件的特别性且便于证据调查，某种案件仅由特定法院裁判，其他法院不得审理。从立法政策上看，通过法律明文规定其专属性的，不容当事人合意或法院依职权改变。
优先管辖，是选择管辖的对称，系指发生多个管辖权竞合时，可以因原告的选择确定管辖权，但其他未受原告选择起诉的法院，并不因此丧失管辖权。
台湾地区知识产权法院关于知识产权案件的管辖权是否为专属管辖，颇有争议。据“草案说明”，知识产权法院对知识产权民事、行政诉讼是优先管辖而不是专属管辖，只有刑事诉讼是专属管辖。所谓优先管辖，是指原则上由知识产权法院审理，但是如果普通法院对是否为知识产权案件的认定有误而进行审理，其判决亦属有效。之所以如此规定，是由于民事案件当事人的请求范围常常涉及多重法律关系，是否属于知识产权案件有时并不是很明确。若当事人向普通法院起诉，且经该法院裁判，此裁判并不会因法院无管辖权而发生裁判无效的情形，而且当事人若对普通法院第一审裁判不服，仍可向知识产权法院上诉；若当事人向普通法院起诉，仍可经双方当事人合意，由该普通法院裁定移送知识产权法院管辖。反对优先管辖的观点则认为，优先管辖有可能导致知识产权法院功能的丧失，并主张知识产权民事、行政案件的第一审案件为优先管辖，第二审案件则为知识产权法院专属管辖，只有这样，才能确保判决的一致性和提高诉讼效率。
2.为何第一、二审民事案件均纳入管辖？
台湾地区知识产权法院对知识产权第一、二审民事案件均有管辖权，主要出于两方面的考量：一是审理专业化。民事案件起诉前常有诉前禁令、证据保全程序的发生，这些程序的进行是否适当，均事关诉讼当事人的权益。又因知识产权民事案件比刑事案件复杂，且知识产权民事案件的标的额通常高于一般民事案件，为使知识产权纠纷得到更为妥当的判断，有必要将知识产权第一审民事案件纳入专业化强的知识产权法院管辖；二是制度的设计。诉前禁令、证据保全以及起诉后的审理程序等，如果有技术审查官的协助，将使案件进行得更为快速。因只有知识产权法院设置技术审查官，故将其纳入知识产权法院管辖。
3.为何第一审刑事案件不纳入管辖？
知识产权刑事第一审案件不纳入知识产权法院管辖的原因在于，侵害知识产权的犯罪，虽然有在公开场合进行的情况，如在市场上销售盗版光盘或仿冒商品，但是规模较大情节严重的犯罪，如大规模制造仿冒商品的工厂，通常还是隐秘进行的。为加强缉查效果，宜由各地方检察、警察机关就近侦查，而检察官或警察为进行侦查，必须向各对应的地方法院申请搜查令，如有羁押必要，亦需经法院准许。基于侦查、审判的对应性和及时调查的需要，第一审刑事案件宜由地方法院管辖。此外，刑事第一审案件的被告人必须到庭，而民事案件当事人可委托诉讼代理人出庭，由各地方法院审理第一审刑事案件，便于被告人的看押和到庭。
（三）技术审查官的配置
引进“技术审查官”，是台湾地区《智慧财产法院组织法》的一大亮点，也是在司法人员配置方面继德国“技术法官”（technical-qualified judge）、日本“司法调查官”（judicial research official）之后的又一次立法尝试。
1.引进的必要性
知识产权案件，尤其是专利案件，大多涉及复杂的专业性强的技术问题，法律专业出身的法官往往依赖鉴定报告而无法自行对技术事实作出准确判断，如此一来，往往导致两大问题：一是诉讼程序的延滞，二是审判权可能的让渡。知识产权法院引进技术审查官的配置，旨在协助法官了解和处理技术问题的争议，以大幅度降低对委托鉴定的依赖，并提升法庭判断技术问题的能力，从而试图解决上述两个问题。
在法案的讨论中，就如何解决审判人员对技术事实的认知问题，曾有两种不同的立法方案：一是效仿德国联邦专利法院的技术法官制度，由法律法官和技术法官组成“混合”合议庭，并根据案件类型的不同确定由法律法官或技术法官担任合议庭审判长；二是参考日本的司法调查官制度，配置技术审查官协助法官澄清案件中有争议的技术问题。法案最终采日本立法例，其缘由除了德国技术法官制与现行法律制度的差异过大之外，还有将来向专家参审制融合过渡的考虑。台湾地区自2000年起即开始推动专家参审制度，同年发布《专家参与审判咨询试行要点》，2003年修正为《专家咨询要点》，2006年又制定《专家参审试行条例（草案）》，规定参审法庭由法官、参审官组成，共同行使审判权，参审官除另有规定外，与法官有相同的权责。此外，也有些受英美法影响的人持反对观点，认为法官的本职是“听讼”，其实对技术问题不必太专业，需要专业的是双方当事人及其律师。由司法体系外的专家或技术人员担任专家参审官或技术审查官，有可能导致一种不利情形：技术审查官或参审官不能说服法官，却要法官负责撰写违反其信服结果的判决书。
2.任用资格
台湾地区《智慧财产法院组织法》第十六条规定，技术审查官应具备下列资格之一：
（1）担任专利审查官或商标审查官合计三年以上，成绩优良并具证明者；（2）经公立或立案之私立大学、独立学院研究所或经“教育部”承认之外国大学、独立学院研究所毕业，具相关系所硕士以上学位，担任专利或商标审查官或助理审查官合计六年以上，成绩优良并具证明者；（3）公立或立案之私立专科以上学校或经“教育部”承认之外国专科以上学校相关系科毕业，担任专利或商标审查官或助理审查官合计八年以上，成绩优良并具证明者；（4）现任或曾任公立或立案之私立大学、独立学院相关系所讲师六年以上、助理教授、副教授、教授合计三年以上或公、私立专业研究机构研究人员六年以上，有知识产权类专门著作并具证明者。
关于技术审查官的来源，主要有选聘和借调两种，具体办法由台湾地区“司法院”另行规定。选聘人员主要来自非公职人员，而借调人员主要来自专利审查员等公职人员，一般皆为短期。技术审查官的任期和工作的非固定性，可能是影响案件审查质量的潜在因素。