2004年国庆节假期之后，南广学院开始了正常的教育教学工作。10月10日，刘继南校长主持了南广学院中层干部座谈会。会上就南广学院10月8日正式开课以来的情况进行了总结，并对教学、学生工作、图书馆建设、总务后勤等工作做出了一系列安排。这次会议对于南广学院的顺利起步发挥了重要作用。
刘继南校长重点讲了三方面问题：
一是南广学院正处于创业阶段，各方面条件需要不断完善。第一年正是打基础、创品牌的关键时期，应重点抓好学校稳定和教学质量工作，每一环节、每一方面都要做好，要有一个良好的开端。
二是准备2005年招生工作。现有专业数量难以满足2005年招生要求，应依靠校本部，根据市场需求，研究增设新的专业。教育应主动适应社会发展需要，思考问题应具有前瞻性和创新性。
三是要有全面的工作计划，完善各项规章制度，健全会议制度。属于“三重一大”的问题，应集体研究决定。
之后，根据刘校长的指示，南广学院建立了每周一次的院长办公会议制度和每周一次的行政例会制度，并将这一制度坚持下来。建校五年来，南广学院的行政工作始终围绕着办学宗旨，明确任务，高效务实，努力做好各项协调、服务工作。
一、从秘书处到院长办公室
南广学院的行政工作主要集中在院长办公室，其主要职能是围绕学院中心工作，服务董事会，服务院领导，服务教学科研部门，服务其他各职能部门，做好组织协调、上传下达、公文处理、信息汇总、信访接待、机要保密、对外联络、综合管理以及重要活动的组织，完成董事会和院领导交办的其他工作。院长办公室的前身是建校初期的秘书处。2006年10月10日，秘书处改称院长办公室，同时院党委研究决定成立党委办公室、宣传部，与院办合署办公。院长办公室发展过程分为三个时期。
1.秘书处时期
本着精简机构、提高工作效率的原则，南广学院建院之初，以秘书处、教务部、学务部、总务部、招生办公室五大框架行使学院的管理职能。其中秘书处主要负责董事会交办的各项事务以及筹办董事会会议和其他会议工作，做好报送议题、会议纪要，督办各项会议决定；协助院领导完成日常行政管理工作，同时兼管学院宣传、组织、人事、外事接待等工作。学院建院初期没有设立人事处，人事工作由秘书处处理，这种状况一直持续到2006年8月组建人事处。
秘书处与学院的创建是同步的。创建之初，秘书处秘书长由校本部派出的魏峰担任，另有专职工作人员四名，分别是文书宣传岗郑苏晖（由校本部派出）、外事接待岗杨婉秀、档案管理岗钱宝琴，加上后由校本部派出的孙中一老师负责组织人事工作。2005年4月，人事工作从秘务处分离出来，组织人事岗增加魏本阁、吴德沣二人。2006年4月和8月，孙中一、郑苏晖分别返回校本部，由冯永超接任文书宣传岗。同年8月，蒋传宁担任人事处处长，吴德沣为师资岗主任科员，魏本阁负责党务工作。同月，经董事会、院长办公会研究决定，校本部派国际传播学院副教授、硕士生导师赵雪波博士前来担任秘书长，魏峰调任学务部部长；同时增加副秘书长，由中国传媒大学国际传播学院教师张毓强博士担任。
建校第一年，南广学院借驻江宁高级中学。秘书处办公地点在江宁高中实验楼8楼801室。2005年10月，学院新校区一期工程交付使用，秘书处搬入新建成的校园，暂时设置在教师宿舍楼下临时办公。2006年3月，秘书处随所有系部搬迁至教学楼2区2楼，209大教室被隔成两半，三分之一作为院会议室，三分之二作为秘书处办公室。
秘书处的第一项重要职责就是建章立制，保障机关行政工作顺利进行。在院领导的指示下，秘书处先后制订完成了《中国传媒大学南广学院文件签发与保管制度（暂行）》、《中国传媒大学南广学院来宾接待制度》、《中国传媒大学南广学院行政岗位编制》、《中国传媒大学南广学院文书管理制度》、《中国传媒大学南广学院档案管理暂行办法》、《中国传媒大学南广学院简报工作暂行规定》、《中国传媒大学南广学院会议室、接待室暂行管理办法》和《中国传媒大学南广学院作息时间安排》等一系列规章制度。
2004年9月25日，南广学院第一期《工作简报》刊发，由郑苏晖负责编辑工作。《工作简报》每月一期，及时向校本部领导、董事会领导和上级有关部门通报南广学院的办学情况。
秘书处负责全院的文书、档案和会务工作，负责印发、整理保管学院的文件、档案，负责各类机要保密工作，保管学院公章，记录学院“大事记”。在董事会和院领导的部署之下，定期筹备组织院董事会会议、董事会工作会议、院长办公会、各部门联席会议（即院行政例会），还承担组织其他各类办公会议，起草各类会议议程和发言材料，撰写会议纪要等工作。
秘书处还承担着学院的接待服务工作，包括迎来送往、订票、订餐、预定宾馆客房等。建校之初，这些工作基本由杨婉秀具体负责，南京与北京之间往来频繁，票务和接待工作的任务非常繁重。
秘书处负责的比较大的接待活动有：
2004年11月11日，接待江苏省教育厅发展规划处处长朱卫国、副处长张鲤鲤莅临南广学院指导工作。
2004年12月19日，组织接待了南广学院首次大型外事活动，来自马来西亚、蒙古、韩国、日本、捷克、葡萄牙、印度尼西亚等国的26名中国传媒大学留学生来到南广学院交流，并与南广学院师生一同联欢。
2005年1月15日—17日，接待教育部独立学院检查专家组一行四人进驻南广学院进行专项检查。
2005年4月28日，接待并协助中国传媒大学艺术团与南广学院艺术团在江宁区高级中学举办“江宁之春——中国传媒大学走进江宁”大型文艺晚会。当晚安排近30位中国传媒大学在宁校友观看演出后聚集在南广学院，共商南广学院与校友沟通交流、促进学院发展事宜。
2005年5月3日，正值五一假期，秘书处接受了安排、接待全国政协副主席张怀西一行莅临南广学院视察的重要任务。
2005年10月7日，学院在江宁大学城隆重举行新校区启用暨2005级新生入学开学典礼，国家广电总局副局长胡占凡、江苏省政府副秘书长朱步楼、教育部直属高校办公室副主任陈维嘉等部局领导为南广学院启用新校区剪彩。
2006年8月21日，来自30多个国家和地区、参加“第三届世界大学女校长论坛”的60余名外宾来学院参观访问，这是南广学院自创建以来规模最大的一次外事活动。秘书处人员在院领导的统一指挥下，从迎宾接站到会务布置的各项后勤服务，都做了大量细致的准备工作，以确保此次活动圆满成功。
这些接待活动磨炼了秘书处的队伍素质，为以后接待活动的开展积累了许多宝贵的经验。
2.步入正轨时期
2006年10月秘书处改称院长办公室后，其行政职能得到强化，辐射范围不断扩展，由一个主要对董事会负责、协助院领导完成日常行政管理工作的办事机构，逐步向围绕学院中心工作，积极发挥领导参谋、综合协调、督促落实、信息汇总、上传下达等作用的全院性行政管理部门转变。
董事会、院长办公会和党委会研究决定同时成立党委办公室和党委宣传部，与院长办公室合署办公。赵雪波兼任学院党办主任和党委宣传部部长。院长办公室下辖岗位四个，其岗位及人员分别是：文书宣传岗冯永超，外事接待岗杨婉秀，党办宣传员魏本阁，档案管理岗钱宝琴。2006年12月，院长办公室新增人员陈蓉，负责档案管理岗。因学院日常综合事务不断增加，2007年6月，院长办公室增加工勤岗，由新接收的毕业生张远负责。
2006年10月—2007年7月，在院领导的指示下，院长办公室先后修订、制订了《中国传媒大学南广学院行政公文处理办法》、《中国传媒大学南广学院例会制度》、《中国传媒大学南广学院印章管理规定》等一系列规章制度。
为了让董事会成员更深入和及时地掌握学院的各项工作进展情况和其他最新情况，按照董事会的要求，院长办公室从2006年11月开始每半月向董事会成员提交一次《内部情况汇报》，这个制度一直持续到2008年春天。为了进一步沟通信息，做好院领导的助手，院长办公室加强了对设在校园网上的“院长信箱”的管理，积极回答家长、教师与学生关心的问题和咨询，协调解决师生和家长遇到的各种问题和困难。
这期间，学院的外事活动逐渐增多。院长办公室协助或负责接待了芬兰Tampere大学、苏格兰龙比亚大学、我国台湾世新大学、解放军后勤工程学院等代表团来南广学院进行交流和访问。
3.全面规范化管理时期
2007年7月2日，学院各系、部由教学楼搬入新建的行政楼，院长办公室也进驻行政楼，办公室面积达到100平方米左右，办公条件大为改善。院长办公室全体工作人员坚决贯彻刘继南院长“大楼、大师、大树、大器”的办学理念，努力发挥全院中枢神经系统的功能，力求做好院领导的助手以及各部门协调、沟通的桥梁，服务于全院的日常行政管理工作。
为了加强学院的校园网信息宣传工作，院长办公室负责人多次外出考察，制订改革方案。2007年8月，经董事会批准，成立了学院新闻中心，由党委宣传部主管，统筹学院院报、广播台、电视台和校园网的新闻宣传工作。9月，学院决定由校本部毕业留校的龙小农博士担任院长办公室副主任，兼任学院新闻中心主任。原院长办公室副主任张毓强返回校本部工作。其时，负责文书宣传工作的冯永超离职，由校本部派遣的应届硕士毕业生唐颖接任文书宣传岗。
2007年10月，经院领导批准，院长办公室工勤岗改为综合岗，纳入机关管理岗位序列。这表明这一岗位不再只是负责一般的勤杂工作，还要负责其他岗位之外的工作任务，并且要发挥协调各个岗位的功能。
2008年1月15日，学院召开第一届教职工大会暨工会成立大会。大会选举产生了学院首届工会委员会主席、副主席和工会委员。主席由院党委副书记郭秀君兼任，副主席由院长办公室主任赵雪波和人事处处长宋岩兼任。院工会成立之初，工会办公室设在院长办公室，工会秘书长由党办人员魏本阁担任。工会成立后，积极协助院党委开展工作，为教职工办实事，开辟“教工之家”，开展师德建设活动，组织教职工运动会和单项体育比赛，做出了很大的贡献。2008年9月，增补原媒介管理系主任宋香云为常务副主席，工会办公室独立设置。
2008年9月，院长办公室的队伍进一步壮大。学院广播电视系毕业生邹玮留校到院长办公室负责文书工作，唐颖则开始专职负责校园网工作。摄影系毕业生李元临留校到新闻中心负责摄影工作，新闻系毕业生曹静则担任校报的流程编辑，负责校报工作。学院校园网和其他媒体的宣传报道水平都得到了很大的提高。
这期间，学院成立外事办公室，与院长办公室合署办公，办公室设在院长办公室，由赵雪波兼任主任。另设外事管理岗一名，由国际传播系邱杰担任该职。2008年11月，经院长办公会研究决定，外事办与新成立不久的研发处合署办公，学院的外事职能从管理职权上与院长办公室脱钩。
在学院领导的指导下，院长办公室继续加强建章立制的工作，先后制订了《中国传媒大学南广学院会议室、接待室使用管理办法》、《中国传媒大学南广学院校内张贴宣传品条例》、《中国传媒大学南广学院校园网发布公告的通知》、《中国传媒大学南广学院公务用餐规定》等几个新文件。
院长办公室内部实行每周例会制度，组织全办人员学习党的方针政策、单位的各项制度和规定，领会精神，从细微处着手建立工作规范，明确分工，落实责任，进而实现工作的有序开展。
2009年4月，结合开展深入学习实践科学发展观活动，查找制约院长办公室发展的突出问题，院长办公室又制订和修订了《院长办公室工作制度》和《院长办公室保密制度》两项规章制度，并张贴上墙。赵雪波主任还为院长办公室提出了“忠诚、为善、勤快、高效”的要求，指出要对自己的工作职责忠诚，对教育事业忠诚；要与人为善，要做好人好事；要脑勤、手勤、腿勤，用最快捷的方式完成工作任务；要以工作效率的高低作为检验工作业绩的标准。
随着学院进入快速发展时期，学院的外事交往不断加强，重大活动日趋增多。从2007年7月至今，学院接待了全国人大常委会副委员长许嘉璐，教育部副部长赵沁平、李卫红，国家广电总局副局长张海涛，中国教育基金理事会理事长、教育部原副部长张保庆，中国文联原副主席仲呈祥，中国广播电视协会会长李丹，中国电影家协会副主席谢飞，全国城市电视台台长论坛代表等众多来宾的视察指导；接待了泰国朱拉隆功大学访问团，芬兰坦佩雷大学校长，日本城西大学和日本大学的领导、学者，我国香港英皇集团主席杨受成，我国台湾世新大学董事长成嘉玲等领导及嘉宾。