南广学院动画系的前身是南广学院科学与技术系，第一任系主任为曹云生副教授。2004年首届招收学生102人，当时动画系的课程全都由校本部的教师承担。
2005年9月，6名新教师进入工作岗位，在系主任的带领下，承担起动画系部分教学和管理工作。动画系注重学生的动手能力，举办了动画系首届动漫作品展，并把学生的优秀作品推向了杭州动漫展的舞台。
2007年3月，动画系领导队伍调整，校本部动画学院张慧临任南广学院动画系主任。经过两年的发展，动画系已有专业设计教师8名、基础美术教师7名，但是专业教师数量仍然不足，且普遍缺乏实践经验。2007年3月至2008年9月，又有8名动画专业教师加入该系教师队伍，其中副教授以上职称为4人，来自动画业界第一线，一般都有15年以上制作经验；硕士3名，来自校本部、南京艺术学院、南京师范大学；另外还聘请了加拿大资深动画教育家Robin King为顾问；加上4名业界的外聘资深教师，大大加深了动画系动画专业的教学力量，师资力量在南京地区相同专业中已名列前茅。
自2006年举办动画系首届动漫作品展以来，2007年开始，为了扩大影响，本着互相学习借鉴的精神，动漫展提升为江宁大学城动漫展，在南广学院集中展出各个学校的优秀作品，受到了各界好评。
2007年3月到2008年7月，在系主任的领导下，动画系经过五轮研讨和修改，确定了培养实践性、设计性人才为主打的动画设计与制作方向、游戏美术与策划方向，并对专业基础课和专业课做了大量修订。
2008年7月，动画系哺育出第一届毕业生，邀请了各地知名动画公司、动画业界专家、校本部领导前来参加毕业生推介会。在这场推介会上，看完学生作品后，当即就有一些动画公司与动画系毕业生签了约。
2008年8月以来，动画系不断探索新的方向。动画专业通过对中国动画业界的广泛走访、调查，经研究修改后，增设了漫画与插画、动画策划与运营两个专业方向。动画系尝试了与业界进行深度合作——与中国新漫画第一人姚菲拉的团队共同建设，动画系负责日常教学，姚菲拉公司负责课程、学生的实习和就业。策划运营专业正在进行个别课程的试验。
在与业界建立良好关系的基础上，拓宽与业界的合作，通过各种方式让教师投入到业界的项目实战中去，在项目实战中消化理论，提高动手能力，并培养产业运作的观念和能力。可以在课程中完成项目，也可以以工作室的形式承接项目。经过一段时间的探索，动画系建成了以工作室为核心的教学模式。
2007到2008年，是动画系专业调整、完善、拓展的时期。在这期间，创立了万氏兄弟纪念馆，收集了动画创始人的珍品，邀请了中国动画创始人万氏兄弟的后人参加万氏兄弟纪念馆的开幕仪式，为学校培养动画人才积累了丰富宝贵的资料。
在教学计划、教学体系不断完善的同时，动画系也注重领导队伍的建设。2008年，由于南广学院工作的需要，郭晓军同志被聘为南广学院动画系党总支书记。郭晓军在校本部一直担任动画学院党总支书记，有着丰富的工作经验，动画系早期由于党组织力量较为薄弱，很多党组织工作未能得到很好的开展。自郭晓军主持工作以来，积极探索新形势下学校党务工作的新途径、新方法，凭着多年的党务工作经验，在开展动画系党组织工作中取得了显著的成绩，发展了一批优秀的学生党员。
动画系注重学生的实践环节，组织学生写生、参加一些活动，让学生德、智、体全面发展。
动画系在各届领导的带领支持下走过了五年，经过五年的砥砺前行、成长壮大，已打磨出现今成熟的姿态；经过五年的同舟共济、耕耘不辍，桃李芬芳绽放着生命的辉煌。在未来的岁月里，相信动画系将会发展得越来越好。