当时的中国政局便是如此奇怪，一方面是代议制的合法权力，一方面是实权在握的武人团体，两下两层皮。两层皮，哪个都有实在的意义。代议制有来自西方成功经验的制度迷信的支持，而这个迷信的背后，则是风靡一时的进化论思维，这是近代中国占统治地位的意识形态。可是，真正控制局面的，却是那些枪杆子在手的军阀，只有他们才具有操纵政局的实力。进化论的意识形态虽然强大，但它还是形而上的，真正操作层面的工具价值，还是中国传统的阴谋权术。段祺瑞发现，每当他乐意遵守代议制的规矩时，办事无不障碍重重，什么也办不成，当他玩弄权术，操纵军人干政的时候，反倒要顺利得多。
只是这仅限于日常事务，到了重大决策的关头，“徒恃法律上名义建立于北洋派之上”的总统，依靠国会的配合，还是能给北洋派领袖段祺瑞造成巨大的麻烦。最明显的事件，发生在对德宣战问题上。
时间进入1917年，第一次世界大战已经打了将近4年，交战双方德奥同盟和英法协约两大集团，像两个缠斗已久的巨人，已经精疲力竭。似乎这个时候，外面只要来一个人，手指一捅，一方就会倒下。当时的世界，有这个力量的国家，只有日本和美国，日本不乐劳师远征，更喜欢呆在家里卖军火。最后解决问题，眼见得只有靠美国。跟英国血浓于水的美国，如果参战，选择帮谁，不问可知。但是，已经加入协约国的日本，和即将加入协约国的美国，却都特别想把中国拉进来，让中国给他们出兵，出劳力。但是两家又各有怀抱，都想让中国走自己的路线参战。显然，它们着眼的，不止是参战本身，还有战后在远东的势力份额。
显然，日本人下的功夫比美国人大得多。自日本大隈内阁倒台、寺内内阁上台以来，作为寺内的私人代表西原的说项，段祺瑞政府对日本好感大增，西原的第三次来华，主要目的就是游说中国走日本路线参战。终于，在日本的利诱下，1917年初，中国接受日本参战援助，走日本路线参加欧战。切实行动，把身子靠在了日本人身上。当然，这也埋下了日后美日在五四运动前后暗中较劲的伏笔。
然而，就当时而言，在参战问题上，中国国内一向有两种意见，一种是押宝似的选择一方参战，然后搭便车提高中国国家的地位。段祺瑞和一些亲英美派的政客，就是这种意见，只是段祺瑞和这些政客选择的路线不一样。另一种是两边都不得罪，保持中立。由于英法在中国势力比较大，因此可以选择稍微偏向英法协约一方，比如跟德国断交，但不参战，留有余地，万一德奥同盟胜利，也可以免于尴尬。由于中国在政治和军事现代化过程中，德国一直是样板之一，军人崇德者不在少数，徐树铮就是一个。所以，持后一种意见者，在军政各界，不在少数。而日本的活动，反而增加了这些人的疑虑，用西原的话来说，就是“担心中国会在外交上丧失自主权，更害怕日本会借口加强中国沿海的防御而侵犯中国的领土”。待在总统府的黎元洪，就是后一派的代表人物。黎元洪脾气很好，一般情况下，很少跟人发生冲突，面对强势的段祺瑞，更是如此。但对于中国的参战，他视为事关国运，所以，无论如何，都不肯妥协。
就这样，在最后参战问题上，府院之争走向了决裂，而国会站在了总统一边。段祺瑞为了能让对德参战案得以通过，动员了督军团施压没有用，采取了下三烂的公民团包围国会这样袁世凯的故伎，由于玩得过于拙劣，最终不但没能成功，反而惹翻了多数的议员，闹得沸反滔天，北京政局大乱。最后，黎元洪不顾督军团的反对，以不太合法的方式，罢免了段祺瑞，段祺瑞负气出走天津，天下更乱了。
罢免了段祺瑞的黎元洪发现，采取如此决绝的办法跟北洋派闹翻，结果是得罪了所有无论如何都不能得罪的人，各地军阀反声震天，杀气腾腾，自家的地位岌岌可危。免了段祺瑞之后，居然在北京找不到一个人肯出面组织政府，接替段祺瑞。按当时的情形，他自家的性命，也随时可能被随便一个什么武人提一旅之师就给灭了。无奈之下，病笃乱投医的黎元洪，只好接受辫帅张勋的进京调停。作为前提条件，是必须解散其实是支持他的国会，可是，签署解散命令，都没有人附署，最后还是步兵统领江朝宗出来给他解了围。各地的军阀，明明知道张勋这个前清的孤臣孽子，来北京多半是要拉出小朝廷复辟的，但却纷纷纵容这个脑后拖着辫子的江西老表出头为他们火中取栗，只有在天津的段祺瑞，声音不大地警告张勋不要复辟，但也很快就淹没在各地武夫一片叫好声里。
当张勋率领5000辫子军进入北京城之后，一头扎进了宫里。复辟大戏开锣，遗老遗少粉墨登场。迟钝的黎元洪，这时才发现自己上了当。赶紧躲入日本使馆，发表两项命令，托人带到天津拍发。一项是委托在南京的副总统冯国璋代行总统职权，一项是重新委任段祺瑞为总理，主持讨逆。
接到命令，段祺瑞忸怩了半日，虽然有点不情愿，最终还是接受了委任。接受全权委托的段祺瑞，知道这等于黎元洪向自己递出了降书降表，府院之争从此画上句号。但在得意之余，却发现自己没有一兵一卒可以调遣，也没有一分钱可以供支配。显然，在那个时候，钱有时候比兵更有用，有钱，不愁买不来兵供他调遣。此时，亲日的曹汝霖为他雪中送炭，从日本三菱公司北京分公司借来了100万日元，随后又弄到了盐余款50万。70有了钱之后，段祺瑞先用钱收买了驻扎在北京附近的第八师师长李长泰的小老婆，然后靠这妇人的枕边风，说动了这位国军精锐师的师长，随后，第十六混成旅冯玉祥部和第三师曹锟部也响应讨逆，陆续聚拢四五万人，对付5000辫子军，已经绰绰有余。于是，段祺瑞于1917年7月3日于天津马厂誓师，兴师讨逆。此时，过去跟张勋推杯换盏、称兄道弟的各省军阀，呼啦一下全部变了脸，5000辫子兵，当然守不住小朝廷，害得张勋复辟未成，连自己的老窝徐州并辫子军都丢了，从军阀盟主，变成复辟元凶，而段祺瑞，则成了再造共和的英雄。从此，中国政局进入了段祺瑞的全盛时期。
全盛期的段祺瑞，名副其实地可以称为皖系首领。第一，派系的界限清晰了，自家不仅有了嫡系，而且在“北洋团体”中，也有了亲疏之分。第二，不止身边若干追随者和幕僚，而是有了一大队的文臣武将。严格地说，此时的皖系，有两个东西是标志性的，一是用日本的借款，编练嫡系武装参战军，有了亲自掌握的嫡系武装。二是建构了一个听话的代议机构安福国会，有了一大群听招呼的议员。
编练嫡系武力，兹事体大，由他亲自抓，具体由他的两员哼哈二将之一的靳云鹏来操办。而操办国会，则由他的哼哈二将的另一员徐树铮出面。这样两件费钱的大事，背后的支撑者是日本，具体地说也就是我们讲过的西原借款。由于日本方面金钱橄榄枝的舞动，在北洋时期历届民国政府中，段祺瑞的皖系政府，是最亲日的。用日本人的钱建构了一个自己的帝国，却也因为这来自日本的钱，最后还是让这个帝国变成了泥足巨人。从某种意义上说，恰是这两件事，让他得罪了原来自家盟友，文的方面是梁启超和他的研究系，武的则是曹锟、吴佩孚，甚至还有东北的奉系张作霖。
武力统一，巅峰上的噩梦
自辛亥革命之后，中国实际上进入了武人当政的时期。袁世凯起手原非文臣，自打小站练兵之后，世人皆以武人目之。他自己，也的确武人面目更多一些。虽然当政之后，袁世凯有心完成从军人政治向文治的转变，可惜出师未捷身先死，事未就自家的事先砸了锅，死后，他所不乐见的“左也是东洋刀，右也是东洋刀”局面自然无可避免。
从大形势上讲，武人登上历史舞台，一方面是乱治交替的中国政治周期中，乱世的难免之局，另一方面，也是自晚清以来，学习西方，尤其是学习日本和德国，提倡尚武精神，大力推行军事现代化的必然结果。晚清以来，兴办新军，派人留学日本以及开办军校讲武堂的结果，一大批受过新式训练和教育的军人，成为民初政坛上的风云人物。虽然我们不得不承认，这些挎东洋刀的人中，也混杂了一些像张作霖、陆荣廷、张宗昌这样的土匪痞棍出身的豪杰，但这一时期主导中国政治的大人物，多数都是军事现代化的产儿。
在所谓北洋团体中，主要军官，以北洋系统各个军校毕业生为主，但也不乏像孙传芳这样的日本士官学校的毕业生。最土的冯玉祥，也是新军出身，进过学兵连的。各省军阀，大头目很多都是日本士官生，如云南的唐继尧，先后做过四川督军的刘存厚和刘文辉，湖南的赵恒惕，以及稳守山西的阎锡山也是唐继尧的先后同学。至于他们的部下，则既有保定军校的毕业生，也有各省土造的讲武堂学生。连胡子出身的张作霖，部下军官至少有一半以上，是讲武堂和日本士官学校毕业的。
然而，西洋的武器，西式的训练和教育，却并没有马上教会这些新式的军人打仗。到段祺瑞可以施展拳脚的时候，其实当时的中国军人，并不太会用自己手中的新式武器来交战。自小站练兵以来的新军，辛亥的时候动了一下武，但只打了半场仗，武汉三镇，攻下来两个，就收兵谈判了。随后的革命党人的二次革命，也只在湖口打了小半个仗。蔡锷的护国之役，更多是政治战，护国军斩获不大，进川的北洋军损失也不大。从后来看，所谓的护国战争，只是激活了四川各路人马抢地盘的争夺。此后各地军阀进行的战争，多少带有游戏性质，被外国人讥讽为，主要靠烟土和银元在打。拥有大军的军阀们，作战威力实在有限，有时连土匪和帮会都不怕他们，一度主政贵州的袁祖铭，自家的老爹，都被土匪绑了票，花8000大洋才赎回来。这一时期，军队比较训练有素的，是几个小旅长带的部队，比如冯玉祥、吴佩孚和孙传芳，但是这时的舞台还不是他们的。总而言之，在20世纪最初的20年，中国新式军队还没有学会怎样打仗，也无心打仗，他们手里的枪，只是催税的工具。即使是内战，也得到军事实力最强大的北洋军人自己打起来了之后，才一天天像模像样起来。
手里没有会打仗军队的武人们，自家穿长衫的时候，远比着戎装多，坐轿的时候比骑马多，睡觉和抽大烟的时候比扛枪训练多，但却习惯于对政治问题用武力来解决。段祺瑞的武力统一，就是这种“不良习惯”的突出表现。
即使在袁世凯时代，西南地区也不是中央政府所能完全控制的，对于广西的陆荣廷，云南的唐继尧，都只能做到名义上归服。西南方面，袁世凯仅仅可以在四川安放一个只是可以控制成都的督军，而广东，听他话的龙济光，也只能控制珠三角地区。护国军起，袁世凯垮台，西南方面，唐继尧几乎囊括了云贵川，而陆荣廷则占据了两广，而且一只脚可以伸到湖南。有实力就有说话的底气，西南势力的壮大，使得他们不满足于过去表面臣服实际独立的状态，开始在桌面上也要跟中央政府叫板，论一论法统，讲一讲道理。孙中山在二次革命后，将国民党变成一个小帮会，迅速丧失了影响力，幸好，孙中山及时回头，重拾国民党的旗帜，虽然支离破碎，但毕竟还有力量，不仅有第一届国会的政治势力，在广东、四川、贵州、湖南和江西等地，都有大大小小的挂在国民党名下的武装存在。在军事上，孙中山的国民党是西南军阀的小兄弟，但在政治上，却是老大哥。孙中山跟西南军阀的合作，极大地强化了他们反抗北洋政府的政治分量。
段祺瑞粉碎张勋复辟之后，没有恢复国会，而是重起炉灶，成立临时参议院，重新选举国会。孙中山以此为借口，扯起护法护临时约法，维护第一届国会旗帜，在广州另组政府，号召旧国会的议员南下，开始了所谓的护法战争。护法战争说起来有点牵强，毕竟，第一届国会，不是老段给解散的，而且第一届国会被那样不明不白地解散，还属于共和制被颠覆的紧要关头，居然连一点挣扎反抗都没有，实在令人看它不起。
护法的号召当然护不了法，但却激起了中国西南、西北地方一系列的战争。原本在四川、湖南、陕西汉中这些南北交界之处，各种势力处于一种脆弱的平衡之中，护法的发动，打破了所有的平衡，当地各派军阀、国民党势力、北洋势力，乃至原进步党人的势力，分分合合，打成一锅粥。孙中山理由牵强的护法，也给了控制北京政府的皖系一个很好的口实，实行武力统一。这个口实是如此地具有说服力，以至于满心不希望段祺瑞成功的冯国璋，总是捣乱，却始终都阻止不了皖系的用兵。对湖南的前后两拨攻势，打前锋的，大部分居然都是非皖系嫡系的部队，甚至连滑头的阎锡山，也不得不派出一旅军队参战。也只有这些军队发现自己成了段祺瑞政策的炮灰，白白被消耗时，他们在前线直接的抵制，才使得武力统一的推行受挫。前有王汝贤、范国璋在湖南前线通电主和，后有吴佩孚在衡阳前线擅自停战呼吁和平。