1999年，比尔的第二个孩子罗瑞·盖茨出生。这时美琳达辞去了微软的工作，成了一名名副其实的家庭主妇，随后又进入了慈善基金会工作。她告诉比尔，她更愿意在脱离微软之后同时做好两件事情：家庭与慈善事业。因为这对于一位女性，尤其是像她这样一位女性来说，更是一种平衡的生活。
比尔非常赞同妻子的看法。可以说，在慈善事业方面他们有着共同的志趣与想法，即使在平日里，他们夫妇最喜欢看的一本书就是大慈善家卡耐基所著的《财富的榜样》，他们对于书中“身怀巨富离世的人其实走得最不光彩”这句话触感很深。的确，这句话曾带给许多人思考与感慨，或许这才是比尔夫妇热衷于慈善事业的初衷，而并非像有些人所称的那样：是纯粹的利他主义，或是为了节税。在二人看来这些都是无稽之谈！
在美琳达正式告别微软，进入基金会之前，她还经历过一件不愉快的事。
比尔一向喜欢将公司的每一个主管叫到一起，大声来一次关于创造力的喧哗。他的演讲稿几乎从来都是自己写，更多的时候，员工喜欢他的即兴演讲。他的口才确实很棒，当然也很幽默。在与比尔一起埋头苦干的那段日子里，美琳达很欣赏比尔在公司会议中讲话的幽默。不过有一些很有见解的员工会对比尔的讲话提出一些置疑，然后，比尔对他们的回答便是没完没了，直到那些员工再也没有什么问题可问为止。不可否认，比尔主持会议很有特点，有时，许多人对他感到反感，当然，也有一些人很乐意听他讲话。
一次，公司举行人事任免会议，有六个部门经理都已在座了，偏偏还有几位没及时赶来，比尔便再也坐不住了。那时美琳达以为他要对那些迟到的人发脾气，后来他却表扬了那些人。原因很简单，后来比尔告诉她：
“在等这些讨厌家伙们的时候，我才发现自己没有准备好回答那些令我感到头疼的人的问题，恰巧有个迟到经理给我带来了那时我急需的一些文字材料。”
那次会议气氛很热烈，比尔被问到了许多棘手的问题。因为，谁也不想听到自己被董事长比尔宣布降职或是调离，所以大家都争着发表自己的看法，并极力表现自己的业绩，其中有一位运筹部门的小个子经理卡伦·科德，他并没有急于发表意见。比尔随后让大家逐个谈谈自己的看法，轮到卡伦时，他便开始问比尔一些问题，他问的第一个问题便是：
“董事长先生，恕我冒昧，您是如何看待您的太太美琳达小姐的表现的？”
“糟糕，怎么会问出这样的问题？”美琳达心里开始有些不安，几乎所有人同时将目光锁定了她。
“噢，你是说美琳达的工作吗？”比尔反问道。
“是的。”
“我们是最好的朋友。当然，他也是我的太太，这似乎并不影响我对她工作的看法，我会给她打一个不错的分数。你是想说她工作存在不足？”
“不是，你误解了，我想对您说，美琳达做运筹工作更合适。”
“这主要取决于她自己的喜好，但是必须要有成效。”
“董事长先生，我想提出辞呈，让美琳达接替我的位置。”卡伦很诚恳地说。
他的发言让在场的人都惊呆了。谁都知道，微软最需要他这样的人。
比尔开始有些坐不住了，他扫视着周围，继而用一种非常明朗的语气说：
“卡伦先生，我不会接受你的辞呈，我希望你继续留在微软。”
在场的人都为比尔的话鼓掌。
卡伦并没有固执下去，他告诉大家：
“在给法国微软公司做预算的时候，我出了一些差错，这个差错很严重，导致公司损失了400万美元。是的，我原以为，董事长会像对待美琳达那样对待我，所以……”
卡伦提起一年前的那件事，美琳达心里也很不是滋味，虽然事情已经过去一年多了。
那时露丝到比利时出差，美琳达临时接任了她的职位，负责公司产品的向外推广。由于大意，竟在一份协议上签上了露丝的名字。在先前的协议中，双方已经声明，必须由双方的当事人负责签名。这个错误对方也没有发现，于是这年的年初，在账目问题上美琳达与露丝出现了一些分歧。最后，露丝也不肯插手这件事情。为了赢得客户，比尔只得承认这笔损失。
那时，比尔对美琳达的工作提出过尖刻的批评，他抱怨她：
“你怎么会犯这样的错误，我不希望他们怀疑我们的诚信。”
卡伦那时是第一个站出来反对美琳达的人，他不同意营销部由这样一个涉世未深的女子来负责，所以他们结下了这段工作上的“恩怨”。
幸好，卡伦留了下来，要不他也会像露丝一样离开微软，那样，或许美琳达会很难堪的。几次经历之后，美琳达对从前母亲从事的工作——主管，开始失去兴趣。尤其是作为比尔的妻子，她虽然认为自己可以将这份工作做得很好，但是，不可避免的错误无形中让比尔显得有些被动，一度她想着如何脱离微软，这样可以将这个职位留给其他的人。
统管微软的比尔，在工作中，面对妻子的失误，无论从哪方面讲，他都应该提出自己的批评，否则，美琳达在同事面前会觉得很难堪——随便哪个人都会对她敬而远之。虽然这样的事情从那次事件后再没有发生，但美琳达做好了一切准备，因为，在微软任何不愿接受批评的人，都不受人欢迎，比尔也不例外。他在更早的时候把自己的邮箱告诉所有的员工，如果有些员工对他有成见，比尔会一一回复。
曾几何时，美琳达也做起了一名很不自在的经理，她不愿更多地给自己的员工提意见，只因为她是比尔的太太，她要对自己的言行保持谨慎。尤其是在她离开微软的半年前，工作状况是她有史以来最糟糕的。
终于在1999年，美琳达在一次病痛中决定离开微软，而比尔竭力说服她可以到慈善基金会工作，或许那里没有“功”与“名”的争执，是最适合她的。经过比尔的一番开导，美琳达终于又开始了人生中的第二次职业生涯——微软的慈善基金管理处职员。
是的，在这里，她有着一种与世无争的感觉。虽然这时她的主要工作还是呵护自己的两个孩子，但她会抽出时间管理慈善方面的一些事务。慈善基金管理对她还是一件相当陌生的事情。虽然在这里工作的人不多，但是许多美国知名的企业家、大学教授，或是其他业界人士都与这个基金会有着密切的往来。
并不是为了单纯的生活让美琳达全身心地投入到这份崭新的事业当中，在美琳达成长的各个阶段，她都曾受到过慈善组织或其行为的影响。
最初，美琳达的母亲依莲经常会讲给她自己童年时遇到的那些拥有爱心的人。后来，母亲也经常参加一些慈善组织的活动，例如捐一些东西给那些穷人，或是无家可归的人。有一次母亲将美琳达的一套新棉被捐赠给了镇上的一个慈善组织，那原本是外婆买给她上学时用的。在学校她也几次目睹了一些贫穷学生从学校的助学机构那里领来一些物品，或是学习用具，也有一些零用钱。每次，她都会为此感到不自在，因为，在她的身边曾有一位依靠慈善救助而完成学业的学生，这个学生一个月的生活费竟不足普通孩子的三分之一，也很少见他吃到好一点的饭食。
那时，一些聪明的学生并没有当着大家的面施舍这些家境贫穷的学生，怕他们感到难堪，几乎所有获得救助的学生都有一个共同的特点，宁愿过着清贫的生活，也不接受有损自尊的施舍。所以，美琳达那时会节省一些零用钱并寄存起来，在一年当中，她会不时地将这些钱捐给学校的慈善会。
而最能触动美琳达心弦的便是1993年深秋她与比尔的非洲之行，她生平第一次在那里看到了人间的另一个世界。自那时起，她便不敢轻易相信一些媒体，或是报导。那里有些人的生存状态远不是媒体所介绍的那样好，即使在非洲相对比较富裕的南非，这个国家中大部分处于上等生活水平的人群，其生活状态也不比美国享受社会福利的人好多少。看着那些饥寒交迫、骨瘦如柴，或是很早就弃学、帮家里务农的孩子，一个新的认识在她的心中诞生了：
“我们常会说人间地狱，这或许就是我所看到的最真实的写照。”
这里几乎没有什么社会福利，更谈不上像美国公民可以享受的各种保险，或是政府补贴。所有这些都深深触动了美琳达的心。
当然，同时被触动的还有同行的比尔的父亲亨利，这是一位始终热衷于人类慈善事业的老人。他接管了儿子创建的世界上最大的慈善基金会。在他的带领下，这个组织规模越来越大，他将大把的钱用来资助全球各地的医疗与教育事业。
在微软名气与财富同步增长的同时，外界要求微软捐赠的信件也像雪花一样飞来。比尔的妈妈玛丽是一位颇有社会责任心的人，她经常开导比尔：
“你应该学会做一个好公民，一定要为社会多做些事情。”
比尔最初并不能听进母亲的话：
“妈妈，我有一个公司要管理，我为社会能做得最好的事情，就是让这个企业更加成功。”
不过，最后比尔还是向母亲屈服了。在父母的引导下，比尔也开始非常热衷于慈善事业，他认为这些钱也应该用在高等教育上，所以他曾经向玛丽的母校华盛顿州立大学捐赠了1200万美元。
2001年1月份的时候，为了便于管理，比尔将原先设立的两个基金会统一起来，并改称“比尔-美琳达基金会”，这成了真正意义上盖茨家族的慈善基金会。
这时，基金会的资金储备更多了，达到了240亿美元。同时，比尔还将自己的一些股票也投入其中，加上其他一些微软高层的参与，致使基金会的资金来源相对充足了很多。由于业务量的突增，亨利决定让美琳达与他分开管理，亨利主要负责资金，而美琳达主要负责援助计划的实施与审核。