有一天，沈葆桢的办公室来了一干中国工匠，义愤填膺的中国工匠没等沈葆桢说话，就开始控诉法国工匠设套刁难。按照船厂规定，工匠需要卯时上班，可是这一天法国工匠辰时才到，先到的中国工匠不能停工，只能先生产，结果法国工匠到了到处挑毛病，最后导致双方在船厂群殴。[52]
沈葆桢立即派出调查组，查明法国工匠故意迟到的背后，导火索是德克碑跟日意格的矛盾，德克碑暗中导演了群殴事件。沈葆桢决定将德克碑调出船厂，到求是堂艺局当教授。德克碑的离开让达士博心花怒放，可是日意格依然没有履行他的诺言。达士博尽管不敢像博士巴那样有恃无恐，却在言语上攻击日意格。
离开了实权位子的德克碑一方面给左宗棠写信控告，另一方面暗中撺掇博士巴进一步捣乱。福州船政被弄得乌烟瘴气，而这正是赫德、美理登他们希望看到的。博士巴在多人的怂恿下，愈发地骄横，不服从工作调动，经常辱骂工头，还经常无故迟到早退，将左宗棠时期定下的规定当成废纸。沈葆桢忍无可忍，决定开除博士巴。
沈葆桢让博士巴滚蛋，这时候他才深感后悔，可是船政大臣的决定无可更改。博士巴很快就得到高人指点，去法国驻福州领事馆告状，将福州船政内部的管理问题上升到外交问题，那样一来就不是一个日意格，更不是沈葆桢能够决定的，需要大清帝国的皇帝跟拿破仑三世大皇帝出面解决。沈葆桢忙着向第一号轮船的最后竣工冲刺，根本没有料到博士巴正在掀起一场惊天波澜。
现任福州领事馆代理领事为巴士栋（Ernest Blancheton），在到福州之前是法国驻宁波副领事。当马尾船厂的第一座船台竣工后，在没有征求大清帝国总理衙门同意的情况下，巴士栋跟他的上司宁波领事西蒙（G.Eug.Simon）突然移驻福州。巴士栋一行到福州后做的第一件事情就是到船厂张贴法文告示，收集日意格跟德克碑的问题。[53]
巴士栋一行意图明显，就是要搞掉日意格跟德克碑。日意格跟德克碑回到中国之前，得到了法国海军部跟拿破仑三世的密令。巴士栋现在要搞这两位，一方面是法国驻上海领事白来尼已经离开了，更重要的是法国军方觉得日意格两人没有完成密令。巴士栋的福州行动背后，无疑是法国军方急于操控福州船政的谋局。
沈葆桢对巴士栋一行的无礼行为相当反感，严厉呵斥巴士栋的行为是干涉大清帝国内政，领事是为通商而设，跟船政没有关系，加上船厂非领事管辖之地，不能够张贴告示。巴士栋的夺权计划流产，正是因为巴士栋明目张胆干涉船政，才让随军铁匠博士巴肆无忌惮，搅得船厂法国工匠相互猜忌，互不信任，跟中方管理层以及工匠关系剑拔弩张。
西蒙在福州的时间很短，所以巴士栋成为代理领事。博士巴的状纸递到了巴士栋手上，控告法国海军军官日意格违约解除劳工雇佣合同，要求日意格恢复雇佣关系，如不恢复需赔偿3500两白银。美理登一直在背后搞阴谋诡计，眼见着博士巴的官司打到了领事馆，决定联手德克碑、巴士栋，先将矛头对准日意格，再图操盘帝国船政大计。
1869年7月11日，巴士栋将一份法文公文发到马尾船厂，要求博士芒、博士巴、日意格及中国工人张维新等六人到领事法庭会审[54]。日意格拿到巴士栋的传票，立即向沈葆桢提交了一份书面奏折。沈葆桢看完日意格的书面奏折，已经洞察到巴士栋的终极目标，这位代理领事当初没有将手伸进马尾船厂，这一次是要通过官司将领事裁判权凌驾到船厂之上，这是对帝国主权的公然践踏。
领事裁判权一旦渗透到船政，福州的船政大业将掌握在法国人之手。沈葆桢在日意格的奏折上作了长篇批示：“监督为船政而设，船政为中国工程，中国有大臣作主，如果法国领事馆可以任意把持，则是法国船政，非中国船政。监督有约束外国工匠之责，不受约束者，监督理应检举，至于撤与不撤，船政大臣自有权衡。”[55]
沈葆桢的意思再明显不过了，博士巴的解聘完全是根据合约办事。更重要的是，代表巴黎宫廷的驻华公使早就书面承诺，船政是中国人做主，巴士栋岂能违背公使之诺！
沈葆桢在批示里面非常明确地强调，博士巴的问题是船政管理问题，是内部事件。日意格拿到了沈葆桢的批示，顿时信心倍增，决定不出庭受审。为了传达沈葆桢的意思，日意格向巴士栋提交了一份书面辩护意见，声称：“如果为这件事向这些中国官员提出交涉，就会将内部事件变为外交问题，而这已超越了领事的权限。”[56]
巴士栋一看日意格居然跟沈葆桢站在一边，显然这位法国海军部军官没有将代理领事放在眼里，那拿破仑三世大皇帝的任务也就难以实现了。巴士栋等不来日意格受审，决定搞缺席审判。
7月21日，巴士栋在领事馆开庭审理博士巴一案。德克碑、美理登、达士博三人作为陪审团成员，坐在巴士栋两旁。博士巴一案的幕后推手们终于以审判合议庭成员的身份浮出水面。身为利益人的德克碑跟达士博不断攻击日意格，一直没有拿下监督位子的美理登，终于可以借助领事法庭恶搞日意格，自然不会放过审判日意格的机会。
当一干人马正在领事法庭恶搞的时候，沈葆桢正在加班加点进行第一号轮船的试航准备工作。没想到巴士栋不听劝谏，公然判决日意格违约，需要处罚日意格3500两白银。在整个判决中，德克碑没有任何责任。德克碑参加庭审已经是破罐子破摔，判决下达后他离开福州，北上找左宗棠告状去了。[57]
1869年9月18日，第一号轮船试航。
沈葆桢给第一号轮起了一个吉祥的名字：万年清。万年清这个名号在之前向皇帝汇报的时候提过，但是在后来提出要北上接受国家检阅的奏折中，沈葆桢再也没有提过这个名号，而是希望朝廷能够取一个代表国家形象的名号。作为大清帝国自己制造的第一艘巨型轮船，沈葆桢为试航准备了四个月。
万年清号的试航是中国航海的第一次大检阅，沈葆桢希望整个试航过程由中国人主导，所以船上全部用中国人。身为总工程师的达士博坚决反对沈葆桢的决定，提出必须洋员领航。达士博一方面是为了给日意格难堪，因为德克碑走了，副监督的位子被一位叫斯恭赛格（E.D.Degonzac）的法国海军军官坐了；另一方面是想让洋人掌控万年清号。
沈葆桢拒绝了达士博的建议，坚持任命五品军功游击贝锦泉为舰长。沈葆桢没想到达士博撂挑子不干了，拒绝参加试航。沈葆桢面对达士博的不合作，开始苦口婆心给他讲万年清号试航的重要意义，这艘船将会北上接受国家检阅，试航是万万不能马虎的，没有总工程师参加，万一出现问题那可是杀头的大罪。