寺岛宗则无法给巴夏礼任何承诺。几番交涉无果，巴夏礼相当失望。于是，巴夏礼立即将日本出兵台湾的消息告知英国驻华公使威妥玛（Thomas Francis Wade），希望他将消息透露给北京方面。[8]威妥玛收到消息后，立即给总理衙门发了密函，告知清政府要小心，日本人正在往东南沿海调兵，他们的目的地是台湾。
威妥玛在密函中再次询问奕，台湾是否划归中国版图？日本人进兵台湾，是否跟北京商议？威妥玛在密函中显得很是焦急，希望总理衙门能够以电报的方式见信回复。奕收到密函后立即电告威妥玛，台湾地界隶属中国版图，不仅如此，类似地方都是中国的，日本使臣在1873年到京时没有提及派兵赴台湾等地。总理衙门收到英国密函时，当即明白日本方面显然没有就兴兵台湾一事通告清政府。
收到威妥玛密函的第二天，英国汉文正使梅辉立（W.F.Mayers）到总理衙门拜见奕，就威妥玛密函一事进行当面确认。梅辉立走后，法国驻华使馆首席翻译官德微理亚（Jean Gabriel Deveria）也走进了总理衙门，询问日本进兵台湾事宜。法国人可不想通过战争瓜分到的利益让日本人掠走，他们希望清政府对日本采取强硬的回击。
奕意识到台湾问题的严重性，可是一直没有收到闽浙政界跟军界的任何情报，难以判断日本兵犯台湾的情势。第三天，总税务司赫德也来到了总理衙门，希望了解北京方面的动向。赫德还没走，西班牙驻华公使丁美霞（F.Otinmsias）也来了，奕再次重复跟威妥玛的那一套说辞。[9]
北京方面的信息很快传到了日本，巴夏礼立即给寺岛宗则写信，表示如果日本与中国发生军事冲突，英国将严守中立。同一天，俄国、意大利、西班牙等欧洲国家也宣布中立。接替德隆的新任美国驻日公使宾含（J.A.Bingham）成为唯一没有发表中立宣言的驻日公使。《日本日刊新闻》（Japan Daily Herald）还在此时刊文指出：宾含默认了日本对美国船舶的雇用及美国军人对日本的协助。
跟德隆一样，宾含也是华盛顿亚洲策略的忠实执行者，是一位虚伪的鹰派人物。面对欧洲各国对日本的孤立以及舆论的轰炸，宾含在《日本日刊新闻》刊文后的第二天立即给寺岛宗则写信，明确表示美国政府尊重美中友好关系，主张中国拥有台湾全域的主权；同时禁止美国船舶及人员参与出兵行动。
美国的中立宣言令明治政府惊慌失措，但西乡从道已经率领日本兵跟美国雇佣兵向厦门全速开进。很快，奕收到了两江总督李宗羲的报告，他说有一艘日本军舰已开到了厦门港口，福建水师正在对其进行询问，日方说要借校场操练兵马。但是，日本军舰是从台湾澎湖而来，问及往何处去，有什么目的，军舰上的人却回答得支支吾吾。
后知后觉的朝廷
奕意识到问题越来越严重，更令他诧异的是，闽浙总督李鹤年、福州将军文煜、船政大臣沈葆桢、福建水师提督罗大春这一干大员却没有汇报任何情况。奕决定将日本进兵台湾一事报告给同治皇帝。经过御前会议的讨论，军机处立即向李鹤年、文煜、沈葆桢、罗大春、李宗羲、直隶总督李鸿章发出军事密令，令沈葆桢带领水师舰队，以巡阅为名，前往台湾生番一带察看，妥善处理生番事宜。[10]军机处还向福州将军文煜下达了紧急调兵令。
手握调兵大权的沈葆桢立即调令台湾镇总兵张其光、台湾道夏献纶率兵分驻南北两路，以“扬武”“飞云”“安澜”“靖远”“振威”“伏波”六艘军舰常驻澎湖，“福星一号”驻防台北，“万年一号”驻防厦门，“济南一号”驻防福州，“永保”“琛航”“大雅”三船充当运输舰，另派一船在闽、沪之间测海、通消息。
沈葆桢同时向北京提出了购买德国洋枪、铁甲船的请求，并派福建布政使潘蔚跟西乡从道交涉。此时的西乡从道信心满满，因为在出兵之前，明治天皇就在御前会议上进行了周密筹划，制订了利用日军攻占台湾南部之机，兴兵一万直取北京，囚禁清帝，令中国十八省瓦解的作战计划。西乡从道根本就没有将潘蔚放在眼里。双方交涉无果。
北京方面掌握了日方聘请美国高级官员担任顾问以及军事指挥官的情报。李鸿章立即向总理衙门推荐了耶鲁高才生容闳，建议派容闳携带总理衙门的公函，远赴华盛顿跟美国国会议长理论，希望美国能够遵循中美友好条约，保持中立，撤回雇佣兵跟军事指挥官。[11]
由于赴美之行路途遥远，李鸿章当时非常担心容闳此行于事无补，所以希望总理衙门能跟美国驻华使馆谈判。为了让欧美列国知晓北京政府有理，李鸿章还建议容闳赴美，哪怕要花三四个月，也要保证北京政府的此番演出的成功。
当一切的一切都在按照双方的计划进行时，军机处的军事密令却出人意料地悉数曝光。更令北京政府尴尬的是，报纸还将英国使馆向总理衙门写密函一事也一股脑儿地刊登了，这立即让英国陷入被动局面。一时间，国际舆论哗然，日本方面在台湾更是有恃无恐，血洗台湾地带，牡丹社等地已经成其囊中之物。
奕很快就明白了，《汇报》只是泄密报纸之一，《上海新报》、《华字日报》都刊登了军机密函。慈禧太后的暴怒令奕胆战心惊，这已经是闽浙地区四年之中的第二次军事泄密了，闽浙政界跟军界已经毫无秘密可言。奕立即召集军机处的一干人马开军机会议，军机大臣们认定，报纸泄密背后有一个庞大的利益集团，一定要彻查军机泄密案。
军机泄密案一波三折，大小官员白忙一场（二）
龙颜大怒，下令彻查泄密案
北京专案组开始行动了。
“此等紧要事宜，岂容稍有泄露？”慈禧太后责令军机处严厉查处泄密案，一定要对与泄密案相关的大臣、将军、督抚进行严厉训诫，并且下令官员以后处理中外交涉事件一定要慎重，不得“稍涉疏虞，至于咎戾”。慈禧太后还定下了一条铁律：“嗣后奉到谕旨及陈奏折片，除抄寄总理各国事务衙门及应行函寄各处外，其余均不必抄咨，以昭严密。”
以奕为首的军机处成立了专案组，调查军事机密到底是从哪里泄露的。8月2日当天，六百里密谕从军机处发出，要求跟泄密案相关的一干大臣、督抚、将军，必须在接到调查令第一时间内进行自查，并提交一份详细的调查报告。沈葆桢、李鸿章、文煜、李宗羲、李鹤年、潘蔚等人均为调查的对象。自然，作为当事人的沈葆桢更是成为调查的重点对象。
收到密旨后，沈葆桢“伏读之下，且感且悚”。[12]报纸到底是怎么弄到军机密函的，沈葆桢对此还是云里雾里。但无论是军机处的密函还是沈葆桢上奏朝廷的报告，都已经泄露了。沈葆桢自知难辞其咎，于是立即向同治皇帝进行了极为诚恳的检讨，甚至提出：自己甘愿接受御前会议的处理。
同治皇帝收到沈葆桢的报告后，只是在报告上朱批了一句话：“沈葆桢著交部议处。”同治皇帝的朱批令整个官场震动。且不说沈葆桢是否会主动泄密，即使沈葆桢主动泄密，在泄密案没有任何调查结论之前，朝廷就给了沈葆桢处分，一定会令远在台湾的日军士气大增。沈葆桢的一番大度自罚之词，成了同治皇帝整肃官场的靶子。
远在南方的沈葆桢万万没有想到，在自己向皇帝上呈自我检讨报告期间，北京城已经是风云变幻。当时，同治皇帝宣布要重修圆明园。恭亲王、惇亲王、醇亲王等十大重臣联名反对，理由是：新疆阿古柏叛乱未平，台湾海峡剑拔弩张，战争消耗以及各种赔款早已令朝廷入不敷出。同治皇帝一生气，就免掉了恭亲王奕的一切职务，并交宗人府严惩。
同治皇帝自登基到1873年亲政，这期间一直是慈禧太后跟恭亲王奕说了算，雄性激素超标的小皇帝只好混迹烟花柳巷。对于年轻的同治皇帝来说，烟花无限好，却已经近黄昏了。一身病的同治皇帝内心极度惶恐，他担心自己死后，爱新觉罗家族的江山无人来掌管。奕？的确，奕是最有力的竞争者。但同治皇帝不得不考虑一个严峻的问题：叔叔岂能将侄子供奉于太庙？
修圆明园只是同治皇帝的一个借口罢了，在慈禧太后跟同治皇帝的计划中，将奕罢官削爵，为接班人铺路才是真正目的。但他们没想到奕会联手十大重臣反对。在选择接班人的敏感期间，沈葆桢成了皇权跟相权博弈的出气筒，同治皇帝决定将军机泄密案扩大化，杀杀大臣们的气焰。
1874年9月5日，同治皇帝向军机大臣们发布了一道严厉的谕旨。
同治皇帝在谕旨中重申，今后对军机处密寄谕旨，要加意慎密，并要求两江总督李宗羲对上海新闻纸刊刻密寄谕旨一案，严密确查。同治皇帝这一道谕旨同样让军机处以六百里加急发给了沈葆桢、李鸿章、李宗羲、文煜、李鹤年、潘蔚一干文臣武将。[13]
同治皇帝在谕旨中措辞强硬，声称如果今后发生类似泄密案，“致误机宜，唯涉案将军、督抚等是问”。这份雷霆之怒溢于言表的谕旨除了发给沈葆桢他们之外，同时还发给了文华殿大学士瑞麟、盛京将军都兴阿、协同管理内务府大臣兼署兵部右侍郎志和、浙江巡抚杨昌浚、广东巡抚兼署两广总督张兆栋等。
在军机泄密案扩大化的背后，是同治皇帝要整肃帝国官场的决心。皇帝是在告诉天下臣民，无论是亲王还是封疆大吏，大清帝国的主人唯同治皇帝一人，凡有涉及爱新觉罗家族核心利益者，万难饶恕。
李宗羲被吓坏了，《汇报》跟《上海新报》就在自己管辖的范围之内，身为两江总督，自己一直没有给皇帝一个明确的说法，在皇帝眼中就是管辖能力有问题。接到谕旨后，李宗羲立即派员到上海调查。经查，《上海新报》背后是一帮欧美洋人在支持，他们的报道是援引香港《华字日报》。《汇报》是一帮广东商人创办的，报道也是援引《华字日报》。不过，《汇报》却令李宗羲头大。
《汇报》的股东有唐廷枢、郑观应、容闳、徐润。这些人都是李鸿章在推行改革时的先锋，尤其是唐廷枢跟容闳两人，更是李鸿章的左膀右臂。沈葆桢跟李鸿章本是同科，可是在左宗棠北上的时候，沈葆桢成了左宗棠钳制李鸿章的棋子，因而这次事件的背后一定大有文章。
李宗羲很快就给北京写好了调查报告，他从一开始就强调自己的保密警惕性很高：“凡遇秘密公牍，皆由内署缮办，卷存内署，不敢稍有泄露。”李宗羲在报告中还说，《上海新报》跟《汇报》的内容均抄自香港《华字日报》，上海这两家报纸在抄录的时候都特地注明香港的消息是来自福州，这说明问题出在闽浙军界和政界身上。
锁定泄密对象——《华字日报》及主编陈言
于是，闽浙总督李鹤年派同知文绍荣前往香港密查《华字日报》。文绍荣很快就摸清了《华字日报》的底细。此报于1872年开始独立发行，是英人所办英文报纸《德臣报》（Dail Press）的中文版，当时的主持者为《德臣报》之主笔陈言，他自幼信奉天主教，中英文俱佳。《华字日报》内容取材不外乎翻译西报及转载京报，以及本地新闻而已。
在香港密查期间，文绍荣发现陈言已经离开了香港，他的同事说他去了福州。可是文绍荣回到福州秘密调查后却发现，陈言已经到了台湾府。陈言为何去台湾？他跟闽浙政界、军界何人有勾结？这一切都还是一个谜。李鹤年听到这个调查结果后立即给沈葆桢去信，希望沈葆桢查证陈言是否就在台湾府，进而调查陈言台湾之行的真实目的。
沈葆桢的调查还没有结果，被吓得不轻的李鹤年就已经向同治皇帝报告，说自己到福州后，所有洋务密件皆由信函往来，不经书吏之手。“所奉密谕及各处钞寄密折、密函，皆系内署封存，秘之又秘，并无一字外播者”。当自己接到北京的谕旨，知道军机秘密刊入香港新闻纸，“殊深诧异”。
李鹤年还将文绍荣的秘密调查结果向皇帝进行了详细汇报，报告中提到：陈言经过福州到了台湾，其台湾之行的真正目的无法确认，现在自己只能向广东抚臣问讯，并下令让台湾道、福州府彻查根究。同治皇帝一看，李鹤年的报告是在踢皮球，于是只在报告上朱批：该“衙门知道”。同治皇帝希望沈葆桢能够查个水落石出，而不是像现在这样，官员之间相互推诿。
沈葆桢接到李鹤年的信函后，立即对陈言进行了详细调查。令沈葆桢惊讶的是：陈言现在竟然受聘于黎兆棠。黎兆棠，字召民，广东顺德人，1853年取得进士出身，曾经在总理衙门供职。1867年南下代理台湾道台，成为台湾地区临时行政长官，与沈葆桢一直私交甚密。在日本进兵台湾问题上，沈葆桢第一个想到的助手就是黎兆棠。因为黎兆棠与奕、文祥等一大帮皇亲贵胄关系密切，而且天天跟欧美的驻华使节打交道，对洋人相当了解。在代管台湾期间，黎兆棠跟台湾绅商交往频繁，洞悉错综复杂的生番利益。
泄密案牵扯到了黎兆棠，这让沈葆桢着实为难。这不仅是因为他们二人关系密切，更是因为黎兆棠一直兢兢业业，带重病工作，五十岁的人看上去比六十岁还老。沈葆桢本想按照福州方面的意思询问陈言的情况，可是一看到黎兆棠日益憔悴的样子，担心他听后心情更坏，就没有当面询问陈言一事。