细菌性疾病也称腐烂病，最初只见于水草的局布，但很快会蔓延至整株甚至整缸。细菌主要由伤口进入水草体内，有很强的感染性。得病初期，叶片上出现水渍状褐斑，渐渐发黄，乃至全株叶片呈纤维状溶于水中，若与健康叶接触，很快即会发生传染。导致此病发生的原因主要是在运输途中水草因温度过高，细菌大量滋生而感染，也有可能是水中细菌感染有伤口的水草而致。
防治方法是及时剪除感染疾病的叶和茎，剔除病株以减少细菌来源；使用紫外线杀菌灯杀死细菌；更换新鲜自来水，利用水体中的氯杀死细菌；将水温降至20℃以下，减缓病原菌的繁殖与蔓延；使用呋喃西林、亚甲基蓝、福尔马林、二氧化氯等杀菌剂杀灭细菌。
水草的生物性伤害主要是因螺、贝类等生物的啃食而引起的。
螺、贝类是清除水体中藻类的好帮手，但偶尔它们也会啃食水草换换口味，被啃食的水草茎叶残缺不全，不但影响美观，而且受伤处易被细菌感染。
另外，食苔鱼类（如琵琶鼠等）的口部粗糙，容易磨损水草的叶面，从而导致伤口感染。
因操作不当或不小心也会对水草造成伤害。因此，在水草箱中应尽量避免出现以上情况。一旦出现，应及时想办法挽救，以减少损失。
对于水草的因光照不足、水温过高或过低、施肥过多以及水的酸碱度与硬度的变化等物理性伤害，必须在平时的管理中加以重视。
只要是水草能生长的环境，藻类就会生长，因为藻类对环境的要求远没有水草那么苛刻。因此，稍有疏忽，水草箱中就会大量滋生藻类，搞得人措手不及，且很难控制。因此，在饲养水草时，杀藻不如防藻有效。
藻类有很多种，各种藻类有各自的特点。只有了解了各种藻类的特点，才能采取有效的措施，预防或有效地去除藻类。
褐藻常生长在玻璃、石头或叶片上，为褐色薄层状藻类，是所谓的先锋藻类。
产生褐藻的原因很多。初建水族箱时，水中的生态平衡尚未完善，当硝化细菌等有益菌的数量还没有达到一定程度，氧气不足，硝酸盐浓度过高，光线太弱不利于水草的生长，照明时间不够长，或酸碱度大于7.5以上时都会促使褐藻的生长。
驱除褐藻有一定的难度，因为任何除藻剂对褐藻都没有杀伤力，最多只能抑制其生长。因此，对付褐藻的有效方法是在平时管理中，定期有规律地部分换水，如每周定量换去一部分水（以不超过整箱水的1/5～1/10为宜），并结合刷藻器人工刷除，密植水草，让水草生长占优势，没有多余的营养提供给褐藻；定期添加硝化细菌和光合细菌，降低硝酸盐的浓度；使用有效的过滤材料，保持稳定的pH值（如使用生物陶瓷环、生化石等）；保持二氧化碳的恒定供应，开缸初期增设充气供氧系统，并提供较强的水流，增加水的流动性；添加黑水和水质安定剂；保证必需的光照强度和光照时间，投放适量的食藻生物，如清苔鼠、小型琵琶鼠鱼、螺、贝类等。
绿色丝状藻常生于水面附近光源较充足的地方，呈浅绿色丝状，喜附着生长。它们与水草一样，只生存于良好的水族生态箱中，因此，若有丝状藻生长，说明水草生态缸的生长条件良好。长出丝状藻的主要原因是换水次数太少，硝酸盐浓度较高，pH值不稳定并呈略偏碱状态，碳酸盐浓度过高，二氧化碳的溶解量不足，光线过强以及光照时间太长、水流强度不够等。
驱除绿色丝状藻可以定期、有规律地换去一部分水，加入硝化细菌与光合细菌以降低硝酸盐浓度，稳定添加二氧化碳，保证pH值的恒定，加入黑水与水质安定剂，使用有效的过滤材料，保证适当的光照强度与时间，投放食藻鱼类，使用优质的除藻剂。
绿色苔状藻 也称青苔，呈浅绿色，会发出腥臭味，大部分生长于底床表面以及假山石、叶面和玻璃等固着面上，生命力极强，生长旺盛时像一层地毯般铺于固着面上。
长时间地强烈光照是致使绿色苔状藻滋生的主要原因。还有氮和磷的含量过高，长期不清洗底砂，不清除沉积物；换水量不够或换水间隔时间太长，过滤设备长期不清洗等。
驱除绿色苔状藻的方法有：水草在种植前进行消毒清洗；定期、定量换水，有大量绿色苔状藻发生时，换水量不应少于1/3，并加入黑水和水质安定剂，换水时清除底部沉积物，并使用底部加热器让水充分对流；增加水草密度，降低氮和磷的含量；加入适量复合细菌；定期清除过滤器与过滤材料；放养食藻鱼类；使用优质有效的除藻剂。
绿色浮游性藻类 此种藻类对水草和鱼类不构成伤害，只是呈海绵状浮于水中，会使水质变绿，影响水族箱的美观。事实上，有时候这种水对饲养某些鱼反而有好处。
滋生绿色浮游性藻类的原因主要是过滤不够和换水量不够。去除绿藻的方法是采用换水以及利用紫外线杀菌灯。
绿色线状藻 又称胡须状藻，是一种绿色细线状纠缠成团的藻类。常在固着物上攀附生长，有极强的再生能力，它的生长与光线并无直接关系，主要原因是营养过多及由于购草时将池子带入；二氧化碳供应量不足；水体磷酸盐含量过高；水体中溶解氧的量过多；水硬度太高，水质不稳定。
去除绿色线状藻的方法很多，可将刚购进的水草清除带有藻类的叶片并进行消毒；加强二氧化碳的供应；降低供氧量；调节氮和磷的比例，使之达到平衡，加强换水，降低硬度；使用有效过滤材料，加入黑水、水质安定剂以稳定水质；使用食藻鱼虾如黑壳虾、黑玛丽等；使用除藻剂。需注意的一点为上述方法往往需要重复使用多次。
黑毛藻 又称刷状藻、毛皮状藻，它们会紧紧黏附、生长于老旧叶片、玻璃或石头上面，看起来像长出一根根毛。这种藻类颜色变化很大，从绿色到黑色都有，是水草箱中最为顽固而可怕的藻类，繁殖速度相当惊人。
发生毛皮状藻的原因有：刚买进水草时一并带人；氮磷比例失调；光照时间过长与强度过大；水流速度太快，导致氧气含量太高，促使黑毛藻生长。当然，水质不稳定也是原因之一。
除去黑毛藻必须实施多方面综合处理方法。刚购进的水草必须切除带有藻类的叶片，进行消毒；加入复合细菌，加强分解含氮化合物的力度；多种水草，降低氮磷含量；降低光照强度，减少光照时间；使用有效的过滤材料；加入硝化细菌与光合细菌，使用黑水与水质安定剂稳定水质；使用除藻剂。
目前市场上已有对付黑毛藻的有效除藻剂，这是采用从澳大利亚进口的原料制成的，在使用这种除藻剂时应尽量减少换水，减少光照时间与强度，除藻期间停止加入营养液。
由于黑毛藻具有极强的顽固性，一旦滋生，即使用人工摘除的方法和大量换水亦不能遏制它的蔓延。因此，在初期可放养食藻鱼啃食，后期则只能结合人工剪除染有藻类的叶片。到目前为止，国内还没有能杀除或去除黑毛藻的特殊药物，国外的很多品种也只能起到抑制作用，也只有上述这一产品可有效杀死并去除黑毛藻。让黑毛藻搞得非常头痛的水草爱好者不妨一试。
蓝藻 也称蓝绿藻，它们在固着物上蔓延生长，呈薄层状或丛状，外观如雾状，富含黏滑的胶质保护，是一种带有特殊味道的蓝绿色藻类。这种藻类具有固氮能力，是水质恶化的标志。因此，一旦发现有大量蓝藻出现就意味着水草箱中的水开始恶化。
适宜蓝藻生长的条件很多，如受到污染而腐化酸败的底床；底砂铺设不适当，砂子太细或铺得太厚；基肥的成分、含量不对或使用劣质基肥；喂食过多的水蚯蚓造成水质恶化；很久不换水，不清洗底砂及过滤槽；水草肥料质量不高或用量过大；鱼饵质量不佳；过滤器材过于陈旧；水草数量不够多；沉木或石材等装饰物在使用前未经彻底清洗，照明不佳或光线太弱，光线组合不适当，照明时间过短；浮于水面的水草太多，占据水面的空间太大，减少了光线的穿透量；鱼儿太多，氧气不足；水流不够强（蓝藻在水流强劲的地方几乎不能生长）；有益菌太少或品种过于单一；蓝藻一旦发生，即表示水体中硝酸盐或氮素过多，但当蓝藻大量繁殖后，水体的含氮量便急剧下降。
检查和调节水质；迅速清除枯死的藻类；多种植水草，增加水草对氮、磷的吸收；加强水流；增加底部过滤器的功率，增加水体的上下对流；定期添加复合硝化细菌；放入食藻鱼；使用除藻剂等方法，均可驱除蓝藻。
综上所述，各种藻害的滋生都发生在日常管理方法有误的情况下，因此，对水草箱的日常管理决不容轻视。
反之，加强了日常管理，水草生长就旺盛，而旺盛生长的水草，藻类是很难附生的。